Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001130688.1
Sequence Length
1467 nt
GC Content
0.3967
AAACCAGUUCACGCCGGAGCCCCGUGAGGGAAGCGUCUCCGUUGGGUCCGGCCGCUCUGCGGGACUCUGAGGAAAAGCUCGCACCAGGCAAGAAUACCCUCCAAUACCCUCGGGUGGACGCGGAUCUGUCAACAUGGGUAAAGGAGACCCCAACAAGCCGCGGGGCAAAAUGUCCUCGUACGCCUUCUUCGUGCAGACCUGCCGGGAAGAGCACAAGAAGAAACACCCGGACUCUUCCGUCAAUUUCGCGGAAUUCUCCAAGAAGUGUUCGGAGAGAUGGAAGACCAUGUCUGCAAAGGAGAAGUCGAAGUUUGAAGAUAUGGCAAAAAGUGACAAAGCUCGCUAUGACAGGGAGAUGAAAAAUUACGUUCCUCCCAAAGGUGAUAAGAAGGGGAAGAAAAAGGACCCCAAUGCUCCUAAAAGGCCACCAUCUGCCUUCUUCCUGUUUUGCUCUGAACAUCGCCCAAAGAUCAAAAGUGAACACCCUGGCCUAUCCAUUGGGGAUACUGCAAAGAAAUUGGGUGAAAUGUGGUCUGAGCAGUCAGCCAAAGAUAAACAACCAUAUGAACAGAAAGCAGCUAAGCUAAAGGAGAAAUAUGAAAAGGAUAUUGCUGCAUAUCGUGCCAAGGGCAAAAGUGAAGCAGGAAAGAAGGGCCCUGGCAGGCCAACAGGCUCAAAGAAGAAGAACGAACCAGAAGAUGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAAGAAGAUGAAGAUGAGGAGGAAGAGGAUGAAGAUGAAGAAUAAAUGGCUAUCCUUUAAUGAUGCGUGUGGAAUGUGUGUGUGUGCUCAGGCAAUUAUUUUGCUAAGAAUGUGAAUUCAAGUGCAGCUCAAUACUAGCUUCAGUAUAAAAACUGUACAGAUUUUUGUAUAGCUGAUAAGAUUCUCUGUAGAGAAAAUACUUUUAAAAAAUGCAGGUUGUAGCUUUUUGAUGGGCUACUCAUACAGUUAGAUUUUACAGCUUCUGAUGUUGAAUGUUCCUAAAUAUUUAAUGGUUUUUUUAAUUUCUUGUGUAUGGUAGCACAGCAAACUUGUAGGAAUUAGUAUCAAUAGUAAAUUUUGGGUUUUUUAGGAUGUUGCAUUUCGUUUUUUUAAAAAAAAUUUUGUAAUAAAAUUAUGUAUAUUAUUUCUAUUGUCUUUGUCUUAAUAUGCUAAGUUAAUUUUCACUUUAAAAAAGCCAUUUGAAGACCAGAGCUAUGUUGAUUUUUUUCGGUAUUUCUGCCUAGUAGUUCUUAGACACAGUUGACCUAGUAAAAUGUUUGAGAAUUAAAACCAAACAUGCUCAUAUUUGCAAAAUGUUCUUUAAAAGUUACAUGUUGAACUCAGUGAACUUUAUAAGAAUUUAUGCAGUUUUACAGAACGUUAAGUUUUGUACUUGACGUUUCUGUUUAUUAGCUAAAUUGUUCCUCAGGUGUGUGUAUAUAUAUAUACAUAUAUAUAUAUAUAUAUAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-393.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -424.72
Frequency: 0.0000
Diversity: 414.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((..((((((.((.((.((((......))))))..)).))))))(((...))))))))(((((((.(((..(..((.(((((.(((((((((((..(((((....((.((((......)))).))..)))))..))))....((((((((.((((((((...))))).))).((.(((((((.(((((((...(((((...................))))).((((.(((...(((((..(((....)))..)))))...)))))))((((....)))))))))))..))))))).))..((((...((.(((((....(((((......)))))......(((((..(((........)))))))).(((((((......((((...........)))).....((((((((((((..(((((..(((((((((.((((.((((...((((((((((........((((....((((((.....)))..)))..)))).........))))))......(((.((((....)))))))............(((((........(((......))).........))))).....(((((......))))).(((((.((((......................)))))))))((((....)))).......................)))).))))..)))).))))))))).))))).............((((((((...((.........))...))))))))...((.((.((((((((.((..((((((....(((((.....)))))..((((....))))..((((((....(((((......))))).....))))))...(((((.(((((..((......)).))))).)))))......................(((((((......))))))).))))))..)).)))))))))).))....((((((((((....)))))))))).......((((((((((((((......)))))..........)))))))))...(((.........)))))))))))))))(((((((....(((((((...)))))))..))))))).((((..((((((((..................))))))))..)))).....)))))))......)))))))..))))....))).))))).........))))))).))))).)).)..)))....((((((...(((((((.(((((((.(........))))))))........(((((....((((((..((((((.(((..........)))))))))..))))))...)))))....((((((((((((((.....)))))))).)))))))))))))...)))))))))))))((((((((((((((((((....))))))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((((..((((((.(({((.((((......))))))..))}))))))(((...)))))))}((((((({,{{,,.{{{{.(((((.(((((((((((..(((((....((.((({......}))).))..)))))..))))....{,,,,,((,{{(((((,...|}|))|))}.((.(((((((.(((((((...(((((.....,.......,.....))))).{(((((((,,.{((((..(((...,|}}..)))))...)))))))||||,,,.}))})))))))..))))))).))..||,|,,.||,||{({,{{{((((({{.{{{{|,,,..,,,,((((({{({,......|,||,}}}}}.,{{{{{{,.....((((...........)))).,,,,((((((((((((.,(({{{.,(((((((((,((((,((({...,,((((((((...,....((((....((((((.....)))..))),.)))).........)))))))).,||(((,((((....))))}},..........,,|||||........,(({{{...,||.........||||......,||||.}))}).,.,,.((((..{|||,..,,|,,,,,,,,,.,,,,,,}}}})))},((((....))))....,,,,..,,,.,{,,{{..,{{||.}}||,||,|,.}}}}}}}||,||}}}...,,..,.,...((((((((...{{.........}}...))))))))...,,.{(.((((((((,(({{(((({({{{{(((((.....)))))..((((....))))..{({((({,..{((({.,...,}})}}.....||||||,|..,,||}|||||,,|,..,,.,||{|||||,)))},...,,.{{{,{{,.||{|,..,|||{{||}},,,,))))})).))))))..,}.))))))))})}))}..,,|{{{,|{||}}}.,,))))),,)}}}}}.}}|,,|||||{((((......)))))|{{....}}}}}||}|||,,,.,,.,,.,...,.},,)))))))))))){{{{|||,...{(((({{...}}}}}}}..}}}}})).,,|,,,|||,,|||,}}}},,},}},,,{{{{|,|,||||{...{{{{...,,,,,))}}...}))})),,.}))))..)}))).)))),,}}}}},.,))))))).))))).)|{((({{{{{{{(,,,({...,,,||||.,||||||}}}}}},....,,,,,,|,,......,{||{....((((((..((((((.({(,.......)})))))))))..)))))).,.))))}.,..((((((((((((((.....))))))))}}))))).,},,})}..,,}}}))))))))((((((((((((((((({....)))))))))))))))))}
Back