Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001130692.2
Sequence Length
4587 nt
GC Content
0.4297
AGGUUGUGCCCGGGACUGUGUCUGCCGAGCUCGGCGGCUGUGCCUUGGUGAGUGGAGGAGCGGCGCGGGGAGGCAGAGGCGAGCGCGGGCGAUCGCGGCGGCGGGACGUCUCCGGCGGCCGCGGCACCAGCGGCGGCGCUCUGUGUGGAGAAGCAGGGGCAGCGGCAGCAGCAACAGCGGCAGCGGCAGCAGCAGCGGCAGCAGCGGCGGCCGCCUCUCCGCCGCCGGGGACGCCAAGGUGCGGCUGGUGGCACUGACAUCGGCGGCCCUGCCUCUCCUCCCUCGCCCCCGGCCUUCCCCAUGUGAUCGGUCUUAAUCCUGGCCGUGUGUGCGCGCGUGGGGCUCCAUUCCGCGGUGCUGGGUCUCCGUGCCGGGGUGGGUGCUCGUGUGUGCGCUUCUCCUCCCCAUCCCCCUUCCCCCAAGAAUAAAAGAAGAACCGGGAGGCGUGCUCAGAAAAUAAAUAAAUAACCACCACACACGCGCAGCCCGGAGCGAGUCGGCGGGGCUGGCGGCAGCGGCGGAGGAGGAGUGAAGGCGGCGGCGGCGGAGGAGGGACGCGCGGAAAAGGCAGCAACUUUAAAGCCAGCUCAGAGCCUAGACCUCCAGCCGAGCGGUUUGCAGCGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGUUGAGUGUCUGGCCCGCCGGUCCGGUCGGGGUGUGCAGUCGGACGGACGAGCAGCGCGUCGCUGUCCUCCGGCAGCUGGAGAUGUCCGAGCCCAAGGCAAUUGAUCCCAAGUUGUCGACGACCGACAGGGUGGUGAAAGCUGUUCCAUUUCCUCCAAGUCACCGGCUUACAGCAAAAGAAGUGUUUGAUAAUGAUGGAAAACCUCGUGUGGAUAUCUUAAAGGCGCAUCUUAUGAAGGAGGGAAGGCUGGAAGAGAGUGUUGCAUUGAGAAUAAUAACAGAGGGUGCAUCAAUUCUUCGACAGGAAAAAAAUUUGCUGGAUAUUGAUGCGCCAGUCACUGUUUGUGGGGACAUUCAUGGACAAUUCUUUGAUUUGAUGAAGCUCUUUGAAGUCGGGGGAUCUCCUGCCAACACUCGCUACCUCUUCUUAGGGGACUAUGUUGACAGAGGGUACUUCAGUAUUGAAUGUGUGCUGUAUUUGUGGGCCUUGAAAAUUCUCUACCCCAAAACACUGUUUUUACUUCGUGGAAAUCAUGAAUGUAGACAUCUAACAGAGUAUUUCACAUUUAAACAAGAAUGUAAAAUAAAGUAUUCAGAACGCGUAUAUGAUGCCUGUAUGGAUGCCUUUGACUGCCUUCCCCUGGCUGCCCUGAUGAACCAACAGUUCCUGUGUGUGCAUGGUGGUUUGUCUCCAGAGAUUAACACUUUAGAUGAUAUCAGAAAAUUAGACCGAUUCAAAGAACCACCUGCAUAUGGACCUAUGUGUGAUAUCCUGUGGUCAGACCCCCUGGAAGAUUUUGGAAAUGAGAAGACUCAGGAACAUUUCACUCACAACACAGUCAGGGGGUGUUCAUACUUCUACAGUUACCCGGCUGUAUGUGAAUUCUUACAGCACAAUAACUUGUUAUCUAUACUCCGAGCCCACGAAGCCCAAGAUGCAGGGUACCGCAUGUACAGGAAAAGCCAAACAACAGGCUUCCCUUCUCUAAUUACAAUUUUUUCAGCACCAAAUUACUUAGAUGUAUACAAUAACAAAGUGACUGAGAUGCUGGUAAAUGUCCUCAACAUCUGCUCAGAUGAUGAACUAGGGUCAGAAGAAGAUGGAUUUGAUGGUGCAACAGCUGCAGCCCGGAAAGAGGUGAUAAGGAACAAGAUCCGAGCAAUAGGCAAAAUGGCCAGAGUGUUCUCAGUGCUCAGAGAAGAGAGUGAGAGUGUGCUGACGCUGAAAGGCUUGACCCCAACUGGCAUGCUCCCCAGCGGAGUACUUUCUGGAGGGAAGCAAACCCUGCAAAGCGCUAUCAAAGGAUUUUCACCACAACAUAAGAUCACUAGCUUCGAGGAAGCCAAGGGCUUAGACCGAAUUAAUGAGAGGAUGCCGCCUCGCAGAGAUGCCAUGCCCUCUGACGCCAACCUUAACUCCAUCAACAAGGCUCUCACCUCAGAGACUAACGGCACGGACAGCAAUGGCAGUAAUAGCAGCAAUAUUCAGUGACCACUUCCUGUUCACUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGCUGCGGGGCAUGAUGGGGAUUGCUGCAUAUCAGCAGUUGGAUGUUCUUGCCUCUGACAGUAGCUUAUUUGCUCUGGGGGCCAGGAAUUGGAUUCAGUUUACACUAUCAUUAAAAAAGAGGGAGAGAGAUAAUAAACUAUAUUUUGGUGGGGAUGGUGAUUAAACACCUCUUUUGGGUAUGCCUUUUAAAAAUGCUUAUAGAGAAAAAAAAUUUUAAAAAGAAAGCUAAUGCUAGUAUAUACUGCAAUGUUAGGGGAAUGAACAUGUUUUCCUACUGCAUUGGGGACUUCUAGAUAGGUUAAUGAAAGGCCUUUUAUUCUGUUACUGGACAUGAAAACUUUGUCUAAUUUCUUACUCUAUUGUACGUUUACAGUCGCAGCACUAAAAAUGGAUGACAUCAAACAUUUUUAACAAAAUGAUGUACAAACUAAGGACUAUUUAUUGAUAAUGUUUUGCUACUCUUGUCAGACAAUGGCUAUAAACUGAAUUAGGCAGUCUUAAAAAAAAAAAAAAACAGAAAAAGAAAAAAAAGAACGUUGCAAAUUUGUUAAAAUGCCAAAAAGGACAGUUUAAUUUUGUACAGAUUAUGCUUACCUCAGGUUUCUUUAGUGUGCUUGAAUGCCCUUCUUUCCAUAUAACACUUAUCUUCUUCUUAAUUCGGCAAUGGAAUAUCUUUUAAGUUUUAAAAAAACUGGAAUAAUUAUAUCUAUCUUUUUUGCCGUUUAUAUUUAGGGGUUUUUGUUGAUAAAAUCAAGUCUUGGUUGUGGCUUGCUGAAUUAAAUAUUUAUGAGUGGUGCAUUUUUAAGUAUAGUGAACAAGACACCAUAUUAAGUACAGUGAUAAAGCAUCUAUAUUCUGUAAAAAAAAAAAAAAUCUGCCUAUGCAUGUUUUUUAAGAAAAAAAAAAUGGCUGUAUCGGCCUGUAUGGGACUGUAAUGCGCUUAGUGGUCUGACAUAUACUGGAAAUGUAUGUAUACUGGCGUACUUUAUAUUCUCUAAAAUGCUUAAUGCCUUUGAAAUUUUGUAAUCAAAAAAAAGCUUUGAAAAAAUCUAAAGGGGAGAGUAUUCUUUAAAGUUUUUAACAUAAGCUUGUCAAUGCACAUGUAGAUGGUUAGCAUGUUUAGCAAACCUUGUGAAAUUAUAAUAAGUUUGUAGUUACAUGUGAAACUCUAAAUGCAUGGCAACUGUUAAUGUCAUAACAGUUUAGUUAUUUUGUUCUGUUCUGUCAUGUGCCACAAAAUAUGUACUUUUUUCACUUUUUUCCCUUUGUAUAUCAGUUACGGGUUACAACUGGUUCAUUCUGAAAACAACAACAACAAAAGUCCAUUCAUAUUUUUUAACAAUUGUAUAAGUGCCCAAGUAAUUCACUACAGCCUAAAGCCUUGCCUUUGUAAUUUGACUUCUGACAUGUUGGCAAUCAAAGCAUGCACUUGUAACAAUGAAAAAGAAAAAGCAUUUUAUAUUACUACUCAAUAAAAUGUGCAUGAACUUACAGAAUUCUCAUCCUUCCACUGAGUCCGCUGAAGGGAUUUAUGUGCACAACCACCAUGUGUCUUCUAGGUGCUGGCCCACCACCACACAUCACAGGCUGAUUUCCACAGGCUUCUUCCUAGGGGCCUCGUGAUCUGAGGGGUGGUGCCUACUUCCACUGUAAGAAAGAAUCUUGGUGGAUUUGUGUCUCAAAUCAGAUAAGAGAAGCCUGUUUAAAGAGCAGAUGCCAUCUUCUGGCUUCCUCAAGGAGCCAGUUAAAAAACCAGAGCAUUCCUUUUUAUUGAAAAAUAAAAUUAAUUUGUUAUCAGGUUGUUUCAGUUGUAUUGGAUGCCCUAUCUAUCUGCUAAAGCAAAAAGUACUAGGCUACUAAGUGCAUUUUCAUCACAGAAAAGAGUUGCAUUUGUAUUAACAAGAAAUUUGUAUACCCACGCUUCAGCUACUAUCUAAUCAUCACCCGAAGAUUUAAGAUACACCAAAUUUCAGUUUGUUUGUAACAUUGUUCAUCUUUAGUGCACUUUGUUUUAUAUAAUAAAGUAUGCCUGUUAUAUUAAAUAAUAAGAAUAUGGCAAUUAGCGAUAUAGCAUACCCAAACAAAGAUGUUCUCGAUACAGUCUGGCAAAGACUAUCCCAAGGUUAUUUUAAUGAAUUCAGACAUUUUUUCCUGUGGAUAUUUCUCCAUCCUAAAAAAAGUGGCAACCAAGGAAAAUAUUUAGAUGCAACUUACUAGAGUGAUGAUGUGAAAGAAAUGGUGAUUCUGGUAUCAUGGUGUUUAUUUUCUUUCUUAUAACUGCAGAGAAAAUAUCCUGACUAAAAAAAAUUCAUUUUUUUGGAUUCCUUUCUUUUACAAAUUGUGCUGAGGCAACUAUGGCAUAGAAAUAAACAUUUGACAUUAAAAUAAGCAGUUGAUGUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1353.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1440.70
Frequency: 0.0000
Diversity: 1099.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.((((..(((((((((((((((....))))).....((((((.(((.((((((((.(((((((((.((((((((((.(((((((((.((.(((((((((((.......(((((((((.((..(.((.((.((.((((((........))))))((.((.((.((.((....)).)).)).)).)).)).)).)).)..)).))))))))))).))))))))).)).)))).(((.((.(((((((.......))))))).)))))..(((((((((.(((((.(((.(((((..........(((((........)))))...(((((((((.((.((.(((..((.((((((.((....)))))))).))))))).)))))))))))(((((((((((((...((((..((((.................(((((..(((((..............................)))))..))))).((......))))))..)).))....)).))))))))))))))))))).))))).))))))))).)))))......(((............)))..(((((.((..(.(((((((((((((((((((..(((((.((.((.((....)).)).)).)))))((.(((.((.(((((((...))).)))).)).))).))((((((.(((((...)).)))))))))..((((((((((.(((......(((...))).....))))).))))))))((.(((.....))).))..)))))))))..(((((((((((((...)))))....((.((((.((((((((((((((.((....)))))).....))))....)))))).)))).))..)))))))))))))))...).)).).)).)))))......(((((..(((((((((((.......(((.(((....))).)))...))))))))))).....)))))(((((.........((((.(((((((((((.......(((.(((((.(((..((((.((....(((....((((((..((((((((.((((.....(((....((((.(((..((((((.......)))))).....)))..))))...)))......))))......((((((((((((((((.....)))))).))))).....)))))..(((((.((((((......)))))).))))).((((((.(((((((...(((..(((((((.(((((.((((....((((((..((.((((((.(((.((.((((.(((.((((.((((((((.(((((((((((((.((((.......)))).)).)))........................)))))))))))))))).)..((((((((.((((((((..((((.....))))...(((((((...((((....)))).(((((((((.((.((......)).)))))))))))........(((((((....((((((.(......).))))))....)))).)))........((.((......)).)).))))))))))))))).))))))))..(((..((((........)))))))(((((((.............(((((((.....(((......)))............))).))))(((.(((((........(((.(((((....))))).)))))))).))))).)))))..))).))).)))).)).)))..)))))).))...))))))..))))......)))))....)))))))..)))......))))))).))))))..))))))))))))))(((((....)))))....)))..)))))).)))((..((((.(((..(((((....)))))..))).))))..))...))))).))))))))))))))))))))))).(((....(((.(((.((((...(((((...)))))....))))))).)))....))).))))))(((....)))..))))))))).))))...)))..)))))))).))))))((((......)))).....(((.((((((((..(((((....((((((((((.((((((((.((.....)).)))))((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((.((....((((((((.....))))))))......)).))))))...(((.(((......))))))((((..(((((((((((..(((((.((...(((.(((...((((.(((((.........((((.....))))(((((.((((......))))))))).......((((((((.....((((((..((((..................(((....)))........((.(((((((((((((((......)))))))))..)))))).))..))))..))))))...))))))))))))).)))).))).)))...)).)))))..)))))))))))..)))).(((((((((....((........((((((((..((....))..)))))))))).....))))))))).....((.(((((..(((((((.((......))..)))))))..)))))))..............)))).)))))))))))))))))).))))))))))))....))).))))).....)))))...)))))...(((..(((.((((((.....)))))).)))..)))..(((.((((((.(((((((((((((................(((((((.......(((((((((((((((((((...(((.((((((...)))))).)))....))).))))).......(((.((.......)).)))......((((...))))((((........)))))))))))))))......)))))))..))))..))))))))).)))...))).)))........(((((.((((.((...)).))))))))).......(((((((.(((....))).)))))))...............))))).))))))(((.((((.((((((((((((((((((((((........((((((((((.((((......))))..)))))).)))).(((((((..(.((((((..(((((....(((((.......))))).))))).)))))).).))))))).....((((((.......)))))).....(((.((((((...((((.((((((...((((((.((((.........))))))))))....))))))..)))).....)))))))))(((((((......))))))).....((((((((...((.(......).)).)))))))).((((((((...........(((...(((.......)))))).(((((((((..((.(((((.(((((.....(((.((((((.......((((((....(((((((((((((....(((......))).((.....)).(((((..(((.............)))....))))).........)))))))).)))))....))))))..(((((((((...........))))))))).......(((.(((....((((.........))))....)))))))))))).)))((((((((((((.(..((((((.((((..((((((((.((.((.((((((((((.....((..(((......))).))))))).))))).)).))))))).)))......))))...)).))))..).))))))..))))))(((...........)))....((((((...))))))((((..(((.((((((((.....))))))))..........)))))))....(((((((....))))))).....))))).))))).))..))))))))).((((((...))))))..(((....)))))))))))))))))))))))))))))......)))).(((((...(((....(((.(((((((((((((.........((....))...(((((((((.((....)).))))..)))))...))))))))...))))).)))....)))...))))).....((((((((......)))))))).((((((((.((((....))))..)))).))))....((......))...)))).)))...........))))))))))))))..)))).......(.(((((((((((...(((((((((((((...(((((......))))).....))))))))(((....((((((..(..(((((((....(((((((((.((.((.........)).)).))))))))).....)))))))..)..)))))).....)))(((((((..((((.....(((((((.....)))))))))))...))))))).......((((((.((....))..))))))..........)))))))))))))))).)...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((.((((..(((((((((({((((....))))}({{({((((((.(((.((((((((.(((((((((.((((..((({..{{(,,(({,.,||((((((,(((((((((((((.(((({,({..,,||,|||||{((((((........))))||((.((.((.((.((....)).)).)).)).||.{{.||,|({{(.((.{(.((((((.{.((((((((({(...,}}.(((.((.(((((((.......))))))).))))).,(((((((((.(((((.((,{(((((..........(((((........))))).,,{{(((((((.{({((,(((,,((.((((((.((....))))))))})))))),,)))})))))))|((((((((((((.,,({((..((((.................(((((..(((((..............................)))))..))))).{{....,.)}))))..)).))....)).))))))))))})))))))).))))).))))))))).{((((...,{((,,.....}}}}.{{(((.((((.{.({.,......,..))}))))))))).,.))))),))))))})).))}))),)).))))))..)}})}}}|||(({{,,,||},||||.|..,,.{||{||,||||..||,}}}}}})))))}))}})))).))))))))))))){{{(({..(((..,({,{{,,.,,|(((((.....))))}},(((((((({.((.((((((((((((((((((...)))))....((.((((.((((((,,(((,(({(,....||,,,}.....)))),,,.)))))).)))).))..))))))))...))))).))..(((({...,....,,..}}}},{{.(((((((((((...,,..(((.(({....})).))))}.)))))))))))..}}..((((((((({....}))))))))}((((((((((.......(((.(((((.,{{,((((,.,{{{,,{((,{{,((({{(,,((((((((.((((.....{{{....((((,(((..((((((.......))))))...,,)}||,)}}},..,,,......))))....,.((((((((((((((((,...,)))))).))))).....))))).,{((((.((((((......)))))).))))}.{(((((.(((((((...(((..(((((((.(((((,{((({..,{(((((,,({.((((((.(((.((.((((.(((.(((,.{(((((((.(((((((((((({.{(((.......)))}.)},}}},,,...............,,,...)))))))))))))))}.|,,((((((((.((((((((,{{{,.(((((((((......{(({,,.(((({...,.......,.))))}.},.})}.....))))))))),|.,..,.....(((((((....((((((.{......}.))))))....))))}})}..,,,...,,.{{......}}.,).....))))))))))).)))))))}.,(({.,((((........)))))}}((((({{.........{{,.(((((({{,..((((((.,.(((.....,,,,),)))))).)}.).)))))).))},||{{(((.(((((....))))).)))....))),})),,))))..))).))).)))).)).)))..)))))).))...))))),..))))......})))).}}.,,)))))..)))......))))))).))))))..)))))))),)))})||}||{{,..||||,...|||.,|,||}}.,,,||,,{|||.{{|,,||{||,...})))),.))).))})..))},,))))).)))))))))))))))))))))).......,,|||.,.||{{{|..,|||||..})))))...{|,.,,,..,,...}}.,))))))))})...,.)))).))))))))).))))...)))..)))))))).))))))((((......))))...,}|||.,(((((({..(((((.,,,(({{{(({{{.{{{|((({,||.....)),))))|(((((((((((({((((((((((((((((((((((((((((.((....((((((((.....))))))))...,,,)).))))))...(((.(((......))))))|,|,|{{|,,.||||((((((((({.,.,,,,,.,.....((((.{((((({,,.....((((.....)))){((((.((((......)))))))},.,{{,,.((((((((.....((((((..((((.......,,.........(((....)))........((.(((((((((((((((......)))))))))..)))))).))..))))..))))))...))))))))....},}||,.,,..{{||{|.}.,.....)))))),))))),.)))).(((((((((....{{........((((((((..((....))..)))))))),,.....))))))))}.....{{.(((((..{((((((.((......))..)))))))..))))))}.))))))))))}..)))).)))))))))))))))))).))))))))))))),..))}.})))).....}||||...||||}...{({.|{{{|{,,{(({.{(((((.{{(((({...,..(((.((((((.((((((((((((({{..............(((((((.......{((((((((((((((((((,..(({.((((({...}))))).}))....})).))))}.......{((,,,.......})}))}...,,,||,,...},||{(((........))))))))))))))}......)))))))).)))),,,}))))))).)))...))).)))....,,..,,.,,}}|,,}}}}},...}}.))))))..,},..,,,|||,}|||}}..}||,}||||{{.....,,}}},.,,||||||.|)))))(((,((((..{{,((((((((((((((((((,,,,,,,.,,,,,,|||||||.....,||||}}..||||||.,,|,.{{{((,,..|,|{{{{{...{(((,...,||||....,,,||||},||||}.|}}|||{},}}}}})}.,,,,{{||||,,.....)))))){{{..(((,{{{{(({,.((({.((((((...((((({,((((.........))))))))))....))))))..}})))}}..))))))))|(((((((......))))))),....((((((((...((.(......).)).)))))))).((((((((,..........{{(,,,(((.......}}}}}|.(((((((((..((.(((((.(((((.........,{{{.,.,.,...((((((....(((((((((((((....(({......)}}.{{.....}}.,(({{,{((,....,{,,......,}.}}}))}},.,,,,}},.)))))))),,))))...,})))},..(((((((((...........)))))))))|,}|}.,|||{(((..{{(((.......,{,{|||{{{.,,,,,,))))))},))|(((((((((((.(..((((((.((((..((((((((.((.((.(((((((((,.....((..(((......))).})))))).))))).)).))))))).)))......))))...))}}}))..).))))))..)))))|{,,......,,...))))}..||||.,.,,|||},|{{||..|||.((((((((,....))))))))..........,},)}}}}.,,|{(((((....)))))},.....))))).))))).))..))))))))).,{({{|.,,})})))..|{{....)}))))))))))))))))))))))))))).,},..}}}}.(((((...(((..{{(((.(((((((((((((.........((....))...(((((((((.((....)).))))..)))))...))))))))...))))).))},}}.)))...))))).{,|,((((((((......)))))))).|||{(((({({{{....}}}}..}}}}|)))}....||.}}}}.)),..}}}}.}}}.,},}}}}}}.))))))))))))))..)))),,,....(.(((((((((((...(((({((((((((...(((((......})))).....})))))))({{...,((((({..{..{{(((((....(((((((((.((.((.........)).)).))))))))).....))))))},,|,,||||},.....})}|||||||,,|{{{...,,{((((((.....}))))))))}}...}))))}}......,((((((,((....)).,))))))}.........)))))))))))))))).)...,),,....
Back