Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001130713.3
Sequence Length
3491 nt
GC Content
0.5185
GAGAAGCAGUGGGGAGGCGCAGCCGCUCACCUGCGGGGCAGGGCGCGGAGGAGGGACCCGGGCUGCGCGCUCUCGGGCCGAGGAACCAGGACGCGCCCGGAGCCUCGCACGCGGCCAAGCUCGGGGCGUCCCCUCCCCUCGGCCGGGCGAACUCAAGGGGCGCAGCUCUUUGCUUUGACAGAGCUGGCCGGCGGAGGCGUGCAGAGCGGCGAGCCGGCGAGCCAGGCUGAGAAACUCGAGCCGGGAACAAAGAGGGGUCGGACUGAGUGUGUGUGUCGGCUCGAGCUCCGGGCAGAGGCAUUUGGGCCCGAGGCCCCCGCUGUGACUCCCCGAGACUCCGCAGUGCCCUCCACUGCGGAGUCCCCGCGCUUGCCGGCAAAAACUUUAUUCUUGGCAAACUUCUCUUUCUCUUCCCCUCCUCCUCGGCCCCCAUCUUCUGCUCCUCCUCCUUCUCUAGCAGAUUAAAUGAGCCUCGAGAAGAAAAACCGAAGCGAAAGGGAAGAAAAUAAGAAGAUCUAAAACGGACAUCUCCAGCGUGGGUGGCUCCUUUUUCUUUUUCUUUUUUUCCCACCCUUCAGGAAGUGGACGUUUCGUUAUCUUCUGAUCCUUGCACCUUCUUUUGGGGCAAACGGGGCCCUUCUGCCCAGAUCCCCUCUCUUUUCUCGGAAAACAAACUACUAAGUCGGCAUCCGGGGUAACUACAGUGGAGAGGGUUUCCGCGGAGACGCGCCGCCGGACCCUCCUCUGCACUUUGGGGAGGCGUGCUCCCUCCAGAACCGGCGUUCUCCGCGCGCAAAUCCCGGCGACGCGGGGUCGCGGGGUGGCCGCCGGGGCAGCCUCGUCUAGCGCGCGCCGCGCAGACGCCCCCGGAGUCGCCAGCUACCGCAGCCCUCGCCGCCCAGUGCCCUUCGGCCUCGGGGGCGGGCGCCUGCGUCGGUCUCCGCGAAGCGGGAAAGCGCGGCGGCCGCCGGGAUUCGGGCGCCGCGGCAGCUGCUCCGGCUGCCGGCCGGCGGCCCCGCGCUCGCCCGCCCCGCUUCCGCCCGCUGUCCUGCUGCACGAACCCUUCCAACUCUCCUUUCCUCCCCCACCCUUGAGUUACCCCUCUGUCUUUCCUGCUGUUGCGCGGGUGCUCCCACAGCGGAGCGGAGAUUACAGAGCCGCCGGGAUGCCCCAACUCUCCGGAGGAGGUGGCGGCGGCGGGGGGGACCCGGAACUCUGCGCCACGGACGAGAUGAUCCCCUUCAAGGACGAGGGCGAUCCUCAGAAGGAAAAGAUCUUCGCCGAGAUCAGUCAUCCCGAAGAGGAAGGCGAUUUAGCUGACAUCAAGUCUUCCUUGGUGAACGAGUCUGAAAUCAUCCCGGCCAGCAACGGACACGAGGUGGCCAGACAAGCACAAACCUCUCAGGAGCCCUACCACGACAAGGCCAGAGAACACCCCGAUGACGGAAAGCAUCCAGAUGGAGGCCUCUACAACAAGGGACCCUCCUACUCGAGUUAUUCCGGGUACAUAAUGAUGCCAAAUAUGAAUAACGACCCAUACAUGUCAAAUGGAUCUCUUUCUCCACCCAUCCCGAGAACAUCAAAUAAAGUGCCCGUGGUGCAGCCAUCCCAUGCGGUCCAUCCUCUCACCCCCCUCAUCACUUACAGUGACGAGCACUUUUCUCCAGGAUCACACCCGUCACACAUCCCAUCAGAUGUCAACUCCAAACAAGGCAUGUCCAGACAUCCUCCAGCUCCUGAUAUCCCUACUUUUUAUCCCUUGUCUCCGGGUGGUGUUGGACAGAUCACCCCACCUCUUGGCUGGUUUUCCCAUCAUAUGAUUCCCGGUCCUCCUGGUCCCCACACAACUGGCAUCCCUCAUCCAGCUAUUGUAACACCUCAGGUCAAACAGGAACAUCCCCACACUGACAGUGACCUAAUGCACGUGAAGCCUCAGCAUGAACAGAGAAAGGAGCAGGAGCCAAAAAGACCUCACAUUAAGAAGCCUCUGAAUGCUUUUAUGUUAUACAUGAAAGAAAUGAGAGCGAAUGUCGUUGCUGAGUGUACUCUAAAAGAAAGUGCAGCUAUCAACCAGAUUCUUGGCAGAAGGUGGCAUGCCCUCUCCCGUGAAGAGCAGGCUAAAUAUUAUGAAUUAGCACGGAAAGAAAGACAGCUACAUAUGCAGCUUUAUCCAGGCUGGUCUGCAAGAGACAAUUAUGGUAAGAAAAAGAAGAGGAAGAGAGAGAAACUACAGGAAUCUGCAUCAGGUACAGGUCCAAGAAUGACAGCUGCCUACAUCUGAAACAUGGUGGAAAACGAAGCUCAUUCCCAACGUGCAAAGCCAAGGCAGCGACCCCAGGACCUCUUCUGGAGAUGGAAGCUUGUUGAAAACCCAGACUGUCUCCACGGCCUGCCCAGUCGACCCCAAAGGAACACUGACAUCAAUUUUACCCUGAGGUCACUGCUAGAGACGCUGAUCCAUAAAGACAAUCACUGCCAACCCCUCUUUCGUCUACUGCAAGAGCCAAGUUCCAAAAUAAAGCAUAAAAAGGUUUUUUAAAAGGAAAUGUAAAAGCACAUGAGAAUGCUAGCAGGCUGUGGGGCAGCUGAGCAGCUUUUCUCCCCUCAUAUCUGCGUGCACUUCCCAGAGCAUCUUGCAUCCAAACCUGUAACCUUUCGGCAAGGACGGUAACUUGGCUGCAUUUGCCUGUCAUGCGCAACUGGAGCCAGCAACCAGCACAUCCAUCAGCACCCCAGUGGAGGAGUUCAUGGAAGAGUUCCCUCUUUGUUUCUGCUUCAUUUUUCUUUCUUUUCUUUUCUCCUAAAGCUUUUAUUUAACAGUGCAAAAGGAUCGUUUUUUUUUGCUUUUUUAAACUUGAAUUUUUUUAAUUUACACUUUUUAGUUUUAAUUUUCUUGUAUAUUUUGCUAGCUAUGAGCUUUUAAAUAAAAUUGAAAGUUCUGGAAAAGUUUGAAAUAAUGACAUAAAAAGAAGCCUUCUUUUUCUGAGACAGCUUGUCUGGUAAGUGGCUUCUCUGUGAAUUGCCUGUAACACAUAGUGGCUUCUCCGCCCUUGUAAGGUGUUCAGUAGAGCUAAAUAAAUGUAAUAGCCAAACCCACUCUGUUGGUAGCAAUUGGCAGCCCUAUUUCAGUUUAUUUUUUCUUCUGUUUUCUUCUUUUCUUUUUUUAAACAGUAAACCUUAACAGAUGCGUUCAGCAGACUGGUUUGCAGUGAAUUUUCAUUUCUUUCCUUAUCACCCCCUUGUUGUAAAAAGCCCAGCACUUGAAUUGUUAUUACUUUAAAUGUUCUGUAUUUGUAUCUGUUUUUAUUAGCCAAUUAGUGGGAUUUUAUGCCAGUUGUUAAAAUGAGCAUUGAUGUACCCAUUUUUUAAAAAAGCAAGGCACAGCCUUUGCCCAAAACUGUCAUCCUAACGUUUGUCAUUCCAGUUUGAGUUAAUGUGCUGAGCAUUUUUUUAAAAGAAGCUUUGUAAUAAAACAUUUUUAAAAAUUGUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1175.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1236.68
Frequency: 0.0000
Diversity: 1211.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((((((((((((.(((((.(((.(((((((((((((.(.((.((((...((((((((.(((....((((((((....(((..((((((.((((...((.....))...)))).))))))..)))..)))))))).(((((.(((..(((((.(((((((.(......).)))))))((((((...(.(((.....))).)..))))))(..((.(((((((...))).)))).))..)......(((((.((........((((.((.(((((.....))))).)).)))))).)))))(((((((((((.((.(((((.(((((((((((((((.....))))))))))))((((((.(((((((......................((((((((((.((((.....((.((((((.(......((((((..............))))))......).)))..))).)).......)))).))))))))))......(((((((...(((((..(((.(((.....((((((........................))))))....))).)))..)))))....))))))).....((((.(((......)))))))...((((......)))).((..((((((((..(((((((...(..(((....)))..)..)))))))..........))))))))..))((((((((.((((((..(.(((((((((........))))))).)).)............))))))))))))))........))))))))))))).))).))))).)).).)))))..)))))((((.(((((...))))))))))))))..)))))))))))...)))))))))).)).))).)))))))...)))))).))).))))).)))))))..)))))(((..(((((..(((((((.(((((((((...((((..((((.(((....))).))))..))))))))))))))))))))..)))))..)))(((((((((((((...(..((((..........(((((....................)))))...............((((......))))))))..).))))))).))))))((((((((((.((((((((((((((.(.((((...)))))))).)))((((.((((.........)))).)))).(((.((((((.....(((((.((((((....)).))))..))))).....))).))))))((((..((((((.....(((((((((.................))))))))))))).))..))))......))))))))(((((...(((.((((.(((...(((((((.......((((..(.(((............)))).)))).......(((((((((((((.((.((..(((((.((((......))))..)))))..)).))))).))))((((((((...(((((((.((((((.....(((........))).....(((((.....(((((((((((.((((.((......(((((((((((((..........))))).)))..(((((.........(((.(((((...))))).)))...........)))))............(((((......)))))............(((.(((((..(((........).))..))))).))))))))........)))))).)))))).).)))).)))))...(((((....)).)))........)))))).......((.((....)).))....(((((((((((...........((((((.(((((((.((((((..(((.............)))....)))))).((((...(((....))))))).........((((.((((((((((........(((((...(((((((.((.....(((((((((...)))))))))((((((((((((((.(.((((.((..((((((.........))))))..)).)))).).))))...(((....(((((.(((..(((.(((((..((.((............))..))..)))))..)))..).)))))))...)))(((((.....))))).((((.....))))......((..((((((.((((((((((((((((((..((((((....(((((((((((.((((((..........(((((((....((....((((.(((.....(((.....)))))).))))...))...))))))).......)))))).....(((((..((((((.(((.......(((.(((((.(((((((((((.((((...((.....))...))))..................(((...(((.(((((((.........(((((.................)))))))))).)))))...)))...((((.....(((((........)))))......)))).......((((........)))).))))))))))))))))))))))))))))))))).....)))))).))))).......(((((...))).))....)))))).......((((((((.((.(((((((((.((.(((((......).)))).)).)))).((.....))...(((((.(((.((((...)).)).))).))))).))))))).)))))))).....))).)))))))))))))))))))))))....))))))))))......(((((((((.....)))))))))..(((((((((((((((.....)))))..(((....))).........((.(((.....))).))(((.((((((((((......)))))))))))))..))))))))))......((.((((((((...)))))))).))(((((...)))))....)).))))))).))))).....((((.....))))))))))))..))))))...))))))))))))).((((...........))))....((((((..((((((.((.....))............(((((.........((((((.................)))))))))))...((((((((((....(((((...(((((.(((((.....((.(((.................(((((.........)))))...))).))...))))).)))))..)))))...)))))))))).......)))))).)))))).....))))))))))).....)).))))).)))))))).............(((((((...))).))))........)))))).....)))))))...))).)))).)))....)))))..................))))))))))...............)))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
((,((((,{(((((((((({((((((((.,{{{(((((,(((({({{((((((((....(((((((({,({{{{.((((((((.....(({{((,(((,((((.,.((.....))...))))}))))))}},,...))))))))|||.,,,{{{,{||{||}||||||(,{{.....,,)))|||,((((((...(.(((.....))).)..)))))).}}}..(((((((...))),})))(((({.((((,(((((.,(.{{{((,({,{,(({((((..{{{(.,(((({,({{(({,,,(((({.,,||}||{,,.}||,.}},}}}|.((((((((((((.....)))))))))))).,,},}}|||||||}|....,..,,},}}}))),.,|||||||||{.{|||,,.,}||}|||{||.,,{{{,,((((((,,,.,,,,,,,,,,}|||}|.....,|.|||{||||,||,.....,||||,|}}}||||||,,,,.,((((((,...((({(,,(((.(((.....|||{{{.,,,.,,,,,,,,,,.,,,,,,,,))}}||,,,.}}),)}),.))))),},,})))))).....{(((.(((......))))))}.,}||||,.,,..)))).||..((((((((..(((((((...(..(((....)))..}..)))))))..........))))))))..}}((((((((.((((((,,({(((((((((........))))))).)}.,........}...)))))))))))))),|,..,,,{{{|||.|||||(|{{(({(({((((..((((((..{{..{((((.(((((...))))))))))})))))).)}}))),||{..{(((({{((((((.(({((.(((....))))).))})))))).),}))))..}))}})))))}.(((((..(((((((.(((((((((...{(((.,((((.(((....))).)))).,))))))))))))))))))))..)))))}}}))|||{|||||{{||...|},|||||.,....,,,,||||........,,,,....,,,,)))))..,,,,{,{{..,,{((((,.,,|||,|||,}}.}),})})))),)))))),..}}}}}|{|||||}}}|{{{{{..(((....))),,)),)}}||}|||{(((((((((,(((...((({({{{(((.,({({,((({,(((((.,{{{{|,,,,}),)))),.||}|}....{{||||,...}|||||.{{{|{{,,,..(((((((({{{{,,......,|||..|}}}}})))||||,.,..|{||{,.,||{|{,{(((({,(..,||.,.)).|})))}),|||..||.,....,{{((.,(.(((.,..........)))}.}}}}.......||||||((({,{{.((.{(..(((((.((((......))))..)))))..}).}}|}|.}}})|(((({,...,|,||}}...,,,|,.,...{{{,,,,....}}}..,}))}))}},|{{((..........}}}},,,,........}}},))))))))}}}...}}}...}.||}}}.,||,....,,,,,(((.(((((...})))).))).....,,,,..,||}}....,}}|}...(((((......)))))............(((.{(((,..,||}}},}.,,}},}},)|,,,.,,,..,.,.,,,,,,,}))}}}})))))|||}|||},||{|||,|{,,,,...,)).)))}}},,}}|||,..,}.}}}}.||}|||}}}|)|)},,..(((({((({{{......,,,.}||||||}..,,,,,,((((((..(((.............)))....)))))).{(((...{({....}}}))))....|}}}|||||}|||||||,.,....,,,,,,.,,...,{,.{,{(({.,...(((((((((...)))))))))...},))})}(({{.{.((((.{{,,((((((,{...,,,.}))))),,}|.}}}|.|,}}}},|||||}}}}|||||.,||}}|||}}||||..}|}|.}|||,...........,},,},,||..|}|{{|{{||,|||{.{{{((({{{,.{{,{{{{{{({{(,,,,,|{{|,,...,((,,(((((((((((((((((((((((((,,,,{,(({{..(((((((((((.((((((..,...,...(((((((....((....((((.,((,,...{,......))})},.))))...))...))))))).......)))))).....(((((..((((({,(((.......(((.((({(,(((((((((((.((((.({((.,...||...,.||....,,......,},)}.})))}}||{.{{(((((..,......,,{{,........,........}}}},))))).}})}}.,,}|,...{(((.....(((((........)))))......)))}.......((((........)))).))))))))))))))))))))))))))))))))).....)))))).))))).}}}}..({(({,,,|||,......,|}}},.,,.,..||{{{||{.((,,{{{(((((.((.(((((......).)))).)).))))){{.....}}...(((((.(((.((((...)).)).))).))))},|||},.}}))))})}}..,,.,||,|}}}}}}}}}}}}}}}}}}}},,,,,,{|,....{{{{{.,,.(((((((((.....)))))))))..,.}}}}|.,((((,,..,,,)}}}}|.,,,....}}},,,}..,,,||,|||.....})),}}||,.((((((((((......))))))))))}))}})))},,}}}},|}}}}{{.,.,.(((((((..(({...,{.(((({...}))))}}.})).))))))),|||||,,,{{{{{.,{{{||,{{.(((......)))}}))),})))))))}}}||,{{{{,,,,..,,,,.|}|||{{,{{,{,,,,|||}}}.|},,}}})}}},..}}}},,,}}}}.,}},,,}}}}}||||,,,}}}}}}},,,.,..,,,,,{{{{{{,..,,{{{,(((,....|||{,,,}|}}}}}{((((....}}}}}.,....,,,,},}.....,|||||.....}}.,)))),,,,}|,.,|,,,,,},,,)}},,,,,))))},.)))),)))))))).,,..))||..||{{||{{.,.{||||||||,,...},)}.)))),}),)).)))}}|,,||,,,,,.(((((((...)))}}}))......,||}}.}}},...}}}),}}....||||||,.}}.{{|||||,|{{{.{{{{|,..,)))).)))),)),.....}}}}}.....}})}))...
Back