Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001130715.2
Sequence Length
2267 nt
GC Content
0.4089
AUUUGUGGUGAGAUUCUCUCCCAGGCCACAAGACAUUUCCUGCUCGGAACCUUGUUUACUAAUUUCCACUGCUUUUAAGGCCCUGCACUGAAAAUGCAAGCUCAGGCGCCGGUGGUCGUUGUGACCCAACCUGGAGUCGGUCCCGGUCCGGCCCCCCAGAACUCCAACUGGCAGACAGGCAUGUGUGACUGUUUCAGCGACUGCGGAGUCUGUCUCUGUGGCACAUUUUGUUUCCCGUGCCUUGGGUGUCAAGUUGCAGCUGAUAUGAAUGAAUGCUGUCUGUGUGGAACAAGCGUCGCAAUGAGGACUCUCUACAGGACCCGAUAUGGCAUCCCUGGAUCUAUUUGUGAUGACUAUAUGGCAACUCUUUGCUGUCCUCAUUGUACUCUUUGCCAAAUCAAGAGAGAUAUCAACAGAAGGAGAGCCAUGCGUACUUUCUAAAAACUGAUGGUGAGUCAAUGCAAACAUGCCUCUCAGAACAUGUGGGUUUUUAGAAAUAUCACUAAAGACUUUGUCAAUUAUUUGUUGUUUUGAAUAAUUCAGCAAUAACUAUUUCUUAAGUCUCCUGAAGUGCUAUCAUAAUAUCAAGAUUGGCUUUAAUUUUCUUCUUAUGAAGAAGAUAGCUCUAUACUUUGAAACCAUAUUUUAGUAAAUAAAGGAAUGGUGAAUUUUCUAAACUUCUCAGAAUUCUGGUGAUCUAUUAAGGAAGCACUUACCACUUGUAAAAUACCAGAGUAUGGUGAGAUACAAAAGAAUUAGAAAACAUGUUCCCUGCUAAGACAAACAAGUUGACAAAAGGAAUUCGUAAAUAAUUAUAAAAUAGAAGAGUAAAGAAAAUAACAUUCUGUAUGAUAUUUGGAUUGAUUGUGGCAUAAAGCAUCUAUCAUAGCAAGGUGAGGUUAAAUAGAAAACUCCUGUUGGAGAAGCUGAACUUUGAAAGAGGUGAACAUAGAAUUUAGAAUGUUUGGAAAUGUUAUAUAGAAUUAACCAUCUGAAAUUCAAUCAAGUCAUUUUCAACUAAUUUUUCUCAGGACUAUCUAUUGAGGAUGUAGUUAAGUAGAAAUCAACAUGACUUACUCCAUCCCCUGUAGAAUAUAUAUUAAGUAUGGGAAGAACACAAUUUUUCUACUCUUUGUAAUAUCCAGUUUCCUUCCUGAAGUGAUAAGGACUCUGUAUGGGUUAAUAAAAAUAACUCUUGGGAGAUACGUAAAAAAAUGUUCAUUUACUUAGCAAGUAAUGUAUUAAGGAUCUAGGAUCAAGUAUAUAUUAUCUUAGCAACUAAUGUAUCAAUGUAUCAAUAUCUAAGACUAGGUAAGAUACUGUUAGGUAUUGUAGUAGGGUUGGGGAGCAAGAUAAAUAAGCUAGUCCCUCUGUCAUUAUAGAAUUUAUACGAAAAAGGGGGAUUAGACAAACCCCUAACUAAAAUGCAGAAUUCAAUUAAUGCCUAUAGACAAAGCGGUAUUUUAUGUUCAGAGGAGGAAAAGAUCACAUCUUGUAAGAUGUAUAGGUGAAAGUUUCUUGAAAGCAGUGAUUUUUAAUUCUAAAGGGGAAGUGCGUAUUAGUUCUCAACAAGAAACAGAUGGCACUCAAACUGUGAUAGUUCAAAGAUUUAAUGAAGACUAAUUAUAAAGGUGUGGGUGGGGCAUUGUAGGGAGAUGACAAGGGAUGGCAUAAUAACCUGCCUGGCAACAGCCCCAGGGAGGAGAAGAGGGAGCAGUGACCUGAAUCCUUAAGGAGAGAGCUGUGUGAAGAGGCCUGCCCUGAAAGAAACAGUAUCCUCUCAAGAGAGGGUUGUGAGCAGCCCGAGGCAACCCAUAGAACUGAAAAAGUACCCUGACCUCACUUUCGGAUGUCCUUCUGGUUUUCCCAUUGGCUGAACCCACCAGAAAGGCAGAGGGCAGCAAAGUGUCACGGUAGUCCGCAGGUCGCUUCCCAGGGCACACAGCAGGAUGGUCAAGGGAGUAAGUAAAUCAGAUAGGGGCAAACAGAGGAUCACUGACUCAAGAUGUGGUUUUAAUUAAUAGAAAUGGAGGCUGAGUGCAGUGGCUCACACCUGUGAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGCAAGAGGACUGCUUGAACCCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGGGAACAUGUUGAAACCCUGUCUCUUGAAAAAAUACAAAAAUUAGCUAGGUGUGGUGGUGCACGCCUGUAGUCCCAGAUACUUGGGAGGCUGAGGUGGGAGGAUCACUUGAGCCUGGGAGGUAGAAGCUGCAGUGAGCUAUGAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-638.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -679.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 525.49
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((((...))))....)))))))((((.((((.....))))...))))..........((((((......(((((((..((.........))..)))).)))(((..(((.(((..((((..((((...(((((((.(((.((((.(((((((((((...((((...(..((.((((((.(((....((((((((((((..(((...(((((((((..((((((.(((.((((((.((((....(((.((((((((..((((((...((.(((...(((...(((.((.(((((((((((.......((...((.((((((((((.(...........).)))).))))))))...)).......))))))))))))).)))..))).....))).))...))).((((((((.(((...))..............((((.(((((((((.(((..(((..((((((...(((...((((((((((........))))))))))))).......(((((((..((((...)))))))))))(((((((((..(((((((..((((((.((((............((((...(((((((((....)))))))))))))(((((((((...(((((.(((((.....)))))..)))))....(((((((((((((..((((((((((..(((.((((((.(((.((((((..(((((...(((((.....)))))...)))))...(((((....((..(((((.......(((......))).......)))))..))...))))).....((((((..((..........)).)))))).......(((...((((....((.....))....))))...))))))))).............((((....))))..)))...)))))).))).....)).)))))))))))).))))))))).((((........))))....(((.......)))((((...((((...(((((((....((((((((......(((.(((((((.((........)).)))).)))))).((((((.((((((...(((.(((..((((((((......))))))))..))).)))..........(((((((((((((((...(((.(((((((((((((.......)))))).((((((((((((......))))..)))).))))(((((((((((((....((((...))))....)))))))).))).)).((((..(((((((((((((..((((((....)))))).))))).))).)))))..))))..((((((((...............(((((((((((.....((((.....))))......)))))))))))......))))))))...))))))).)))....((((((............)))))))))).))))).))))))(((((((((..(((.(((((................))))).)))..))))))))).)))))).))))))(((((.......((((.....)))).......)))))........)))))))))))))))...)))))))).......)))))))))))))))))))...)))))))...)))))))))........(((.(((((........))))).)))....(((((..(((....)))..)))))...(((((.(((((......(((.....))).......)))))...)))))..))))))..)))..)))(((...)))..........(((.....)))....))).)))))).)))).).))))))))...)))..))))))))))).))))...))))))..))).)))))))))))))))))))))))).))))))...)))..))))))))..)...))))..)))))..............((((...((((..(((((((((((((.(...(.(((((........))))).)...)))))).)))))).))....))))..)))).....)))))).))))..)))..).))))))(((((((......))))))).))))..))))..)))...))).)))(((((((((....................((((((((......))))))))....(((((....)))))(((((.((((((.....)))))).)))))))))))))).....)))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{((((((....{{{{(((((((((..((((..,(((((({(((((..{{,.{((((((.((((((.,,{,,.....(((((((..((,......,.))..)))).)))(((((((,...,))))..})}{(({(((((.,{,,,.|}})||,||{{|,|||||..,{(|{...{..((.((((((.(((....((((((((((((..{{{...(((((((((..((((((.(((.((((((.((((....(((.((((((((..(({.(,,((((,(((....||.,}|||}||,(((((((((((.......{{,..{(.((((((((((.{...........).)))).))))))|)...}}...,,..))))))))))),|{||{{.,,,.....)))}))...,,,.((((((((.({(,..||,,............{{((.(((((((({.{((..(({.,((((((.,.,{{...((((((((((........)))))))))}}}},......(((((({..{{{,...,}))))))))}(((((((((..(((((((..((((((.{(((....,,,,,,,.((((...(((((((((....))))))))))))}{{{{{{{{|,,.(((((.(((((.....)))))..))))),,..(((((((((((((..((((((((((.,(((.((((((.(((.((((((..(((((...(((((.....)))))...))))}...,{{{,....,,..{((((,{.....(((......))).......))))}..,|...|}|||{{...{(((((..{{..........,,.))))))}}}}}},||{...{(((.{,.{{.....)),,,.))))...}}})))))),,,..........((((....))))..)))...)))))}.,})}}}..}).)))))))))))).))))))))).,||,....,,,,},,|,,|,|{..,,}}.....((((.,,((({...(((({((,,..((((((((..,||,(((.({(((((.((.|......)).))))}}})))).((((((.((((((.,{(((.(((..((((((((......))))))))..))).})),}},.....{(((((((((((,,,,...{((,((({{{{((((((.......)))))).{{({{(({((((......}}}}..,}}}.},,.(((((((((((((....((((...))))....)))))))).))).)).{({{..{{{{{{{|(({{(..{(((({....}))))}.}}}}},|||,}||}|,,||}}..((((((((.,.............(((((((((((.....((((,...,))))......))))))))))).....,))))))))...})))))}.}}}....{{||||,.........,,)))))))))).))))).))))))|{(((((((..(((.(((((................))))).)))..)))))))),.)))))).)))))){((((.{{{,.{((((.....}))),).}))))))))},...,,.))))))))}})))}}...))))))))..,,,,.}}))))))))))}))))))...)))))))...)))))))))........(((.(((((........))))).)))....{((((,.(((....)))..)))))...(((((.(((((......(((.....))).......)))))...)))))..})))||,,||}..}))|||...)))..........(((.....)))....)))}}))))).)))).}.))))))))...}))..))))))))))).))))...))))))..))).)))))))))))))))}))))))))}})))))...)))..)))))))).,}..,))},.}))))).})))}}}.{(((((((...{((({.{{.(((((((((({,(...(.(((((........))))).)...)))))).)))))),||,{..,,}}}.((((,,..,,||||},.,)),}))|..,,{{.|||(((((((,...,.))))))).,}}})))})),..,.})))....)))))))).{{{........,,.......{{{(((((((......)))))))),..|(((({....})))))))))))}}))))))},,..)))).)))))))))}.}},,)))))),...........
Back