Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001130716.2
Sequence Length
1472 nt
GC Content
0.4633
AAGAAUUUACCGGCAGGCAGGUCUGGUCCCAGCAGAGGAGACCCAGGGGUCCCAGAGCUGGGCUGGCGGGAGGCGUAAUCCGGCGGGGUGAGGGUUGAUCGAAGAGCCCCGCGCGCAGCUGCCGCUCACAGCCCCUUCCCGAGUGCAGAGCGGGCAGAGAAGUCCACUGCUUUUAAGGCCCUGCACUGAAAAUGCAAGCUCAGGCGCCGGUGGUCGUUGUGACCCAACCUGGAGUCGGUCCCGGUCCGGCCCCCCAGAACUCCAACUGGCAGACAGGCAUGUGUGACUGUUUCAGCGACUGCGGAGUCUGUCUCUGUGGCACAUUUUGUUUCCCGUGCCUUGGGUGUCAAGUUGCAGCUGAUAUGAAUGAAUGCUGUCUGUGUGGAACAAGCGUCGCAAUGAGGACUCUCUACAGGACCCGAUAUGGCAUCCCUGGAUCUAUUUGUGAUGACUAUAUGGCAACUCUUUGCUGUCCUCAUUGUACUCUUUGCCAAAUCAAGAGAGAUAUCAACAGAAGGAGAGCCAUGCGUACUUUCUAAAAACUGAUGGUGAAAAGCUCUUACCGAAGCAACAAAAUUCAGCAGACACCUCUUCAGCUUGAGUUCUUCACCAUCUUUUGCAACUGAAAUAUGAUGGAUAUGCUUAAGUACAACUGAUGGCAUGAAAAAAAUCAAAUUUUUGAUUUAUUAUAAAUGAAUGUUGUCCCUGAACUUAGCUAAAUGGUGCAACUUAGUUUCUCCUUGCUUUCAUAUUAUCGAAUUCGAAUUUCCUGGCUUAUAAACUUUUUAAAUUACAUUUGAAAUAUAAACCAAAUGAAAUAUUUUACUGAUAAGAUUCUUCAUGCUUCUUUGCUCUCCUUAAAAUGUCUUUUUCACUAGUUAGUUCCAAGGGUCAGUCUCAUAAUUUUGUUCUUAUACUUUGAUUUCCUUUUUCUUUUUUUUUUUUUUUAAUAGAGUUGGGGGAUCUUUCUUUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUAGAGUCUCGCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUCAGCUCACUGCAACCUCCACCUCCUGGAUACAAGCGAUUCUGCUGCCUCAGUCUCCCGAGUAGCUGGGAUUACAGGUUCCCGCCACCAUGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUCUUGGUCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGACCUCGUGAUCCACCUGCCUCGGCAUCACAAAAUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACCGCGUCCAGCCUAGAGUUGGGGGUCUUUCUAUGUUGCCCAGGCUGGUCUUGAACUCCGGGCCUCUAGCAAGCCUCUCAUCUCAGCCUCCCAAGGUGCUGGAAUUACAGGUGUGAGCCACUGCACCAUACUUUGGUUUCUUAGCAGGAGAUUUUGGUUCACAGUAACCCAGCUCUCUUUCAUCUAAGAACUUUAGAUGAGAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-464.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -491.05
Frequency: 0.0000
Diversity: 313.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........(((((.((((.....(((((((((((..((.((((....))))))..(((((((((((((((((.((((((((.(((((((..((.....)).....)))))))...(((((((.(((....((((....(((.((((.((((((((..((((((.....))))))...))))((((.......)))).))))..))))))).((((((((.(((.......((.(((((.......))))).))((((........))))((.(((....))).))...))).))))))))((((((.....))))))(((((............)))))..))))....))).)))))))......((((..((((.((.(.((((((.(((((.(((((((((((.......((...((.((((((((((.(...........).)))).))))))))...)).......)))))))))))))..............((((((((((......((((((((((((.((((.((((....((..(((((((((.(((((...(.((((......................)))).)...))))).)))))))))..))......)))))))))))).............(((..((.((((((((..(((((((....))))))).........((((.(((((..((((...(((.....((.(.(((...))).).))..))))))).....(((....)))(((((.(((.(((((....((((((((...))))))))))))).)))...)))))........))))).)))))))))))))).)))))))))))...)))))))))).....))).))))))).)).)))).))))...................((((((((..((((.................))))..))))))))...((.((((.................)))).))((..(((((.(((...(((((.((((((((((((((.((....)))).)))))))..)))))...)))))..))))))))..))(((((.((........)))))))..))))))).).)))))))))....))))))))...((((((.......((.(((.(((((..((((......(((((((..(((.....))))))))))..))))..).)))).))).))...))))))))))))))))).((((..((((....)).))..)))).(((.((((((.(((.(((.(..((((.((..(((.....)))))))))..)))).))).)))))).))).)))).))..)))(((((..((((...(((((((((((((((((.....))))......)))).......))))))))))))).)))))....((((((((((.....))))))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.........{{((.(((({{({,((((((({{{,..((.{{{{.,,,||||}}..(((((((((((((((((.((((((((.(((((((..,{,.....}.....))))))).,.(((((((.((({(((((,{{...(((.((((.((((((((..{(((((.....)))))}...)))){(({.,.....)))}.))))..))))))).}|,,}}}}))(({{{,.,{((.(((((.......))))).},||||........}}||,({(((({(.{{|{||.{{|,..))),})),|||{{|}}}},))}}}}(((((............))))),}))))....))).))))))).,,.,,((((,.((((.((.(.((((((.(({{{.(((((((((((.......{{,..{(.((((((((((.{...........).)))).))))))|)...}}...,,..)))))))))))}}.||,..........|(((((((((......((((((((((((.((((.((((....{{..(((((((((.(((((...,.((((.........,.....,......)))).}...))))).)))))))))..}}......)))))))))))}.,,{{{...,||.,.|,,{{.{(((((({..(((((((....))))))).........((({,(((({..,{{{...,{{.....||.||||,..,}},.....,,)),|}},.....{((....))){((((.(((.(((((....((((((((...))))))))))))).)))...))))}..|||,..}}))),))}})))))))},}...)))))))))...))))))))),.....))}.))))))).)).)))).})}}.....,||,,..,,.....((((((((..,(((.{,...........}}.))))..))))))))..{((.((((.................)))).))}|..(((((.(((..,(((((.((((((((((((((.{{....)})).)))))))..)))))...)))))..))))))))..|.((((,{((........))))))).,))))))).).)))))))))....))))))))....,,,,{.......{{.(((,({(({..{{((,.....(((((((..(||.....})})))))))..)})),,},)))),))),),,..,,,,,.,||||||}|||{,(((..,.||}.,,,,.||||||},.(((.((((((.(((.(((.(..((((.((..({,.....,),))))))..)))).))),)))))).))).||||.,,.}))}|||||,.{{{{.,,(((((((((((((((((.....))))......)))).......))))))))))))),)))))..,.((((((((((,...,))))))))))...........
Back