Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001130821.3
Sequence Length
4912 nt
GC Content
0.4758
GGGCCUCUCUCCGUCGCCAUGGAAACGAAAGCGGCCAAGUAGAGCUCCGUCCUGACGCGCCGCCUCCCGUGGGCUCCGGCCGGCUAAGCCGCGGCGGACAACUAUGCUGAAAGCCAAGAUCCUCUUCGUGGGGCCUUGCGAGCAAAGACCUUUAUUUGCACUCAUUUUCACAGAGUGGAAAAACUGUUUUGGCCAACUUUCUGACAGAAUCUUCUGACAUCACUGAAUACAGCCCAACCCAAGGAGUGAGGAUCCUAGAAUUUGAGAACCCGCAUGUUACCAGCAACAACAAAGGCACGGGCUGUGAAUUCGAGCUAUGGGACUGUGGUGGCGAUGCUAAGUUUGAGUCCUGCUGGCCGGCCCUGAUGAAGGAUGCUCAUGGAGUGGUGAUCGUCUUCAAUGCUGACAUCCCAAGCCACCGGAAGGAAAUGGAGAUGUGGUAUUCCUGCUUUGUCCAACAGCCGUCCUUACAGGACACACAGUGUAUGCUAAUUGCACACCACAAACCAGGCUCUGGAGAUGAUAAAGGAAGCCUGUCUUUGUCGCCACCCUUGAACAAGCUGAAGCUGGUGCACUCAAACCUGGAAGAUGACCCUGAGGAGAUCCGGAUGGAAUUCAUAAAGUAUUUAAAAAGCAUAAUCAACUCCAUGUCUGAGAGCAGAGACAGGGAGGAGAUGUCAAUUAUGACCUAGCCAGCCUUCACCUGGGACUGCCACAUCCCCAGUGAAAUCAGCAUGUUUCUCGGUGCAGAUCUGAAAUCACAUCCAGCUCCUGAUGUUUUCUUCUCCCUCUGACUGCAGAGGAAGUGUUCCUACCUGCAGGAAGGCACCUGUCACACAGGGCGUUCACUCAGACCAUCUGUGCUCUGCCCUGAGUUCAGUUGAGAAAAUCCUAUUAUCAAAUUUGGAUUUCCUGGCCCCAGAACUUCCCAAAGACCUGUAAAAUGGAGGGAUUUACCACCUCACAUAUGUCCAGUUAAACAGUUUGUGGACUUGUAACCGUCGCAGCCCAAUGAUACAACAGUAGUUUAAUCACGUGUAUUGGCUUGAAUGUGAUUUUCAUUCCUUGAUUCACCCAACAAAUACCGACUGGCUGAGCACCUGCUGUGUGUGCACUGCUGUUCUAGCUGCUGACCAUAGACAGCAUAAAUGAAAAAGACAGAAAUUCCCACCUUCGUGGAACUCUCCAUUUUCCUAAAUGUUAGGUUGGUGCAAAACUAAUCGUGGUUUUUGCCAUUUUUAAUUUUUAAUGGCAAAAGCCACUAUUACUUUUGCACCAACCUAAUAGGCCGAUUCAGAAACUUGAGUGCAAUGUCUUGGAUAUGCAAAAAAGAAAAUCAAAACGCAUUCUUCAUUCUCUAUAAGAGUUCUAGGCGGGGCGUGGUGGCUCACACUUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGCGGAUCAUGAGGUCAGGAGAUCGAGACCAUCCUGACCAACGUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUAGAAAAAUCAGCUGGGUGUGGUGCCGCGUGCCUGUAAUCCCAGCUACUUGGGAGGCUGAGGCAUAAGAAUUGUUUGAGCCCGGGAGACAGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUUGCGCCACUGUACUCCAGCUUGGGCAACAGAGCAAGACUCCAUCUCAAAAAAAAAAGAGUUCUAGCCCAGGAGCGGUGGCUCACACUUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAUGCUAAGGCAGGCGGAUCACUUGAGGCCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAACAUGGCAAAAUCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUCACAGGGUGUGUUGGCACACGCCUGUAAUACCAGCUACUCAGGUGGCUGAGGCAUAAGAAUUGCUUGAGCCUGGGAGGCAGAGAUUGCACUGAGCCGAGAUCGCGCCACUAUACUCCAGCCUGGGCAACAGACAUCCUGUCUCAAAUAAAUUAAAUUACAUUAAAUGUUUAAGAAGAAGUCUAAAUAAGUUUCAUAUGCUGCCCUCCCUCAGAUAAUGAGGGAACCUGGGGUACUUAAAAUGCCAAAUGAACGUAUACUUGAUCCUUAUUCAUAGAUUUUGUAUUUGAGAAUUUGCCUACUCACUAAAAUAUGUUUGUAACCCCCAAAUCAAUACUGUGGCACUUUCUCAGUUAUUCGCAGACACACAGAGACAAAAAAUUUGAAGUGCCUGGCUGGGCGUGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCAGGCGGAUCACAAGGUCCAGAGAUCGAGACCAUCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCUGGGCAUGGUGGGGCAUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCAGAAGGGUGAGGCAGAAUUGCCUGAACCCGCGAGGCGGAGACUGCAGUGAGCCGAGAUCGCACCACUGCACUCCAGCCUGGUGACAGAGCAAAAAAAAAAAAAUUGAAGUGCCUGGCCAGUUGCAGUGGGUCACACCUGUAAUCCCAACACUUUGGGAGGCUAAGAUGGGAGAACUGAUGGAAGCCAGGAGUUCAAGAACAGCCUGGCCAACAUGGCGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUCGCCAGGCAUGUUGGCACACACCUGUAAUACCAGCUACUCAUGUGGCUGAGGCAUAAGAAUUGCUUGAGCCUGGAGGCCGGGUGCAGUGGCUUACGCCUGUAAUCCCAACACUUUGGGAGUCUGAGACGGGUGGAAAUCCUGAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGUCCAACAUGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCUGGGCGUGGUAGCACGUGCCUGUAAUCCCAGCUACCUGGGAAGCUGAGGCAGGAGAAUCGCUUGAACCUGGGAGGCGGAGGUUGCAGUAAGCCGAGAUUGUGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGCAACAAGAGCAAAACUCCAUCUCAAAAAAAAGAAAAAAGUGCCGAGUGGAGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGCAGGUAAAUCACAAGGUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGUCCAACAUGGUGAAACCCCGACUCUACUAAAAACACAAAAAAUUAGCUGGGCCUGGUGGCGGGUACCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGAAGCUGAGGGAGGAGAAUCACUUGAACCCAGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUCGCGCCACUGCUCUCCAGCCUCGGCAACAUAGCGAGACUCCGUCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAACUCUCUCCAAAACAUUAUAUUUAUUUAGAUGACCUUGAUAUGGACACUAUAUCCAGUUGGAAAGUGGAGUACAGACACAAUUUUUUGUUUUUUGUUUUUUUGAGACACGGUGUCACUCUGUCAUCCCGGCUGGAGUGCAGUGGCAUGACCACAGCUCACAGCAGCCUCAAUCUCCUGGGCUCCACUGAUCUCGCCAGCUCAGCCUCUGAGUAGUUGAGACUAGAGAUACACACACCAGUAAUGGUCCAGCCCACUAAUUAGUGCACGCCUGGCUAAUUUUUGUACUUUUUGUAGAGAUGGGGUUUUGCCAUGUUGCCCCAGCUGAUCUCGAACUCCUGUCCUUGAGUGAUCCGCCCGUCUCAGCCUCCCAAAGUGGUGGGAUUACAGGCAUGAGUCAUUGUGCCCAGCCCAUACACAACCUCUAAAAAAUUUUUCAUAACACCAAAUUGGUAAACAUGUUCAAAAGAUUUAAUGUACAGAAUCACUAGAUACGGUGAGUUUACGGUUUAUUGUAGAAGCAAGUUUGUUUUAAUCAUCUUAGGAGAUUUUUUUGUGUUGUUUUGUUUUUUUGAGAGUCUCACUGCAAUCUCCACCCUCCGGGUUCAACUGAUUCUCCUCCCUCAGCCUCCCAAGCAGCUGGGAUUACAGGUGCCUGCCACUGCACCCGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGUUUCACCAUCUUGGCCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGACCUUGUGGUCUACCCGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACUGCACCCAGCCAUGGAGUUAUUUUUCAUUCAUAAUUGUUAUGUUUGUAAUUUUUUAACAUAGCCAAUAAGAAAAUACACUAAGUAGAUGAAAUGGUAGAUGUAGCUCUUUUCAGCUGAGAGUGGGAGAAAAAGUUGAGGCACCUAAGGGAGAUGAAUAAAAAUGCUAGGGUGUCUGUCACUUUCACAGUGAGGAGGGCUGACAUGUAGCUGUGUGAGCAGUCUACUGGAGAGAGUGGCUUUUCUAGACCAUGACAAUUCCCUGGCAAUUUAGUUUGAACCACAUUCACCUGUUAGGAUUACCAUGCGUAUUAUUAAUGUCAACUGAACUAAAUCAUCUUUCCAUGACAGCUGCCUAACAAGAAUCCAUCUCACAAAAUUGACCACCUCAAAAGGAAAUUAUUUUCAUUUCACCUUUAAUGAUUAUUCAAGACCCCAGUAUAACAACCCAAGGCCAGGCGCAGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCGGGUGGAUUACGAGGUUAAGAGAUCGAGACCAUCCUGGCUAACAGUGAAACCCCACCUCUACUAAAAAUACAAAAAAUAAGCCGGGUGUGGUGGCGGGCACCUGUAGUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUGGCGUGAACCUGGGAGGCGGAGCUUGCAGUGAGCCGAGGUCCCGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCGACAGAGCGAGACUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUUAACCCAGCAGAUUUUGUUCACCUGAAUGGCCAGAGUACAACCCAUUAAAUAUUUGAAUUGAGUAAAAGCCUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1938.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -2021.28
Frequency: 0.0000
Diversity: 957.67
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((..(((((..((....))...)))))..)).)))).((((.((((.(.((..((((((((((((.((((.(((((...)))).).))))..((((((((....(((.(((..(((((.((((((..(((((....(((((......((((((((((((((((...)))))))..(((..((((((...((((((.((((....))))......(((....))).......(((((((((((((((.....(((((((.....((((((.....((..........))..(((((((((....(((((.(((...((((((((((((((.....(((.((((((..((.((((...(((((((((((.((((......)))).))))...((((((.((((((((.....((....))...))).)))))))))))....))))))).....)))).))...))))))...))).....))..))))).)))))))..))))))))(((.(((((...(((...)))....))))).))).......((((((((.((((((.(((.........((((((.(((..(.(((((....(((((((.((((....................(((..((((.(((((........))))).))))..)))((((....))))..........(((((..((((........))))..)))))(((.((((........)))).))).)))).)).)))))..))))).).))).))))))...((((((((((((((((...)))))..))))))(((.((.(((((...))))))).)))..))))).((.(((.((((......)))).))).))((.((((((.............)))))).)).....(((..(((....)))..)))....(((((((.........)))).))).)))))))))...))))))))((........)).)))))))))...(((..(((....)))..))))))))).....)))))))..))))))))))))))).((((.(((............))).))))....((((((.((((..(.((.((....)).)).)..)))).)))))).............))))))...((((....))))...................((((((((((((((((((.((((.(((((((((((((((..........))))))))))))))).)))).))))))))))))))))))))))))..))).....))))))))).))))).....)))))..(((((............)))))....))))))))))).))).)))..)))))))).((((((.((((...((((((....))))))...))))))))))..((((((.((((((((...........))))))))..)))))).....))))).((((.......)))).......((((((.(((((.((((.(((((...(((((((....((((((((((.(((((.......))))).))))..((((((((.(((.(((((........)))))))).)))).))))..(((((((...(((((.........................))))).))))))).((((((.....))).)))..))))))....)))))))....))))).)))))))))....(((((((.(((...)))...))))))).(((.(((....((((.........................((((((((((....))))).))))).....(((((((....)))))))((((.((((.....)))).))))))))(((..((......))..)))......(.((((((((.(.((((((.(((((.((((.....((((((.......((((((..........))))))...((((((((((((((..((((((((((((((((((((.....))))))).....)))))...................)))))..)))..))))))..))))))))(((.(((((((..(((((((..((........))..)))...................))))..))))))).))).............)))))).....))))...)))))))))))).)))))))).)..))))))...)))))).....))))))))).).))))))))......((((..(....)..))))...(((((((....((((((...(((((((..................((((((((.((..((((.....))))..)))))))))).......((((.(((((....)))))..))))..)))))))...((((((((((((((((.(.((((..(((.(..((((((((((((((.(((....((......))....))))))(((.(((((((((.....)).)))))))(((((....))))).)))..(((((((.....(.(((...((((((.(((....)))..))))))...))).)......)))))))...................))))))))).))..)))).....(((((....(((((((....)))))))((((.((((.....)))).))))...(((.(((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((((((.((((((((((((((..((((((((.(((((((((.(((.((((.((..(((((((((((((((((((((((((.((((.(((((((((((((((((((((...((((.(((((....((((((....)))))).....)))))((((....((((.........((((((((..((((((..((((....)).)).)))))))))).)))).........))))....)))).(((........))).....))))..((((((((((....(((((((..((((((....))))))......(((((((.........((((..(....)..)))).)))))))..))).)))).....)).)))))))).................(((((((((((((....(((.((.((.((.((((((((((((..((((((((..((((.(((...((.(((((((((..((((((((.((((((...(.(((.((((((((.((((((((..((..(((.((.((.(((..(((.((((((((((((((.((((((....((((((((...((((...........))))..((.(((((((...))))))).))........)))))...))).....)))))).)))))).)))))))).)))..))).)).)).)))...)).)))))))).)))))))).))).)...)))))).))))))))..))))))))).))...))))))).))..)))))).)))))))))))).)).)).)).)))...))))).....)))))))).((((....))))))))))))))))))))))))).)))).)))))))))))))))))))))))))...)))))).))).))))))))).)))).)).)))))))))))))))).))))))))))).))))))))))))).))))))))))))))).))).................(((((((((((...((((...))))....)))....))))))))....))))).(((....)))..)))).)))).)))))))))))))(((((....))))).((((..((..(..(((((((((......((((.((((((((((((.((((((((((.((((.((.((((((((((....((((((((.(((((((((((..((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((..((((((((((((((((((((..((((((((....(((((((((.(((((((((.(((.(((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((..(((.(((.(((((.......((((((((((((....((((.(((((((..........))))))).))))......((.((((((((.(((((....((((((....((((.((((..((....(((.(((((.((..(((((((((.......((((((((((((.(((((((((.((((..(((..(((.((((......)))).)))..)))))))..))))))))).............))))...)))))))).((((((((.....(((((.....((..(.((....)).)..))....))))).....)))))))))))))))))......)).)))))))).(((.....))).......))..))))))))))))))...))))))))))))).)).))))))))))....)).......)))))...))).)))..)).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))).))).))))))))).)))))))))..))))))))....))))))))))))))))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))))))).))..))))))))))).))))))))....)))))))))).)).)))).)))))))))).)(.((((.(((..((((.(((......))).).))).))).)))).).))))))))))).))))...)))))))))..)..))..))))...))))))....)))))))................(((((.....)))))...))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((({,{,{((,(((((,,|||...,,...|||{{({{(({(,((({.,.,,,,.{{({(((((({{((({({{(({(,(((((...)))),),)))}...,,,|||{,...{{{{(({,{((({{.,{||||.,||||{.{{{(({{{.....|||||{{{{{,{{{{{{.,,)))))}}..,,{,,||{||{...,,,,{(.((((....)))).,....{{(,,.,|||,,,...,({{{{{((({(({((,....{{(({{{..|||{|,(((,....,,.........,),..||||||||{.}}}|||||}|||}}.,,,|||||||,||,...,.,,|}||,|||}}||}||||||,,,{(((((,(({(({{((..(((,(((.(((......,,,}}||||||}..}},.,...,||,,,|||{||,|||||.|{{{{..,,{,{{{{..{|||(((({...))))).....{{({.,||....,))}})}})),...,,)))).}})},}|||...|||}},}|{{|||||,|||,},.,...,.((((((((.((((((.(({.,,,.....((((((.(((..{.(((((....(((((((.((((....,,.,,......{{...(((..((((.(((((........))))).))))..)))((((....))))..........(((((.{(((,.,,...,,,,))}}))))),{{.({{(,.......)))).}}}.)))).)).)))))..))))).}.))).))))))...(((({(((((((((({...}))))..))))))(((.((.(((((...))))))).)))..})))}.((.(((.((((......)))).))).)){{.((((((.............)))))).||,....|||..{{|....,})..}}}....(((((((,........)))).))).})}))))))...))))))))|({|........}))|||||}}..,{(({{{{(,{{,|||.,,|||||}||,,,,|}|||}}}{{||}}}|||}},,,)),.|||,{||.,..,,,,,,..))).)))},..,||||||}|||{,,..|||||....||{||{|..,,}),,))))}.....}|.|}}}})}|,...,.((((....)))),},)))}}}}}}}),,...((((((((((((((((((.((((.(((((((((((((((..........))))))))))))))).)))).))))))))))))))))))}})}}|,,|||....,})))}||}|{|||},.}}}}})),...,,|,..........}}}))})},,,,{{{{...))))..,,,}}}|||)}}||||}||||{{.{{{|...((((({....}))))),,,||||||||||,,{{({({.((((((((,........,.))))))))..}}}}|},....,,}.,,{{{{.......}))}{(((((.((((((((((((((((((((((((...((((({....})))))((((.(((((.......))))).))))..((((((((.((,,(((((........)))))))).)))).))))((((.((((.((((.(((.(.(((((((...........,|....,,.((((((((((....))))...{{{({.(((((({....}))))))}}.}}}|,((((((.(((((,{.(((((((({.({..{{{(.((((((((.{{{.(((....((((,....................,,,.((((((((((....))))).))))),,...(((((((....)))))))((((.((((.....)))).))))))))(((..({......))..)))...,,,{.((((((((.{.((((((.(((((.((((.....((((((.......{{{{,,....,....,}}}},....((((((((((((((..((((((((((((((((((((.....)))))))....,)))))...................)))))..)))..))))))..)))))))){((.(((((((..((((.((..,,........||{{|.......}},,,.......)}))))..))))))).))}.....,,......)))))).....))))...)))))))))))).)))))))).}..))))))..((((({....})))))}))).}))).)),(((((....))))).....}}..)).,.))))))))..},.)))))....))))))...,,,,...........,},}))))))..)))))))).))))))).)))).))))........((((.(((((....)))))..})))((.((((((((..(((((((.{,{{....})}..))))))))))).)))).)}..(((.(((....{,......})....)))))){{|.{((((((((.....))}})))))|(((({....}))))}}}}..(((((((....,(.(((...((((((.(({....}))..))))))...))).)......))))))).....................,.)))))))),}))))).))).........(((((((....)))))))((((.((((.....)))).)))).,.(((.(((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((((((.((((((((((((((..((((((((.(((((((((.(((.((((.{(..(((((((((((((((((((((((((.((((.(((((((((((((((((((((...{{((.(((((....((((((....)))))).....)))))((((....((((...{{{...((((((((..((((((..(((,....}).)).)))))))))).)))),}}......))))....)))).,{(........,}}.....|}}}..((((((((((....(((((((..((((({....})))))......((({(({.........((((.,(....}..)))).)))))}),.))).)))).....)).)))))))).....,...........(((((((((((((..,.(((.((.((.((.((((((((((((..((((((,(..((({,(((...((.(((((((((..((((((((.((((((...{.(((.((((((((.((((((((..((..{{(,((.({,(({,,(((.((((((((,((((({{(((({...,((((((((...{{{{.,,......,,})))..({.(((((((...))))))).)},}}},...}))))...}}}.....}))))).)))))).)))))))).)))..))},)).)},)))...)).)))))))).)))))))).))).,...)))))).))))))))..))))))))).)).,.))))))).})..)))))).)))))))))))).)).)).)).))).,.))))).....)))))))).((((....))))))))))))))))))))))))).)))).)))))))))))))))))))))))))...}})))).))).))))))))).)))).)).)))))))))))))))).))))))))))).))))))))))))).))))))))))))))).))),....{((((....{((((({(((({.....((({...})))..{{,{,.{{....||,,,.,}|},..,,.(((((......})))}.,,||||,....,)))}{{((({....))))}}......,...}))))})))))}).))))|{{{.{(((((((((({.((((((((((.((((.((.((((((((((.,{.((((((((.(((((((((((..((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((.,((((((((((((((((((((..((((((((....(((((((((.(((((((((.(((.(((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((..(((.(((.((({{......,{{.,.{{{((((((((...........)))))))).}}),.}}}..,,,.....,,|(.((((((((.(((((.,..((((((....((((.((((,,({....(((,(((((.((..(((((((({.......(((((((({(({,(((((((((.((((..(((..(((.((((......)))).)))..)))))))..)))))))}},.....,}.,,,.))))...)))))))).(((((((({....(((((....,{{..({,...,,.,,),.,.....)))))....,)))))))))))))))))).,...)).)))))})).|{,.....}))}......,}..))))))))))))))...))))))))))))).}}....{({....))}........,.}}}}}.,,))).)))..)).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))).))).))))))))).)))))))))..))))))))....)))))))))))))))))))),).)))))))))))))))))))))))))))))))))))).))..))))))))))).)))))))).}..)))))))))).)).)))).)))))))))).}{.{(((.(((..((({.{{({,...,))).).))).))).)))),,.))))))))))}.,}}..............))))))).))))))}}}},,))}||))))).},,.....,,}.........,}},..,)))}....,))),,.
Back