Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001130917.3
Sequence Length
4482 nt
GC Content
0.4902
CUCCGAGUGUCCACACCCUGUGCGUCUCUCUGUCCUGCCAGCACUGAGGGCUCAUCCAUCCGCAGAGCAGGGCAGUGGGAGGAGACGCCAUGACCCCCAUCCUCACGGUCCUGAUCUGUCUCGGGCUGAGUCUGGGCCCCAGGACCCACGUGCAGGCAGGGCACCUCCCCAAGCCCACCCUCUGGGCUGAGCCAGGCUCUGUGAUCAUCCAGGGAAGUCCUGUGACCCUCAGGUGUCAGGGGAGCCUUCAGGCUGAGGAGUACCAUCUAUAUAGGGAAAACAAAUCAGCAUCCUGGGUUAGACGGAUACAAGAGCCUGGGAAGAAUGGCCAGUUCCCCAUCCCAUCCAUCACCUGGGAACACGCAGGGCGGUAUCACUGUCAGUACUACAGCCACAAUCACUCAUCAGAGUACAGUGACCCCCUGGAGCUGGUGGUGACAGGAGCCUACAGCAAACCCACCCUCUCAGCUCUGCCCAGCCCUGUGGUGACCUCAGGAGGGAACGUGACCCUCCAGUGUGUCUCACAGGUGGCAUUUGACGGCUUCAUUCUGUGUAAGGAAGGAGAAGAUGAACACCCACAACGCCUGAACUCCCAUUCCCAUGCCCGUGGGUGGUCCUGGGCCAUCUUCUCCGUGGGCCCCGUGAGCCCGAGUCGCAGGUGGUCGUACAGGUGCUAUGCUUAUGACUCGAACUCUCCCUAUGUGUGGUCUCUACCCAGUGAUCUCCUGGAGCUCCUGGUCCCAGGUGUUUCUAAGAAGCCAUCACUCUCAGUGCAGCCAGGUCCUAUGGUGGCCCCUGGGGAGAGCCUGACCCUCCAGUGUGUCUCUGAUGUCGGCUACGACAGAUUUGUUCUGUAUAAGGAGGGAGAACGUGACUUCCUCCAGCGCCCUGGUUGGCAGCCCCAGGCUGGGCUCUCCCAGGCCAACUUCACCCUGGGCCCUGUGAGCCCCUCCCACGGGGGCCAGUACAGAUGCUACAGUGCACACAACCUCUCCUCCGAGUGGUCGGCCCCCAGUGACCCCCUGGACAUCCUGAUCACAGGACAGUUCUAUGACAGACCCUCUCUCUCGGUGCAGCCGGUCCCCACAGUAGCCCCAGGAAAGAACGUGACCCUGCUGUGUCAGUCACGGGGGCAGUUCCACACUUUCCUUCUGACCAAGGAGGGGGCAGGCCAUCCCCCACUGCAUCUGAGAUCAGAGCACCAAGCUCAGCAGAACCAGGCUGAAUUCCGCAUGGGUCCUGUGACCUCAGCCCACGUGGGGACCUACAGAUGCUACAGCUCACUCAGCUCCAACCCCUACCUGCUGUCUCUCCCCAGUGACCCCCUGGAGCUCGUGGUCUCAGAAGCAGCUGAGACCCUCAGCCCAUCACAAAACAAGACAGACUCCACGACUACAUCCCUAGGCCAACACCCCCAGGAUUACACAGUGGAGAAUCUCAUCCGCAUGGGUGUGGCUGGCUUGGUCCUGGUGGUCCUCGGGAUUCUGCUAUUUGAGGCUCAGCACAGCCAGAGAAGCCUACAAGAUGCAGCCGGGAGGUGAACAGCAGAGAGGACAAUGCAUCCUUCAGCGUGGUGGAGCCUCAGGGACAGAUCUGAUGAUCCCAGGAGGCUCUGGAGGACAAUCUAGGACCUACAUUAUCUGGACUGUAUGCUGGUCAUUUCUAGAGACAGCAAUCAAUAUUUGAGUGUAAGGAAACUGUCUGGGGUGAUUCCUAGAAGAUCAUUAAACUGUGGUACAUUUUUUUGUCUAUGAAUGUUGACUUCCCUUGACUGGAUCCCCUUUUUUUCCCAUCCCCAGACAUGAGGCUCCAUCCCACAUGGCACCGUUGGGUCCACACCUCCACACACCUGUGUGCUCUGGUCCACGGCAUGUGACACAGUCUUCCUUAUUCCUCAUUGUCACACUCCUUGAUGUCACUUACUGAGUCCCCGUCUCUUCAGUUCAGAGAUCCAAACCUGAACCACCAACUAAAUCAACGACAGGAGAUCAGAUUCCAACCAGGAAAACAUAAAUCCACCCUGCUGCCCUGACACCCUCUCUGUACCUUAUGAGCCCUUCCCUCUUUCUCAGAUGCUAUCUGUGUAAUUUCUCCUGAAAUAUCACCACUUGGAAUCAUCACACUGGCAUUUCAAGUGACACCACAGCUAUGCUGAUUCAGAAAAAGACAUCUCUAAAAUACUGUAAUUAGUGGUAUCUACCAAUUUCUGUGACAUAAAUAUUUUUCUCAUGGCCCAAAUCAAGGUGCCAAUGGGUUCUCACUGAAUACAGGGUUGGGAAGCAAGGGACAGAACUGUCUUCACUAAUGAGCACCAGGGACCUGUGGCACAUCCCACUGAGAGCUCACCCAUAUACCUACAGUCCUUUCUAUUUCAGAGGCAAUGAUCACUUCUACUUCAGUGUUAUGGCACAGGUCAAAUGAAAUUCUGACACUGUUAUCCUAGCAUAUCCACAAAAGACAAACCUAUUAAUAUCUGAUGUGGGAGAUAACACGGCUCACCUAAAAAUCAAAGUACAUGCCGGGCGCGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGCAGGCAGAUCACGAGGUCAGGAGAUCUAGACCAUCCUGGCUAACAUGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAUACACAAAAAAAUAUUGGCCGGGCGUGGUGGUGGGCGCCUGUAGUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUGGCGUGAACCUGGGAGGCGGAGCUUGCAAUGGGCCGAGAUUGCGACACUGCCCUCCAGCCUGGGCGACAGAGCAAGACUCCGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAUCCAAGUACAACAUAAGAAAAAUGUUAACAGAACUAUGCAGUUUCGAUGAAAGAAUUUUUUUUGAGAUGGAGUUUUGCUUUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGUGCAAUCUCGGCUCACUGCAACCUCCACUUCCCAGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCUGCCUCCCGAGUUACUGGACUACAGGUGUGCACCACCAUUCCCGGCUAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGGUCUCGCCAUGUUAGUGAGGCUGGUCUUGAACUCCUGACCUCAGGUUAUCCACCUGCCUCAGCCUCCCAGAGUGCUGGGAUUACAGGUGUAAGCCACUGUGCCCGGCUGAUGGAAGAAUUCUUAAAUGACUCGUUCUACUUUCUGCUGGUCCAGGCACUCCUUGGCUUGGGGCAGCAUCCCACCAGUUUCUGCCUCCAUCUUCUCAAUGCUUACACCUACCUGGUUGCCUCUGUCUUCACACCCAUUCUUCUGUGUGUGUCUUUUCUCUUCUUCAGAUUAUGAUAUCACUCAGAUCAGAUUAGGACUCAUCCUAAUUCGUUAUGAUCCCUUGAUCAUAACUUAAAUGCAUUUGCAAAGACUCUAUUUCCAACUAUGUUCACAUUUAUAGCUAAUGGGGCUCAGGAUUUCAACGUGUAUAUUAGGGGGAACAAGUCAAUUUAUGACAGUGUCUACAAGAAAAGUAUGCAUAGAAAUACAUUUAACCAAAUACAAAAAUUAGGUGGGUGUGGUGGUACACGCCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGACAGGAGAAUCGCGUCAACCCAGGAAACAGAGGUUGCAGUGAGCUGAGAUCUUGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGUGAGACUCUGUCUCAAAAAAAGAGAAAUACAUUUAACCAAAGAGAUGCAAUACGUAUACAUUGACAAUUUUAAAAUACUGCUCAAAGAAAUAACAAAAGACCUAAAUGAGGAAAAAGUCAUCCCAGUAUCAUAAAUCAAAAGGCUUAAAAUUAGUUAUCUCCCUCUAGGGAACCUAGACUAAUACACUCACCCCGUCUCCUUGUUCGGAGGCUCUCCUGCCUAUCAGCUUUUCUCCUCUGUGCUUUCCAUGUCCCUGUGGUUCUCUGGUGAGCCCCAUCAUGCUGUCCUAGAAGAUCCACUUAGAAUUUCGGUAUUUACUCACCAUUUUGACUCCUCUUAACGAGACAGGCACAUGCCAGCUGUUUCCAUUCAUCCAACCUGAACCUGAGCCCCCGAUCAUUUUUUCUACCACUUUUCAGUCCUGGGAAACUCAGUCCCAAUGUGCUUGUCAUUCAUUUGAGAAUAAUUUUCAUUUUCUCCAGUAGUUUUAAAAUUACUUUGUAUCUAUUCUAGAUAUCGUUUGCUCUAUCAUAGUUAAGACAUUAAUGUUAUUUAUGAAUUUGUGCACAUUAAACUCAUGAUCUUUCAUUUCUGUAAAAAUGUCAACUAUUUCCUUUGCAAGUAUUUAUUGACUAACAUACUCCUUAUUUCCUUCAUUCUGAAAGUGUGACACAUAGAGAUAUAUCUGUUUCCUCUUCUCACUCUAUUCUUUGUGUGCAUUAAUUAUCUUUUCUAUUUUUUUCAUUUCUAGUUUUUCUCCGAUGACUAAUGAAAAAUUUAAUAAAUAUUCUACACCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1661.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1734.09
Frequency: 0.0000
Diversity: 1122.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((........((.(((((((.((.(((((((.((.(((.(((........))).))).))..))))).)).)))))))))))................(((((((....(((.(((((...))))))))..)))))))...(((.((((((((((((......((((((.....))))))...(((((((((...((((((((((((((((((.((((((...)).)))).))))..))))..(((((...((....(((....)))....))...)))))..)))))))......)))...)))))))))..(((((((((.((((((.................))))))...(((((.((..(((((((...................((((....))))))))))))))))))(((((((.((((...((.((.....))...))))))...)))))))((((....(((((((.((((.(.((((((.......)))))).).).)))))))))).))))......)))..))))))(((((((.(..(((((((((..(((((((...((.((............)).))..))))))).....(((((..(......)..))))).((((((((((((((.(((((...(((....)))..))))).)))))))............((((.(((((.....(((((((.....((((((..((((((.(((((((....((((.((......((((.(((((.((((((((((.((((((((((((((((((((.((..((((.((((.........((....))(((((.....)))))....((((((((.......)))))))).)))).))))..))......))))))((((((.((((((..........))))))......))))))))))).))))))))).))....(((......))).........((((((..((((...((((((.(((((.....((((.(((((....)))))..))))...((.(((...))).))(((((...)))))....((((((((...((.(......).))...))))))))...)))))))))))....))))....(((((......)))))(((((........))))).((((...((....))((((.....)))).)))).((((.((((((.(((((.((((..(((......))))))).)))))........(((((...((((.....))))......(((..((((((((((((((..((((.....(((.(((...((((((((......))))))))...))))))))))......((.((((.(((..((((((....((((((((.(((.((((..........(((((........))))).)))).)))..)))))))).....))))))....))).))))))..((((((((...(.......)...))))).))).........)))))).).)))))))..))).....))))).)))))).))))((((((((.((((((.......)).))))..)))))))))))))).....))))))))((((((...(((.(((.(((((.((.......))..))))).........((((.(((((((...(((((((((((.......((((.(((.......((((.(((......)))))))......)))))))((......))...............)).)))))))))..(((((......((((((...((((.(((.(((......(((((....)))))...))))))))))))))))....))))))))))))..)))).....))).))).))))))......((((.((((.(((......((((((..........))))))................))).)).)))))).((((.....))))................))))).)))).......(((((.((((.....(((..((((.....((((.........(((..(((((....)))))..)))((((((((((..(((...))).))))))))))....(((((..((((((((((((....(((....)))......))).)))))))(((....))).))..)))))..............((((((((((.......)).))).)))))......))))....))))..))).....)))))))))..)).))))......))))))).)))))).((((......))))...))))))...............(.(((((.......))))))...))))))).........((((((.((.((((((((..........)))).))))...))))))))..(((((..(((..............)))..)))))))))).)))))))))))..................((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((..(((((((..(((.(((((((((((((.((.((((((.(((.(((((((((((((..((((((((((((((((...((((((((....((((((((.(((((((((.(((((((((((((.((..((((.((((((.(((((((((((((.((.(((((((((((((.((((.(((((.((((((((((((((..((.(((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((......(((.......(((((.......)))))....(((((....))))).))).......)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))).))..)))))))))))))).))))).)))).))))))))))))).)).))))))))))))).)))))).))))..))))))))))))))).))))))))).))))))))))))))))...))))))))))))))))...))))))))))))).))).)))))).)).)))))))))))..)).)))..)))))))..))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))).((.((.(((((((......))...))))).)).))(((((.(((((((........))))))).)))))......(((...)))....)))))))))..).)))))))......)).)))).)))))).))).........((((.(((((((...(((.......)))....)))).))).))))...((((((((....)))))))).(((((((((....)))))))))...(((((((..(((((((............(((((........))))).....(((((((((((((((...(((((((((....(((....((((.....))))....)))........))))))))).))))).....................(((((((((((((((((((...((((((......(((.((..((((((((((..(((((((...(((((..((((((.....(((..(((((((.((.........))))))))))))...))))))..(((((((...)))))))(((.......)))...................)))))............((((....((((..((((((.............................(((........)))))))))..))))))))..........(((((((...((((....)))).....)))))))...........((((((......)))))))))))))....)))))....)))))..)))))............((((.(((((((..(((........)))..)).)).))).))))(((((((...(((........))))))))))...(((.....)))))))))...))))).......)))..))))).)))))).)))))))))).((........))...((((((((((....((((((...((((.....((((((((.........(((((...........))))).(((((((....)))))))..(((((((...))))))).............((((((..((((((((((....((((((.((((.......)))).)))))).....))))........)))))))))))).......)))))))).....)))).............)))))).....))))))).)))....((((((......................))))))))))))))))))))............((..((((((((...(((((..........)))))))))))))..))....))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((({((((((((,((((({{{{.(({(((((((.((.(((.(((........))).))).)),,))))|,||{}|||}}}||({.({((,,,.,,,....||||,||.{{{{{{{.((((({{|.,|((({.{||||,},...,,({{((,{(((((({......((((((.....))))))(((..(((.(((((.{(.....{(((,.(((((((((...((((((((((((((,{(({...||||(.((((.(((({..(((((((((.......,,{{{,{{((((((,....{,.....,{|||||{({|.{.,{,({{{({{{{,..{{{{{.........))))).....(((((.((,.{((((((...................((((....))))))))))))))))))|||||||,((((...((.((.....))...}})))).,,}))))))||||},}.(((((((.((((.(.((((((.......)))))).}.).))))))))))|||||{{{{{{||{{.,,,{(({{{...,...((((((((((..(((((((...((.((............}}.))..))))))){{{...))})))))))))).|((({,,...|.))))|,{,||}||||||||}}.}}})})))}}))),.))),},,...,,))))))))))))))))))....((((({{(,{{(((((.((((....)))).)}}})...),})..}))))}....({(({.,,{(({.{{.{(,(((((((((((((((((({{.((..((((.((({.......{{((....))|||{{.....}}},,....((((((((.......)))))))).)))).))))..)){{{{{.,,))))||||||,|}||||||........},}})),}}}).))))}}}}}}|,||||||||}.}}.}}..||,....))))}...{((.(((....))).)))})))),,,,),)..)))))}}))).))))))))))))))..)))))),))))).)))..))).,|||}}.|}}||{{{{(((,{{{(,,.{{,{......|,||.{,||}|||||...||||}|||||}{||.....,}},||||{,|,,,..)))))))||}|}},..,}}}}}|||||.{(((((,((({(({.(({.{{(((((........))))).....|}.}||||,}}.})).))}})}.,|,}})}||},,....{,.{,...(({{.....)))}......}}}.)}}))}|{{.,|,,,,}),)}}..}}))).)))),.((((((((......))))))))))))))}}...........})))))}((((((......((((,,.((......,,}}.,))))......)))))).........})))})))))))),{{|||}||,.,(({{{{,({{{{||||...,,,,,||}}||||},..,,))))}}.((((...{(,{((.((((((((((((((...((((((((((({.{(((........)))),|,{(((((((.((({{{,,,,...}),))))..)))))))|(((((.{{.|{{{({,,,.......,}}|||,|||,(((((,((.......},}}))))}..,,.....|{{(.((({((({,,(((((((((((......,((((.(((,,....,((((.(((......))))))}}..}}.})))}}}{{......||,....,......,,,}}.))))))))}.{{((,{......(({(((...(({{{(((.(({..,,..(((((....)))))...}))}}}}}||}}||||.,,.}}},}}}}}}}}..}}}}.||||{|{.{||,{{,({{{,.,,.,{((({{...{{|||....((((((.,.......,))))))................|||{||{|,||{|.{{{{...,,||},.............||||{({({{{|,..{{{.{(((((,......((((((....,,......{((({,..,}}}|{(..(((((....)))))..}},((((((((((,.,,....})}.))))))))))....{{(((,.,.||||{{{{((....{{{....}}}......}}}.}}})))}(((....)))..,..}})}},..............,,,{(((((.......)).)))),,)))}}),,,.,}..}}}))))..)))..,,})))),}}),.,}}}},|,,..,,})}}}}.})))||.,|||}}}},,,.}},||||}.}}}},.,........,}}}))}},{{,,.....}||||{.,|{{.,.,|,,,...,,}|||{{|,{|,((((((((.,......}.)))).))))...)))))}}}..(((((..(((..............)))..)))))|||||.....||.},.,,.....,,,......,,.((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((..(((((((..(((.(((((((((((((.((.((((((.(((.(((((((((((((..((((((((((((((((...((((((((....((((((((.(((((((((.((((((((((((({((..((((.((((((.(((((((((((((.((.(((((((((((((.((((.(((((.((((((((((((((,.((.(((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((......{{{...,...(((((.......)))))..,.(((((....))))).}}}.......)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))).)).,)))))))))))))).))))).)))).))))))))))))).)).))))))))))))).)))))).))))..))))))))))))))).))))))))).))))))))))))))))...)))))))))))))))).,.))))))))))))).))).)))))).)).)))))))))))..)).)))..)))))))..))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))),|{,((,({{{{((......))...})))).},.,,(((((.(((((((.,.....}))))))).)))))..,,,.}}},..,))))))).}))))))..))))..))))).))))))))).)))))}}}}...........((((.(((((((...{((.......)))....)))).))).))))...((((((((....)))))))).(((((((((....)))))))))...(((((({..(((((((............(((((,,,,,,,.}}}}}.....((((((((((,{(((,..{(({{{{((,,{{(({,,,.((((.....}))).,|||}|,|......,)))})))).}}}}}.......,,,.,,,......,||{|||((((({({{({.{||,||||{,......(((.((..((((((((((,.(((((((...(((((..((((((.....(((..(((((((.((.........))))))))))))...))))))..{((((((...))))))|(((.......))),..................))))}.....,,,....{{{{,...,{{{..{{{{{{,{{,..,.............,{|...||||{{........},,}}}}}}..,,,,,,....||,,,...(((((((...((((....)))).....)))))))...........((((((......)))))))))))))....)))))....)))))..)))))...,,,,,.,,,((((.(((((((..(((........)))..})}))},)).)))),{{{{{{...(((........)))}}})))),}||||,,,..|||||||||,,,})}),,})))}})},,.}}}}),,}}))),)))))))))).{{........}}...,{{{,{{(((....(((({{...{{{|...{{((({{{({{{.......(((((...........))))).(((((((....)))))))..(((((((...)))))))...,,,,......((((({..((((((((((....((((((.{(((.......)))).)))))).....))))........))))))}))))}.......)))))}}}....,))),..,,,........}})))}.....)))))))))))}.|||||((((......,|,..........,.......))))))))))))))........,,..((..((((((((,..{((((.,{....}}.)))))))))))))..))..,,},,,,,..}}},..
Back