Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001130996.2
Sequence Length
4371 nt
GC Content
0.4095
CCUUCCGCUCCGCGACUGCGUUAACUGGAGCCAGGCUGAGCGUCGGCGCCGGGGUUCGGUGGCCUCUAGUGAGAUCUGGAGGAUCCAAGGAUUCUGUAGCUACAAUGUUGUCAAGACUUUUUCGAAUGCAUGGCCUCUUUGUGGCCUCCCAUCCCUGGGAAGUCAUAGUGGGGACAGUGACACUGACCAUCUGCAUGAUGUCCAUGAACAUGUUUACUGGUAACAAUAAGAUCUGUGGUUGGAAUUAUGAAUGUCCAAAGUUUGAAGAGGAUGUUUUGAGCAGUGACAUUAUAAUUCUGACAAUAACACGAUGCAUAGCCAUCCUGUAUAUUUACUUCCAGUUCCAGAAUUUACGUCAACUUGGAUCAAAAUAUAUUUUGGGUAUUGCUGGCCUUUUCACAAUUUUCUCAAGUUUUGUAUUCAGUACAGUUGUCAUUCACUUCUUAGACAAAGAAUUGACAGGCUUGAAUGAAGCUUUGCCCUUUUUCCUACUUUUGAUUGACCUUUCCAGAGCAAGCACAUUAGCAAAGUUUGCCCUCAGUUCCAACUCACAGGAUGAAGUAAGGGAAAAUAUUGCUCGUGGAAUGGCAAUUUUAGGUCCUACGUUUACCCUCGAUGCUCUUGUUGAAUGUCUUGUGAUUGGAGUUGGUACCAUGUCAGGGGUACGUCAGCUUGAAAUUAUGUGCUGCUUUGGCUGCAUGUCAGUUCUUGCCAACUACUUCGUGUUCAUGACUUUCUUCCCAGCUUGUGUGUCCUUGGUAUUAGAGCUUUCUCGGGAAAGCCGCGAGGGUCGUCCAAUUUGGCAGCUCAGCCAUUUUGCCCGAGUUUUAGAAGAAGAAGAAAAUAAGCCGAAUCCUGUAACUCAGAGGGUCAAGAUGAUUAUGUCUCUAGGCUUGGUUCUUGUUCAUGCUCACAGUCGCUGGAUAGCUGAUCCUUCUCCUCAAAACAGUACAGCAGAUACUUCUAAGGUUUCAUUAGGACUGGAUGAAAAUGUGUCCAAGAGAAUUGAACCAAGUGUUUCCCUCUGGCAGUUUUAUCUCUCUAAAAUGAUCAGCAUGGAUAUUGAACAAGUUAUUACCCUAAGUUUAGCUCUCCUUCUGGCUGUCAAGUACAUCUUCUUUGAACAAACAGAGACAGAAUCUACACUCUCAUUAAAAAACCCUAUCACAUCUCCUGUAGUGACACAAAAGAAAGUCCCAGACAAUUGUUGUAGACGUGAACCUAUGCUGGUCAGAAAUAACCAGAAAUGUGAUUCAGUAGAGGAAGAGACAGGGAUAAACCGAGAAAGAAAAGUUGAGGUUAUAAAACCCUUAGUGGCUGAAACAGAUACCCCAAACAGAGCUACAUUUGUGGUUGGUAACUCCUCCUUACUCGAUACUUCAUCAGUACUGGUGACACAGGAACCUGAAAUUGAACUUCCCAGGGAACCUCGGCCUAAUGAAGAAUGUCUACAGAUACUUGGGAAUGCAGAGAAAGGUGCAAAAUUCCUUAGUGAUGCUGAGAUCAUCCAGUUAGUCAAUGCUAAGCAUAUCCCAGCCUACAAGUUGGAAACUCUGAUGGAAACUCAUGAGCGUGGUGUAUCUAUUCGCCGACAGUUACUUUCCAAGAAGCUUUCAGAACCUUCUUCUCUCCAGUACCUACCUUACAGGGAUUAUAAUUACUCCUUGCUUGGUGGAGGUGCCAGCAGCCGAGUCCUUGCAGAUGGGAUGACUCGUGGCCCAGUUGUGCGUCUUCCACGUGCUUGUGACUCUGCAGAAGUGAAAGCCUGGCUCGAAACAUCUGAAGGGUUCGCAGUGAUAAAGGAGGCAUUUGACAGCACUAGCAGAUUUGCACGUCUACAGAAACUUCAUACAAGUAUAGCUGGACGCAACCUUUAUAUCCGUUUCCAGUCCAGGUCAGGGGAUGCCAUGGGGAUGAACAUGAUUUCAAAGGGUACAGAGAAAGCACUUUCAAAACUUCACGAGUAUUUCCCUGAAAUGCAGAUUCUAGCCGUUAGUGGUAACUAUUGUACUGACAAGAAACCUGCUGCUAUAAAUUGGAUAGAGGGAAGAGGAAAAUCUGUUGUUUGUGAAGCUGUCAUUCCAGCCAAGGUUGUCAGAGAAGUAUUAAAGACUACCACAGAGGCUAUGAUUGAGGUCAACAUUAACAAGAAUUUAGUGGGCUCUGCCAUGGCUGGGAGCAUAGGAGGCUACAACGCCCAUGCAGCAAACAUUGUCACCGCCAUCUACAUUGCCUGUGGACAGGAUGCAGCACAGAAUGUUGGUAGUUCAAACUGUAUUACUUUAAUGGAAGCAAGUGGUCCCACAAAUGAAGAUUUAUAUAUCAGCUGCACCAUGCCAUCUAUAGAGAUAGGAACGGUGGGUGGUGGGACCAACCUACUACCUCAGCAAGCCUGUUUGCAGAUGCUAGGUGUUCAAGGAGCAUGCAAAGAUAAUCCUGGGGAAAAUGCCCGGCAGCUUGCCCGAAUUGUGUGUGGGACCGUAAUGGCUGGGGAAUUGUCACUUAUGGCAGCAUUGGCAGCAGGACAUCUUGUCAAAAGUCACAUGAUUCACAACAGGUCGAAGAUCAAUUUACAAGACCUCCAAGGAGCUUGCACCAAGAAGACAGCCUGAAUAGCCCGACAGUUCUGAACUGGAACAUGGGCAUUGGGUUCUAAAGGACUAACAUAAAAUCUGUGAAUUAAAAAAGCUCAAUGCAUUGUCUUGUGGAGGAUGAAUAGAUGUGAUCACUGAGACAGCCACUUGGUUUUUGGCUCUUUCAGAGAGGUCUCAGGUUCUUUCCAUGCAGACUCCUCAGAUCUGAACACAGUUUAGUGCUUUACAUGCUGUGCUCUUUGAAGAGAUUUCAACAAGAAUAUUGUAUGUUAAAGCAUCAGAGAUGGUAAUCUACAGCUCACCUCUGAAGGCAAAUAUAAGCUGGGAAAAAAGUUUUGAUGAAAUUCUUGAAGUUCAUGGUGAUCAGUGCAAUUGACCUUCUCCCUCACUCCUGCCAGUUGAAAAUGGAUUUUUAAAUUAUACUGUAGCUGAUGAAACUCCUGAUUUUGUAGUUAAUUUAUUAAGUCUGGGAUGUAGAACUUCAAGAAGUAAGAGCUAAGUUCUAAGUUCAUGUUUGUAAAUUAAUACUUCAUUUGGUGCUGGUCUAUUUUGAUUUUGGGGGGUAAUCAGCAUUAUUCUUCAGAAGGGGACCUGUUUUCUUCAAGGGAAGAAACACUCUUAUUCCCAAACUACAGAAUAAUGUGUUAAACAUGCUAAAUAGUUCUAUCAGGAAAACAAAUCACUGUAUUUAUCUCCGCAGGCUAUUUGUUCAGAGAGGCCUUUUGUUUAAAUAUAAAUGUUUAAAUAUAAAUGUUUGUCUGGAUUGGCUAUAACAUGUCUUUCAGCAUUAGGCUUUUAAGAAACACAGGGUUUUGUAUUCUUUACUAAAGAUAUCAGAGCUCUUAAUGUUGCUUAGAUGAGGGUGACUGUCAAGUACAAGCAAGACUGGGACCUUAGAAAUCAUUGUAGAAACACAGUUUUGAAAGAAAAAUACCAUGUCUCUAAGCCAACUUUAAUUGCUUAAAAGACAUUUUUAUUUAGUUGAAAAAUCUAGUUUUUUUUGUAAACUGUAUCAAAUCUGUAUAUGUUGUAAUAAAACUUAUGCUAGUUUAUUGGAAGUGUUCAAGAAAUAAAAAUCAACUUGUGUACUGAUAAAAUACUCUAGCCUGGGCCAGAGAAGAUAAUGUUCUUUAAUGUUGUCCAGGAAACCCUGGCUUGCUUGCCGAGCCUAAUGAAAGGGAAAGUCAGCUUUCAGAGCCAGUGAAGGAGCCACGUGAAUGGCCCUAGAACUGUGCCUAGUUCCUGUGGCCAGGAGGUUGGUGACUGAAACAUUCACACAGGGCUCUUUGAUGGACCCACGAACGCUCUUAGCUUUCUCAGGGGGUCAGCAGAGUUAUUGAAUCUUAAUUUUUUUUAAUGUACAAGUUUUGUAUAAAUAAUAAAGAACUCCUUAUUUUGUAUUACAUCUAAUGCUUCAAGUGUUGCUCUUGGAAAGCUGAUGAUGUCUCUUGUAGAAGAUGGACUCUGAAAAACAUUCCAGGAAACCAUGGCAGCAUGGAGAGCCUCUUAGUGAUUGUGUCUGCAUUGUUAUUGUGGAAGAUUUACCUUUUCUGUUGUACGUAAAGCUUAAAUUGCUUUUGUUGUGACUUUUUAGCCAGUGACUUUUUCUGAGCUUUUCAUGGAAGUGGCAGUGAAAAAUAUGUUGAGUGUUCAUUUUAGUGACUGUAAUUAAUAUCUUGCUGGAUUAAUGUUUUGUACAAUUACUAAAUUGUAUACAUUUUGUUAUAGAAUACUUUUUUCUAGUUUCAGUAAAUAAUGAAAAGGAAGUUAAUACCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1222.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1308.13
Frequency: 0.0000
Diversity: 1094.36
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((((....))).....)))))..(((((.((((((((..((((((((..((((((((((......)))))))..))).))))))))..))((((((.((((....(((.......((((((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).)))).((((...))))..((((.....)))).)))))..))).......)))....)))).)).))))(((((((((((((.((((....((((((((......))))))))...))))))))))))))))).......)))))).))))).....((((.((((((.(((.((((((((........(((((((...............(((((..((((((((.....(((((((........((((((...))))))(((((............))))))))))))..))))).......)))..)))))........((((..(((((.((.(((((((((((((......))...((((.((((.(.(((...((...))...))).).)))).)))).)))))).))))).)))))))..))))...(((...(((((((..(((......(((.(((.((....((((((..(((((........)))))((..((..(((...((((((.((....)).))))))...)))..))..)).))))))....)).))).)))((((((((((..(((((...)))))..))))).....))))))))..)))))))))).(((..((((......))))..))).)))))))......(((.(((((..((((((..(((((.(.....).)))))..(((.(((...)))))).)))))).))))).)))..(((((.(((((((((......((....))(((.(((((((((...((((((((..(((((((((((((.......)))))))..((((((((((((..((((...(.((((.......)))).)))))..))))).............)))))))(((((...............)))))(((((((.....((((((((((.((((((((....(((...(((((((..(((..(..((((.........((((.((...((((((.((.(((((((.......(((...(((....)))...)))...........(((((........)))))...))))..))).)).))).))))).)))).......))))((((((((((((((((......((((..((((.((...(((.((((((......((((((....))))))((........)).((((.(((.....)))))))(((((..(((((((((((((((((((..((((((((....(((((((((((...((..((((.(((.((((.(((((((((........))))...))))).))))...)))))))..))..)))))...((((...))))...(((((......)))))..((.((.((((....)))).)).))((((........))))(((((((((((((....((((.(((((...((((((((.........(((((...((((((.((....)).))))))...))))).(((((.(((.((((((((.((.(....).)).)))))..)))...((((((.(((....(((.(((...((.((((((.........((((((((.(((((.....(((((((((((((.(((...((((..((((..((.((..(((....)))..)))).))))..)))).......))).))))..)).)))))))......))))).)).))))))(((((((((((.(((((.((((..((.((((...(....)...)))).))..))))...))))).).))).)))))))...)))))).)).))))))((((....)))).(((((((((((((..((((((((((........(((((.((.(((......))).)).)))))...((((((((((((((((..(((.(((..((((((.((.((((((((((((((.((((((((...((........))...))))..)))).)))))..(((((.((..(((..(...(((.((.......)).)))...)..)))..)))))))..(((((..(((((............))))))))))))))))).....)).)).))))))..))).)))....(((((((((.((((.(((......)))....(((((..((.((((....(((((((...(.(((((((((((.....))))))))).)).)...)))))))..))))))..)))))...((((..((......))..))))(((.......)))((((...))))....)))).)))))))))....))))))))............))))))))..))))))))))...)))))))...))).))).))).))))))(((((................))))).......))).))))).)))))).)).)))))..(((((...(((((.....))))).)))))....(((((....)))))..((((.....))))......(((((((.(((((...((((.((((((.(((((((.(.(((((..((((((.(((((.........))))).))))))....((((((((......)).)).))))((((..(((..((((...((((((((((((((((((.(((.((((((((.....))))..)))).))).))))).)))))).....((((....))))((((.((.(((((((((((((((((.((((.((((...((((((.......((((((((((((..((((((((((...))))).........))))).....((((((......((((....))))......)))))).....(((((((((((.((((.....)))).))))).)))).)).))))))))))))...))))))...)))).)))).))))))))................((((((((((.((((((........))))))))))))))))..)))))).))).)).))))..(((((....)))))(((((..((((((..........)))))).)))))......))))))).)))).)))))))......)))))).))))))))))))))))).....(((((((.((((.(((((((((((((....)))))))))).))).)))).))))))).(((........))).....))))).)))))))....((((.(((((((((...(((((...)))))...)))))))))...))))))))....)))))))))))))......(((((((.(((((.......................(((((((...(((((((((...((((((.(((((...........)))))..))))))(((((......)))))......)))))))))..))))))).........(((((.(((.......))).)))))(((..((((...((((..((((.............))))..)))).....))))..))).(((((((((..(((((......)))))..))..)))))))....))))))))))))))))))))).......)))))..)))).)))))).((((((..(((.((((......)))))))...)))).))...))))))))))))))..))..)))).)))...)).))))..))))..(((((...(((((..(((.(((...))).))).....)))))..)))))......))))))))))))))))..(((((((...))))))).......(((.....))).....((((((....))))))((((((.......))))))..)..)))..)))))))))))))))))).)))(((..........))).......)))))))..))))))).)))))).....)))))))))))))).))).)))(((.........)))((((.(((.(((((.......))))))))..)))).......))))))))).....)))))..))).))))).))).))))))..)))).....((((.((.((((((((.((((...(((((((....))))....)))...)))).)))))))).)).)))).........(((((.......))))).(((((........))))).)))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((({{{{((({,,,|||{..(({(((((({,(((((((.(((....|||.}}})))}}}{{|||||,.....|||||||{.{,((({((((((((((..,,{,((,,,{,{{{.....,.,,..|{{{{{((((.(((((((.(((((....))))).))))))}.)))).|{||,.{{{{(.{(((.{.{{{{{.{{,{(((((((((.....((((({.......,..{((,(((((((((((({{((((,,..((((((((......))))))))..,))))))))))))))))).....||.|{{({.,,,{||}}.,{(((((((...(((((((...(......}...)))}})))...)))))))}...||{||..||{{{{......,,,,,,,..,,{{{{,{((({{.,,}}}}},{((((,...........}}}}}}}})})))})}})}|,,...})))..})}}}..............{((((((....((((((({{((((((.....(((((.((...(((((((((.(((((((((,.,{{{{(((.,{{,,{{({.(.({{,{{}}},)),}},.}}}),,.}})}.}}}|{{{|,,,...}}}}}..))))))))))))))))))(((((........))))))}.)))))......))))))))))))))......))))))).}))))).......))))))))))}}..||{{,.,|{({{,.{{|||,,|}}|,,..|||||,{(,{{{|,..,}},,}}}}}|{{..(((..((((......))))..))),.)))}}}...,,.{{{.{{{{{..{{((((|||||{{,,.....},)})})}.(((,{{,...))))}}.)))))),))))},))},.|{{{{.||||||{(|..,{,.{{....||{{{.(({((((((...((((((((.,({{,{{,,{{{{{,{{,.,(((({,,....||}||}{{{{{..,{{||,.,.,||||,.,}|||}}},|||||,,},}}),,}}}|,||}},.,}}}.,,,,,.,..,,.......{((((....(((((((.....((((((({({.((((((((....{{{...(((((((..(((..,..((((.........((((.((...((((((.((.(((((((.......(((...(((....)))...))).......,.,.(((((........)))))...))))..))).)).)))},)))).)))).......))))((((((((((((((((..,...({((..((((,((...{{(.{{((((..,,{{((({{{.,,,}}||}}||,....(((({,{{{{.{{{...,,|||}}}},{(((..(((((((((((((((((((.,((((({((,...((((({(((((...({.,((((.(((.((((.(((((((((........))))...))))).)))).,.))))))},,))..)))))...((((...))))...(((((......)))))..((.((.((({....}))).)).))((((........))))(((((((((((((.{{{(((,{,..,,||.}}}}}|,,.....(((((((((...((((((.((....)).))))))...)))},}})))).{{{{{{.,(((((((..{{{...(({(,({((((,,(((((({(((((((((((((.((.(((((((((.((((.((...(((...)))....)).)))).})))}},||,(((((({.(,..((...((((((((({{((((((((,,.((((({.....((((.....)))).....))))))...{{{{{...(((,{{{{,{{{|{{|,((((((((((((.(((((.((((..((.{(((...{....}...)))}.))..))))...))))).).)))}}})))))}...(({{.,{{{.,,.(((((((.........,)))}))).|||,.,}}}},|||....,,}))}}|}},)},}}|}}.}})))))))),,.}}...})))))}(((((((((.(((.(((...,......,...})).}}}.(((((.((((((((...{(........))...)}))..)))).)))))...})))))))}((((.{{.(((......}))})))).))...}.}))))}).)),....||}..)).)))))}..))))))}.},(((({(((((({.(((((..((((..,.(({{..(((..(((((((((((((((.{{{,.(((......)))....(((((..(,{((((....(((((((...(.(((((((((((.....))))))))).)).)...)))))))..))))))..)))))...((((..((......))..))))(((.......)))(((|...))))....}}}}.)))))))))....,|{({{|,{,..((((.,,..||}||}...}}.))}}}}||,,||}}|))}..,|||,...||||{.....{((((...,,.....,,....))))),....},)))))).))),))))))))..))))).}|}})))},}))))})))))..)})))))))).,,,))).)))))))..,,......,||||..,,..{((((((.(((((...(,(((((((({{(((((((.(.(((((..((((((.(((((.........))))).)))))).{,(((((((((......)).)).))))}|||}.{{{{{((((...|||||(((((((((((((.(((.((((((((,...,)))),.,))).))).)))))},)))))},,,,(({(,,,.}}}},{{{,{|,({||(((((((((((((.((((.((((...((((((.......((((((((((((..((.(((((((...}})))...}}.}}.((({..(((,{((({{{{,...,..,,}},..}}..)))))))..).}}}.{{(((((((((.((((.....)))).))))).)))).)}.))))))))))))...))))))...)))).)))).))))))))................{|||{{{(((,({{({{...,,,,,|||||||}}}}})))),,))))))}}}},)).)}||,{(((({....))))}|{{{{..{{{{||,,........}}}}}|,||}},..,,,,}}}}}}).)))}.,,,,))},..,..)))))).))))))))))))))))).....{{{((((.((((.(({((((((((((....)))))))))).))).)))).))))||}.(((........)))..,,.))))).))))))},,|..,||}||(((((((...(((({...}))))...)))))))}}...,)))}))}....))))))))))))).....,(((((((.(((((...,,,,{.....,|,|,|....(((((((,,,{((((({,,...{(((((.(((((.{,......,})))))..)))))}{{{{{..,...|}}},....,,}})))))))..))))))}...,,,,..(((((.(((.......))).))))),||}}|,{({,.{((({,{{{{..,,,........}))),,)}}).,,..,}}}.}))),(((((((((..(((((......)))))..))..)))))))....))))))))))))))))))))).......))))).,)))).)))))).((((((..(((.((((......)))))))...)))).))...)))))))))))))))))).,}|||,}||...)).))))..))}},{(({{{.{|||{||.,(({.(({...))).))}...,))))))}}}))))}}.}..))))))))))))))))..(((((({...}))))))...,{{{{,{......))}}}..((((((....))))))((((((.......))))))..}..)))..)))))))))))))))))).})}(((.,.....,,.))),......)))))))..)))))))..))))).},..)))))))))))))).))).)))}||.,,..,,,,||.(({{{(({.(((((.......)))))}}},||}}|...,,||}})))}))}.....))}))...}))}),),))))))))),,,........{{((((.((.((((((((.((((...(((((((....))),..,}))}...)))).)))))))).)).}}))},,..))))))))),.))}},)))))}|||||........})))}.)))))..........
Back