Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001134666.3
Sequence Length
3536 nt
GC Content
0.3396
ACUGCGUAACUACCGCCCCUGCCUCUGGGAAUUGAAGUUUCUGUGGAAGGAAGCGUGAGCCGUAACCAGGCCAACCCAGAAAGGCUUUCUUUCUGAGAUUUCACUUCCCUGUCAACUCUUCAGCUCGAGGCACCAAAUAAUGUCAUCUGAAAUGUUGCCAGCAUUUAUUGAAACUUCUAAUGUUGACAAAAAGCAAGGCAUAAAUGAAGAUCAAGAGGAGAGCCAGAAGCCAAGAUUAGGUGAAGGGUGUGAACCAAUAUCUAAACGACAAAUGAAAAAACUAAUAAAACAGAAACAAUGGGAAGAGCAACGGGAACUCCGCAAACAAAAGCGAAAAGAAAAACGCAAGAGGAAAAAAUUAGAGCGACAAUGUCAAAUGGAACCAAACUCAGAUGGACAUGACAGAAAACGUGUUCGAAGAGAUGUUGUUCAUAGCACCCUUCGCCUUAUUAUUGACUGUAGUUUUGAUCACUUGAUGGUAUUAAAGGACAUUAAGAAACUUCAUAAGCAGAUUCAACGAUGUUACGCAGAAAACCGACGGGCACUGCAUCCUGUGCAGUUUUACUUGACAAGCCACGGAGGCCAGCUGAAAAAGAACAUGGAUGAAAAUGACAAAGGAUGGGUCAACUGGAAGGAUAUCCAUAUCAAACCAGAGCACUAUAGUGAACUCAUAAAGAAAGAAGACCUGAUUUACCUUACGUCAGAUUCACCUAAUAUACUGAAGGAAUUAGAUGAAUCAAAGGCCUAUGUGAUUGGAGGAUUAGUAGAUCACAACCAUCACAAGGGACUCACAUAUAAACAAGCGUCAGAUUAUGGAAUCAAUCAUGCACAGCUCCCACUUGGAAAUUUUGUGAAGAUGAAUAGUCGAAAAGUUUUGGCAGUUAAUCAUGUGUUUGAAAUUAUUCUGGAAUACCUGGAAACAAGAGACUGGCAAGAAGCAUUUUUUACUAUCUUGCCCCAACGGAAAGGAGCUGUUCCCACAGACAAAGCCUGUGAAAGUGCUUCUCAUGACAAUCAGUCUGUCAGGAUGGAGGAAGGUGGAUCGGACAGUGAUUCCAGUGAGGAGGAAUAUAGCAGAAAUGAACUAGAUUCACCACAUGAAGAAAAGCAGGAUAAGGAAAAUCACACUGAAUCUACAGUGAACUCUCUGCCACACUAAUGUUACCUGGUUUCCUUUUAGUUUAAGGAAAAAUUAGGAGAAAGUGAGGUGCUAUAUAGAAUAUUGAAAUUGGAAGAACAUUUUAUUUUCUCUUAUUUCUGUUGUGAUUUUUAAAAACUUUUUUUUGGACCUAAAUAAUAAUAAAAAAAAAAGCCCUUUAAACUUUGUAAGGAAAUAUUUUUUGAUUUUGCGUAAGAAGAUUUAAAUGUGUAUGUGAUUUUUUUUGUUUUUGUUUUUAAAGCCUCAGUAGUUUCUAGAUAAUUUUACUGUAUUAGUAUAUUUUCAUUUUCUUUCAUUUUAUAUUCUUUAGAAUGUGCCUUCUGACCUUUCAGUUUUUUAAUUUUAUAGUCACAUCAACAUCUUUAUGAUCUAUUGCCUAUAUAUCUGUGAGGGCACAUAUUCAUAAAUAUACUGUCAAUCUAUCAGCAUUUGUGUAUGGUAGGUUACCCUCUAUUUGCAGCUUUUAUGUUUAAAUUAGUUACUUGAAAGAAUGUAGUAAUUUUAGGAAGAAGUAUCAGUUUGAUAGACUUAAUAAUUCAUUUCUUUUGGACUAUGGAGCGCAUAUCUGUUCCUUCUUUAUGAUGCCUUUUUAUGGUUCUGAAGUAAUUACUGAAGAGUUGAGAAUCUCUUUAAUGCAUUUUCUUAAUUCUUACAAUGGUGAUAAGUUACUUCAAUUAUAAAAUUGAAUUUUGCAGACUAAAUUAUUUUAUAAGGCUGUUGCUAUUGAAAGAUCAAUUUUGUCUUUACCUGCAUUUAAAAUGGAACAGCUCUUAGCAGCUGUGGUUUUUUUUUCCAUAUUUUUUUUAAAUUUGUUGGCUCUUAAGAUGAAUAAAGUUUAUAGGUGCAUCUGCCUCCUCUUCUCUAAGAAUAUGCAUACUAAUGUUUGUUUCUAUAAAUCAAAUACACAUGUGAUAAUAUGCAUGUAAAUACAUAACUAUCCUCAUCAUGUAUGGCUCUCAGUUCUUAAUUGAUGAUAACAUGAUUGAAUUGCCAUAUAUCUGUAUUACUUGUGUGAAUGGUUGUGUUGAACACGCUAAGAACAAUUUGAAUUUUAUUAAGUACAAAAAUCCUUAACGUUUGUAUGGGAACAUUGGCAAGAAAGAAUAGUGUGAAAGGGAACUGUUUUAGUUUCCUAUCAGUAAUUGUACAUGCAGUUAAAUGUUUAAGGUAAAAUGAUUGGUCUCUGUCACAGCUAAAAGAUUUCAGUAGCCUUCAUUGAGUUUGGGUAAAAUAAGUUGCUGUUCUUUUGUCUUCUUUUUAAUAUAUAAAAGUUAUAUUUAAAAAGUAUAUAACAUACUAUAUAUGUUACAUACUAACAUAUAUAUACACAACAGAAAGUUUAUUGGAUUUAGUACUGAUAUUUACUGUCUAUUUUUGUUACUUUGUUCUUAGUAAUCUAUUAUAGUUACCUAUUUUAAGGUAAGGUCUGUAGGCAAGAUAUGUAAGUAAAGACAAGCCCUACAAUUUUAAAAUAACAAAGCUUAUGUCUUAAGUUGUAUUUUUUCAAAGGUUCAUGUUUUUCUGAGUAAAUGUGGUUUAUUAGCAUGAAAUAUUAUGCCUUUUACUUAAAUUAUUUUAUGUAAAAUAGGGCACUGUUUAAUUAUGAAAGGGGGAAAAUCAUUCCAAAUAAGAGUUUAAUUUUUAUUAAUUAUAAAAAACUCUGUAUUAGUUUCCUAGAUGUGCUAGAACAAAUUACCACAAACUGGGUGGCUUUAAACAACAGAAAUUUAUUCUCUUAACAGUUCCAGAGACUAAAUGUCCAGACUCACAAUGUCCCAGUGCCAUGCUUCCUCCUUAGGCCCUAGGAAAGAAUACUUCCUAGCCUCUUCCUGGCUUUUGGUGGUUGCCAGCAAUCCCUGCUGUUCCUUAGCCUAUAGUGGCUUGACUCCAAUCUCAGUUUUGUUGUCAAGUGGUCUUCUACCCUGUCUUCUAUGUUUGUAUCCGUGUCCAAACUCUUUUUCUAGGGAGACCAGCACUGGAUUAGAGUUCACCAUGAUCCAAUAUGACCUCAUCUUGACUACAUCCGCAAAGACCCUGUCUCCAAAUAAGGUCACAUUUACAGGGUACCAUGUGUUAGGAUUUGACAUAUCUUUUGGGGGACACAAUUCUACCCACUACAGGCCCAUAUCUUAUCUAGGAUGUUGGUGGCAAGAAGGUGAAGAUUACUACCUCUUUUGAUAUAACUAGUUUCUGAGGUAUUUAAAAAUUUGGUUUUAAAAAUAUUAAGCUUUUUGCUCAUUUGCAUGUAUACUUUUCUCUCAACAUUGUUUUGGUUUAUUUAGGUUAUUUGUUAAAACUUCAGUAAAUACUAAAGUUACUUGUAUUAGAACAUAAUAAAAGUAGAGAAUUAAACUACCUAAAUAAAUGCAUCAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-823.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -897.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 1135.84
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.............(((((.(((((.(((((((((...((((((((((((..(((.......)))..))........)))))))))).))))))))).))))).................)))))((((((((((((.((((.......((((.((.(((.(((.(((.......)))..))))))))..)))).......))))..(((((((((.(((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((((...(((...(((..............................(((.........)))(((........)))..........(((.................)))...(((((...(((........)))....))))).........)))..)))...)))))))))))...))))))))))))).))).))).(((((((..(((...(((((((...........))))))).....)))....((..((((.(.(((((...(((....((..((((((((((((...)))))))............))).))..))....)))......))))).).))))..)).(((((((((.(((((((((...((((....))))...)))).........(((((((((((((.(.(((((((.....((((..((.(((.((((((.(((((...........))))).))))))...))).)).)))).((((((((((((((((((((((((((((.................(((((...((((((((((..((((((((((((((.(((.....)))....)))))..(((.(((.((((((....)))))).))).)))..((((((((.....((((((.....))))))..(((((...((((.((.((((((...(((((((((..((((((((.(((((((((((((((((.......))))).((((((.......(((((..((((((.((((((((.(((((((((((((.....)))))).((((((((..(((((((..(((((...(((((..(((.........(((((((((((((((((((((((((((......)))).........((((.((....))....))))((((((..(((((((((......(((((((((((((((((........(((......))).......)))))))))))))))))..((......))..........(((((((((..................)))))))))..)))))))))....))))))((((.(((.((((((.......)))))).))).))))..))))))))))))).)))))))))).........)).)..)))))...))))).)))))))......))))))))......(((((((.......))))))).)))))))..))..........(((((((((((((............(((((((.....(((((.(((....))).))))).....)))))))......((.((((((((((((....))).)))))))))))........((((.((((((.((...........)).))))))..))))((((....(((((.(.((((..((((.((((.((..................)).)))).))))..)))).).)))))...))))((.(((.......)))))((((((((((((((((((((((((((...............))))))))))))....)))))))....))))))))))))))))))))))))))))))))..............(((....)))(((((....))))).))))).......)))))).....))))))))))))......(((((.........)))))...........))))))))....))))))......)))....)))))).))))))..)))))......(((((.((((....)))).))))).......))))))))((((((........))))))................((((((..((.((((...))))..))..))))))...)))))))))....))))).))))).....)))))))).)))))))))........(((((((((((..(((.........(((((..((((((..(((.((((((((....))).(((((..(((((((((.(((.(((((((((...))))))))).))).(((((((....)))))))....((((((.(..(((((..(((..(((.................)))..))).))))).).))))))...........))))))))))))))..((((((((.((((((...))))))))))))))............(((((((((((.....)))))))))))......)))))..)))....)))))).)))))((((.....))))........)))..))))))))))).))))))))...((((((......))))))...(((((((((((.......((.(((((((((((..........((((((.((..(((((.....)))))))))))))......))))..))))))))).(((((((...))))))).((((((....)))))).((((((.((((....)))).))))))...(((((((....(((.(((...((((((.....)))).(((((((((...))))))))).............(((((...((((.(((((.((((.((........)).))))..))))).)))).......))))).(((((.(((((..........))))).)))))..))....))).)))....)))))))..((..((.((..((((((((((((.......))))))).........)))))..)).))..))(((((.....)))))...))).))))))))..(((((((..(((........)))..))))))).))))))))....))))))).).)))))((((((((.....((((((....))))))....)))).))))..))))))))((((......)))).....((((((((.((((........(((((((..((......))........)))))))...))))))))))))))))).)))))))))(((............))))))))))(((.(((((((....))))))).)))..((((((((((........))))).))))).........))))))).(((((((..(((......)))..)))))))........(((......)))......)))))))))..)))))).))))))((((((((((..((((.....((((.(((....))).))))(((((.(((((.....))))).)))))......))))..)))))))))))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((............,(((((.(((((.(((((((((...(((((((((({(..(((.......)))..}}........)))))))))).))))))))).))))).{..........,,...)))))|(((((((((((.{(((..,.,..((((.((.(({.{{(.(((.......)))..}}}}}}))..))))....,..))))..((((((((({(((({((((((((.((((((((((((((((,{(((((((...{({,.....................,.......,|,...,..,..,,,,..,})||{........|||..........|||............,,...}}|....{{((...{(,..,,,...,}...}|}|||||,,,.....}}))})))...))))))))))),..})))))))))))).,,,.|||,(((({{{,.{{{...(((((((...........)))))))...,,|||.,,,{{..((((.(.(((((...(((....((..((((((((((((...)))))))............))).))..))....)))......))))).).))))..||,{.{((({(((((({.((((...((((....))))...))))..,,,....|||{{{{{.,,,,,{.{{{,{{{||||||||||||,.}}}}((((((.(((((...,....,..))))).))))))...{{(((.((((({,((.,((((....)))).|..)})))))).))}.}|,.,,.....,{{{(,{{(((((({{{{,,{{||||{||{{{{{.{{(,....)),....}))))..|{{.,||,|||||,..,,)))))).,},.,}|,.(({{{{|{.....{|||{|....,}|}}}}..{{({(...(((((((,(({{(({{{((({(((((,,((((((({.(((((({{(({{(((((.......))))).{{{{||,,,,...(((({..{{{{{({((((({(((((((((((({{{{{{{,.|||,{{{,,{{,|{{|{(((((((,{(((((...(((((..{{{.{{.{{,.,(((((((((((((((((((((((((((......||}}|,.....,,|{{,.,,....},....}}||((((((..(((((((((,...,.(((((((((((((((((.,......{,,......,}).......))))))))))))))))),}|,{{{{{{,,..{{{,,,,.,,,,|||||}}|.....,,.,.,,,,.||||||,,|.,)}}})))))....)))))}||{{.,,,.{{{{{{.,....})))))),)}}.)}},.,)))))))))))))))}}))))))}....|,,},}}.},.))))).,.||}}}.}}|},||,,|,,,||}}}}}}}}}}}}|||||{({{{{{..,,)))))}},,,,{|{{|,..}}|}...,{(((({{{(((({..........,.(((((((..,,,(((((.(({....}}}.))))).}|,.))))))}.,,..,||.((((((((((({....})).))))))))).,}}},,,,{{({(,({{{{{.||,.,,,..,,,,||,}}}|||,,|}}}||||,..,{(({({({((((,{(({{.{{{{|||,,{,,,....,,|||.,,|||||||((((|{,||,..,}}}}).....,,,||}||{..,,,},)))},((((((((((((((((((((((((((...,......}....)))))))))))).}..,))))}...,))))))))}}))})))}}}}}|,{|,}}}}}}}||||||||||,,},(((,,..|}},{{{{,{{{|||||,,}}}},{,,,,,||||||.....|}|||||||}},...,},|||{(........,))))}........,,,|||}||}|....}}})}),,,,..}}}....}|}}}}.}}})))..}}}}}.,.,,|||(((,((((,,..||||.|||||,}.....}})))))}|{{{{{,....}}})))))}....{{{{,,,{{,..{((({({{(({(((,.,,||||,.}}..}}}}}}...))))))))).,,,))))),))}}}.....},}))))),})))))||||...,,}}{|{{{({{{{{,,(({{,,,....||||{||||,{{{{,.{{{.|{{||,||,},,|,,,({{{,,,|{{{{|{{{,(((.(((((((((...))))))))).))}.(((((((....))))))).,}}|,{{||}|,,|{{||..|||}}{{{,..,.,,,...,|,...}}|,,))}.}}}}}.,.|||}},........,,}))))}))))))}}}..((((((((.((({{,...,))))))))))))).,..........(((((((((((.....)))))))))))....,,}}))},,}}),,,,))}))),}|}))}||||,}.,||||||,...,,|||||||)))))}))}||,|||...,,}|{{{{{....,,)))))),},,|||}|}}|||||||||.|}}}||||{{{(({,{,...,,..,{{{{,,,,..{{{{{.....))))))))}}})}....,||||||{|||||},,,.|||||||}}})}}}}},.((((({....)))))).{(((((.((((....)))).)))))},}}|||||{|},,,,,,,}}}},}|{((({.....)))).,,{,((((((,..,{(((((.....)))))))))))),|,,,((({.(((((.((((.{(|......})).))))..))))).)))).,,,,.,,,,||.(((((.(((((..........))))).))))).}),.|||}}}...})}}|||}||)}..{{..{{.{{..(((({{((((((,{....,))))))).,,..,,,,)))))..)).))..))(((((.....))))).,,,..,(((,.,,,.}|||((((..(((........)))..))))}}{((({{....{{{{{........{{{{{.{{,.,,||.}}}}|,,,.....}))))))}}},})))}))||,,}})}}}}}.,}},,,},.,,||,,},}||||||||.{{{{.,.....,(((((((..{{......}}........)))))))...||||||||}}},,}))))))),},,||((({{......}},.)))))))}))||{.{{(((({....})))))),)),}}|||||,||||}},,....|||||{,,,,|,,.......))},,,)})})}{{({{({......))))}}}.,,.,...}))))}})},,.,,,}),.},...)))))))))..))))))))))))}((((((((((..((((.,...((((.(((....))).)))){((((.(((((.....))))).))))}....,.})))..)))))))))))))))........
Back