Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001134941.3
Sequence Length
1431 nt
GC Content
0.5500
AGUUCCCCAAAGAUAACACAGCUUUGCACAGUGGAUGUUUACUUGCUGGUGGUCUUAUCUAAGAUCAACAUUGGCAGCUGUGCCCGGAGAGGCCUCCAGGGUCCAGGUCCAAUGCACUUCCCUCUCAGAAGAGGCAUCCGCUAAAAUAGGGACCAAAGCUGCUGGAGGGAGGCAAGGCAAGCUGCUAUGUGAAAAAACGCCAGGCCAGGCAGUCAUGUCACACCUGGCAGAAAUGACUGAAGCAUAGCCACUGGCUGAAGUUAUCCCCACACCCACUCUCUGGAGAGGAUGAUCAGGAGCAGUCUGCUCAACCGGGAGGUGGGACUCCUCCUCGGGAAGGUGUAGAAUCACCAGCCUGGCUCCCUGCGGACUCCCGGGGCUCACAGAGGCCAGAGCAGCAACAGCACAUGGGAAACAACGGGGCGCUGGACUGGGGAGGUCUCAGAGCUCUCCUAGUGAUGACAGCCUCAUUUUACCCAGGGAGAAAGGGCGAGUAAGCUAAGGUCACACAGCAACAAAGCUGCACCCAGACCCCAGAGCCACUCUCCUCCCUCCCUCCUCCACCAGGGCCAUGCCCACUUGGGGCACCCCGCCACCGUGUUCCAGGGACAGCUGGAGCACAUGCUUCUUCCCUCGCCAACCCAGCAAUUCCGCAGGGCAUCUGACCUCCACUGUUGACUUCUACCCAGAGGACAAGAACAUUUUUAGUUCCCAAGGAAUGUACAUCAGCCCCACGGAAGCUAGGCCACCUCUGGGAUGGGGUUGCUGGUUUAGAACAAACGCCAGUCAUCCUAUAUAAGGACCUGACAGCCACCAGGCACCACCUCCGCCAGGAACUGCAGGCCCACCUGUCUGCAACCCAGCUGAGGCCAUGCCCUCCCCAGGGACCGUCUGCAGCCUCCUGCUCCUCGGCAUGCUCUGGCUGGACUUGGCCAUGGCAGGCUCCAGCUUCCUGAGCCCUGAACACCAGAGAGUCCAGAGAAAGGAGUCGAAGAAGCCACCAGCCAAGCUGCAGCCCCGAGCUCUAGCAGGCUGGCUCCGCCCGGAAGAUGGAGGUCAAGCAGAAGGGGCAGAGGAUGAACUGGAAGUCCGGUUCAACGCCCCCUUUGAUGUUGGAAUCAAGCUGUCAGGGGUUCAGUACCAGCAGCACAGCCAGGCCCUGGGGAAGUUUCUUCAGGACAUCCUCUGGGAAGAGGCCAAAGAGGCCCCAGCCGACAAGUGAUCGCCCACAAGCCUUACUCACCUCUCUCUAAGUUUAGAAGCGCUCAUCUGGCUUUUCGCUUGCUUCUGCAGCAACUCCCACGACUGUUGUACAAGCUCAGGAGGCGAAUAAAUGUUCAAACUGUAUGCUGAUGUUCCAAAUGGGAAUUUAUUUCAAAGAGGAAAAGUUAAUAUUUUACUUUAAAAAAAUCAAAAUAAUACAAAUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-527.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -549.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 334.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((.......((((((((..((((...((((((((((.((((...(((((((....))))))).((((((.(.(((.((((((((....)))).)))).))).)))))))......(((((....)))))..(((.(((...)))))).....(((((((((((((((.(((((.((..(((((((........((((((...((((....))))...)))))).............)))))))..))(((((......((((.....(((.....)))((((((((.....(((((...)))))..((((((((.......))))).)))...((((......)))).(((((((((((((((((......(((......((((..((((((((....))....(((.......(((((.....(((((((((.((...)).))).)))))).......)))))......)))((((((..((((.((((..(((..((((...((((......))))......))))....))).))))))))..)))))).........((((...))))....(((((.....))).))(((((((((......))))))))).))).)))..)))).....)))......)))))))))..((((.((((..(((((((((((((((((((((...........(((((((((...((..((.....))..))...)).)))))))...))))))))(((((((.((((((...........)))))).)))))))....((.((((........))))..)).((((.((..((...(((((((......))))))).))..)).)))).....((((....)))).(((..((.((((.((((((.(((((..(((.((((((((...((((.......((((((...((((((.((((((.....))).).)).))).))).))))))......)))))))))).))..)))...)))))....))))))..)))).))..)))....)))))))).)))))..))))))))((.((((((((....))))))))...))....(((((......)))))(((((...((........)).)))))..))))))))((((((((....)))))))).))))))))))))...((((.....)))).))))).....(((......)))..))))).....)))))))))).....(((((((.......(((.....)))))))))))))))..((((...((((........)).)).)))))))).))))))))))...)))).)))).))))......))))))..........((((.(((((....))))).))))............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((((.......((((((((..((((..,(((((({(((,((((({{(((((((....))))))}.((((((.(.(((.((((((((....)))).)))).))).)))))))..,,{{(((({{{{.||,||..(((.(({...}))))),,...,||,}||||||||||.{,(((,.,.||||,{((.......,((((((...((((....))))...))))))....,{{{{{..{||,|||,..}}||||,.}}}}}|,((,....(({.....}))((((((((.....(((({...)))))..((((((((.......))))).)))...((((......)))).(((((((((((((((((......(((......((((..((((((((....))...,(((.{{.,,.(((((,,...(((((((((.((...)).))).))))))...,...))))).,}}}.)))|(((((..((((.((((..(((..((((...((((......))))......))))....))).))))))))..)))))}...,,....((((...))))...,||(((.....))).,,(((((((((......))))))))).)))}}))..)))).....))).,....)))))))))...,{(,{{{{,,,,|{||,,,((({((((((((..........,{(({((({(...((..{(.....)}..}}...)),,}))})}...)))))))),||||(({((((((...{,,,..,.,}},)}.,||||,,...}}}}(((({{{{{...,.||{{...((((.((..((...(((((((......))))))).))..)).))))...}}}|,({{...,)),,,,{{(((,((({(({{((,({{(({.{(({,(((((({...{{|{...|,|,((((((...{{{{{(.|{{(((.....))).).)),))).))}.))))))......)}}}||||||,.|{{|,|{{.,,}})}}.,))),))}}))}}.|),,,)),.,.,))))))},.))))}.(((((...,{.((((((((....)))))))).)))))).,{((((......))))}|||||}}}|,}}},...}))})))))..))))))))((((((((....)))))))).))))))))))),.{.((((.....)))),)}))},..,,|||,.,,.,)))..|||}}..,..}}}|}}}}}||||.,{(((((.,......}))))}|,||||((({.(((((((..{{....}}.))))))).))))...)})))))).)))}}))))}...)))).)))).))))......))))))}...,,....({({.((({{....,)))}.))))............................
Back