Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001135242.2
Sequence Length
3422 nt
GC Content
0.5620
AAACCUCGCCUGGCUCCCAGCUGGUGCUGAAGCUCGUCAGUUCACCAUCCGCCCUCGGCUUCCGCGGGGCGCUGGGCCGCCAGCCUCGGCACCGUCCUUUCCUUUCUCCCUCGCGUUAGGUAAGCCCGCGCCCUCUUCUCCCAGGCGCGACGCGGAGCAGAAAGGGGCCGCCCGUGCGGUGCCGCUGGAGCGCCAGGACCGCCCUUUGUAGCCCCGCGUACUCCAGGAGUAAGCGCCCCGGAGCUGCAAGUGCGCGGUCACCCCGGGGCGCGGGCGCGAGGGGGCUUUGGGUGCAGACACCGCUGAAGUGGGGGGUUCAAUUACGGAAAGGGAGGAAAAAAAGACAGGGUCCCAUUCAUCUCCCCCCUAGCUGGGGAUUGGGGUUCUGGAGGUCGGGAAGGGGGCGAUGAGACGGUCCGAAAAAAUACCAGGAUAGCGUUUCCUGGCGUCGUCUCCGAAUCCCAGCUGGCGCCGCUGGCAGGGGUGCGCGCUGGACGUGGGUGCAGAAGGGACUAGGCAGGUGACAGCAGGGACAUGUCUCGGGAGAUGCAGGAUGUAGACCUCGCUGAGGUGAAGCCUUUGGUGGAGAAAGGGGAGACCAUCACCGGCCUCCUGCAAGAGUUUGAUGUCCAGGAGCAGGACAUCGAGACUUUACAUGGCUCUGUUCACGUCACGCUGUGUGGGACUCCCAAGGGAAACCGGCCUGUCAUCCUCACCUACCAUGACAUCGGCAUGAACCACAAAACCUGCUACAACCCCCUCUUCAACUACGAGGACAUGCAGGAGAUCACCCAGCACUUUGCCGUCUGCCACGUGGACGCCCCUGGCCAGCAGGACGGCGCAGCCUCCUUCCCCGCAGGGUACAUGUACCCCUCCAUGGAUCAGCUGGCUGAAAUGCUUCCUGGAGUCCUUCAACAGUUUGGGCUGAAAAGCAUUAUUGGCAUGGGAACAGGAGCAGGCGCCUACAUCCUAACUCGAUUUGCUCUAAACAACCCUGAGAUGGUGGAGGGCCUUGUCCUUAUCAACGUGAACCCUUGUGCGGAAGGCUGGAUGGACUGGGCCGCCUCCAAGAUCUCAGGAUGGACCCAAGCUCUGCCGGACAUGGUGGUGUCCCACCUUUUUGGGAAGGAAGAAAUGCAGAGUAACGUGGAAGUGGUCCACACCUACCGCCAGCACAUUGUGAAUGACAUGAACCCCGGCAACCUGCACCUGUUCAUCAAUGCCUACAACAGCCGGCGCGACCUGGAGAUUGAGCGACCAAUGCCGGGAACCCACACAGUCACCCUGCAGUGCCCUGCUCUGUUGGUGGUUGGGGACAGCUCGCCUGCAGUGGAUGCCGUGGUGGAGUGCAACUCAAAAUUGGACCCAACAAAGACCACUCUCCUCAAGAUGGCGGACUGUGGCGGCCUCCCGCAGAUCUCCCAGCCGGCCAAGCUCGCUGAGGCCUUCAAGUACUUCGUGCAGGGCAUGGGAUACAUGCCCUCGGCUAGCAUGACCCGCCUGAUGCGGUCCCGCACAGCCUCUGGUUCCAGCGUCACUUCUCUGGAUGGCACCCGCAGCCGCUCCCACACCAGCGAGGGCACCCGAAGCCGCUCCCACACCAGCGAGGGCACCCGCAGCCGCUCGCACACCAGCGAGGGGGCCCACCUGGACAUCACCCCCAACUCGGGUGCUGCUGGGAACAGCGCCGGGCCCAAGUCCAUGGAGGUCUCCUGCUAGGCGGCCUGCCCAGCUGCCGCCCCCGGACUCUGAUCUCUGUAGUGGCCCCCUCCUCCCCGGCCCCUUUUCGCCCCCUGCCUGCCAUACUGCGCCUAACUCGGUAUUAAUCCAAAGCUUAUUUUGUAAGAGUGAGCUCUGGUGGAGACAAAUGAGGUCUAUUACGUGGGUGCCCUCUCCAAAGGCGGGGUGGCGGUGGACCAAAGGAAGGAAGCAAGCAUCUCCGCAUCGCAUCCUCUUCCAUUAACCAGUGGCCGGUUGCCACUCUCCUCCCCUCCCUCAGAGACACCAAACUGCCAAAAACAAGACGCGUAGCAGCACACACUUCACAAAGCCAAGCCUAGGCCGCCCUGAGCAUCCUGGUUCAAACGGGUGCCUGGUCAGAAGGCCAGCCGCCCACUUCCCGUUUCCUCUUUAACUGAGGAGAAGCUGAUCCAGUUUCCGGAAACAAAAUCCUUUUCUCAUUUGGGGAGGGGGGUAAUAGUGACAUGCAGGCACCUCUUUUAAACAGGCAAAACAGGAAGGGGGAAAAGGUGGGAUUCAUGUCGAGGCUAGAGGCAUUUGGAACAACAAAUCUACGUAGUUAACUUGAAGAAACCGAUUUUUAAAGUUGGUGCAUCUAGAAAGCUUUGAAUGCAGAAGCAAACAAGCUUGAUUUUUCUAGCAUCCUCUUAAUGUGCAGCAAAAGCAGGCGACAAAAUCUCCUGGCUUUACAGACAAAAAUAUUUCAGCAAACGUUGGGCAUCAUGGUUUUUGAAGGCUUUAGUUCUGCUUUCUGCCUCUCCUCCACAGCCCCAACCUCCCACCCCUGAUACAUGAGCCAGUGAUUAUUCUUGUUCAGGGAGAAGAUCAUUUAGAUUUGUUUUGCAUUCCUUAGAAUGGAGGGCAACAUUCCACAGCUGCCCUGGCUGUGAUGAGUGUCCUUGCAGGGGCCGGAGUAGGAGCACUGGGGUGGGGGUGGAAUUGGGGUUACUCGAUGUAAGGGAUUCCUUGUUGUUGUGUUGAGAUCCAGUGCAGUUGUGAUUUCUGUGGAUCCCAGCUUGGUUCCAGGAAUUUUGUGUGAUUGGCUUAAAUCCAGUUUUCAAUCUUCGACAGCUGGGCUGGAACGUGAACUCAGUAGCUGAACCUGUCUGACCCGGUCACGUUCUUGGAUCCUCAGAACUCUUUGCUCUUGUCGGGGUGGGGGUGGGAACUCACGUGGGGAGCGGUGGCUGAGAAAAUGUAAGGAUUCUGGAAUACAUAUUCCAUGGGACUUUCCUUCCCUCUCCUGCUUCCUCUUUUCCUGCUCCCUAACCUUUCGCCGAAUGGGGCAGCACCACUGACGUUUCUGGGCGGCCAGUGCGGCUGCCAGGUUCCUGUACUACUGCCUUGUACUUUUCAUUUUGGCUCACCGUGGAUUUUCUCAUAGGAAGUUUGGUCAGAGUGAAUUGAAUAUUGUAAGUCAGCCACUGGGACCCGAGGAUUUCUGGGACCCCGCAGUUGGGAGGAGGAAGUAGUCCAGCCUUCCAGGUGGCGUGAGAGGCAAUGACUCGUUACCUGCCGCCCAUCACCUUGGAGGCCUUCCCUGGCCUUGAGUAGAAAAGUCGGGGAUCGGGGCAAGAGAGGCUGAGUACGGAUGGGAAACUAUUGUGCACAAGUCUUUCCAGAGGAGUUUCUUAAUGAGAUAUUUGUAUUUAUUUCCAGACCAAUAAAUUUGUAACUUUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1332.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1391.30
Frequency: 0.0000
Diversity: 780.29
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((.((((((((((........))))(((.(((((.((((((.((((((((.((((.((((((((((((.(((.((((.((((..((((........(((((((((....(((..(((((((((((.........(((((..(((((.((.(...(((....)))...).)).)))).)..)))))..(((((((.(((((((((((((.(((((...))))).)))....)).)))))))).).)))))).....)))))))))))(((((..((((.(((((((...(..(((((..(((((((......((.(((...((((((.......(((...))).......)))))).....((.(((((((((((((((((.(((((((((((((((...((((((((((............))))..))))))...(((((((((.......((((..(((((((((((((((.(.(((.(((((..(((((((.((..(((((((.((((((((((((((((.(((((.((....))(((((((.....(((((...)))))...(((..((((((............))))))..))).)))))))((((((((((((((.......))))))).)))))))))))).)))))))...))))).)))).)))...)))).(((........)))......)))))))))((((.(....)))))..........(((((........((((.........))))....))))).......))))).)...))).))))))).)))).)))).))))......))))))))).)))))))))))....(((((....)))))(((((.((.((.((((((((.(((((((.....(((((...........)))))...)))))))...((((((((((((((.(((((.(((...........((.((((((..........((((((((..((((((((((.((((..(((...((...(((....).))...))..))))))).))))..))))))..))))))))..........(((((((.((((((....))))))..(((((....))))).......)))))))...(((...(((((........)))))...)))...))))))))..........)))..))))).))))))).)).))))).....))))))))..))))))))).......))))....)).)))))))...))))).))).)).(((((((....((((((((((((((..(((..((((.(((.....)))...))))((((...))))....)))..)))))).........(((.....))).(((((.((((((..(((.......((...((((((.(((...))).)))).))...))..((((...))))((((((((.....)))))))).((((.((..((((.((.....))))))..))..))))......(((((.(......).))))).)))..)))))))))))....))))))))))))))))))))....)))))))..)))))..)))))))).)))).)))))..))).))))))))).......))))...(((.((((((.((((.((((((....)))))..).)))).)))...))).)))....)))))))))))..)))))))....)))))))))(.((((((((...(((((((((.(((.((((.(((((....((((((((((((...((((((.(.....).))))))....(((.((((((((((...)))))))))).)))((((((.....(.(((((((...))))..)))))))))).)))))))).))))(((((.....(((.(((.((..((......))...)).))))))))))).....((((((.....))))))((((((((.((((((((.(((((((.((.(((.....((((((((......))..............(((.......)))(.(((((((((((((((((((...(((((.((((((....)))))).))))).(((((.(((((((.(((((..((((.(((((((...)))))))..........(((((((((((.....)))))))))))..................))))..))))).)))..)))).)))))((((...(((((((.....(((.((((..(((((((((((......))))(((.((.((....)))).))).((((((((...)))))))).......(((((((.(((.(((..((((......))))((....))..((((.........))))....((((((((.((.....)).))).)))))...............(((((....))))))))))).)))))))((((((.........))))))))))))))))).)))..))).))))....)))).......)))))))).)).......))))))))).).(((((.....)))))))))))(((((....))))).((((((.(........).))))))))).))..)).))))).))).)))))..)).).)))))....))))).)))).)))...)))))))))((((.(((((....)))))..))))....))))).))).).(((...((.(((((.((((((((((((((((....(((..(((...((((((.......))))))..)))..)))...))))))))))((((((((..(((((((......))).)))).....))))))))..)))))).))))).))...)))...))))))).).))))))))))).)))..)))))).).))).)))....(((((((..(((((((((((...(((((((((..((((((.......(((((((((((((((((((((((.....(((((((....))((((((..(((((.((((....))))..)))))..)))))).((((((.((.(((((((..(((.(..((((((((((((......(((((((((...)))))))))))))))))))))..).)))..)).))).))..)).)))))))))))......))))....))))..)))))))))))))))....((((((.((((((.(((..(((.((((...)))).)))..)))...)))))).))))))...((((((((((((.(.....).)))))).))))))...((((((((..(((((.((((....)))))))))...))))))))..))))))..)))).))).))....))))).....)))))).(((.....)))...)))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......({(((((.(((((((((((((((......}))),.})))}...((((((((...))).)))))))))))..)))))}((((((((((((((({({,..,,(((((((.........(((((((((((.........(((((..(((((.((.{...(((....)))...}.)).)))).)..))))).}(((((({,(((((((((({(({(((((...)))),.)))}...)).)))))))).).)))))).....))))))))))))))))))((((((((((((...(..(((((..(((((((((((((((..{(...((((((.......(((...)))....,..}))))}|||..,{.|||((((((((((((((.(((((((((((((((...((((((((((............)))}..))))))...(((((((({..,....((((..((((((((((((((({({(,(.(((((..(((((((.,{..(((((((.((((((((((((((((.(((((.{{....},(((((((.....(((((...)))))...(((..((((((............))))))..))).)))))))((((((((((((((.......)))))))})))))))))))).)))))))...))))).)))).)))...})))..((....}}.|}}}|||.|,}}))})))){{{|.|....}))))..........(((((........((((,........))))....))))).......))))).}..,))).))))))).)))).)))).))))....,.))))))))).)))))))))))....(((((....)))))(((((.((.((.((((((((.(((((((.....(((((...........)))))...)))))))...(((((({(((((((.(((((.(((...,{.......{{{{.(({{.........((((((((..((((((((((.((((..,((...{{...{((....,.)}.,.)},,)),)))).))))}.})))))..)))))))).,,.......(((((((.((((((....))))))..(((((....}}))).......)))))))...((({..(((,|...},,.,,)))).}})),}}||,,....,,}}}......)))..))))).))))))).}),})))).....))))))))..))))))))).......))))....))})))))))...}}}}|.||}.||{(,{(,{{||.{(({.({{{{(((,,..)}}}.|}}|.||}}.|,.,}},},}}}}{{{{...,}}}..}}))))))))......,.....|||......,,.{((((.((((((..(((..{,{.{((...{{((((.(((...))).)))).)),,.....((((...))))((((((((.....)))))))).((((.((..(({{{((.....))))))..))..))))..,},.{{|{|.|.....,),))))}.)))..))))))))))))))))..)))))..)))))))))))}}((((((((.((.(((((((({..{((({{.{((((((((.((((((((({,(((,{{(.{{,.{(((((({,,{{{,((((({((((....)))),..{({||,..,||,{{((((((({{{.{,,.((((((..((...)).)))))).}.)))....)))))))}},{||||||{.(((,(((({(((((,...((((((((((((....,,,,({({{,..|.|}}},,....(((.((((((((({...}))))))))).))){(((((,....,.{||||,,..,,))))})),,}}}}},.)))))))).)))){((({.....(({{(((.((..((......)).}.)).))))}))))}}.....((((((.....)))))){{{{{{{,{{({{{{{|,|{{{{{,.{{,(({.....{{{{{{({.,.,..||..............(((..,....})){.(((((((((((((((((((...(((((,((((((....}}}}}|,|}|||.(((((,({{((((,,{{{{..||||,(((((((...))))))).{,,......,|||{{{{{{{....})))))))))))....,|}.}...},}}}})))}..}}}},.}}}..,}}|,||}}|((((...(((((((.....(((.((((..((((((({(((......)))}|,,..{,,.,,,{{{{,,(((,,,,,.||}},.})))))}|||.,,|{(((((((,{(..(((..,,||}..,,,)))},....,}}|,|{{{.........)))),,,.{(((((((.((.....)).)))},))))...,..........,(((((....))))})}}}}}.}))))}}((((((.........))))))})))))))))).))),.))),,))),,,.))))},.....)))))))).)).......})))))))).}.{((((.....)))))}}}}}}(((((....))))).|(((((.(....,,,,|,|}}}}))))}))}.}),))))}.})),)))))}})).).)))))}}}},))))}))))})),.,,}))))|||,....}}},))).,))))))))).))))}.))}.....,.)}.}}}}}|,.(((((.((((((((((((((((....(((..(((...((((((.......))))))..)))..)))...))))))))))((((((((.{(((((((......))).))))...,.))))))))..)))))).))))).,,..))))))))).)),))))))))))}}}.....,.}))))}))))}})))))....{((((((..(((((((((((,{{({(((((((..{{{{{{.,,....(((((((((((((((((((((((...{({({{.{{....))((((((..(((((.((({....})))..)))))..)))))).((((((.({.(({((((..(((.(..((((((((((({,,....{((((((((...)))))))))))))))))))))..).)))..))}))),))..)).))))))|}}}}......))))....))))..)))))))))))))))....((((((,((((((.(((..(((.((((...)))).)))..)))...)))))).)))))).,{((((((((((((.(.....).)))))).)))))).,,(((((((({.(((({{((((....))))))))).}.))))))))..)))))}.,))},.})).))}}..))))}....,)))))).{{{.....}}}...))))))}
Back