Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001135700.2
Sequence Length
4997 nt
GC Content
0.3960
CUCGGGGACCCAAGCGCGAGGGAAAGGCCUGGCCGAGAGCGGGCCGGAGCCCAGGCCUGGCGCGGCGGCGCCCGCCAGAACAUCCAGUCAUGGAUAAAAAUGAGCUGGUUCAGAAGGCCAAACUGGCCGAGCAGGCUGAGCGAUAUGAUGACAUGGCAGCCUGCAUGAAGUCUGUAACUGAGCAAGGAGCUGAAUUAUCCAAUGAGGAGAGGAAUCUUCUCUCAGUUGCUUAUAAAAAUGUUGUAGGAGCCCGUAGGUCAUCUUGGAGGGUCGUCUCAAGUAUUGAACAAAAGACGGAAGGUGCUGAGAAAAAACAGCAGAUGGCUCGAGAAUACAGAGAGAAAAUUGAGACGGAGCUAAGAGAUAUCUGCAAUGAUGUACUGUCUCUUUUGGAAAAGUUCUUGAUCCCCAAUGCUUCACAAGCAGAGAGCAAAGUCUUCUAUUUGAAAAUGAAAGGAGAUUACUACCGUUACUUGGCUGAGGUUGCCGCUGGUGAUGACAAGAAAGGGAUUGUCGAUCAGUCACAACAAGCAUACCAAGAAGCUUUUGAAAUCAGCAAAAAGGAAAUGCAACCAACACAUCCUAUCAGACUGGGUCUGGCCCUUAACUUCUCUGUGUUCUAUUAUGAGAUUCUGAACUCCCCAGAGAAAGCCUGCUCUCUUGCAAAGACAGCUUUUGAUGAAGCCAUUGCUGAACUUGAUACAUUAAGUGAAGAGUCAUACAAAGACAGCACGCUAAUAAUGCAAUUACUGAGAGACAACUUGACAUUGUGGACAUCGGAUACCCAAGGAGACGAAGCUGAAGCAGGAGAAGGAGGGGAAAAUUAACCGGCCUUCCAACUUUUGUCUGCCUCAUUCUAAAAUUUACACAGUAGACCAUUUGUCAUCCAUGCUGUCCCACAAAUAGUUUUUUGUUUACGAUUUAUGACAGGUUUAUGUUACUUCUAUUUGAAUUUCUAUAUUUCCCAUGUGGUUUUUAUGUUUAAUAUUAGGGGAGUAGAGCCAGUUAACAUUUAGGGAGUUAUCUGUUUUCAUCUUGAGGUGGCCAAUAUGGGGAUGUGGAAUUUUUAUACAAGUUAUAAGUGUUUGGCAUAGUACUUUUGGUACAUUGUGGCUUCAAAAGGGCCAGUGUAAAACUGCUUCCAUGUCUAAGCAAAGAAAACUGCCUACAUACUGGUUUGUCCUGGCGGGGAAUAAAAGGGAUCAUUGGUUCCAGUCACAGGUGUAGUAAUUGUGGGUACUUUAAGGUUUGGAGCACUUACAAGGCUGUGGUAGAAUCAUACCCCAUGGAUACCACAUAUUAAACCAUGUAUAUCUGUGGAAUACUCAAUGUGUACACCUUUGACUACAGCUGCAGAAGUGUUCCUUUAGACAAAGUUGUGACCCAUUUUACUCUGGAUAAGGGCAGAAACGGUUCACAUUCCAUUAUUUGUAAAGUUACCUGCUGUUAGCUUUCAUUAUUUUUGCUACACUCAUUUUAUUUGUAUUUAAAUGUUUUAGGCAACCUAAGAACAAAUGUAAAAGUAAAGAUGCAGGAAAAAUGAAUUGCUUGGUAUUCAUUACUUCAUGUAUAUCAAGCACAGCAGUAAAACAAAAACCCAUGUAUUUAACUUUUUUUUAGGAUUUUUGCUUUUGUGAUUUUUUUUUUUUUGAUACUUGCCUAACAUGCAUGUGCUGUAAAAAUAGUUAACAGGGAAAUAACUUGAGAUGAUGGCUAGCUUUGUUUAAUGUCUUAUGAAAUUUUCAUGAACAAUCCAAGCAUAAUUGUUAAGAACACGUGUAUUAAAUUCAUGUAAGUGGAAUAAAAGUUUUAUGAAUGGACUUUUCAACUACUUUCUCUACAGCUUUUCAUGUAAAUUAGUCUUGGUUCUGAAACUUCUCUAAAGGAAAUUGUACAUUUUUUGAAAUUUAUUCCUUAUUCCCUCUUGGCAGCUAAUGGGCUCUUACCAAGUUUAAACACAAAAUUUAUCAUAACAAAAAUACUACUAAUAUAACUACUGUUUCCAUGUCCCAUGAUCCCCUCUCUUCCUCCCCACCCUGAAAAAAAUGAGUUCCUAUUUUUUCUGGGAGAGGGGGGGAUUGAUUAGAAAAAAAUGUAGUGUGUUCCAUUUAAAAUUUUGGCAUAUGGCAUUUUCUAACUUAGGAAGCCACAAUGUUCUUGGCCCAUCAUGACAUUGGGUAGCAUUAACUGUAAGUUUUGUGCUUCCAAAUCACUUUUUGGUUUUUAAGAAUUUCUUGAUACUCUUAUAGCCUGCCUUCAAUUUUGAUCCUUUAUUCUUUCUAUUUGUCAGGUGCACAAGAUUACCUUCCUGUUUUAGCCUUCUGUCUUGUCACCAACCAUUCUUACUUGGUGGCCAUGUACUUGGAAAAAGGCCGCAUGAUCUUUCUGGCUCCACUCAGUGUCUAAGGCACCCUGCUUCCUUUGCUUGCAUCCCACAGACUAUUUCCCUCAUCCUAUUUACUGCAGCAAAUCUCUCCUUAGUUGAUGAGACUGUGUUUAUCUCCCUUUAAAACCCUACCUAUCCUGAAUGGUCUGUCAUUGUCUGCCUUUAAAAUCCUUCCUCUUUCUUCCUCCUCUAUUCUCUAAAUAAUGAUGGGGCUAAGUUAUACCCAAAGCUCACUUUACAAAAUAUUUCCUCAGUACUUUGCAGAAAACACCAAACAAAAAUGCCAUUUUAAAAAAGGUGUAUUUUUUCUUUUAGAAUGUAAGCUCCUCAAGAGCAGGGACAAUGUUUUCUGUAUGUUCUAUUGUGCCUAGUACACUGUAAAUGCUCAAUAAAUAUUGAUGAUGGGAGGCAGUGAGUCUUGAUGAUAAGGGUGAGAAACUGAAAUCCCAAACACUGUUUUGUUGCUUGUUUUAUUAUGACCUCAGAUUAAAUUGGGAAAUAUUGGCCCUUUUGAAUAAUUGUCCCAAAUAUUACAUUCAAAUAAAAGUGCAAUGGAGACCUUGGGGUCUUUAUUUCCAGGAGAAAAGAUACCUUCUGCAUCUAGGGCAACAAUCCUUUUCCCUCGCAGCUCUUUCUUUUACCUCACUUACUGAUUUCUCCUGACCCCCAAGCCAAGGAGGUAAAAUAAUUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAAAGUAAUUAUAUUUUAUAGCUAGACUGAAGAGGUGGGAAUUUUUUUGUUGUUUUUUUUUUUUUUGGAGACAAGAGUCUUGCUCUGUCACCCAGGCUUGAGUGCAGUGGUGCGAUCUCGGCUGAGUGCAACCUCCGCCUGCUGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGGUGCCCGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUGUGUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACCAUGUUGUCCAGGCUGGUCUUGAAUUCCCGACCUCAGGCAAUCCGCCCAUCUCAACCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUAAGCCACCGCGCCCAGUAGAGAUGUGAUAUUAUUCAAGUAAAUAAAACCUGAAACUUGGCACAUUUGCCUAUUUAAUGUGCAUCAGUCAUCUGAACUAGGUUGAUCCUGGAAUAAUGAAAACACUUCACUAGUAUUAACUAAUGUUUUCUACAUAGUAGUUCCCAAUAGAUUAAGGAAAAUUUCCAACCUGAGAUUCUUUGUUUUGGAAUUUGAAUAAUGUGUUUGUAACUAUUCCUUGAUUGUCCCAAAUCCAGGCUUUACGUCUGCUUUUGUCAAUGUAACAUCCUAGUGCCAGGAAAUUGGAAAAUCCAAUGACUUUUUGUGUGUAAAGUACUGGAAUUUUUUUGUUCGUUUGUUUUUAAGACGGAGUGUCAACUCUCGCCCAGGCUGGGGUGCAGUGGCCUGAUCUCGGCUCACUGCAACCUUCUCCUCCCAGGCUGAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCGCAAGUAGCUGGGACUGCAGGCAUGUGCCACCACUCCUGGCUAAUUAUUUGUAUUUUUAGUAGAGAGAGGGUUUCACCGUGUUAGCCAUGAUGGUCUCAUUCUCCUGACCUUGUGAUCCGCCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACUGUGCCCACCCUGGUAUGUUUUUUUUAAAUUGGCCACUUAAGAGUUGUCCUUCAGAAAGUGGAGCAGCAGUGUGAUUAGUAAAAACGAUGGGCUUUCCUGCAGCUCUGGCUUAUGGUCUUUGUUUUUCCAGUUAACAGCUGUUACUUCAUGCUGUUAUAGGGGGUGGGGGGAGAAAGAGAAAGAAUAUGUCUAGUGGCUUAAUUUUGGGGCUCAAUUUGUUUAUUAUGUUUUUCCUGCAAAAGAGUCACCAGUCUUGUCAUGGCUCAAUGCAUAUUUUAAAAUGAGUCAAAGCCAAUUUGGAAGCUGCUAUCUUAGGUUAUUUGUAGUCAGGCUUCAAAUGGAGAGUGAAACUUUGACUUUGAAAACUGGUGCUCUAUGCUCAAUGAUGGUCUUACACAUUCCUCUAGGGAAAGGUCAAGAAAUAAAUUUGGCUUGAUUGUAUUCUCUCAUUUACCAUAUAGGAAAUACUAUGGUAGAACUGAAAAUAUGUACAAUAGUAAAGUGGUGGCUGAGACUGGGCACUUGGAAAAUAGACUUGGAUUCUUUUCUAAGUGUGAAACUAAUUAAAUACUUUUAUGUGACUGGUAGUAGUCACAGUCUCCUUGAUUGAUUCUAGUUCCUUUUCAAAGUGGAGAGACCUGAAUAUAGAUUGUAACAGGAUGUCCAACCUUGCCAGACAAGCAGGCAUAUAUGUCUCUGGGAUGCAGAAGCAGUUACAAGUUAAUAUAUUUAAGCAUAAUGUUAGCCAAUCCUAGGUGAUACCAGAGAUGUGAAUAUUUGAUCAUAUUUGAGUUCAUUCCUUGAAAGUCCAAACCUAACUGGUCUUAAUUGAUUACUUCUUAGUAUUCCGAAUUUUAGAAUUUAAAACCCUAUGAAUUUUCAGUUUGUGCUUACAUUUUCUAACAUUGGAUGUUUGCUUUGGCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1377.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1477.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 1270.92
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((..((...((((.(((....(((((((((.......)))))).)))....))).))))...))..)))(((((((((((((((..((((.(((..(((((.((((((((.(((((...)))))..(((((((..((.((........)).)))))))))......)))).))))...(((((((.((((((...((((..(((((((...)))))))..))))..(((((.....)))))((((((.(.(((((((....(..((((...((((((((((.....((((((((((((........((((((((((((((...(((((((.((.((.(((((((((..((....((((((((..((((....)))).))))))))....(((((((((..(((((((.(((((...)))))((((......))))((((((.((.(((((((.((((.(((.(((((.(((((.((..((((..((((((..((((((........))))))))))))..))))...))..))))).)))(((((.......)))))((((..((.......))..))))....((((((.((((.(((((((.(((((((.((((..............))))....)))))))(((.((((.((((.....(((.(((((....))))).....((..((((((....))))))..)).))).....)))).)))).))).(((((((((...............))).))))))((((((.(((.(((((.(((((.((.((....(((((((..((((((.............))))))..)))))))..)).))((((.............(((((((...((((((......(((...(((((......)))))..)))....))))))))))))).............)))).......)))))..)).))).)))))))))....)))))))..)))).)))))).........))))).)))).))))))).)).))))))......)))))))..)))))))))...((.((((((((.((..(((((((.((((.(((((((((((((((((..(((.(((((.(..((((((.....((((....(((........)))..))))..))))))..))))))(((((.((...((((.(((.((...((((.......((((((.(((((((.....(((((...(((((((((....(((((((((.(((.......(((((((((..((((........)))).))))))))).((((.....)))).....))).)))))))))....))))))))).((((((((((((((((((..((((.((((.....)))).))))..)).)))))..(((((((((...((((((..(.(((((((((......((((((((..(((...................((((.((((((((...(((((.((((.(((((((((((((.(((((((((((...((((((((((.(((......))).))))))))))...)).....(((........))).......)))))))).).)))))))))))))..)))).))))).........))))))))...)))))))..))))))))))))))))).)...)))))).)))))))))...)))))))))))(((.(((((((...)))))))))).((..((((....))))..))..(((((.........)))))((((((...((((((((.......))))))))...))))))....((((........))))..((((....((((....))))...))))(((((((.....)))))))..........)))))..))).(((((.((((....))))....)))))......................))))...))))))..........))))...))))))))).)).)))))..((.((((((((.(((.(((((((..(.....)..))))))).)))...))))))))..))(((((((...((((.(((((..(((..........)))))))).))))))))))))))..))))))))))))).....(((((.........))))).......)))).)))).))))))).(((((......)))))...((((((...)))))).)).)))))))).)))))))))))))..)))).))))))).)))))))..(((((........)))))..))))))).))))))))))))((((((((..........)))))))))).)))))))).....)))).))))))))..).)))))).....(((((...))))).(((((((.......(((((((((((((((((((.................((((....((((..(......)..)))))))).((((........))))..............)))))))))))...(((((((..........(((.((((((((((((((...((((((((........((((...........))))..((((((...((((((...((((..(((((((((((.(..........((((((...((((((((((((((......)))).))))))))))...((((.....)))).((((((((((((((....(((((((....(((((((.((((((..((..(((((....)))))..)).....))))))(((((.(((((((..(((((((..(((.(((((((...........(((((((((((((((.(((.....(((....((((((..((((.(......).))))....))))))..)))....))))))))))....((((((((((....))))))))))((((((((((((((..(((.........)))(((((((.....(((((....(.((((((.(((((((((.(((.((....((....))......))..))))))))))))....((((((((((((((....))))))))))))))(((((((((....)))))))))........)))))).)))))).....)))))))..))))))))))))))((((.((((...))))))))....(((((.(((.((((.(((((((.((((((.(.(((.......)))).)))))).))..)))...)).))))))))))))..))))))))))))))).((((((..........))))))(((((...........))))).....)))..))))))).))))))).)))))((((..........))))...(((.....)))((((((............(((((((......(((....)))......)))))))))))))..........(((((..............)))))(((((((.........))))))).((((....)))))))))))......)))))))..)))))).......((((....))))((((.....))))(((((((.(.((((.((((.((((...))))....(.(((((((.......))))))).).)))).)))).).))))))).....))))))))...(((.(((.((((((..((....))..)))))).........))).))).((((((...))))))...))))))).)))))))))))))))...)))))).(((((.......)))))((((....))))..(((..((((((((((((((((((.......))).))))))(((((((((.((..(((((((.(((.......))).))))))).((((((((((((((.((..(((....)))..)).))))))))....))))))..........)))))))))))((((...(((((....((((....))))...)))))...)))).......)))))))))(((((......))))).....)))))))))((((((((((((.((((.......(((((((.........))))))).......))))...)))).))).))))).((..((((((.((.(((((((.............))))))).)).))))))..))....(((((((((......)).))))))))))))))))))))))))))))).)))....(((((...(((......(((((((((..(((((................))))).))))).(((((((((((((.(((...((((((((((.....((((((((((((.((((((..(((((((............)))).)))..))))))))).........))))))))).......(((.((.....)))))..((((........)))).....((((((.(((((((..(......)..)))))))...))))))..(((((((..(((......))))))))))....)))))))))).........))).))))).))))))))(((((((((((..(((.......)))))))))))))).....................((((((((....)))))))).(((((....((((.............))))...)))))..((((.(((.....)))..))))....))))....)))))))).)))))))...........)))))))))))))))......((((((((...........)))))))).....((.(((...)))))((((((((........)))))))).))))))))))))).(((.(((........))).)))....((.((((....)))).))((((((..((((((((........)))))))).)))))).)))))..)))))))..)))))))))))....))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((..((,..((((.(((....(((((((((.......)))))).)))....))).))))...))..)))(((((((((((((((..((((.{{{..(((((,((((((((.(((({...}))))..(((((((,.{(.{(.,.....,)).}))))))))......)))).))))}..(((((((.((((({...{,,{{{((((({{..,))))))),.}}}},,{{,,......,,{|,((((((.{.(((((((....,..((((.,.{((((((({(.....((((((((((({,{(({,,....,{{((((((((...(((((((.((.((.(((((((((.(((.(((((((((((,,{(({....)))}.}}}}})}|.{{.(((((((((..(((((((.(((((...}))))((((......))))((((((.((.(((((((.((((.(((.(((((.(((((.{{..((((..((((((..((((((........))))))))))))..))))...},..))))).))){((((.......))))}((((..((.......))..))))....((((((.((((.(((((({.(((((((.((((..............))))....)))))))(((.((((.((((.....(((.(((((....))))).....((..((((((....})))))..)).))).....)))).)))).))).,{{{{((({.....,.,.,.,..,})}.}))))|((((((.(((.(((((.(((((.((,{,,({.(((((((,,((((((.............))))))..)))))}))})).))},||..........,,,{((((((...((((((..,,..{({...(((((......)))))..))),,..)))))))))))))}}...,{,.....))}........,}}}),.)).))),))})))))}....}))))))..)))).))))))........}),))).)))).))))))).)).))))))......)))))))..)))))))))...,}}|,.,,{{({{{,,(((((({.((({.,(({(((((((((((((..(((.(((((.(..((((({.,...{(((..,.(((........)))..}})}..,)))))..))))))(((((.{,...((((.((,{((...((((.....,,((((((.(((({(({{..,{..{({,,(((((((((....(((((((((.{{........(((((((((..((((........)))).))))))))).((((.....)))).....}}}.)))))))))....))))))))).(((((((((((((((({(,.((((.((((.....)))).})))..)).))))}..(((((((((...((((((..{.(((((((({.....,((((((((..(((......,,..,,....,}}|{((.((((((((...(((((.((((.(((((((((((((.({(((((((,{...((((((((((.(((......))).))))))))))...,|,,,,,{((........))).}}},..}))))))).).)))))))))))))..)))).}}))),,..,....)))))))).,.}},,)))..))))))))))))))))).}...)))))).)))))))))..,)))))))))))(((.(((((({...})))))))))..{,,((({....|}}|..||..(((((.,.......))))){(({((,..((((((((,..,,,.||||}}}}...}}}}}}....{{({........)))).,,|}},}},|}|},,}}}}}},.....{(((((....,.,{.....}}.,,,...}))))),..}}}.(((((.((((....))))....)))))...,,,}....,,..}}}}...))))...))))))..........))))...))))))))).)}.))))).,,,.((((((((.(((.((((((({{(......}}))))))).)))...))))))))..}}{(((((,..{((((.(((((,.{((..........)))))))).))))))))))})))..))))))))))))).,...(((((.........))))).,,,...}}},.}))).})))))}.{||||.,,,,.}}))}...((((((...)))))).}}}}},.))))))).)}))))))))..)))).))))))).)))))))}.(((((........)))))..,}})))}}))))))))))))((((((((..........)))))))))}.)))))))).....)))).})))))))..}.)))))),,...(((((...))))).(((((((.......(((((((((.(((({{{....{{({{({,,.,.,,.{,{{....{{{{..,.,,,..)},)))}||||{{(({........},},.,............|,|||||{{{{,,{((({{((,......{{,(({.{{({{((({{{{{{.,.,(((((((......,,,((({{{,,,,{,..||||.,(({{({,,.((((((.,.((((..(((((((((((.,..,{{,.....,{{{{,,.{((((({,,,|{||,,,.,,}}}},}}}}))))}}...((((.....)))).((((((((((((((..,.(((((((..,.(((((((.((((({..{{.,((({(....})))}..,|{{{,,|}}}||(((((.(((((((..(((((((..(((.,,{{,{,..{{{,.,{{,{(((,,(({.,(({{..({{.....,{{,{{.,(((,..,,,|..}}}..}},)}},...})),},)}}}..}}}.,)}},,}}}))}).((((((((((....)))))))))){(((((((((((((..{{,.........}||(((((((.....(((((...,{.(((({{,{((((((((.(({.{(,...{{....)}......})..)))))))))))}...,((((((((((((((({...,))))))))))))}||||{((|,,,,}},,}})}},...,,,,)}}))),}))))).....))))))),.}}}))))))))))}(((,{((((...))))))))....{((({{(((.((((.(((((({.((((((.{.(,(,......}))),)))))).))..))}...)}.)))))))))))},,||,},,}}))))}},.((((((..........)))))){{{{{........,,.}}}}}.},.,)))..))))))).))))))).)))))((((..,....,..))))...(((.....))){{{{{{..,,,,,,....(((((((......(((....)))......)))))))}}}}}},,.......,(({((..........,,,.}}}}}(((((((.........))))))).{(((....)))})))))))..,,..)))))))..)))))),......((({....}}}}{(((.....)))){{(((((.(.((((.((((.,,,{{{,{(({{{...{({,,,}}},,..}))))))))...)))).)))).}.})))))).....)))))))).,,,,({(((..,,,||}}|,.,,,}}..,}}},,..,{{|...,,}}))).((((((...))))))....,}}})),)))))))))))))))...)))))).,((((.......))))|(((,{,,,||||{.{{{{(((,{((((((((((((((.......))).))))))|{{{{{{{||{|,.{|{|{|{.|||,...,,,|||,|||||||.(({{{{{||{|||{,||.,|||....|||,,||,|}}}}||||..,,}}}||,,,,,,,{,.||||||||}},.|||,||{{,{{||{{|{{({{{.,,,,...,,}}}|{{|||,{{{.{,{{||||||,,,.}}.....{{{{||{..{({{{{{(({((({{{(((((|{.,,|||..,{{{{{{.,,{{,,,,,,{{{{..,,,||{|,|{,||,....})))}))}})}}}||||,}||,|||||||,,||||{.....}}}),..}))))))))})}},)))..))))))}((((((({(......)).))))))),}}))))))))})))}}))))).}}),.,..{{{...,|||,,.,,,,||||||{,,,{{(({........,,,,,,,.|||,,{{||,|{(((((,{,,(({({((({,.{,,,,.,,......}}|||||,,{(({{((({{({{(((((((,...,.......))))}||),}))))))))){((({.,..}})),))))}}},.})))))))}}}.})).,}}}|}||}.,,.,},)}||{,,...))))}}|||{{{{..|.,,,,})}}))))}||,,,|}}}}||.((((((({{{((......)))))))))),,)))}))))))}}.,,}}))..)))}))))).}))}}}}}{((((((((((,.{{(.......}})))))))))))).....,,..,,,.....,,,,{(((((((....))))))))|||,,...}}}}}}},.}}}}}}},,,}}}...})))))),,.,},...,}}}..),..,)))}),.,,,....,}}}))})},)))))},.,,,.)))).))))))))))))))))......((((((((,,......,,.}))))))).....{{.(({...)))}}((((((((........)))))))).))))))))))))).(((.(((........))).)))....((.((((....)))).))((((((..((((((((........)))))))).)))))).)))))..))}))))..))))))))))}...,))))..
Back