Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001135806.2
Sequence Length
4371 nt
GC Content
0.3887
AACAAGUUUGCCCAUUCAUCCUUGUGAUAGAUAUGCAUGCAAAACCAAAAUGAAAUCAAAUCCCCACAGAUGGCUCGUAAGUCAAAAACACUGUUUAAUUCUUUCACUGCAUCCCUUUGGGAAGCCUGGCCCUUGAAAAACAGAAUAAUUCUGAAAGAAAGAAAACAAAGAAAAACAUACUCCAGAAUUCCUAAUAGAACACUUCACCUGAACCUAAAAUGGUGAGCGAGAGUCACCAUGAGGCCCUGGCAGCCCCGCCUGUCACCACUGUCGCGACUGUUCUGCCAAGCAACGCCACAGAGCCAGCCAGUCCUGGAGAAGGAAAGGAAGAUGCAUUUUCUAAGCUGAAGGAGAAGUUUAUGAAUGAGUUGCAUAAAAUUCCAUUGCCACCGUGGGCCUUAAUUGCAAUAGCCAUAGUCGCAGUCCUUUUAGUCCUGACCUGCUGCUUUUGUAUCUGUAAGAAAUGUUUGUUCAAAAAGAAAAACAAGAAGAAGGGAAAGGAAAAAGGAGGGAAGAAUGCCAUUAACAUGAAAGAUGUAAAAGACUUAGGGAAGACGAUGAAAGAUCAGGCCCUCAAGGAUGAUGAUGCUGAAACUGGAUUGACAGAUGGAGAAGAAAAAGAAGAACCCAAAGAAGAGGAGAAACUGGGAAAACUUCAGUAUUCACUGGAUUAUGAUUUCCAAAAUAACCAGCUGCUGGUAGGGAUCAUUCAGGCUGCCGAACUGCCCGCCUUGGACAUGGGGGGCACAUCUGAUCCUUACGUGAAAGUGUUUCUGCUACCUGAUAAGAAGAAGAAAUUUGAGACAAAAGUCCACCGAAAAACCCUUAAUCCUGUCUUCAAUGAGCAAUUUACUUUCAAGGUACCAUACUCGGAAUUGGGUGGCAAAACCCUAGUGAUGGCUGUAUAUGAUUUUGAUCGUUUCUCUAAGCAUGACAUCAUUGGAGAAUUUAAAGUCCCUAUGAACACAGUGGAUUUUGGCCAUGUAACUGAGGAAUGGCGUGACCUGCAAAGUGCUGAGAAGGAAGAGCAAGAGAAAUUGGGUGAUAUCUGCUUCUCCCUUCGCUACGUACCUACUGCUGGUAAGCUGACUGUUGUCAUUCUGGAGGCAAAGAACCUGAAGAAGAUGGAUGUGGGUGGCUUAUCCGAUCCUUAUGUGAAGAUUCAUCUGAUGCAGAAUGGUAAGAGGCUGAAGAAGAAAAAGACAACAAUUAAAAAGAACACACUUAACCCCUACUACAAUGAGUCAUUCAGCUUUGAAGUACCUUUUGAACAAAUCCAGAAAGUGCAGGUGGUGGUAACUGUUUUGGACUAUGACAAGAUUGGCAAGAACGAUGCCAUCGGCAAAGUCUUUGUGGGCUACAACAGCACCGGCGCGGAGCUGCGACACUGGUCAGACAUGCUGGCCAACCCCAGGCGACCUAUUGCCCAGUGGCACACCCUGCAGGUAGAGGAGGAAGUUGAUGCCAUGCUGGCCGUCAAGAAGUAAAGGAAAGAAGAAGCCUUUCUGCAUUUGCCCAUAUAGUGCUCUUUAGCCAGUAUCUGUAAAUACCUCAGUAAUAUGGGUCCUUUCAUUUUUCCAGCCAUGCAUUCCUAACACAAUUCAGUGGUACUUGGAAUCCUGUUUUAAUUUGCACAAAUUUAAAUGUAGAGAGCCCCUAAGUCCUUCAUCAUACCACUGCCCUCCAAAUCUACUCUUCUUUUAAGCAAUAUGAUGUGUAGAUAGAGCAUGAAUGAAAUUAUUUAUUGUAUCACACUGUUGUAUAUACCAGUAUGCUAAAGAUUUAUUUCUAGUUUGUGUAUUUGUAUGUUGUAAGCGUUUCCUAAUCUGUGUAUAUCUAGAUGUUUUUAAUAAGAUGUUCUAUUUUAAACUAUGUAAAUUGACUGAGAUAUAGGAGAGCUGAUAAUAUAUUAUACGGUAAAUAUAGUAUCGUCUGCAUUCCAGCAAAAAUAUCAACUCGUAAGGCACUAGUACAGUUAAACUGACAUCUUAAAGGACAACUUAAACCUGAGCUUUCUAUUGAAUCAUUUGAGUACCAAGAUAAACUUACACCACAUACUUGGUGGGUGAAUCCAAUUUUGUAGAAUUCCUACACAGGCAAAAUAGCAUGAUCUGAGCAGCAGCAUCCAGGCUGACCUCAAGGAAGCAUAGCCACAAAACAGAAUAGCACCUGUCUGUACAUAUUUACAAAGCUAAAAUAAUGGCUUCACUCUUAUAUUUGAGGAAGCAACUGAACAGGAGUCAAUGAUUUCAUAUUACUGCAUAUAGAAUAACAACAAGGUGUUCCGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGCACAUUUGUUUGGGGAUGGGGGAGAAGAAGCUAAGGGGAGAAGUCAACAUUUAUGAAAUAUUGCCUGACUAUUUAAAAAGAAAAAAGUAGCUCUCCAUUAUCACCUUUAUACAAAAUGUACAUCCUGUGAAUUCUGUUCCAGAUUUCACACCUACAAUAAUUCCAAAAGGUUUGCACAUUAGAGUUUGUAACAAAAUAUUUUAUUAUAUAAAACCAGGUUAGAAGGAAUGCAGGAUAUUUUUAACACAACAAUCUGUGCUUAUUACACAAAAUUACUUUGUGGUAAACAGACAGUAUUGUAAUCCCAUCAAAAGAUGAAAGAAAAACAAAAACAAAAACCAACAACAAUUAGCCAUAGUUCUGAAUGCACUUCAAUUAAGCCAAAACAGACAGCUAGUGAUCUUUUUAUAUGCUCUUUUUACUUAAGUUUUAAUUUGUCCUUUAAAAAAAGGUGAAACAAACCAAGAACAAGUUCUAGAAAACUGAAGCAACCUCUUAUGUAUACUAGAUGCUUGAUUUAGGAGGAGUUUUUAAACGUUUUCAAUGUUAUUAUGUAGUAAAUGACACUAUUAUGAAGCUACUAGUCAUUCCAUAAGAGUCUUAAAGGACUGCUCUGUGUAACACUGUGACUGCCGUGUGUGCUUAGACCCGUAGUUUCCUCAGUGGAUAGCACUCAAUUUAUUCCGUAGUGAUAUUGUAACAAUACUGCCAUUCCCUUCUACUGCACUGCCCAAGGUGUGUGUAGCACAAACAGUUCUCAUUACAAAGGACCAAUUCAGAACUGAAAAGCUAUGCAUAGGACAAGGAAGAUACAUAGAAUGGGGUGGAACACAGCAUUUUGUCAAGCACUGUGCAAUAUUCCAUAUUUUUCCCCACUAUGGUAGACAACCAUUUCGUGGAAGGGCAGCCUAUUAUCCCACACUGCAUCUAGCCUUUUGUCCCAUUCACUUCUGUGAUCCAUUUUAAUUUCCAGGCCACAAGACAGUAGUGAUGCUCUGAAAUGAAAGUUUGUCUUCACAAAUAUCAAAACAAAAUGGAGGAAAACUAAGCAUUGGCCUCAUGUUCAGUCUUCAGGAUAUCACACCACGUCUUUUCAAAAACUAAAGAGAAUUCAAAAAGGGCUGAUGGUAGGCUUUGAACAUGGGGUUGGCUGUUUCCCAGUAAAACUGGAAUUCCUGUCGUUACUGUUUCCUUAUCAAAGAAGGGGCAAGCUCUUUUGCCUUUUAGGCCAGACAUAGCAAACGCUUUAUAAUUGGCAUAGACAUAAAGGAUAAAAGGAAAAUAACCGUCUGCCGAUGGUCCGUACUUCUUAAAAAACAUAGGUAAUAGAAAAUAUACACAAGUCAGAAUGUGAAAUUAAAUAAUGGUUUGAACAGAAAAUUCAAACAAGACUCUUUCCAAUUUAAAGGGCCAAACCCUACCAAAGAGAGGGAGUUGACUGGCUUUUAAAAAGUAUUUAAAUACCACAAAUGACAUUUAAUUUCACUGUAUUCAGCUUUAAGUUGUUCACAAUGAAACCACACUUUCAAACAAGCAGGUUCAAGCUGCUGAAUAGACAUUAUUUCUUGCAUUAAAAUACCACUAAUGCAUUCUCUUGCAACACUGCCAGACAUGGGAUUGUCACCAUAGAAUUAGUUGGUACUAUGCCAUCUUUCACUCUUUCACAAGUCAGUGAUGGAACCUGCUUUAUGACCAAGAUUCAUCCUCAAAUAAGCCACAUGUACCCUUCUGACAAAGCUGUGUAAAGUAUUAGAAUCUGAUGCUCUAGAAAGAUCCUAGUUGCCUUUGUGUAUAUUUACUGCCUGCUUGAGUGUUUCUAUGUGUGGGUUUUCCCUGUAUCUUGUAGAAAUGUUGGGGUGUUUUCCUCUGCCAUAUGGCUCGUGGCCUGCGAGCCAACUAUUUCAGCUGUAUUUUACCUUCAUUUUUGAUGAGGUGAUUUAAAUUUUGUUUCACUUUGUGUAGUGAAUUCCACAGUAGUUUUCUGAUUGUUGUUAAAAAUGACUUAACAUAUUACACAGAUAUUCAAUAAAAAUGUUUUAUUUCCUGUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1077.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1165.02
Frequency: 0.0000
Diversity: 1215.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((..((......))..)))))(((((..(((((.((..........((((((...........((.(((((((((.((((.......(((((..((((((((..((.((((...)))).))(((............)))........))))))))...)))))...............(((......................)))........(((((((.......)))))))(((((((((((((......))))))...((((.(((..((((......)))).))).))))..((((......))))....((((.((((.(((((..(((((((((........)))))).))).....)))))....)))).)).)).....))))))).........(((((((...(((((((((((..((((..(((.((..((((((.(((....(((.......)))....)))...)))))))).)))...)))))))))))(((((((.((((.(((((((..((((((.........(((((((((((((.....))).((((.....(((.(((.....(((((.((((((.(((((.(..(((.....(((((...((........)).(((((((((.....)))))).)))..((((........)))).....(((((...))))).(((((.((..((((((((((..(((((.((........)).)))))..)).......(((.((((((((....((((....((((.((..(((...((((.(((....)))...)))).....)))..)).)))).......))))...))))))))..)))((((.(((((..(((.(((((......((((((((((((....(((((....))))).......)))....)))))))))......((((((((((........)).))))))))))))).))))))))..)))).(((....(((((((((((((.(((((((((((((((....(((.((........)).))).(((((...((((.......))))(((((.(((((((.....((((((((.((((((((....((((((((.(((((.(......).))))........).))))))))....)))..........((((((...........................((((((.........(((......))).....((((((((((((..(((((........))))).(((((((.((((.((.(((((((((.(((((....(((.((((.......))))))).......((((((.(((((.....)))..((((..((((((((.....((.(((((((((((((((.......(((((....)))))...(((..(((((..((((((..((....((((((((...((((((......(((((((((((((((.......))))))(((((.........)))))((((((((..((((..(((.((((..((((.((((((((..(((((((........(((((...............(((((((((((((....((.(((..(((((........)))))..))).))...))))))..........)))))))........((((((.(.((.............)).).))))))...))))))))))))..))))...))))...))))..)))).)))..))))))))))))))))))))).((((.(((((..(((((((((.(((.(((((((((((..((..((.((.((((((..((((........))))..)))).)).)).))..))..)))).)))))))))).))))))))).)))))..))))...(((.....)))...))))))....)))))))).(((((......((.((((...))))))(((((...((...(((((((..(((...(((....))))))))))))).)))))))...))))).))...))))))..)))))...)))....(((((.....)))))..)))....))))))).))))).))))))).)))..)))).)).))))))..))))).).))))))))..)).))))..))))))).))))).))))))).........(((((.(((........)))))))).........((((((...))))))....(((.(((((((.(...((((((.((....)).))).)))...).)))))))))).))))))(((((((..(((((..((((((((.(((((....(((((((.((....(((.......)))....)).))).....................))))))))).))))).)))....))))).)))))))..((((((.((((...)))).))))))..................(((((......((((((.(........).)))))).......)))))..((((((((............))))))))...(((((((((.((..(((((((((.....))))).))))..)))))).))))).....((((....))))...............................))))))...)))))...))).))))).....))...))))).))))))))))))))).....)))))))))).))...((((.(((((.((((.........(((.......))).(((.((((((((((...((..(((......)))..))...))))).))))).))))))).)))))...))))(((..(((((((((((((.(((((((((..(((((..((((((((..(((....(((((((((((....))))).)).))))..((((.((....)).)))).......)))..)))))))).......)))))...)).))))))).))))))))))))).))).......(((((((.(((((.((..((.((.....((((((((((.....(((((((...................)))))))....))))))))))......)).))...))))))).)))))))....)))))))))))....)))((((........)))).......((((.(((((.....)))))...))))...)))))))))).))))).....((.....)))))))......))).).)))))))))))))))))))))).))))...(((((((((((((..((......)).(((((.(((((.((...............))))))))))))((((((((((((((((((((((((((((..............(((((.........)))))..............))))....))))..))))))))))))))).))))).(((((...))))).......))))))))))))).(((....)))((((((((((....))))))))))...(((.((((((.((((((((.......((((((((((((((((..(..((((.....((((((....))))))...(((((............)))))..........((((((.(((((((.((((((((((((....(((((((.......)))))))..(((((((((........((((.....))))........)))))))))...(((..((((((.....))))))..)))........))))))))))))(((...(((((...)))))...))).(((((......)))))...((((((((((..(((((((((.(((..........(((((((.........)))))))...(((.(((....))).))).((((........)))).(((..((.(((((...))))).)))))..))))))...)).))))....)))))))))).((((.......)))).......................))))))).....)))))).((((((((...)))))))).........))))..)..)))))))))....))).)))).....)))))))))))))).)))))))))))))))))))......))))))))))))))))))))))..)))))))..)))).))))))))).))))))))))))))).((((((.((((...))))))))))......(((((((....(((((((((((......(((((((....)).)))))((((((.......))))))))))))))))).....)))))))............)))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{{,({,(({.,{,{|{{{,,,,,|}|.|}.,|},,.}},,........{(((({...........((.(((((((((.((({......,((({{..{(({(((,,.((.((((...)))).)){{{,...........|||,....|||})...}}},,,},,},..............,|||..|||......},....|{{..,.},.......{((((((.{....}))))))}(((((((((((((....,.})}}}}...((((.(((..((((......}))).))).)))).,{{{{....,,})))...,|||,.((({.(((((,,(((((((((........)))))).))}..,,.)))))....}))).}},)).....)))))))....,,...(((((((...(((((((((((..((((..(((.{{.,((((((.(((....(((.......)))....)))...))))))}).,)),..)))))))))))((((((((((((.(((((((....,{{{,..,{{{..(((((((((({{(,,...}}}.{(((,{,.,{,{{,,,,|}.}|||{,,((((,,.,{(((((((,,.,,,..,{,,,..,{{......,.||.(({((((((.....}))))).}}}.,((((........)))}.....{((((...)))}|.(((((,{...(((((({{{{..(((((.((........)).)))))..}}|||{{|{{{(.((({((((.,,.({((...,{{,,,{{.,{{{...{{((.(((....)))...}}},.....|}}..||.}|||{||....||}}...}}|||}}}{{||,((((.(((((..(((.(((((..,,.,((({(({((,{(,{,.{{(((,,,,|}}}}.{{,{{{|}}....}}})))))),),,.,|||||||{{|,,,..,,,)}.))}))))}))))).))))))))..))))....||||,.|,|||||,{|((((({({{(({.{(,,,{{,{,||,.,.|||||||}},}||||(((...((((..,,{{.}}}||||((((....)))}{(((..(((.......)))..}))}}}}||||.,||||||,,}},)}}}}}}||,.||||.,,.)))}.,{{{||||..,||||,.{|||{|,,,((((((((((...((..(((((((({(((((...,,...,,,,,{,,{(({{({({.((((((((((((..(((((........))))).(((((((.((((.((.(((((((((.(((((.,..{{,{((((.......)))))}},,,,..,{(((((.(((((.....)))..((((..((((((({.....((.(((((((((((((((....,..(((({....}))))..||||,.{{{{{,,.,(((((((((((..((((((({{{{(((((..,,,|{((({,((((((.,{.((....,|}}}}{{,{{,{((((((({,{({{....,,,,|{||,|||,..,,,,..|},}.})))))))}}}}}.,}}}}|||||||||}}}}|...,,,......{((((({{{{{{{,.,.{(,{{{..{{{{|........})))),})))}))...))}))).........,))))))).)))))...))))),,.(({{{{{{{,.,{{{{{,((((.((((.{|,{((((({....}))))))).)))))))),}}}||||,{,,.,||||||,,.{((......}}},,|,,|{(({|..(((((((((.(((.(((((((((((..((..((.((.((((((..((({,(,...}}))))..)))).)).)).))..))..)))).)))))))))).))))))))).}}||||{|.,...,,}}}}},,(((......))}.........,||,||,.,|,....((.((((...)))))),,|||}}}||,..(((((((..(((...({{....))})))))))))).|||||}|...,,,,{,{{,..,,}})))}))))}...},.....(((((.....)))))..))}....))))))).))))).))))))).)))..)))).}).))}))).,))))),).))))))))..)).))))..))))))).})))).))))))).........(((((.(((........))))))))...,.....{{|||{,,,))))))||..,{{.((((((,{({{,,(..,..||,}}}),})))))}}})}))))))})})}}})))}|}(((((((..(((((..((((((((.(((({....(((,(((.((....(((.......)))....)).)))..{{.{{{...........}}))))))))).))))).)))....))))).)))))))..{(((((.((((...)))).)))))},,,.........,....,))|,|...{{{(((,(({({{......,,,{||||....}},}},...{(({,{{{{{|{{|{{|{||.,..........(((((((((.{{..({{((((((.....)))))),})}..}})))).))))).....((((....))))..............................,,{{,...,,}}}}||..}}},,})}...,.})}}...}))))).,)))))).))))))))..)).))))))).)))..((((,{,(((,(((({,....,,,||{...,...)}}.,{{,((((((((((.,.((..(((......)))..)).,.))))}.))))).},|||||{||||,....}}}{{{..(((((((((((((.{(((((({|,,{{{,,|,((((((((.,{{{....||||||(((({....}))}},||,||,|{,((((.((....)).)))).}}}.,,))}..))))))))...}}}}}})},,,,))}))))))).))))))))))))).}})...,,,,}..,,|||||||{|.|||||.....,)))|((((((((.....(((((((.,...............,.)))))))....))))))))}}}}},,.{{{{{{,.,,{{{.,((((((({,,{{{{({,{..{{{...)}}}}))),..},)))))}..,,,,))||||,||{{{.....}))}}...)))),,})))))))).},)}}))}..)})))}),,}}))}}),}}},.,||,|.}}}))))))))))}}..,,}}}})}}}...{((((((((((((,.,{......}}.{((((.(((((|||...............)))))}|})))},((({{{(((((((((((((((((......{{{{{..((..,((((((.........,,})),.......,,)),,))}))},)))),.}))))))))))))}),))))}.(((((...))))).....,,))))))))))))),{{|.....,,{{{{(((((|....})))))))}}.,.(((.((((((.((((((((.......((((((,(((((((((..{..((((.....((((((....))))))...,,,{{,{..........}}}},..,.....,,((((({.(((((((.((((((((((((....(((((((.......)))))))..(((((((((........((((.....))))........)))))))))...(((..((((((.....))))))..)))........))))))))))))(((...(((((...)))))...))).(((({......}))))...((((((((((..(((((((({.{{,.......,..(((((((.........)))))))...(((.(((....))).))).((((.,...,..))}}.{{{..{{.((((|...))))).}},,,..},,,,,...}).))))....)))))))))).,{{{.......}}},.......................))))))).....)))))).((((((((...)))))))),,....,,.))))..}..))))))))).,,.,,,.)))).....)))))))))))))).))))))))))))),.)))).,....))))))))))))))))))))))..))))))).,)))).))))))))).}},,}}}},,,,|{..((((({{((({...))))))))))..},..,,||||||||,({{{{{{||||,,....|||||,{,,.,|||}}}||((((({.......)))))),}}}))))))).....{{{{|{{,.,,}}}))),..)))),.
Back