Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001136555.2
Sequence Length
5060 nt
GC Content
0.3603
AUUACAAGCACUUUCAAAAUGCCAACAUUUCCAGAAUAAAUUAUCUGAAAGUGUUACUUCCCAACCCCCACCCUUCAGCAGUUGUUCUAAAUGGCUGUUUUAUUCUUGUAUGAUUUGAAAACUACUGGCAAGACACCGGAGAAGAAACAAUCGGAAUCAUCCAGGGGAAGAAAGAGAAAAGCAGAAAACCAGAAUGAAAGUAGUCAGGGAAAAAGUAUUGGGGGACGUGGCCACAAAAUUAGCGACUAUUUUGAAUACCAGGGUGGAAAUGGCUCAAGUCCAGUAAGAGGCAUACCUCCUGCAAUCCGUUCUCCUCAAAAUUCACAUUCACAUUCCACUCCUUCCUCAUCUGUUCGACCGAAUAGCCCUUCUCCUACUGCAUUAGCAUUUGGGGACCACCCUAUUGUACAACCAAAGCAAUUAUCCUUUAAAAUUAUUCAGACUGAUCUCACAAUGCUGAAAUUAGCAGCAUUAGAAAGUAAUAAAAUCCAGGACCUGGAAAAGAAGGAGGGACGUAUAGAUGAUUUGCUCAGGGCUAACUGUGAUCUCAGACGGCAAAUAGAUGAACAACAAAAAUUACUUGAAAAAUACAAAGAACGAUUAAAUAAGUGCAUAUCAAUGAGCAAGAAACUUCUUAUUGAAAAGAGUACACAAGAAAAGCUGUCAAGCAGAGAGAAGAGUAUGCAAGAUCGAUUACGCCUCGGGCACUUUACAACAGUUAGACAUGGCGCUUCAUUUACUGAACAAUGGACAGAUGGUUUUGCAUUUCAGAAUCUUGUGAAGCAACAAGAAUGGGUGAAUCAGCAAAGGGAAGAUAUUGAAAGGCAAAGGAAACUUCUAGCCAAACGCAAACCUCCCACAGCUAAUAAUUCUCAGGCACCCUCUACCAAUUCUGAACCAAAACAAAGGAAAAACAAAGCAGUCAAUGGAGCAGAGAAUGAUCCCUUUGUUAGACCAAAUUUACCACAACUGUUGACUUUGGCAGAAUAUCAUGAACAGGAAGAAAUUUUCAAACUUAGACUAGGACAUCUCAAAAAGGAAGAGGCAGAAAUCCAGGCAGAACUUGAACGUUUGGAAAGAGUCAGAAAUCUUCACAUACGUGAGCUGAAAAGAAUAAACAAUGAAGAUAAUUCACAGUUCAAAGAUCACCCAACAUUAAAUGAAAGAUAUUUAUUACUUCAUCUGCUUGGUAGAGGUGGCUUUAGUGAAGUGUAUAAGGCUUUUGACCUUUAUGAACAAAGAUAUGCUGCUGUGAAGAUACAUCAGCUUAAUAAAAGCUGGAGAGAUGAGAAGAAAGAAAACUACCACAAACAUGCCUGCAGAGAGUAUAGAAUACACAAAGAACUGGAUCACCCCAGAAUAGUUAAACUCUAUGAUUAUUUCUCCUUGGAUACAGAUACGUUUUGUACAGUGUUAGAAUACUGUGAAGGCAAUGACUUGGAUUUCUAUCUGAAGCAACACAAGUUAAUGUCAGAGAAAGAAGCUCGGUCUAUUGUAAUGCAGAUUGUAAAUGCACUAAGAUAUCUCAAUGAGAUCAAACCCCCUAUUAUACAUUAUGAUCUUAAGCCAGGAAACAUCCUACUGGUAGAUGGAACAGCAUGUGGUGAAAUCAAAAUCACUGAUUUUGGUCUGUCCAAGAUUAUGGAUGAUGAUAGCUAUGGUGUAGAUGGAAUGGAUCUAACUUCCCAGGGGGCAGGCACUUACUGGUAUUUACCUCCUGAGUGUUUUGUAGUUGGAAAAGAGCCACCAAAGAUUUCCAACAAGGUUGAUGUAUGGUCGGUUGGAGUCAUCUUCUUUCAGUGUCUUUAUGGUAGAAAGCCAUUUGGUCACAAUCAAUCUCAACAAGACAUUCUUCAAGAAAAUACAAUAUUAAAAGCCACAGAAGUCCAGUUCCCUGUAAAACCGGUUGUAAGCAGUGAAGCCAAGGCAUUUAUAAGACGCUGUUUGGCAUAUCGAAAAGAAGAUCGAUUUGAUGUGCACCAGCUGGCAAAUGACCCAUACCUUCUCCCACACAUGAGAAGAUCAAAUUCUUCAGGAAACCUACACAUGGCUGGGCUGACAGCAUCCCCUACACCCCCUUCUUCAAGCAUAAUUACUUACUGACUUUCCUCCAAGAUUGGCAUGAUAUCUUUGAAUUUGCUUCCAGAUGCACACUUAAGUUUGAGAGCAUUUGAGUGUUUGUUUUCUUUUUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUACACAAGACGUGGUUAAGAACUGUUUGUGAACUGAAGUUCCUCAUAGUGUCAUUUGUAUGAGAGAGGAUCAUGGACAAUGAAUAAAUGCACACUUCUGACUAUAAUUUUGAGCAGUGAAGGAAGGAUGACUGCCUGUUACACAGAAACAGGAAUACCAUGUUAAGAUAGAGGAAAAAAAUUUUGUUUAUUUGGGGGAACACUGUAAAUAACGUUUAUAAUACUUAAAUACAUUUGGUUGUUACUAGAGAGUUCUAAUAUGAAGGGUAGUUUUUCAUUAUUUAAAAACACAUGGAAAAAUAUGAGACAUAUUUCUAACAUACGAACUAUAGUGCCUGGAUACAUUCUUCAGCAUUUGGCAGUUAAUCUGCUGAAACCAAAGUAAGAACUGAAUGACAGUGACAGUUGUGUUUUAUAGUAAUAGAAUGUGAGAGUUAGAAUCUUUGGACAAAGUUAGGCUUUGUCAUUUGCCUAUUCAGACUUUUACCAAGUUGUACCUCGAGAUCACAUGUCCGUUUUCUUUCACUGGUUAUAUUAAAGGGAGAGCUAUUAUUUCUAAAUACUUUACACCUUUGACAAAAUGAGCUGCUUGUGUUGAAAUCAGUUGAAUUCACUAAAUUAUAAUAUUGCCAGUGUUUUCAACACGUUAGAAUUGAUAACAGGUAUUUUUCUUUUGUUACCAGGCCUUGUUCAUCAAAACAGGUGACAGUGAGUAACCAAAUGCAGACCAGUUCUAUGCAGGAUAAUGAUAAAUUCCCUUCUAGCUCUAUUGUAAAUUGUUGUACAGAUGUCAUAUUUCAAUUACUAAGUUUCAGCAGCUUAUUCUUGUACAAAUGUUUAAAAUAUGGCUUUUCUAAUUGGAUAUUGUAUUUUUUUUAAGUCUUCUUGAAGGCACUCUAAUUGCUGCUAAAUGAUGUUGCUUCUUUGCUAAAAAAUUAAAUGACCUAGAAGGUGCAAGUUGACUGUACAUCAUAGAUAUUAAAAAGCAGACAGUCAUUAACAAUCAAGAUGUAAAAGUGAUCCAUGUUGGACAUAAUUGAGUUUUUAAAUCAGUUUAUUGGGUUCUAGGGCUGUAGAACACAUAGAUACUAGAUUUUUAAUUUGUUCAUGGUUAUUCUACAUUUCUAGAAAGUUCUUAUCAGCAAGAUGGUCCCAUAAGCAAAUUUCUUGUGGUUUGUACAGAUUUGUUAAAAUGUGAACGUUUUCUAACUGCCUCGUAGGGUAGAAACCAAUAUUUUUCAGGAUGCUGUAUUUCACUCCUGUAAGGACUUUUUCUUUAUUGUCACAUUCAUAAUGCUGAUACUUACAUGUAAGUUGUUCAUGUUGCAGAAAAAGGUUAUACGUACCACGGAUUCUCUUUAAUAUUGUACAGUUAAACUGUAUUUCUGAUGUUGCAAGCCAUUUUGUUUUUUCAUUGUACAUAGACACAUUGUCUCUUUAAAAUGCUGCUGAAAUUGUAGAGAGUAUAGCCAAAACAGUAAUAAACAAUGACAGUUAAAAUGUAAAGACUAUGAAAAUUACAUUGGAAGGGAGCUUUCAAGAUGGUAGGAUAUUGACUAACUGAGCUCCUUCACUUAAAAAUCAGCUGAAUAAAUUCCUUAAGUAUACUUCAAGACAAGUGUAAAUUGUUUCAAGCUGUUAAAGUUAAACCUAAUAACCAUUAUCAAGGCAACUCCUGGGUAAGUAACACUUAGAACCAUCAAGAGUGGUUUAAGGGGCUGGCUAUACCCAUUCCUCUGUAGAGCACAGAGAAAUCCUAUUAAAAAAAAAAUACUACAUGGUAAUGAAAUCUUAGCAUUGAUUGAGUGCUUUACGUGCUGCCUGCAAGUUUUCAGUUUUGUUGUUAGAGUUUUCGUCUUUAUGAAUGAUAAAGUCCUAUGUUCAUAAAGUAACAUUUAAAUUCCUGAACUAAAAGGAAAUGCCUGUUGUGCUUAAAAUUUUGGGGAGAUACGAAGUGAAUGUGUAAAUCUAACUUUGAGGUUCAGUAAGUUAAGUAGUAUAGACCUAGAGAUCACUGCUUUACCAUUUUACUUUCAAAUGAAUGAGAGCGACUGCUAGUGGCAGAACGCAGAAAAGGGGAAAAACAAGCCAUGAAAUGAAGUUGCUUUCCUGACCUGGGUUUAGGUCAUCAUUUUAAAAUCAAAGAUGUGUAGGAGAUGAAUCAACUUAUAGACCCAUAUUUUCCUUCUAAAAGUUUCCCAAAGAAAUGUUAUAGAUUUUGAAUAACAUGCCAGUGACCCAGCAGGUCCAAGAUGGCUAACCAAGAUGGCUAAUUUAGCCACAUUGAAUAACUUACUUUUACCCUCACAUGGAAAGUUGGUAUCUAUUGCUAAAUGAUUUCAAGGUCACUCUGACAGUCUUUGACACUGUUUUUUUUAGGGUUUUAUUGUUUUCUGGUCUCCUGGUGUCUGUCCUCAGAAUUAAAGCAUGUCCUGCAUCCCUAAGAUGAUAGCCAAGGCCUCUCUUUUAUUAAGAGUCAGCACUGAUGUAGGGUAAAAUCAACAGUUUUUGCAUAUGAUUUUAAAAUCUUUCUUUGAUUUGAAUUUGCUUUAGUGUGUGCAUGUUGAGAGGAAGUAAGUGUAGAAACCACCCUAAUUUGUAAGUUGGGAGUUGGAGAUACUUGGUGGUUUUUCAAAAAUAAAGACUCAAUCUUUUUUUUUUUUUUAAACACUCACUACCAUCUCCUUCUAAAACAACUCUGUCAGUUUAAAUGGCAUAUAAAAUGUGAACAAACACCUCAUUACAUGAAGUCAAAAUGGUGAAGAGCUUCAGUGAAACAUUUAAAGAGUAUAUUGUGUGUUGUUUUGCUGUUCAUCAUUACUUAUUAAAUGCAGUAAUGUUGAUUGCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1188.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1291.29
Frequency: 0.0000
Diversity: 1219.16
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((....(((((((((..(((((((.((((........)))).))))))).........((((((((((...((..(((((((......(((((((.(((((..............((.((((.(.((..(((.............)))..)).))))).))....))))).)))))))......)))))))..))....)))).........))))))..((.((..........)).)))))))))))....(((((((((.((((....).)))(((.((((....)))).)))..............................)))))).)))...(((((((((.(.(((..((((((((((((...(((....)))...)))))...(((((((((.........)))))...(((((............(((..(((...(((((((.......)))))))))).))).......(((((...)))))...)))))))))..(((.........)))..))))))).(((......))).)))).))))))))).............))))..............(((((((...(.(((((.((((((((.(((...))))))))))).....(((((((...(((((..(((((((((((((.((((((((((((.(......(((...)))((((((((.((((..(((.....((((((((.((((...............((((((...(((((((((((((......)))))...(((((....(((...((((.(...(((...(((.(((....)))...))).....))).).))))...))).............))))).......)))))))).))))))...............)))).)))))))).((((.((.(((((..(((.((..((((((.......(((((((..((.....))..)))...))))....)))))))).)))..))....)))))))))..((((((.(((((......(((((((((...(((((((.((..((((........))))..)).))))((((((..............((((.....))))))))))..................((((((.....))))))...))))))))))))((((((((((((((..........)))))))....)))))))........((((((((((((((......)).)))).........(((((.(((((.((((((...((((((.....((((((((((((((((((((((((............((((......)))).....(((((.((((((((.((((((..((((.((((((.....)))))).(((((((.(((.((((....(((((((((.((.(((((.(((((...(((....)))....)))))...))))))).)))).)))))...))))))).))...)))))............((((((((...................))))))))....((((....))))(((..((((.((((....(((.(((...((((..(((..(((((((((.....)))))))))..)))..)))).(((((((((((.((.((((.(((((.......((((((((.((.((((.(((((((((.......(((((((((((.((((((((..............)))))))).((((((((........((..((((....))))..)).(((.((..(((((.....)))))..)).))).))))))))..))))))))))).......))))))..............))))))))).))))))))......(((((((((((((((..((....))..........)))))))).))).))))......))))).)))).)).)))))))..)))).............(.(((((.((((((..(((((......)))))(((((((((.((((((((((((.((....)).)))......((((((.(((..........(((((((((.(((((.(((((((((((((((((..........(((((.(((((..........))))).)))))((((((((((.........................((((((((((((((.....)))....((((((((((((....((..(((.(((((..(((((((((((((((.((((.((.(((((((.(((.((((((.((.(((((((........(((.(((((((((((((..(((...(((((((...((((((.((...((......(((((((.((((....)))).)))))))..))...((((((.......(((((.......))))).(((((((((.(((((....(((((...((((....((.((((((........)))))))).(((((..(((((...)))))))))).)))).)))))...((((.((((.......))))))))(((((((.....)))))))......))))).)))))))))))))))....)).))))))...))))))).(((((((((.((.(((..((((..((((((((((..........)))).....))))))..))))))).)).)))....)))))))))..))))))))))))).)))..((((((((((((.((((.......)))))))).).)))))))(((.(((((...))))).)))......((((((..((((.(((......)))...))))..))))))..))))))).)).......)))))))))..))))..))))))))).)))))....))))))))))))))).)))))...))))).)))))))....(((((..........((((((((((((.((((((..((((((((......((.((((((...((((..((((((((((((.......(((((((.((...((((((((((((....(((((((...(((.....(((((((....)))))))))).)))))))((.((........)).)).....................(((.((((((.((((..(((((((((((......((((((((..((((.....(((.((((((..(.((((((..(((.((((...)))))))((((((.........)))))).......((((((((.(((((((..(((.((.((.(((((...))))))))))))....))))))).))))))))......((((((((..((((..(((((((.......)))))))...((((((((((...(((((((....((((.....((((((....))))))))))..)))))))...)))).)))))).........(((((((.....)))))))........))))..)))))))).)))))).)..)))))).))))))).......(((.......)))..........)))))))))))))))))))..))))))))))..)))..)))))))...)))))..))))))))).(((((...))))).........)))))))))))))))).)))))).))....))))))))..))))))..))))).(((((((............))))))).)))))))(((((...(((((((((...((((((...((((........)))).....((((((((..((((.......(((((((......)))))))))))..))).)))))....)))))).)))....))))))...)))))......(((((((((....(((.(((((((.....))))))).))).....))).))))))...((((((.....))))))..)))))..)))))))))))((((....))))((((((.(((((((..(((((((.(((.....(((.....)))))).)))))))....)))).))).))))))((((((((((.(((......))))))))))))).))))))))))(((((........))))).....)))))))))...)))))))))))))..((((((...............))))))....))))))))).(((((((...............)))))))...........(((((......)))))(((.(((((...)))))..))).))))))))).......)))))))...)).))..).))))))((((((....))))))..................)))))).))))).).............))))))...)))).))))..)))...)))))))))))))))))).))))).......((((..((((.....)))).....))))....(((..((((((...))))))..)))....(((.(((((...((......))))))).))).)))).))))...(((((....)))))))))).))).....).)).))))).......))))))....)))))).)))))))))).((((....)))).....))))))))(((((((.....)))).))).....))))))))))).......)))...)))).))))))))..........).))))))))))..........)))))))))).)))))....)))))..))))))).....((((((.(((.((((((((((((((((((((((.((...)).)))))))........)))))))))).(((((.(((((.....))))).))))).......))))).))).)).))))...............(((((.......)))))......((((((............)))))).((((...(((((((((.(((........(((((.(((........))).))))).....))).))))))))))))).....))))).)....)))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......(((,.,{{,,.{(({{(((((((.((((........)))).))))))}....,{({.((((((((((.,.((..(((((((...,..(((((((.(((((......,,,.....({.((((.,.((..((({.,.........})))..)).})))).}}....))))).)))))))......)))))))..)).,..)))).........))))))..||}|,..{{{{{,..,..,|,)})))),.....(((((((...{(({....}.)}}(((.((((....)))).)))..................{{{(((((.((.((((.(({.....(((((((((.(.(((..((((((((((((,..(((....)))...||||,...}}}||{(({.........|}}}|..,{{{{{.....,,,,...(((..(((...(((((((.......)))))))))).))).,,,...(((((...)))))...},))))))|..{{{.....,...}))},))))))).(((......))).)))).)))))))))...........{{((({...,,,.,.......,,},...}})))}....((((((((.(((...))))))))))).....(((((((...{((((..((((((((((((((({((((((((((.{{{{{..(((,..}||,{{{{{((,((((,.,...{{{{((((((((.((((...............((((((...(((((((((((((......)))))}..(((((..,.(((...((((.(...,{(...(((.{((,,..})),,.))).....}},.,.))))...))).............))))).......,))))))).))))))...............)))).)))))))).({{,,,..,,.}|||{,,.,.,||,..||,.,,.,,,|||||,{((((((....((((((.....{({,{...,})))...{{{{{..((((((((((..........((((((((...(((((.(({.{,,..((((.((..((((........))))..)).)))),,,{.(((((.(((((((..((((((.,....((((((((((((({{{{..,,,,..(((({{.....))))}}..((((((((({,(((((.((((((((.((,.,(((((((((((..(((((.(((,.{{,....{(((({{(((.((({....}})}.}|||,,.....,}}}}((((((((((..{,,.,,..{((({........((((((....)).)))}...............((((......))))..})))}....}}}.,..))))))))))..,,.{(((((.....)))))|{((((({{.{||,||||,...(((((((((.((.(((((.(((((...(((....)))....)))))...))))))).)))).)))))..,}))))}).))...))))}..,}))}))},..))).)))))..,),..})))))))).,.,.)).)))))}.......))))))))))))))))).....|}}|||}}|.((((..(((..(((((((((.....))))))))).,)))..)))}{(({,(((((((.((.((((.(((((..,,,..((((((((.((.((((.(((((((((.,.....(((((((((((.((((((({..............|))))))).{(({{(({...,,,,.||..((({....))})..,,.(((.((..(((((.....)))))..)).))).})))))))..))))))))))).....}.))))))..............))))))))).))))))))......(((((((((((((((,,((....)).,,.......)))))))),})).))))....,.))))).)))).)).)))))))||||||...,,,.,,....,.(((((.((((((..(((((......))))){(((((,{{.{,((((((((((.((....)).)))......((((((.(((..{{,,,.,,(((({((({,(((((.(((((((((((((((((.....,.,..{(({{.{((({|,,,,{{{{,||,}}.},}})}||||||||,.,.................,,,,,,{{{{{{{,,,,(((.....))){,..(((((((((((({...{{..(((.(((((..((((((((((((((,.((((.{{.((({(((.{{{.{(((((.{{.(((((((........(((.(((((((((((({{{({{,,((((((.......))))))....{{,,,,..{((((((.({{{....}))).)))))}|,|{|,..{(((((,,,,.,.{{{{{,......}},,,.(((((((((.(((((....(((({...{(((,{(((,,{{{({({{{,{{{,.........{{{{,||{{{{{...))))))))),.}}}}.}}}}}..,((({,((((.......)})}))}|{((((((.....))))))}......))))).)))))))))}}}}}|,{|.,|||({(((,..{|,||||.,,(((((((((.((((,....((((((((...))))))))....}...)))).)))))))))...,}},)}}}},.}}}.))))})))},})))))))))))).)))..{(((((((((((.((((.......)))))))).).))))))},{,.,{{{{..,}},}}}}}},.....((((((..((((.{{{......}}}...))))..))))))..))))))).}}......,)))))}}))..)))),.)))}})))).,))))....))))))))))))))).)))}}..,))))),,))))))..}}{((({..........(((((((({{{{.{(((((..((((((((......({.((((((...((((..{(((((((((((.......(((((({{((...(((({(((((((...,{(({(({...({{....,(((((((....))))))||||.}}}}}}}|{,{{........}}.||......}}....,.,,....,|,|,((({{{{((((.,(((((((((({.....,((((((({.,(,{{.{{{.(((.((((((..(.((((((..(((.((((...}))))))((((((.........)))))}....,,.((((((((.(((((((,.(((.((.{{.(((({...}))))))))))),,..))))))).))))))))...,,.((((((((..(((,..(((((((.......)))))))...((,((,{{((...,||||{|}.,}{,{{,,,,.(((({,.,,,)}})))}}},..,,,,,||.{((((.,.||.....}},))))){||{((,....}}}},}..}}},,,,})))..)))))))).)))))).)..)))))).))))))}.......(((.......)))..,...,}),))))))))))))))))))),}))))))))))..}},..)))))))..,}))),..))))))))).(((({...})))).........)))))))))))})))).)))))).)},...))))))))..)))))}..}))}..{((((((............)))))))})))))))(((({...(((((((((...((((((...{(({....,}},,}},.....((((((((..((((.......(((((((......)))))))))))..))),,)))).,..)))))).)))....}))))).,.}))))......{((((((((..,.(((.(((((((.....))))))),))},....))).)))))}...((((((.....))))))..)))))...}))))))))}{(({....))))((((((.(((((((..(((((((.(((.....(((.....)))))).)))))))....))))}))).))))))((((((((((.(((......))))))))))))).,,}}}},,,.{((((........))))).....)))))))))...)))))))))))))..{{||||,,.}}},,..,},..}}}}}}}}},})))}}))}.(((((((...{,........}}))))))).......,..|{((({......))))}(((.(((((...)))))..))).))))))))).......)))))))...}}.,}..,.)))))|((((((....))))))}.,.,,,...........)))))).))))),|,,,{{,,,,,((({.|||.,{{{,,,.||||.|||||{{.....}}}|{(((({.,,......)))))))((((,,((((.....)))).....)))),...(((..((((((...))))))..)))........,||||,,.,,......)))))))||||,}},}}},,,.,.}}}}}}},.,||||...})}).)))))))).))))),.))))))..)))))))).))))).),))))))))..)))).))))........}).))))))))..,,.}}}}))))))))))))))...(((((.....))))),,.))}))).}}}}))))..,}}}....}.))))))))))..,.......)))))))))).)))))....)))))..))))))).,,,,))).)))))}.))))).)}}.)))))))........{{|||,,((..((((((...((((((({({,.(((((.(((((.....,}})),))}))}},..))).}}.}))))..))))))..))....}}}}}.{{{{{,......}))))}......,(({......}},.,{{{{{{,|||{{{...{{{{|||{{.{||..{{{{{{((((,.,....,.....}),.}}},)}}}}})))}}|||}||||||||,,...,}}.))))))).))).}}}.
Back