Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001142289.3
Sequence Length
3864 nt
GC Content
0.6214
GGGGGCUCGAGGCGCCUCCGCGGCCGUGGACGAGCGUCCGUGCGGCCUGGUCCGGGCCAUGUCCGCGUGAGGACCCCGCCGCUGUCGCCGCUCCCGUUCCGGCCCUGGCCCCUCUGCCCGGCAGCGCCGCGCACCAUGGGCUCCAUUCUCAGCCGCCGCAUCGCGGGGGUGGAGGACAUCGACAUCCAGGCGAACUCGGCCUAUCGCUACCCUCCGAAGUCCGGAAACUACUUUGCUUCGCACUUUUUCAUGGGAGGAGAGAAAUUCGACACCCCCCACCCUGAAGGUUACCUCUUUGGAGAGAACAUGGAUCUGAACUUCCUGGGCAGCCGCCCGGUCCAGUUUCCCUACGUCACUCCUGCCCCCCACGAGCCCGUGAAGACGCUGCGGAGCCUGGUGAACAUCCGCAAAGACUCCCUGCGGCUGGUGAGGUACAAAGACGAUGCCGACAGCCCCACCGAGGACGGCGACAAGCCCCGGGUGCUCUACAGCCUGGAGUUCACCUUCGACGCCGAUGCCCGCGUGGCCAUCACCAUCUACUGCCAGGCAUCGGAGGAGUUCCUGAACGGCAGGGCAGUAUACAGCCCCAAGAGCCCCUCGCUACAGUCCGAGACCGUCCACUACAAGAGAGGGGUGAGCCAGCAGUUCUCCCUGCCCUCCUUCAAGAUUGACUUCUCGGAAUGGAAGGAUGACGAGCUGAACUUUGACCUGGACCGGGGCGUGUUUCCAGUAGUCAUCCAGGCUGUGGUGGACGAAGGAGAUGUGGUGGAAGUGACUGGCCACGCCCACGUGCUCUUGGCUGCCUUUGAAAAGCACAUGGACGGCAGCUUCUCUGUGAAGCCUUUAAAGCAGAAGCAAAUUGUGGACCGGGUCAGCUACCUCCUGCAGGAGAUCUAUGGCAUUGAGAACAAGAACAACCAGGAGACCAAGCCCUCGGACGACGAGAACAGCGACAACAGCAACGAGUGUGUGGUGUGCCUGUCCGACCUGCGGGACACGCUGAUCCUGCCCUGCCGCCACCUGUGCCUCUGUACCUCCUGCGCCGACACGCUGCGCUACCAGGCCAACAACUGCCCCAUCUGCCGGCUGCCUUUCCGGGCCCUCCUGCAGAUCCGGGCGGUGCGGAAGAAGCCAGGAGCCCUGUCCCCCGUGUCCUUCAGCCCCGUCCUGGCCCAGAGCCUGGAGCAUGAUGAGCACUCUAACUCUGACAGCGUCCCACCUGGCUACGAGCCCAUCUCGCUGCUCGAGGCGCUCAACGGCCUCCGGGCUGUCUCCCCGGCCAUCCCCUCGGCCCCUCUUUAUGAAGAAAUCACCUAUUCAGGCAUCUCGGACGGCCUGUCCCAGGCCAGCUGUCCCCUCGCGGCUAUCGACCACAUCCUGGACAGCAGCCGCCAGAAGGGCAGGCCGCAGAGCAAGGCCCCCGACAGCACCCUACGGUCCCCGUCUUCCCCCAUCCACGAAGAGGAUGAGGAGAAGCUCUCCGAGGACGUGGACGCCCCUCCCCCACUGGGUGGCGCAGAGCUGGCCCUGCGGGAAAGCAGCUCCCCUGAGAGUUUCAUAACAGAAGAGGUUGAUGAGUCGUCGUCACCACAGCAAGGGACCCGAGCAGCUUCCAUUGAGAAUGUCCUGCAGGACAGCAGCCCCGAGCACUGUGGCCGAGGCCCACCUGCUGACAUCUACCUGCCAGGACGGCCCACCUCCAUGGAGACGGCCCACGGCCUCGCCACCACCAGCCCCACCUGGCCUCCACUUGGUGGCCCCAGCCCCGAUCCCAGCGCCGCCGAGCUGACCCCACUCUGAGAGCCUGGCCGAGCUGGCAGCAUGGAGCCCUCGGCUCCCCAGACUUUGCCGAGGGGCUGCUCCGGACCCCGUUGUGAGCCGGCCUCCUGUCUGCAUGCCCCCUGUGGCCACCAGGCUCCGAGGGGCCGUGGUGACUCUUGAUCAAAGAGCACAGUGAACUGUCCCUUCUGAGUCUCCCUUUUCUACAGUUGAUAUAUUUGUAACUGGUACAAGAUGAAGGACAGCAGCUUUCCAUCCCUAGUUCAGAGCCCCCGUUCCCCAGGGUCCUGUGGGCUGAGCGGCUGGGGCUGGGGCUGCCCACGUGUGGCCUCCGCUGGCUCUGCCUGCUCCUGCAACAGUGCGGUCCCUGCCCGGAGAACUCAGGAGGCCUGCAGAAGAGAACUGAUUGGUGGUCGAAGCACCAUCUUCACAGAUGUUCAGGGGCAGUGGGGGGCUCCAGGCACGGUCAAUGAAGGAAACAGUGCCUGUCCACCCACCCUGCGUGUCACUGUGGCGGCCUGGCUGUCGCUGCUUUUUGUCCUCUGCCGUGUUUGCGCGGCCUCAGUGCCCUCCCUGGUGCGUCUGCGCUGGGGCCCUCAGUGCUCGGGGCCUUGGGGUGCAUGGGUGCCGCCCUGGGCAGCUAGAGUGUCUCAGCCCGGUGCUGGGCCUGGCCGAGGGGCGGAGGCACAGCUGCUUCCAGCAGCCAGCAUUCAGUGGCCUUGUCACCAAGCUCCACACCUCCUCCUGGUGCUGGCUUUGGUGACAUCACAAGGCCCCUCCAGGUGCAGGGGCUUCUGUUUGGCAGGCCCCUGCCAGGGAGGACCUGGUGGCCUCCUCAUUCUCUUUUGCCAUUGGAAUGUCCCCUUGCAGUUCUCUUCUCUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUUUCACUCUUGCUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCUCAAUCUCGGGUCACUGCAACCUCCGCCUCCCGGGUUCAAGUGAUCGUCCUGCCUUAGGCUCCUGAGUAGCUGGGGAUUACAGGUGCCUACCAGCAUGCUCGGCUAAUUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAAGGGAUUUCACCAUGUUGGCCGGGCUGGUCUCAAACUCCUAAGGUCAUCCACCUGCCUCGGCCUCCCAGAGUGCUGAGAUUACAGGCGUGAGCCUCCGCGCCCGGCCCCCUUGCAGUUCUCUCUGAUUUGGUUUGUUCUGUCUCAGGCUUCUGUGGCAGGACUGGCCCAGGGAGGAGGAAGCCAGCAGCACACCUGGGGAAUGGGGUCCCGGCCGGGAGGCUUGGCCUCUGGGCGACCUCGUCCUGUUUUUUUUGUUUGUUUGUUUGUUUUUUUAAAGGUAAACCUCCUGGGCCGCAGAUGGCAAAGGGAGUGCCUGGGCCUGGUGACCCAGGGCUGGAUCCACCCCUGCGGAGCCCUGGGCCAGGCAGGUGUCUGCUGCUCACCUGGCUCUGGAGGGCUGCCCUGCAGCUGGGCCUGGGGACAGGUCGGCUGUGGGGCAGCUCAGUACCCUCCCUGAGGCUCACGGUGGCUCCGAGCAUGAGGUCCGCCUCCUGGGCGAGACCCAGCAGUGGACAGCAUGGUCCUCACACCCAGCUCCCUGCACACCCAGGCCAGCCACCCCUCCCGCUCGUGCACAGGCACGCAGAUGCGCUCACACGUACACACACACAAAUGCACGCCCACUUGCACAUGCUCACGCACAUGUUCACACAUGCACACUCACGCUCACACAUGCUGUCACGCAUACACACACGCACAUACUCCUGCACAUGUUCCCAUGCAUGUGUGUGCACUCGGACCGAGCAUCUCCCACGCACCUCUACCCCACCCCAAGCACCUCUCUCCCCCCAUGCACCUCUCCCCAACAACACACACAGCCCCCUGCACCGCCCGCCCCCCGCCCCCACCAAGGCCCCAGCCUCUGGCCAUCAGUCCUGGUGCCAGAGCUUUGCGUGAAGUUCGGGCCGCAGAGUGGCCCGCUGGGACUCCCAUGUGCUGCCGUCUGAUGUGCUCAGAUGGGCUCAUCGUUGGUUCGUUUUUACUGUAUAUUUAUAGUAAUAAAAUCAUGCAGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1624.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1690.30
Frequency: 0.0000
Diversity: 978.57
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((..((((.(((...(.(((((.(((((((((..((.(((((..(((((((((...))))......)))))..)))))...)).)))))..)))))))))).))).)))).))))((((((((.((((((((.(((...((((....(((((.(((.(((((.((.(((.((((.(((((.(((((((((((.((((..........((((((((...((.((((....(((...)))....((((((((.((...((...))....)).))))...)))))))).)).)))))))).......(((........))).((((....)))))))).))))).....((((((....(((((((((..((((.((((....(((.((((..(((((......(((.....(((..((.(((((....(((((......).))))..))))).))..)))....)))...(((.((((((........)))))).)))...(((((((.((((((((.((((((......)))).....))..))))))))(((....)))........((((........)))).....(((((((.((..(((.((....))...)))...)).)))))))..(((((((((((((.((((..((((((.(((......)))..))).))).(((((((..(((((((..((.((((...)))).)).)))..)))).))))))).(((((((((((.(((((((((((((((((..(((...((((.((.((((((((((..((((((.........((((((((.(((((((((((((.((((...)))).)).)))))).......((.(.((((((((....(((((((((.......((...(((....)))...))..(((((.((((.((.((((..........................)))).)).)))).).)))).....)))))))))...)))))))).).))))))))))..)))))...(((.(((...((((.(.....).))))....)))...)))(((((((.((((((.((..((((....))))...)).))))))..)))))))..(((((.(((((((.((.(((((....((((.(.(((((....(((.(((.....))).))))).))).).)))).........))))).))....))))))).((((.....))))(((((((.((((((((.(((((((.(((......))).((((........))))..(((((((((((......(((....)))..((((((..((((((...)))))).((((((..((.((((((.....(((.....))).....)))))).))..(((..((((.........)))))))))))))........((((.(((((((...(((((.......))))).(((((...)))))))))))).))))((.((.(((.....))).)).)).((((((..((....))....))))))..)))))).)))))))).))).))))))).)))).))))(((.((.......))))).))))))))))))........(((((....)))))))))))..)))))).)))).)).)))))))))))).)))))).))).((((((.((....))))).)))....((((...))))))))))))).)))))......(((((((....((((((((((((((((........(((((..((((.((...((((((.((((..((((((((((((((((.((((((((((((............))))))))(((((((..(((...)))..))).)))))))))).)))((((.((((((.((((....)))).).))))).))))(((.(((((.....))))))))(((...((((((.(((...((((..........(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))..)))........))))))).).)))...))))..))))))...)).))))..)))))))))))))))))))))....((.(..(((((..(((...(.((((..(((...))).)))).)...))))))))..).))))))))).))))..)))))))).))))).)))))))))))).)))).)))...)))).)))).)))))))))..(((((((..((.......))....)))))))..(((.((...)).))).....)))))))))))).))))).))....)).))).)).)))))..))))))))...))))....)))))))))))....(((((((((....(((...(((((...((((.((..(((((..((...((((.(((.(((...))))))..(((((((((...(((((.((.((((((((...((((((...))))))((((((((...(((((((((((((((..(((((((.......)))).))).)))))))))).....)))))(((((..(.((((((((((((....)).)))))))))))..)))))((.((((((..((((..((((((.((((....(((...)))....))))......((((...............)))).(((...(((((..((..((((((((.(((((((((((((((......)))))))))))..))))))))...)))).)))))))...))).(((...)))..((((((((((((................))))).)))))))((((.............)))).))))))))))..)))))).)).((((((((.(((.....(((.....))).....))).))).))))).....))))))))...((((....)))))))))))).)))))))......(((......)))....((((.((((((((.(((....))).)))))))).))))..(((((((((..((.....)).....(((((..((((((....((.(((((((((((((...(((((....))))).......(((((.(((.(((.(((........(((....)))((((.((((.((.(((...((((.(((.((((.(((((((...(((((((((..((((((((.(((((((.(((((..(((((....))))))))))...))))))).)))((((((((((((((((.((((....)))))))))))))))))))).......((((...)))).....)))))....((.((((..((((((...(((((.....)))))..))))))..)))).)).......)))))..))))..)).))))))))).))))))).))))))).)).))))..(((....))).....))).))).))).)))))((((........))))..(((....)))(((((....))))).........((.(((((((((......((((........(((........)))..))))......))))))))).))....)).))))))..)))))..))......)))))))))))....)))).))))))))).)))))....................))))...))..))))))))))).))))))))...)))))))))(((((((.((((....)))))))))))((((....))))..((((((((...)))))))).((((...)))).))))))))....((((.((((....)))).))))((((....((((((((((((....)))))))..)))))....))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((..((((.(((...(.(((((.(((((((((..{{.(((((..(((((,,((...,,,,},.,..)))))..)))))...,).))))}.,)))))))))}.))).)))).||,,.,|(((((.((((((((.(((...((({....(((({{(((.{((({.(({((((((((.(((((.(((((({{{{{.((({....|||.,,({{(((((,..((,{{(,....{((...))},,,{{{{{((((.((.,.{....,,....}),))))...})))))}|.}|,|}}}}))).||,,..(((.,.,....}}|.((((....)))))))),))))).....((((((....(((((((((..((((.((((.,..(((.((((..(((((.....,(({.....(((..((,(((((....(((((......}.))))..))))).}}..}}),..(((.....)))((((((........)))))).||||,.{{{({{(.((((((((.((((((......,,,,...,.))..)))))))),|{.,..}}),,,,.,,,((({.,......))}}.....(((((((.((..{((.{(....,},..})}...)).)))))))..(((((((((((((.(((({{((({,,..,..,{{.{{{{{{{...{{|.(((((((..(((((((..{{.((({...}))).}).)}),.)))).))))))).(((((((((((.(((((((((((((((((..(((...((((.((.((((((((((..((((((.........((((((((.(((((((((((((.{(({...,))}.)).)))))).......((.(.((((((((....(((((((((...,,,.,(({.(((....,.........},,{,..,},,}}},((({{{,..|.|.{({,(.((,,({.......,)))))}}))).}))))))}})))))))))...)))))))).),))))))))))..))))).{{{({,((,,,{((({.(...,,|,|}||,...|}},.....,{{((((.((((((.((..((((....))))...)).))))))..)))))))}}|}|.{.(((((((.({.(((((....((((.{.(((((....(((.(((.....))).))))).))).}.)))).........))))).)}....))))))).,(({.....)}}((((((((.(((,({,,{(((((,,.,||}}}}...,,.((((........)))){{((((((((({{......{{{....}}|,.{(((((..((((((...)))))).((((((,.((.((((((...,.(((.....))).}.,.)))))).})..|||..((((,....,...))))}}}))))))........((((.(((((((...(((((.......))))).(((((...)))))))))))).))))((.((.(((.....))).)).)).((((((.,((....))....))))))..)))))),))))))},..})})))),|{{|||,.,,))|||}{{.......)))})})))))))),||....,,),.{((((....))))}))))))..)))))).)))).)).)))))))))))).)))))).))).((((((.((....))))).)))....((((...)))))))))))))}}))))......((((..(((.,((((((((((((((((........(((((..((((.((...((((((.((((..(((((((((((,,(,({((((((((((((............))))))))((((((({{(,{.,|}}}|.}))||})}|,,,.,.,,,{{{{,{{{,{{.||||....)))),)}}))))}))}}(((.(((((.....)))))))){{{...(((({{{(((...({{{........,,(((((.{{{....)))))))).....)))}))))))))),,))},}}}}}..))))))).}.)))...))))..))))))...)).))))..))))))))))))))))))))).}.))).)))).,,((.(({.,,|||,||..{{{|,.,,},)))).,)}.}}))}))))).))))))))...))))..)))))))).))))),)}}}}}}))))).)))).))).,.)))).)))).)))))))))..(((((((..({.......},..,.)))))))..(((.({...,}.))).....)))))))))))).))))).,,.....)})))}))}))})),.))))))))...))))....))))))))))}..)))))|((((...,.((((..(((((...((((((((((((.,..({{(((((((((.((((((.,,{{(({{|..,,})))|{||{,{(((((({((((((...((((({...}))))){{,,,.,,.,,(((((((((((((((,.{{{((((.......)))).}))})))))))))}.....)))))(((((..(.(((((((({{((,,..,)})))))))))))..))))).{|||||||}}}}}.{,{(({,....|,.,..}}}}}}.))))))))},..((({((((...............)))).))))...)))))}.))))))))))}.(((((((((((((((......)))))))))))..))))((((...((({...,|.,,...,}},)}}}.))))....(((..(((((((..,,.((((((.....{(.((((((((((.......,{,{{.,.{||||||||||{({|.....,,.....((((((((,(({.....{{,....,|||.....))),}}|,|||||||,,.}}}})))))}..,,|}||,||||}|}}}}},}))))))},||,..{,,.,||||}}}....||{,.((((((((.(((....))).)))))))).})))}}{(((((|((.{((,{({{{,{{{{{{,(((,,(((((((...(((.((((((...)))))).)))))))))))))}........,{{.{{{.{{{{{{{.......,|{|,,,,)||{|{|,({{{,,..|||}..{|||,|{({((((,(({(((,.,,((((({(({..,||,||||,{||{|||.{||{|}}|||||,,},))))))))}}.,,}}}}|}|,}||(((((((((((((({((((((....))))))))))))))))))))||.,...{{{{.,,)))},....||||}.,,,((,({((.,(((((({{.{{{||,,.,,))))),||}||}}.,|}}|,}}.....,,),,)},}}))),.,,,})))))))).}}))))),}},{{(((((....))))),}}.||||,.....))}},,.,,,.,,,,.|{{{.|......)))}..{||....)),(((((....})))).........{{.{,{,{((((,,....||||........(((........}}|..|||}...,,,))))))))),))....)).)))))))))).....)))))).,}.....))))},))..)))......))))))))))))..................)))))..)))).,...)))))..|||}}}.....||}{{{(({{((((({,((((....))))))))))}{{{(,,,,||}}..,(((((((...))))))))))}||...,},..,{(({((,,..{((((.((((....)))).))))}.{|||{..{,.((((((((....)))))))).,}}}))),))))),.
Back