Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001142315.2
Sequence Length
1511 nt
GC Content
0.5361
GCCGCCCCCUCUCUGCCCUCGGCGGCGAGCAGCGCGCCGCGACCCGGGCCGAAGGGAGCGCGGUGACUGUCCUUGAGCGCGGAGGGGCGAGCUCGCCGGCGGAGCGCCGGAGCAAGCGGAGGCGCAGGAGCGGCGGCGACGGCGGCGGCGGCGGCGGCGCCCGAGCACCCGAGGGGGUCCGAGCCCCGGCAGCCGGCCAGCCCCGCGCCACAAAGGGAGCGCCCCCGCCGCCCGGCACCCCGCCUCCCUCCCCAAUGUCCUCGGCCAUCGAAAGGAAGAGCCUGGACCCUUCAGAGGAACCAGUGGAUGAGGUGCUGCAGAUCCCCCCAUCCCUGCUGACAUGCGGCGGCUGCCAGCAGAACAUUGGGGACCGCUACUUCCUGAAGGCCAUCGACCAGUACUGGCACGAGGACUGCCUGAGCUGCGACCUCUGUGGCUGCCGGCUGGGUGAGGUGGGGCGGCGCCUCUACUACAAACUGGGCCGGAAGCUCUGCCGGAGAGACUAUCUCAGGCUUUUUGGGCAAGACGGUCUCUGCGCAUCCUGUGACAAGCGGAUUCGUGCCUAUGAGAUGACAAUGCGGGUGAAAGACAAAGUGUAUCACCUGGAAUGUUUCAAAUGCGCCGCCUGUCAGAAGCAUUUCUGUGUAGGUGACAGAUACCUCCUCAUCAACUCUGACAUAGUGUGCGAACAGGACAUCUACGAGUGGACUAAGAUCAAUGGGAUGAUAUAGGCCCGAGUCCCCGGGCAUCUUUGGGGAGGUGUUCACUGAAGACGCCGUCUCCAUGGCAUCUUCGUCUUCACUCUUAGGCACUUUGGGGGUUUGAGGGUGGGGUAAGGGAUUUCUUAGGGGAUGGUAGACCUUUAUUGGGUAUCAAGACAUAGCAUCCAAGUGGCAUAAUUCAGGGGCUGACACUUCAAGGUGACAGAAGGACCAGCCCUUGAGGGAGAACUUAUGGCCACAGCCCAUCCAUAGUAACUGACAUGAUUAGCAGAAGAAAGGAACAUUUAGGGGCAAGCAGGCGCUGUGCUAUCAUGAUGGAAUUUCAUAUCUACAGAUAGAGAGUUGUUGUGUACAGACUUGUUGUGACUUUGACGCUUGCGAACUAGAGAUGUGCAAUUGAUUUCUUUUCUUCCUGGCUUUUUAACUCCCCUGUUUCAAUCACUGUCCUCCACACAAGGGAAGGACAGAAAGGAGAGUGGCCAUUCUUUUUUUCUUGGCCCCCUUCCCAAGGCCUUAAGCUUUGGACCCAAGGAAAACUGCAUGGAGACGCAUUUCGGUUGAGAAUGGAAACCACAACUUUUAACCAAACAAUUAUUUAAAGCAAUGCUGAUGAAUCACUGUUUUUAGACACCUUCAUUUUGAGGGGAGGAGUUCCACAGAUUGUUUCUAUACAAAUAUAAAUCUUAAAAAGUUGUUCAACUAUUUUAUUAUCCUAGAUUAUAUCAAAGUAUUUGUCGUGUGUAGAAAAAAAAACAGCUCUGCAGGCUUAAUAAAAAUGACAGACUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-560.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -585.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 310.12
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((.(((((((((((((.......))))))...(((.......((((((((((.(((((((.....((.(((((((.(((((((.(((((((((((((((.((..((((.(((((.......(.((((.(((.((((((((((.(((.((.((.(.((((....))))))).)).))).).))).))).)))))))))).).......))))).)))).))))))).(((((((((....((((..(((((((((((((((.(((((((((((((..(((....)))..)))).((((..(......)..))))(((((...((((((.((.((....)))).)))))).....)))))...))).))))))........)))).......)))).))))))).(((.((((((((.....))))))).).))))))).)))))))))((((.((.............))))))...)))))))))).))).....))).).))))))).))..))))))).)))))).))))........)))....(((((((.(((..((((.(.(((((((.(.((...)).).))))))).).))))..........((((((.(((((....)))))..))))))...((((((((((((((.((((.(...((((((.(.....).))).)))))))).))(((..((((......)))).)))(((((......))))).....))))))))))))...((((((.(((((....))))).))))))......))).)))))))..)))))))..))))).)))))..((((((((((...(((((.(((((((.....)))).......).)).)))))..((((((((((((((((((((...((((.........))))...))))))))))).......)))).))))).((...(((((.(((.......(((..(((.((((((((((((((((..((....(((((((((((((....(((((((..((((.((((....)))))))).)))))))))))))((.....))........)))))))...))..))))))..........))))))))))...)))..)))((((.(((..........(((((((((.......)).)))))))..))).))))(((((............))))).((((.(((((((.....)))))))....)))).....))))))))...)).....((((((((.((.......))..))))))))(((((...(((((.(((...)))..)))))...))))).......((((((...)))))))))))))))).(((((((((((((((((...(((((((((((((((((....)))).)))))...................)).))))))..))))))))......))))).))))..))).......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((((.(((((({((((((.......))))))..,(({......,(((.((((((.(((((({.({..((.(((((((.(((((((.((((((((((,((((.,({{(,(({(((((.{{.{{{({((((.(((.((((((((((.(((.((.((.(.((((....))))))).)).))).).)))},)).)))))))))).....{{{.,,,})}))))}))))}}}.,|{((((((((((((((..(((((((((((,,...,((,,((,,,(((..((({{,.|||{,,,||{((,,..(,.....,..}}))(((((...((((((.((.((....)))).)))))).....))))).}}))).,)))))))}))))}}}..}}.....)))).))))))).(((.((((((({.....})))))).).))))))).)))).)))))))|}||}}}.}}......}),,)))}..)))))))))).))).....))).).))))))).))})))))))).)))))).)))).|......)))....(((((((.(((.,((((.(.(((((((.{.((...)).).))))))).).))},..........((((((.(((((....)))))..)))))).,.((((((((((((((.{(((.{...((((((.(.....).))).))}.)))),}}(((..((({......)))).)))(((((......))))).....))))))))))))...,(((((.(((((....))))).)))))),..,}}))).)))))))..}))))))..))))).)))))..((((((((((...(((((.((.,(((.....}}}}.........}}.)))))..((((((((((((((((((((...((((.........))))...))))))))))).......)))),})))).((...(((((.((,.......{{(..(((,((((((((((((((((.,{{{{,,(({((((({,{{({{{{,(({({{{.{,,{.{{||},,})))))}|}|||||||,||||||.,...}}}},,,..,},)))))))...))..)))))).........,)))))))))).,,}))..}}}((((.(((..........(((((((((.,....})),}))))))..})).)))}(((((..........,.|)))}.,{{{.(((((((.....)))))))..,,}))),,,,.}}}})))}...)).....((((((((.(({...,,,},..)))))))){((((...(((((.(((...)))..)))))...))))}.......((((({...}))))))))))))))).(((((((((((((((((...((((((((({{{,((({....}))).}}}}|........|||.,,},,.})).)))))}..))))))))}.....,}))).))))..))).......................
Back