Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001142466.3
Sequence Length
4385 nt
GC Content
0.5603
CUCUUUUUGUGCCAGGGUUUCUCUCCGCAAGCGCGCGAUGCAGCGGGCGGCGGCGCUGGUCCGGCGGGGCUGUGGUCCCCGGACCCCCAGCUCCUGGGGCCGCAGCCAGAGCAGCGCGGCCGCCGAGGCCUCGGCGGUGCUCAAGGUGCGGCCCGAGCGCAGCCGGCGCGAGCGCAUCCUCACGCUGGAGUCCAUGAACCCGCAGGUGAAGGCGGUGGAGUACGCCGUGCGGGGACCCAUCGUGCUCAAGGCCGGCGAGAUCGAGCUCGAGCUGCAGCGGGUGAGCGCGCGCUGGGCCCCGGGGAGGCUGGGGCCGCUGAGCAAGGGAAAAACCGCAGCAGCCCCAGCUGGGGUCCUUCCCACGACGUCCACCCCCAUGGCCAGCUCCUCAGUCAGCCAAGCCUGGCUAAAACGAGAGAAUGCCCCCUCCCGCCCGUUCACUUACUGGUGCCCAGCACCGGGCACUCAGUGAGGCCUUGCAAUACGGUUCACUUGUUGAAUUGAAUUCGUCAAUUGUUGAGCGGGCCGUGCUGCCAGGCACCGCACGUUGUGUGUCUGCCCUACUCUCGUGGAACCAAGGUCCAGUGGAGAGAGGAACAUAAGCGAAUGAAGAAAGAAGCAAUAGAGUCUCAGUGAUAAGUUCUUGGAAAAAAGGUCUUUGCCAAUCCUGAUUCCCGGAAGAGAGUCGGCAGAAUUCCUUCCUUUAGGCCCCUCUGGAGCCUUGGCCGACCAGCCACUUCUGUGGUCUGGGGACAGUCACCGAGGGUAUCAAAAAGCCAUUCACAGAGGUCAUCCGAGCCAACAUCGGGGACGCCCAGGCUAUGGGGCAGCAGCCAAUCACCUUCCUCCGGCAGGUGAUGGCACUAUGCACCUACCCAAACCUGCUGGACAGCCCCAGCUUCCCAGAAGAUGCUAAGAAACGUGCCCGGCGGAUCCUGCAGGCUUGUGGCGGGAACAGCCUGGGGUCCUACAGUGCUAGCCAGGGUGUCAACUGCAUCCGUGAAGAUGUGGCUGCCUACAUCACCAGGAGGGAUGGCGGUGUGCCUGCGGACCCCGACAACAUCUACCUGACCACGGGAGCUAGUGACGGCAUUUCUACGAUCCUGAAGAUCCUCGUCUCCGGGGGCGGCAAGUCACGGACAGGUGUGAUGAUCCCCAUCCCACAAUAUCCCCUCUAUUCAGCUGUCAUCUCUGAGCUCGACGCCAUCCAGGUGAAUUACUACCUGGACGAGGAGAACUGCUGGGCGCUGAAUGUGAAUGAGCUCCGGCGGGCGGUGCAGGAGGCCAAAGACCACUGUGAUCCUAAGGUGCUCUGCAUAAUCAACCCUGGGAACCCCACAGGCCAGGUACAAAGCAGAAAGUGCAUAGAAGAUGUGAUCCACUUUGCCUGGGAAGAGAAGCUCUUUCUCCUGGCUGAUGAGGUGUACCAGGACAACGUGUACUCUCCAGAUUGCAGAUUCCACUCCUUCAAGAAGGUGCUGUACGAGAUGGGGCCCGAGUACUCCAGCAACGUGGAGCUCGCCUCCUUCCACUCCACCUCCAAGGGCUACAUGGGCGAGUGUGGUUACAGAGGAGGCUACAUGGAGGUGAUCAACCUGCACCCUGAGAUCAAGGGCCAGCUGGUGAAGCUGCUGUCGGUGCGCCUGUGCCCCCCAGUGUCUGGGCAGGCCGCCAUGGACAUUGUCGUGAACCCCCCGGUGGCAGGAGAGGAGUCCUUUGAGCAAUUCAGCCGAGAGAAGGAGUCGGUCCUGGGUAAUCUGGCCAAAAAAGCAAAGCUGACGGAAGACCUGUUUAACCAAGUCCCAGGAAUUCACUGCAACCCCUUGCAGGGGGCCAUGUACGCCUUCCCUCGGAUCUUCAUUCCUGCCAAAGCUGUGGAGGCUGCUCAGGCCCAUCAAAUGGCUCCAGACAUGUUCUACUGCAUGAAGCUCCUGGAGGAGACUGGCAUCUGUGUCGUGCCCGGCAGUGGCUUUGGGCAGAGGGAAGGCACUUACCACUUCAGGAUGACUAUCCUCCCUCCAGUGGAGAAGCUGAAAACGGUGCUGCAGAAGGUGAAAGACUUCCACAUCAACUUCCUGGAGAAGUACGCGUGAGGACGCCUGAGCCCCAGCGGGAGACCUGUCCUUGGCUCUUCCUCCCAAUGCCCGUCAGGCUGAACUCGCCUCCCCCGUGACUCUGCCUCGGGCCUCGCAGAGGCCGCUGGUCACUUCGUCAUCAUUUUGCCCCUGGAGACGUCUUUCUUUGUGCCUUGAUGUUGAGAGCGCCUCUCUUUUGAGCAAACAAGCAUUCUAUAUGCAACCAGAGUAGAGGGGACCUGCUCAGCAGGUGUGACCAGGGUUCUCUGAAUCUGUUAUUGUUUUUGCUUCUGGAAAGUUCAUUUGGGGUUUACAACAACUAGGAUGUGUUGGGUGAGAUGUUUCAGAUCUGGAGAAAUGAGCAGGUGUCGGGAAAUGUGUGACUUAACCGUGGUGAGGGCUGGAAAUCCAAACUCACCACCAUGAUCUGUGAAAUAAAGCCCUUAGCGGUGUGAAGCAUCCGGUCCUUUGAACAGAAGGGCCUGGAAGGCCCCUGGGGCUGAGAAAGGGUCCGCCCGGUGGCCUGGAGGCAGGCGCCGGGAGCGCAGUAGCACGUGGACUGGGCAGGAUGUUGCACUAGCUUGGGGUAGAUGCUGGGGGCUGCGGCCACGGUCAGAGGGCCCCACUGUGAGGCGUGGGUGUGAGCCAGGCUGCAGGAGGAACUGGGCCUCCGCUUCCCAGCAACGCAGCCAGGCCUGAGAAUUCUGUGCGCCCGGCGGGCUUUGGGAAUGAGGGGUUCCCUUGAACAUGCGUAGGCUGGAACCCCGUCUGAGAGGUCUCCCUGAAUUUCAGUGACACAUAGUGCAGCCCGGCAGUGUCCCACUUCCGUGGAGAGAGCCGCUGGAAUGGUGUGGACCCAUCCCGCGGGUGACCGGUGCCUGUUCUCCCCUGACCGAGCCUGUGAGCACAUCGCCCCCUGCUGGCGACAGCGGGGAAAUGAGGGCUGAAAAUAUCCUCCCCACAAGGGCAAUCCCCGGGACCUGCCGAGCAGCCAAGGCCCUGUCCUUUCUUGAAUGGUGGCGAGCUGAAUCUGGUCGGUUUCCUAGCUUUUAGGUGGUAAAAGUGCCUGGCAGCUUGGCUGCCGUGGAGGAGUCAGUCGUGGUUGGAGGUUCAUUGCCGUGCUUUCAUGCAGAGUGUUUUGCCUUCAUGUUAGCUUCCGGCUCCCCUCCCAGGCUGCAGACUCUGACCUGUGGCAUCAGGCUUCUCCCAGUACAGGAGGGUGCCAUCCCCCAGCAUGCGGCUUCUCUGCCAUUAGCAGCCCUGGGCGGGCCGACCACACUCGAGGCUGCGGUGCUACGGGCUUAGCCCUCGCCUCCCUCACUGGGAGCUUCCCCAUCCUCCCUGCCUUCCCCAGUGGGAAGUUAGGGAAGCUCAGGAGCCUGGGACCCCGCAUGUCCCAAAAUGGGAUUGGAGAAGCUGGAGAGAAAGCAGAAGAGGCCGAGGAGUGAGGCAGCAGCCUCUAUGCUGUGAUUUCCACACCGGGUCCGUGCAGAGGAAACAGAAACUCCCAACUGUCCUUACCCACCGACAUCACAGCCCCUAUGAAGAAAGUAGCCACAAUCUCAAAUAACAAAAGGGAAUGUUCUAAAACUUUUUCUUCCUUAAAAAAUGGAGAAAAUUGCACUUGUGCUUGCUGUGUGGUAUAUAAACCAGGAUUAGUCCCAGGGUCGUGAGGUUUCUGGUGAAAAGGUUAAAUCGUAGAAGCUAGUAUAUUUUUUAUAUUUUUGUAACAAUUGCUUUUUUCAUGGGGGAGGCGGGGUUAGUAUUUAUAGUCCUAACAAGUCCAGUAAUUUUUUAUAAAUCUUCAGAUUAUAAACAGCCCCUAAAAACUUUACAACGUUUACACAGUUUUUUAAAAAGAGACUGUAUACACUUGAUUUGCUUUCAAAAUAAAUAAGGUCAGCUAGUCUAGGAGGUUAACGUCGGGUAGGAAUGCUGAUCAUGAUAGGUUUGGUUUUCUACAGAUUCUGUUCCGGUGCCUUUCCUAUCCAGGCACCACCUGAGAAAGUUGUCAUUUGAGGUCGCACUUGGAAGUUACAUCUGUGAAGUUUCUGUCAUUCGUCCAGAUCUGUGUGUGUAGCAUGUGCUGAGGAAGCACGUGCUGGGCUGUGCCUCAGACAGUGCAUCACCGGGCACCCAGAGGCUUGCCUGGCUAUUCCUGUUCUGGUGUGUGUGGAGUGUUGGGGAGGAACAGAUGCAGAUCAACCUGUGGCUGUUUUCCCGUCUAGGUUCUCACAGGUAUCUCCUGACAGAGGUACUUAACAAUGGCUCUGCUGGAAAUUUCUAUAAAUAAAAUGUCCAAAAUGGUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1750.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1822.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 935.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((...(((....(((((((((.(((.((((((((((..(((((((((.((((((.((......((((((((((((.(((........))).)))))))))))).)).)))))).)))))((.((((.((((((((((((.(.((((((.(((((...((((((..((((........(((.(((.((((......(((((((((...((......)).)))).)))))))))))).)))))))...))))))........))))).)))))).)...))))))).))))))))).))(((((((((((((.((((.....((......)).)))).)))))))).(((((.(.((....)).)...)))))...(((...(((.((.((.(((((....)))))...)))))))...)))..))))).........(((((((((((((......)))))).)))))))((((.(((.((((((((.(((....((((((.....))))))...))).)))))))).))).)))).)))).)))))))))).))).....(((..((((.(....)))))..))))))))))))....)))...)))))...........((.((((((((((((.(((((((((...(((...........)))..)))).((((.((((((.(.((((..((..(((....(((((.....(((((.(((...((((((((....)))).))))((.......))((((((........))).)))......(((.(((((.......))))))))))).)))))..)))))....((((.((((((.((...)).)))))))))).....((((((((((.(((((.(((((((((.(((((((((((....((((......(((.(((..((((...)))).))).)))(((.......))).(((((((..(((.(((..((.((((((.....)))))).....(((((((....))))))).((((((((((.((((((((((..((((.((((.(...((((((((...(((....((((((((.((((((((....(((((((((((....(((((((((((((((((((((((((....(((.((((.....)))).)))...............((((.((..((((....((((......((((((((......)))))))))))))))))).))))((.(((.(.......).))).))((((((((.((.((((((((((.(((....((..((((..((.((((.((.(..((...(((((..(((.((..(((((((......(((..(((((((((.....))))...))))))))..((((((((...)))))))))))))))..)).)))...)))))...(((((((((((((((...((((((.(((((((((((.((.((.(((((....((((((.((.((((((((((......)))))...((((((((.....(((((((.....(((.....)))))).)))).....))))))))....((.((((.....)))).))((((.......)))).(((((.....))))).((((((((.(((((.....(((((...))))))))))))))...))))..........((.((((((((((((((.((((....((((.....))))(((((.(((((.(((((((((.(((......))).....(((...)))....(((..((((.............))))..))).((((((....))))))))))))..).)).))))).)))))..)))).))))))))...)))).)).)).))))).))))))))..))))).))...(((((......)))))....)).))))))))..))).))))))....((((((((....)))..)))))((((((.((...(((((......)).)))....))))))))((((......)))).....((((.((..((((........))))))))))......)))))).)))))))))))..).))..)))).))...)))).))..))).))))))..))))..)).))))))))((((.......))))...)))))))).))))...((((((...))))))..((((.((...)).))))....)))))))))))))....)))))...(((.(.(((((.((((.((.......(((((......((((.....))))..((((((((((((.(((((((...))))))(((((..((((((...)))))))))))).))))))).)))))...)))))...)).)))).))))).).)))..(.(((((((.(.(((((((..(((((..........))))).....))))))).).))))))))((((((((...(((....)))..))))))))(((.....)))......((((((.((.(((.(......(((((((((((.....)))))))).)))).))).)))))))).....))))))..(((((((.((((....))))))))))).((.((((.........)))).)).))))))))))))))))))))))))))).).))))))))(((..(((((((.((((..(((((((((((.(((.((((.((..((..((.(((((.......)))))))..))..))..)))).))).))))....(((((....((((...))))....)))))..((((((((((((........))))..))))))))..((((((..((.....)).)))))).....)))))))..))))(((..(.((((((....)))).)).))))((.(((..(((....)))..))).))(((.((.(((...))).)).)))))))))).))).....))))))))))((((((((....))))))))....(((((((((.......((((((((...((((.(((...)))...(((((((.((((.(((.((..((...((((((.(.(((.(((((((......))))))).))).).)))))).))....)).))))))).))))))))))))))).))))..(((((((((((((((......((((.(((..((((.((.((.....)))).))))..)))...))))...)))))..)))))).))))....(((((((((((.(((((((((.......)))))).)))..............(((......)))....((((((.((((.(((....)).).)))).))))))))))))))))).)))))))))...)))))).))))(((((.........((((((.((((((....)))))).))))))))))).)))))))))))))))))))((((((...))))))))).))))))))...(((((((((.((((((.......(((((....)))))...((((((((.((......((((..(.((((.(((.........)))...)))).)..))))...)).))))))))((((((((((((((((((((.(((((((....((....((((.((.(((......((((((.((.........))))))))..((((..((....)).))))(((......))).))).)).))))...))..)))))))..)))).....((((..........))))((((((.....))))))...........))))))))))))))))..)))((((((.((..((((((((.....(((....((((....))))....)))..))))))))))))))))...((((........))))..((((((((((...)))))))))).....)))..)))))))))................))).)))))).)))))......)))))))..)))..........)))...))..)))).).)))))).))))(((((((.........)))))))....)))))..)))))).)))))))).((((((((.(((..((.((((((((((((((((((.((..((((((.(((((.(((((((((((.....))))))))))).)).(.((((.((((...((((..(((.(((((((((((((.....))))........))))).)))).))).))))..(((((.(((((..((((......))))..)))))))))))))))))).)...((((.....))))))).)))).))..))))))))......))))))))).))).))..))).))))....)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..........((((,{({,.{{{{{|(({.{((((({{{{..|||((((((.((((((.((......((((((((((((.(((......,.))).)))))))))))).)).)))))).)))))|{.((((.((((((((((((.(.((((((.(((((...((((((..((((({..,,.,,{{.(((.(((,.....{(((({{{{{...{({{,{..,}.)))),)))))))))))).}))))))...))))))........))))).)))))).)...))))))).))))))))).))|||||((((((((.((({.,,..((......)),)))).)))))))){(((({.,.||}},.||,,,,,||}}}|,,(((,{{(({{((.{{.(((({....)))))...}})))}|,..|}}..}}}}}},.,},,,.(((((((((((((......)))))).)))))))((((.(((.((((((((.(((,...((((((.....))))))..}))).)))))))).))).)))).}|||,|}}})))))}.}}}(((.(((({.((({,(....)))))..})))))))).,}....((((((((....((((((.......{(((((((((((.(((((((,,...{((,.....,,...}}}..,},}.((((.((((((.,.((((..((..(((,,,.(((((.....(((((.(((...((((((((....)))).))))({.......}}(({(((........))).}))......(((.(((((.......))))))))))).)))))..)))))....(((,,((((((.((...)).)))))))))).....(({(((((((.(((((.(((((((((.(((((((((((.....,,,......{(({((,.(((,{.{{({||.,,,...},})}}}}.,.))).(((((((..(((.(((..{(.((((((.....))))))..,..(((((((....))))))).((((((((((.((((((((((,.((((.((((.{...((((((((,..{{,...,((((((((.((((((({,,..(((((({{{{{....(((((((((((((((((((((((((..,.(((.((((.....)))).))).....,,,,{{{(((((((.{((..,.,.,.,(((..{,...((((((((......))))))))}).})})..|,||||||,|||}}}},.,,.|.|||,},||{((((({{(,((({(((({{.{{|..,,||..{|{{..((,((((,{(,...((,..(((((..{{{,{{,,|{(((((..,,,.(((,.,{{{{{{{{....,||}}.,,|}}}}}||,.((((((((...))))))))))))))},.|}.|||,..||}}}...(((((((((((((((...((((((.(((((((((((.({.((.(((((....(((((((((.((((((((((......)))))...((((((((.....(((((((,...,,{{.,...))}))).)))).....))))))))....((.((((.....)))).))((((.......)))).(((((.....))))).((((,(((,(((((.....(((((...))))))))))))))}}.)))}..........((,({((((((((((((.((((,,,.,{(({....))}}{((((.(((((.((,{{(((((((...,.(((.......(((...))){{{((.....)))))...))).,,))))))}..,,.|{(({.{{{{{,,,}))))),,.,}.}}.))))).))))),.)))).)))))))),..}))).)).)).))))).))))))))..))))).))...(((((......)))))....)).))))))))..))).)))))),...((((((((....))}..)))))((((({,((...(((((......)).)))....))))))))((((......)))).....{{({.{{..((((........))))}}))})......)))))),,))))))))||{,|.}}..||||{},.,,|||}.,),,))}.}})))}}.))))},,..}))))))){|||,,,..,|}}},...}))))))).})))..,((((((...)))))).,||||,||.,,)),),,,....))))))))))))),,,,))))),,,{({.|.{{{{{,||||,|{,,,{,.,{|||{......((((.....))))..,{(((||||{||||((((((...)))))}{{|({,,|{{(((,|,}}|))})|},}},||||})),||||}|,.}}|||...)).))}}.))))}.|.}))..{.(((((((.(.(((((((|,(((((..........))))).},..))))))).).))))))),((((((((...(((....)))..)))))))){,|,.,,,)))......{((((,.{(.((,.{...,|.(((((((((((.....)))))))).))),.)))})))))))),,,..))))))..((((((,{((((....))))))))))).((.((((..,....,.)))).)),)))))))))))))))))}))))))))).),))))))))(((..(((((((.(((({.{{(((({,,((.{(({,{{(,((.,(({{{(,({{{{..,,,.,)))}}))|,)),}))..})))}}},})))}{(({({.(({..(((((,,((((...((((...,.(((((((({{{{........)}))..)))))))).,|{((({..{{...,,||.}})))).,,(((||,,|.(({|,,(((..(.((((((....))))},)..))))))),,.,.})))}..)))).)))))))))).,))).,...)))))))}))))))).)))...,.))))))))))((((((((....))))))))...,(((((((((.......((((((((..{((....||}}.(|,...(((((((.(((,,(((.((..{(...((((((.(.(((.(((((((......))))))).))).).)))))).))....)).))))))).))))))),})))))).)))),,((((((((({(((((......((((.(((..((((.((.((.....)))).))))..)))...))))...)))))..}))))).)))}..|.(((((((((((.(((((((((.......)))))).)))............,.(((......)))....((((((.{(((.(({....)).}.)))).))))))))))))))))).)))))))))}..)))))).))))(((((((({.....(((({(.{{,,,,..,.))))}).},))))))))).}})))))))))))))))))|{((({...}))))}))).))))))))...(((((((((.((((((.......(((((....)))))..,{(((((((.((......((((..(.((((.(((.........}))...)))).)..))))...)).)))))))|((((((((((((((((((((,({(((({....,{....((({.,{,{{{......((((({(({.........)))))))}..((({..,|....}}.}}}|(({......}))}}}}.,,.))))..,}}..))}}}||,{||}}.....,,,....,,.||,|}}},{{{{{{.....))}}},..,,,,.....))))))))))))))))}.)))((((((.({..((((((((.....(((....((((....))))....)))..))))))))))))))))...{(((........)))}..((((((((({...}))))))))).....)))..)))))))))................))).)))))).)))))....,.)))))))..)))......,,,.)))...))..)))).}.)))))).))))(((((((.........)))))))..,,))))),.))))))}}})))}(((((..((.......))..))))).)))))).)))))))).||||,{||||||{.{((((((((((.....))))))))))),)),|.|||{{(((({{.(,({..((({((((({,,,||,.}}}}})),.,,.}}}},))))).)})}|)))|}}}}}|(((({{(((((..((((......))))..))))))))))},,|||||{|,|.|(((,,,,,|}}}...))))})))},})..))))})}}.((((.{(({.........}))).))))...,))}..
Back