Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001142532.1
Sequence Length
2806 nt
GC Content
0.6119
AGAUAUCCAAGGGGAGGCGUCCAGGAGGUAGUUGGGUUUCCAAGUCUGGGGUUGGAGGGGCAGGUCCAGGCUGCCUGAGGGUAGGGGUAGCAUUUAAGGCCAUGCGGUGGGGGGAGUGGUUCACGGUGGCCCUCAGGAGGAAGGAAGGAAAAACAGCCGUCUCUGGCCUCUGGCCUCUCCAGGCUCUCCACCCUGGGGGCAGAAUCAAUUCUGUAGCCCUCUAGCACCGGCAGUGGCUCCGCAGUCAGCUGGGCAGUGGCCGUGACUGGGUCACUCUACCCUAGGAAGUGAGUGCAGGGGCUGCUGGAGAGCCAGAGGCUGGCAGCGACUAUGUGAAGUUCUCCAAGGAGAAGUACAUCCUGGACUCAUCGCCAGAGAAACUCCACAAGGAAUUGGAGGAGGAGCUCAAACUCAGCAGCACGGAUCUCCGCAGCCAUGCCUGGUACCAUGGCCGCAUCCCCCGAGAGGUCUCGGAGACCUUGGUACAACGCAACGGCGACUUCCUCAUCCGGGACUCACUCACCAGCCUGGGCGACUAUGUGCUCACGUGCCGCUGGCGCAACCAGGCCUUGCACUUCAAGAUCAACAAGGUGGUGGUGAAGGCAGGCGAGAGCUACACACACAUCCAGUACCUGUUUGAGCAGGAGAGCUUUGACCACGUGCCCGCCCUCGUGCGCUAUCAUGUGGGCAGCCGCAAGGCUGUGUCAGAGCAGAGUGGUGCCAUCAUCUACUGCCCGGUGAACCGCACCUUCCCACUGCGCUACCUCGAGGCCAGCUAUGGCCUGGGACAGGGGAGUAGCAAGCCUGCUAGCCCCGUCAGCCCCUCAGGCCCCAAGGGCAGCCACAUGAAGCGGCGCAGCGUCACCAUGACCGAUGGGCUCACUGCUGACAAGGUCACCCGCAGCGAUGGCUGCCCCACCAGUACGUCGCUGCCCCGCCCUCGGGACUCCAUCCGCAGCUGUGCCCUCAGCAUGGACCAGAUCCCAGACCUGCACUCACCCAUGUCGCCCAUCUCCGAGAGCCCUAGCUCCCCUGCCUACAGCACUGUAACCCGUGUCCAUGCCGCCCCUGCAGCCCCUUCUGCCACAGCAUUGCCUGCCUCCCCUGUCGCCCGCCGUUCCAGUGAGCCCCAGCUGUGUCCCGGAAGUGCCCCAAAGACCCAUGGGGAGUCAGACAAGGGCCCCCACACCAGCCCCUCCCACACCCUUGGCAAGGCCUCCCCGUCACCAUCACUCAGCAGCUACAGUGACCCGGACUCUGGCCACUACUGCCAGCUCCAGCCUCCCGUGCGUGGCAGCCGAGAGUGGGCAGCGACUGAGACCUCCAGCCAGCAGGCCAGGAGCUAUGGGGAGAGGCUAAAGGAACUGUCAGAAAAUGGGGCCCCUGAAGGGGACUGGGGCAAGACCUUCACAGUCCCCAUCGUGGAAGUCACUUCUUCCUUCAACCCGGCCACCUUCCAGUCACUACUGAUCCCCAGGGAUAACCGGCCACUGGAGGUGGGCCUUCUGCGCAAGGUCAAGGAGCUGCUGGCAGAAGUGGAUGCCCGGACGCUGGCCCGGCAUGUCACCAAGGUGGACUGCCUGGUUGCUAGGAUACUGGGCGUUACCAAGGAGAUGCAGACCCUAAUGGGAGUCCGCUGGGGCAUGGAACUGCUCACCCUCCCCCAUGGCCGGCAGCUACGCCUAGACCUGCUGGAAAGGUUCCACACCAUGUCCAUCAUGCUGGCCGUGGACAUCCUGGGCUGCACCGGCUCUGCGGAGGAGCGGGCAGCGCUGCUGCACAAGACCAUUCAGCUGGCGGCCGAGCUGCGGGGGACUAUGGGCAACAUGUUCAGCUUCGCGGCGGUCAUGGGUGCCCUGGACAUGGCCCAGAUUUCUCGGCUGGAGCAGACAUGGGUGACCCUGCGGCAGCGACACACAGAGGGUGCCAUCCUGUACGAGAAGAAGCUCAAGCCUUUUCUCAAGAGCCUCAACGAGGGCAAAGAAGGCCCGCCGCUGAGCAACACCACGUUUCCUCAUGUGCUGCCCCUCAUCACCCUGCUGGAGUGUGACUCGGCCCCACCAGAGGGCCCUGAGCCCUGGGGCAGCACGGAGCACGGCGUGGAGGUGGUGCUGGCUCACCUGGAGGCCGCCCGCACAGUGGCACACCACGGAGGCCUGUACCACACCAAUGCUGAAGUCAAGCUGCAGGGGUUCCAGGCCCGGCCGGAGCUCCUGGAGGUGUUCAGCACGGAGUUCCAGAUGCGCCUUCUCUGGGGCAGUCAGGGUGCCAGCAGCAGCCAGGCCCGGCGCUAUGAGAAGUUCGACAAGGUCCUCACUGCCCUGUCCCACAAGCUGGAACCUGCUGUCCGCUCCAGCGAGCUGUGACCCCAGGGACAUUUCCCCUCUGCAGCUGCGGACAGCGUCAGGGGCAGAGGGGCACACAACUUUCCCCAGAGCACCCCAAGGACACUGUGAUCAACCCGAGAAUGUUCUGGGUUCAACUCAAGCAUCUCCCUUGCACCUCCAGGGUCCUGCGUGGACUCUGGGUUCCAUCCCACCUGCUACAUGCUCACCAGGUCUCCAUUGAGGAAGAACAGGAACGCCGGUUCCCCCACCAGCUUUUGCUGCUCCCCUUCCUGCUGGGGUUCCCUGUUUUCGAGCCAUGGGAGGCAGGCUGCUCACGCCUCCUCACUCUCUGUCUGUCCCUCACCAACACCAAGGCCUCCAUCUCACUGUAAAUAAGUCUCUGUUCUGUAAAUAGAUGUACAGAAGCCAUGUUAUUUCUUUCAUAUAAUAAACUUUUAUGACUCUUUAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1176.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1223.14
Frequency: 0.0000
Diversity: 697.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.....((((((((((......(((((((((....))))....(((((((.((((((.((....((((((((..((((((((((........(((...((((((((((((.(((((((((.(.(((.....(((.((.(((((........(((((((((((((((((((..((((..((.((((..(((((((((((((....)))))).........((.(((((..(((((....))))))))))))(((((((.......)))))))...)))))))..).))).)).))))..))))))).))))))))).))).((..((..((..(((((((((.(((........)))))))(((.......)))...((((.(((....)))..)))))))))...))..))..)).(((....)))..(((.(((...((((((.((.....((..(((((....))))).)))).))))))...)))..)))..))))))).)))((.((.(((((......(((((.(....(((((((...(((((((..(((.(((..((((((..............))))))))).)))..))).)))).)))).)))....).)))))..(((((....)))))...((((((((((((((..(((......)))....)))))))((((((....)))))).))))))).))))))).))..........)))).))))))))).)).))))))))))...)))(.((((((....)))))).)(((.((((..(((((....))))).))))))).))))))...))))...)))))))).((((..((((.((((.((((...)))).(((((((.((..(.(((..(((((....(((((((((((((......)))).))))))))).........((((((...((((..((((......)))).))))..)).)))).)))))....))).)..))..))))))).....((((....))))...(((.....)))))))...))))...)))))))))))).)))))))..)))))..((((..(((((((((((.((..((.((......(((.((((((((((..((((...((....(((((........)))))..)).)))).((((..((((.(((((..((((.....((((((((((((((((((((........(((((..(((.....(.(((..((((((((......(((((((.............)).)))))))).))))))))))))..)))))..((((.(((....)))..))))..))))))))(((.....((..((((......))))..)))))((.(((((((((((.....)))...)))))))).))..(((((......)))))..........((((((.(((((..((....((((....))))....))..)))))))))))))))..))).)))))....))))..))))).....))))..))))((((.((((...(((((((.....((((((..((((((((..(...)..))))))))....(((((((((((...(((....))).((((.(((((((((....((((((.((((((..((.((((((..((...((((((...((.(((((...)))))))(((((.(((......))).))))).....)))))).)).)))))).)).))))).).))))))((((((((((.....((((((.(((..((((((((......(((.(((((((((.((((....(((....)))...))))..))))).....)))))))......)))))))).))).)).)))).......))))))))))...((.(((((((((.(((.((.(((((((((.((....)).)))))))....((.(((.((.((((.......))))..)).)))))....(((((((..(((.((((((((((((((.(((((....)).))))))(((((((((....).)))))..)))....))))))))))))))...)))))))..(((((((.((((..(.(((.((((((.......))))).).))).)..)))).))))))).((..(((((((......((.((((((((((.(((...))))))))))))).))...))))))).)).))..)))))))))))))).))((((((.((((...((((((((.(((......)))))).......((..((((.(((.......))).))))..))..)))))..))))))))))((((....)))).))).))))))))))....(((((((((..(((((.....)).)))..)))))))))............(((((((((......((..............)).....)))))))))..........)))))).)))))....((((((((((.....)))))))))).......))))))...)))))))..))))))))......((((((....(((((....))))).....((((....)))).....)))))))))))))))).)))....)).)))).))))))))))))))).))))))))))......)))))...............((.(((.........(((.......))).....(((((((........)))))))))).)).........(((((...........)))))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{{{,.....((((((((((...((((((..(((((,,,{{|,.(((.(((((((,...((((((((.((.((((((.(((.{((((((((............(((((((((((.(((((((((.(.(((.....{((,({{(((((........(((((((((((((((((((.,((((.,((,((((,,(((((((((((({....}))))).{{{,.,,.((.{{(((.,(((({.,,,})))}))))))){((((((.......))))))}...)))))))..),))).)).)))),.))))))),))))))))),))}.|{,.,,.,{({.{,(((((...,||}}}.}.},)|||||,,.....,)}}),}...((((,{{{....})),,)}}}{{{||,...,,,.,..||.{((....))),.(((.(((...((((((.((.....{{..(((((....))))).)})).))))))...)))..)))..))))))}.)))((.((.(((((....,,(((((,(.,,,{(((({{...{|{{|{|}}|||.,||},||((((,...,,,...,,..}}}}})))).}))..))).))}}.}})),}}}....}.})))}..(((((....)))))...((((((((((((((..{((.,....),)....)))))))((((((....)))))),))))))).))))))).))..........)))).))))))))).))}}))))))))))))))}(.((((((....)))))).)(((.((((..(((((....))))).))))))).(((((((..(((((.(((((((,,.......|.{{{{{.{,(((,...})}},..,(((((..((((((.,..((.(((((.......(((((((((((...{,..(((((((((.....{(.((((,(,..((((..((((......)))).))))..,).))))})....(((.((((((((((((((((...((((((((,,(((,{{{{{(({.,...{{,{,{....{,||||{{..(({(((,((({({{..{{{{((({,((((.((((((({{(((.((((.(...((((.....((((((({(((..(((((((((..,..(((((........)))))..{{{{....(((((((.{,.{(((((.(((((.{{..{{((((..(((((((..((({{.....((,.,..|,....)))}}..}}},.,,|}}}....,(((({((,{,.,......,.}}.}))}}))}}})}))})}}}||..|||,|..{{{{.|{|.,.,))),,))}),,.}}))))).))))...))...}},........))))))),}||.(((((((((({.....))}...)))))))).,,,.(((((......)))))........({((((({{(((((..({....((((....))))....))..)))))))))))})},||||.((,{((((.(((((((((((((....{((((((((((({..(((((((((((.(((((....))}})))))).))..)))))..}.)))))))),.},,.({{{..((,(,(((,...))).|||{}},,||||..,...,}}},,..,)}}),}}},.))))))))))...))).))))))){||{|.,,}}}}},{.((((.....)))),)),))).)))))).))))))).))))))).}.)))).))))))))))).)))),,|}}.,}}......)}),,)))))}.,.)}})))))))}}}},||||,.(((({{{{(....,,||||,.,,,,}.)))}))))))))),.,}},...)))))).))).)).)))))))))))...))))))))))))..,,(((((((({,(({,((.,,(((((((.((....)).)))))))....(,{(((.((.((((.......))))..)).)))))..,.(((((((..(((.((((((((((((((.(((((....)).))))))(((((((({....}.)))))..)))....))))))))))))))...))))))).,(((((((.((((..({(((.((((((.......))))).).))).)}.)))).))))))).{(..(((((((..{...((.((((((((((.(((...))))))))))))).)).},))))))).}).}}..)})))))))))))).)))))))))))))))))).,))))))...)))))}})))}.{(((....,,,....}}},)))}))))))){{,({{.....})).,}.{(((((((((.......(((((({......((({....}})),},,)))))))))))))))}...))))).)))))))......)),.)))))).))).))...)))).))))..})))))).))}.,,,|,}|)},..,))))))}}))}}))...}},}}|||(((((((.....)))))))|||......}}}{(((({{.{{{{{{{..||||,((((,..,{|({((,,,,(((((.{,{||}}}.....((((....)))).....},,,,,}})))})}},))))}},,.|||},}}|,,,||}}|}..,...})))))))))......}}}}}|,......,,.,,.,,,.|||.,,.......,,,..,,,,|},....,(((((((........))))))},},.,,}}}},,...(((((.,,......,.)))))..................
Back