Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001142554.3
Sequence Length
2262 nt
GC Content
0.6136
ACCCACUGUGCCAACAUGGCGGCGCCCAGGUCCUAAUUCGGGAAACGUGCACCUUGACUAAUUCGGUUUUCUGUGGCUACGAGAGCAGGUGAGGACGGGCUAGGCAGCGCGGGGAGGGAUUCGGACUCGGGGCGGGCCUGCACGAGGGCAUCGGCUCCACAGGGACCAGUCAUCCCCAAAACGAGGGGAUAUCAGCUUACCGAGGCCGCAGGUUUUCCUAGUCCCUACCUCAUAGAUAUGUAGGACAUCCCCGGGCCCGGAAUGCGGCUCUCUGACCCUCUCUGUGCCCUCCCCCGCCCCCCGAACCAGGCUUGGCGGGCGGAGGCGCCAGCGGAUGUCUCAUGCAAGGAUCGUCUCUGUGGCUAAGCCUCACUUUCCGCUCCGCCCGGGUGCUCUCUAGAGCCCGGUUUUUCGAGUGGCAGUCUCCAGGGCUGCCGAAUACAGCAGCGAUGGAGAACGGCACCGGGCCCUACGGAGAAGAACGUCCACGUGAAGUCCAGGAGACGACAGUCACCGAGGGGGCUGCCAAAAUCGCCUUUCCCAGUGCCAACGAGGUCUUUUAUAACCCGGUGCAGGAAUUCAAUCGGGACCUGACAUGUGCUGUGAUCACCGAGUUUGCUCGCAUUCAGCUUGGGGCCAAAGGAAUCCAGAUCAAGGUUCCAGGAGAGAAGGACACGCAAAAAGUGGUCGUGGACUUGUCAGAGCAAGAGGAGGAAAAGGUUGAACUGAAAGAGAGUGAAAACCUGGCCUCAGGAGACCAACCUCGCACAGCGGCCGUGGGGGAGAUCUGUGAGGAAGGCCUGCAUGUGCUGGAAGGCCUGGCAGCUUCAGGCCUACGUUCCAUUCGAUUUGCCCUAGAGGUGCCUGGGCUCAGAUCUGUGGUUGCAAACGAUGCCUCCACCCGGGCUGUGGAUCUCAUACGCCGGAAUGUCCAGCUCAAUGACGUGGCCCACCUGGUACAGCCGAGCCAAGCAGAUGCCCGGAUGCUGAUGUACCAGCACCAGAGGGUGUCGGAGAGGUUUGACGUCAUCGAUCUGGACCCCUAUGGCAGCCCAGCCACCUUCCUGGAUGCAGCUGUGCAGGCUGUGAGUGAAGGAGGGUUGCUGUGUGUGACCUGCACAGACAUGGCGGUGUUGGCGGGGAACAGCGGGGAGACGUGCUACAGCAAGUACGGGGCCAUGGCCCUCAAGAGCCGGGCCUGCCACGAGAUGGCCCUGAGAAUCGUCCUGCACAGCCUGGACCUCCGCGCCAACUGCUACCAGCGCUUCGUGGUGCCGCUGCUCAGCAUCAGCGCUGACUUCUACGUGCGUGUUUUUGUCCGUGUCUUCACCGGCCAGGCCAAGGUCAAGGCCUCAGCCAGGGCCAAGUUCUCUGCAGCCUGUGGUCCCCCUGUGACCCCCGAGUGUGAACACUGUGGGCAACGACACCAGCUUGGUGGCCCCAUGUGGGCAGAGCCCAUCCAUGACCUGGAUUUUGUGGGCCGUGUCCUGGAGGCUGUGAGCGCUAACCCCGGCCGCUUCCACACCUCGGAGCGGAUCCGAGGGGUCCUGAGCGUCAUCACUGAGGAGCUCCCGGACGUGCCUCUGUACUACACCCUGGACCAGCUGAGCAGCACCAUCCACUGCAACACACCAAGCCUCCUGCAGUUGCGGUCGGCCCUCCUCCACGCUGACUUCCGGGUCUCACUCUCCCACGCCUGUAAGAACGCUGUGAAGACGGAUGCCCCUGCCUCUGCCCUCUGGGACAUCAUGCGUUGCUGGGAGAAGGAAUGUCCGGUGAAACGGGAGCGACUAUCAGAGACUAGCCCAGCGUUCCGCAUUCUCAGUGUGGAGCCCAGGCUGCAGGCCAACUUCACCAUCCGGGAAGAUGCCAACCCCAGCUCCCGACAGCGAGGACUCAAGCGCUUCCAGGCUAACCCGGAGGCCAACUGGGGUCCCCGGCCUCGUGCCCGGCCAGGGGGCAAGGCGGCCGACGAAGCUAUGGAGGAGAGACGCAGGCUGCUUCAGAACAAGCGGAAGGAGCCGCCGGAAGAUGUGGCCCAGCGGGCUGCCCGGCUCAAGACAUUUCCUUGCAAGAGGUUUAAGGAGGGCACCUGUCAACGCGGGGACCAGUGCUGCUACUCCCACAGCCCCCCGACACCCAGGGUUUCUGCUGAUGCUGCCCCUGACUGUCCAGAGACCUCCAACCAGACCCCCCCUGGACCUGGGGCUGCCGCUGGGCCAGGCAUAGACUGAACCAAUAAAGAGAUGUCACGUCACCUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-937.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -973.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 673.50
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((..(((((((((.(((((((((......(((....((........))......((((((((((((....((((((.((((((((((((((.(((.(.((((((((((.(((((....((((((((.......(((((((.(((.....((((((((.(..((((((.......))))))..).((...(((.((((...((...(((((....(((.....))).....)))))...))...)))))))...)))).)))))).......)))))))))).)))))))))))))))(((((((((..(((((((((((.(((((....)).)))..))..))))))))).)))))))))..)))))))).).)))(((((.((....)).)))))......((.(((.(..((((((..(((((........)))))..))))))..).)))))))))).(((((.(((((((.(((((((((((((.((.(((....))).))..))(((((((((...((((((((((((..(((..((.(((........)))))(((((((..(((.....))))))).)))..((((((.........(((((((........(((((((((.................))))))))).((.(((..(((((........).))))..))).)).)))))))..((((...(((((..(((.......)))...)))))..))))..(((......))).)))))))))..))))))))....))))((((((((((.(..((((((.....))))))..).)))))))....)))....((((((.(((((......)))))..)))))).((((..(((.....)))..))))((((..((((.....))))..))))...((((((.((.(((((((.(((.....))).....((((((.....(((((((((.(((((......)))))))...))))))).....))))))))))))).)).)))))).....)))))))))(((.((((((((..((((((((.....))))))..))..)))))))).)))((.((((.....)))).)).(((((((..(((((.(((..((((.(....).))))..........((((((((((((((.........))))).........)))))))))......((((.((...))..)))).))).)))))))))))).(((((((....(((((.........))))))))))))))))).))))).)))))))).))))))))))))))((((.(((..((((....))))..)))..))))..)))))).(((((...((((((((.((((((.((..((((....))))..))(((((..((...((((((((((((((...(((((..(((((((((.....)))).....)))))..)))))))).)))((((((((((......)).))))..))))(((((((.....)))))))(((((.(.(.((....((.((((.((........)).)))).))...)).).).)))))......((((.........))))....))))))))....))..)))))(((..((((((((((.(((((....(((((..((..(((((((.((.......(((((.((((...((((.((....)).))))(((...)))...))))))))))))))))))..))...))))).....(((((((.............(((((..(.((((((((((...)))))))))))..)))))..(((...((((.((....))))))..))).......))))))).))))).))......(((((((((((((....((..((((..((...((((((((((........)))).)))))).))..))))..)).)))).)))))).....))).((((.((((.(......).)))).))))(((((.....(((((((...))))))))))))...........((((....))))....))))))))))).))).))).))))))))..))))).....))))))......((((..(((((...(.((....)).).)))))..))))..))))))..........))).....)))))))))))))))).)).....)))))))................((((...))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((((((..{,(((((((,(((((((((......(((....((.,.....,}|....,{((,,,,((({((,...((((((.((((((((((((((.(((.(.((((((((((.(((((....((((((((.......((((((({.((.....((((((((.{..((((((.......))))))..,.((...(((.((((.,.((...(((({{{..(((.....}}).....)))))...})..,))))))).,.)))).)))))).....,,},)))))))),)))))))))))))))(((((((((.,{((((((((((.((({{....}}.}))..))..))))))))).)))))))))..)))))))).).))|(((({,((,...,),)))))}.....((.(((.(..((((((..(((((........)))))..))))))..).)))))))))).(((((.(((((((.{((((((((((({.((.(((....))).))..||(((((({{,...,{{{{|{({(({,,(((,,({,(((((({,....((((((,.,........})))))..((((((.((.({,(((((((....(((((,,.,.(((..(((((((((....{,.......,,..))))))))).,,)}}.),...)))))..))))))),)})).))))))........((((...(((((..(((.......)))...)))))..))))}|}}}}}}..,||{((,,,{{}||{,{((((|{((((,(|{{(({(((((((.{..((((((....,)}))))..,.)))))))...})))....|{{{|(|((|{(......)))))}.)))))).((((..(((.....)))..))))((((..((((,...,))))..))))...{(((((.((.((((((({{{(,..,.|}|...,.{(((((...,.(((((((((.(((((......)))))))...))))))).,...)))))}))))))).)).)))))),},,,))))}))}|(((.((((((((..,(((((((.....))))))..,,..)))))))).)))||,|((|..{,{|,||.}|,{||||||}}|||||}|||,.,||||{|...{(((({......}))}||((((({(((({(......,,,))))),,,,,....})))))))},.....,|||,}},}.}),,))})}))},|||}}}}||||,.((((((,...,{{{||,|,,,..,,)))}}}))))))))))).))))).)))))))).))))))))))))))((((.(((..((((....))))..)))..))))..)))))).(((((,,.((((((((.(((((({((,.((((....))))..))),.,,..(({{,,,,|||||((((({...(((((..(((((((((.....)))},...,}))))..})}}}|||,|||{(((((((((..,,,,||{{|||{,},,.{{{{|||,,,,.})))})){{((({,((.{,...}.}}.}))},)||{{|||,({{({{,,|}.......{{{||{.|,{{{{{(,{(,.,,..,,,||||,...,,,,,,||,...|}|,)}})}|||.}|{,||{|{|,.,||||...|{|{||,.{{..(((((((.((.......(((((.(({{.,.{(((.((,...||.}}}}(((...))).,.))}})))))))))))))},}},,,}))))).}...(((((((.............(((((..(.((((((((({...}))))))))))..)))))..(((.{.((((.((....)))))).}))).......))))))).))))).||||||.,{,{{{|||}||....}}||}}}}},..))}))||{{((((((........)))).)))))).}))})))),,}},})),.})}}))|},,.}}}.((((.((((.{......).)))).))))(((((.....(((((((...))))))))))))...,|.,..,}})))}},.})))}}..,)))))))}}},))),.}).)))))))),.))))).....}}}))),,..}}||{{..{{(((...{.({....)).}.)))})..})))},}}}})}},........,))}....)))))))))))))))),)}.....)))))))..,,..........,.{{{{...,)))......
Back