Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001142560.2

Sequence Length

1786 nt

GC Content

0.5980

GGUGCGCGCCGACGAAGCCCGGGAAGGCAGGCGCGCGGGUUAGAACGCGCCAGAGGUCGGCGCGCGCACACCCGCACCGCCCCGACCCCAGGUAGUGAGGCCAGUGAUUCCGAGUGUGUGAGGAGCGGCAGUGGCGGCGGAGGAGGGGGCGGCGUGGGUGGGGGCGGGGGCGGGAUGCGCUCCCCGGCCCCUCUAGCCCCGUGGUGGUACAACGCGAAGGUGUGGGAAGGCCGCGAUAAACCGGAACUGCAGCCCGCCGGACACCUCCGGCUUCACUUCCGUAAGAGGAGAGGAGUGUACGGCAAGGGGCGGGAACUGGAACUUGGCCCGCCUCGUUGUGAGCUGAGCUCAGCGGCACGCUUUUGUGGCGUCACUGCACUGUUACCCCGCCCUACGUGUCUCUGACGCUGACACCUUCUCACUGUGAAACGUCGCGACCUGUGACGUCUGGGGGGCGCCUCAAAUCUUCCACUCCAGCAUCGGAUCCCGGAAAGGCAGCGUCGGAGACUGGACCCAAAACUCUUCCUGUUCUGCCUGCAGAGUUGAGCCCCGUCCGGGUCCUGGACCCGCGUAGUACUGACCCUGGAUCCCUGUUCACUGCGUUCUCGCUCCCCGCGCUCCCUGCUGGACCCCGGGAUGCCGGGCAUCUCCGCCCGAGGCCUCUCUCAUGAGGGGAGGAAGCAGCUAGCUGUUAACCUCACCCGUGUCCUGGCACUCUACCGUUCCAUCUUGGAUGCCUACAUCAUCGAAUUUUUCACAGACAACCUAUGGGACACACUCCCUUGCUCAUGGCAGGAAGCAUUGGAUGGACUGAAACCACCACAGCUGGCCACAAUGCUGCUGGGGAUGCCUGGGGAAGGGGAGGUCGUCAGGUACAGGUCAGUGUGGCCACUCACCCUGCUGGCCCUGAAGUCCACGGCGUGUGCCCUGGCCUUUACCCGGAUGCCUGGCUUUCAGACCCCCUCAGAAUUCCUGGAGAACCCCAGCCAGAGCUCCCGACUAACAGCUCCAUUCCGGAAACAUGUCAGGCCCAAGAAGCAGCAUGAGAUCCGGAGGCUGGGAGAGUUGGUGAAGAAGCUGAGUGAUUUCACAGGCUGCACCCAGGUUGUAGACGUGGGCUCAGGCCAGGGCCAUCUCUCCCGCUUCAUGGCUCUUGGCCUGGGGUUGAUGGUGAAGAGCAUCGAAGGGGAUCAGAGACUGGUGGAGAGAGCCCAGCGCCUGGACCAGGAGCUUCUGCAGGCUCUGGAGAAAGAGGAGAAGAGGAACCCGCAGAUAUGUGCAGCGGGGGCUACAGCGAGUGGGGCUAGAUCCCCAGCUGCCACUGAAUCUGGCUGCCCUUCAGGCCCACGUGGCCCAGGAGAACCGUGUGGUGGCCUUCUUCAGCCUGGCUCUACUGCUUGCCCCACUGGUGGAGACGCUUAUUCUACUGGACCGGCUGCUGUACCUUCAGGAACAGGGUUUCCAUGCUGAGCUCCUGCCCAUCUUCAGUCCUGAACUCUCUCCCAGAAACCUGGUUCUGGUGGCCACCAAGAUGCCCCUGGGUCAGGCUCUUUCUGUUCUGGAGACUGAAGACAGCUGAUGCAGCCUGAGGAAACAUCUCAGACCCCAUCAUCUGAAAGUGCCCAGAGAGCACAGUGGCAGAGUACAUCUCAUCCAGAGAAACAGCAUCCUGCAUCCUCCAGAGUCCUGGUUCCUUCAGUUUCAUCCCCUUUCUCUCCUUCCAUGGAUUAUGUAAUACAUUGUAAAGUUUUAAUUAAUUAAAAAUUGGAUAUCUGUUUCCUUCCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-733.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -762.00

Frequency: 0.0000

Diversity: 588.18

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.((.((....))..))))(((((((.(((((.((((((..(..((((((.......))))))..)..))))))(((.((((..(((((((((((((((((((.(((.(.(((((((.(.((((((((((((((((.(((...((((((.(((.((((((((.((((((((.....))).))))).))))....))))))).))(((((.((((..(((.(((((..(((.(((............))).))).((((.((((.(((..((((.(((....))).)))).))))))).))))..((((((((..(........).))))))))....(((((...)))))((((.(((((.....)))))..))))........))))))))....(((((((((((((...((((.((........(((((((.....)))))))((((((((.............)).))))))...(((...)))))))))))))))))))))).((((......(((..(((((.......)))).)..)))....))))(((((...))))))))).)))))..))))...)))))).))))))).....))))))))))))))((....)).....((((.(((((((......))))..))).))))......(((((((.(((((....)))))..)))).)))).)))))))).))).)).(((((((.(((..((.....................))..)))...)))))))....(((((.((....((((((.(((..(((.(((.......))))))..)))..))....)))))).))))))))))))))..)))).))).((((((((((.(((.(((.(((...(((.((....))...))).))))))))).)))).))))))((((((((((..(((((((((((((...............))))).......)))))).))..))).((..(((((....((((((..(((((...((.......)).)))))...)))))))))))..))....))))))).((((..(((....))).))))...((((.(((...))).))))((((((((((((((((............))))).)))))))))))...((((.(....).))))(((((((((..((((((((.((((((((.((((.(((((...((((....))))))))).))))......(((((((((((.....(((......))).(((((((((.((((.((((((((.((.....(((..(((((((((...(((((((((((.((((.....))))..))))........)))))))...)))))..))))....))))).)))))))).((((((((.((..(((..(((((...((....))...)))))))).)).))))))))))))))))))))))).)))))..))))...)))))))).((.((((.((((((((.((....((.((((((.((((((.(((((((..(((((((((..(((.....(((.(((((..(.((((((.....)))))).)..))))).)))..)))..)))))....))))....)))))....)).)))))).).....))))).))...)).)))))).)).)))).)))))))))))))))))))...(((.......(((((..(((.((........)).)))..))))).......)))....)))))))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.((.{{....}}..))))(((((((,((({(,((((((..(..((((((.,..,,,)))))).,|..}}}})),((|((((..(((({((({,,{{{((((({(,{.,,(((((((.{.((((((((((((((((.(((...((({{{,(({,((({(((({((((((((.....))).))))).)))),...)))))}|.}}(((((.(((({.{((,(((((..{((,(({.......,....}}}.})).((((,{{{..|||,,|{((.(((,,..,,}.)))).))))))}.}}||..((((((((..(........).)))))))),|||{((((...))))}||||,((({{...,,)))))..)))),,,,,,.,)))))))).,..(((((((((((((...((((,,,.....}}.(((((((,...,))))))),(((((,,..}}}},....,,||.,|||,,...,||}..,,))})}))))))))))))))).((((......(((..(((((.......)))).)..)))....))))(((((...))))))))).))}))..))))...)))))),,)))))).....))))))))))))))||,}||||...{{((({,(({((((....,.))}}|.|||{||||.,..|.(({((((.(((((....)))))..)))).)))|||||||})).}}}.,..{.(((,{{{{.(((({{,.{,{{,,,{{....,||...,.,...,,.,||||,.,..|||(({(({...})))}}.{((|,((|.{((..,,...}},||}||||},,}}....,))}|||||||.|}}||||||,.||||.|||{(((((((({{((((((((.({.,,,,,}}},,)|}))}}.{((((.(((.(((....))).))).))}}}.},||.}))))))).....}}}},}}}|.,..,}})))),,|.||||||||||{||{{|||{((..(((((....((((((..(((((...((.......)).)))))...))))))))))),.,,}})})),}}.|{((({{{({(.,..}}}.||||,..((((.(((...))).)))){{{{{{{{{{{{{{|{,.,,,..,,,,,}))))))}})))))))),)}||||}|,.}},})))){|{((((({..({(((({|,((((|{{|,||{(,{((((,.,{{((,,{,|}}}}}))),)}||{{,.,,(((((((((((....,(((....,,))}.(((((((((.((((.((((((((.((.....{((..(((((((((...(((((((((((.((((.....))))..))))........)))))))...)))))..))))....}}})).)))))))).((((((((.((..((({.,,(((..{(,..,.)}.}},,,))))}.)).)))))))))))))))))))))}).)))))..})))...}}}}}}}}|(({((((,((((({((.((,...{,.{{{|||}|{||{|}|||{{{|,,|||{{{{||.,{||,.,,.(((.(((((..(.((((({.....}))))).)..))))).)))..}}},,))))},.,,)),}.,|,}|||}...,))|,})))),).....}}}}},)),..}),)))}}).}),))))})}}))))))),))))))))}}}|||..,,,.,||{{(..({{.{{........}|,|||..}}}})...,.,}}})....,)},}))))))).