Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001142619.2
Sequence Length
2796 nt
GC Content
0.6102
AGGGCCAACUGCCGAGACCACACAACCAGCCACCCCUCUAGGAUCCCAGCCCAGCUGGUGCUGGGCUCAGAGGAGAAGGCCCCGUGUUGGGAGCACCCUGCUUGCCUGGAGGGACAAGUUUCCGGGAGAGAUCAAUAAAGGAAAGGAAAGAGACAAGGAAGGGAGAGGUCAGGAGAGCGCUUGAUUGGAGGAGAAGGGCCAGAGAAUGUCGUCCCAGCCAGCAGGGAACCAGACCUCCCCCGGGGCCACAGAGGACUACUCCUAUGGCAGCUGGUACAUCGAUGAGCCCCAGGGGGGCGAGGAGCUCCAGCCAGAGGGGGAAGUGCCCUCCUGCCACACCAGCAUACCACCCGGCCUGUACCACGCCUGCCUGGCCUCGCUGUCAAUCCUUGUGCUGCUGCUCCUGGCCAUGCUGGUGAGGCGCCGCCAGCUCUGGCCUGACUGUGUGCGUGGCAGGCCCGGCCUGCCCAGGCCCCGGGCAGUGCCUGCUGCUGUUUUCAUGGUCCUCCUGAGCUCCCUGUGUUUGCUGCUCCCCGACGAGGACGCAUUGCCCUUCCUGACUCUCGCCUCAGCACCCAGCCAAGAUGGGAAAACUGAGGCUCCAAGAGGGGCCUGGAAGAUACUGGGACUGUUCUAUUAUGCUGCCCUCUACUACCCUCUGGCUGCCUGUGCCACGGCUGGCCACACAGCUGCACACCUGCUCGGCAGCACGCUGUCCUGGGCCCACCUUGGGGUCCAGGUCUGGCAGAGGGCAGAGUGUCCCCAGGUGCCCAAGAUCUACAAGUACUACUCCCUGCUGGCCUCCCUGCCUCUCCUGCUGGGCCUCGGAUUCCUGAGCCUUUGGUACCCUGUGCAGCUGGUGAGAAGCUUCAGCCGUAGGACAGGAGCAGGCUCCAAGGGGCUGCAGAGCAGCUACUCUGAGGAAUAUCUGAGGAACCUCCUUUGCAGGAAGAAGCUGGGAAGCAGCUACCACACCUCCAAGCAUGGCUUCCUGUCCUGGGCCCGCGUCUGCUUGAGACACUGCAUCUACACUCCACAGCCAGGAUUCCAUCUCCCGCUGAAGCUGGUGCUUUCAGCUACACUGACAGGGACGGCCAUUUACCAGGUGGCCCUGCUGCUGCUGGUGGGCGUGGUACCCACUAUCCAGAAGGUGAGGGCAGGGGUCACCACGGAUGUCUCCUACCUGCUGGCCGGCUUUGGAAUCGUGCUCUCCGAGGACAAGCAGGAGGUGGUGGAGCUGGUGAAGCACCAUCUGUGGGCUCUGGAAGUGUGCUACAUCUCAGCCUUGGUCUUGUCCUGCUUACUCACCUUCCUGGUCCUGAUGCGCUCACUGGUGACACACAGGACCAACCUUCGAGCUCUGCACCGAGGAGCUGCCCUGGACUUGAGUCCCUUGCAUCGGAGUCCCCAUCCCUCCCGCCAAGCCAUAUUCUGUUGGAUGAGCUUCAGUGCCUACCAGACAGCCUUUAUCUGCCUUGGGCUCCUGGUGCAGCAGAUCAUCUUCUUCCUGGGAACCACGGCCCUGGCCUUCCUGGUGCUCAUGCCUGUGCUCCAUGGCAGGAACCUCCUGCUCUUCCGUUCCCUGGAGUCCUCGUGGCCCUUCUGGCUGACUUUGGCCCUGGCUGUGAUCCUGCAGAACAUGGCAGCCCAUUGGGUCUUCCUGGAGACUCAUGAUGGACACCCACAGCUGACCAACCGGCGAGUGCUCUAUGCAGCCACCUUUCUUCUCUUCCCCCUCAAUGUGCUGGUGGGUGCCAUGGUGGCCACCUGGCGAGUGCUCCUCUCUGCCCUCUACAACGCCAUCCACCUUGGCCAGAUGGACCUCAGCCUGCUGCCACCGAGAGCCGCCACUCUCGACCCCGGCUACUACACGUACCGAAACUUCUUGAAGAUUGAAGUCAGCCAGUCGCAUCCAGCCAUGACAGCCUUCUGCUCCCUGCUCCUGCAAGCGCAGAGCCUCCUACCCAGGACCAUGGCAGCCCCCCAGGACAGCCUCAGACCAGGGGAGGAAGACGAAGGGAUGCAGCUGCUACAGACAAAGGACUCCAUGGCCAAGGGAGCUAGGCCCGGGGCCAGCCGCGGCAGGGCUCGCUGGGGUCUGGCCUACACGCUGCUGCACAACCCAACCCUGCAGGUCUUCCGCAAGACGGCCCUGUUGGGUGCCAAUGGUGCCCAGCCCUGAGGGCAGGGAAGGUCAACCCACCUGCCCAUCUGUGCUGAGGCAUGUUCCUGCCUACCAUCCUCCUCCCUCCCCGGCUCUCCUCCCAGCAUCACACCAGCCAUGCAGCCAGCAGGUCCUCCGGAUCACUGUGGUUGGGUGGAGGUCUGUCUGCACUGGGAGCCUCAGGAGGGCUCUGCUCCACCCACUUGGCUAUGGGAGAGCCAGCAGGGGUUCUGGAGAAAGAAACUGGUGGGUUAGGGCCUUGGUCCAGGAGCCAGUUGAGCCAGGGCAGCCACAUCCAGGCGUCUCCCUACCCUGGCUCUGCCAUCAGCCUUGAAGGGCCUCGAUGAAGCCUUCUCUGGAACCACUCCAGCCCAGCUCCACCUCAGCCUUGGCCUUCACGCUGUGGAAGCAGCCAAGGCACUUCCUCACCCCCUCAGCGCCACGGACCUCUCUGGGGAGUGGCCGGAAAGCUCCCGGGCCUCUGGCCUGCAGGGCAGCCCAAGUCAUGACUCAGACCAGGUCCCACACUGAGCUGCCCACACUCGAGAGCCAGAUAUUUUUGUAGUUUUUAUGCCUUUGGCUAUUAUGAAAGAGGUUAGUGUGUUCCCUGCAAUAAACUUGUUCCUGAGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1175.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1221.14
Frequency: 0.0000
Diversity: 698.03
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((..(((..((((.(...(((((......((((((((((((((((((((....))))))))..((((((...(((((.....))).))......(((.((((((((......)))))))).)))........(((..(((((.((((..((((((((....(((.((.((((((...((.((((.((.((((((((((((........((((.((((((.(...........(((((((((((((((((....))))..((((((.((((((..((((((..(((((.(((((.((.((....(((...(((((..((((...............)))).)).))))))..)).)).))))).))))).))).......)))..))))))))))))...(((((.(((((((......)))))))..)))))...))))....(.(((((((...)))))))).)))))))))...).))))))))))))))).))))))).))...))))..))....)).)))))).)))............))))))))...))))((((((((((.......(((((((.....(.(((((((....))))))).).((((..(((((((.......(((.(((((((((...........(((((((((((...(((((......)))))))))).......))))))..((((.(((((((((......))))))))).).)))))))))))).)))......))).))))..))))...((((........))))((((((((((((.(((..((((((((((((....)))))((.(((((((((((((((((.((((((((((.........(((((((((.(((((((....)))((((((((.((...(((.((......)).)))....)).))))))))......(((((((.(.(((....((((.(((((((.(((((.((((((((.(((((((((((.....))))...(((((....((...((((..(((.......))).)))).))..)))))...((((..((..(.(((((.(.(((........))).)))))))))..))))))))))((((...))))...((....))).)))))))))))))((((((((((((.((((((.(((.....(((((((.........))))))).....))).)))))).)))(((.....)))..)))))))))))).)))).))))))).).))))))))))).))))))))))))).))))))....((((((((.((((((....)))).))..)))))))).((..((((((((((..((....((((((((((.((((..((((((((((.(((((((...........((...(((((.((((((.((((.(...((((.(((....((.(((((.......(((..(((((((.((.(((((((......(((((((..(((..((((((...(((((....)).)))...))).))).)))..)).)))))....))))).....)).))..)))))))....)))......))))).))..))).))))...).)))).)))))).))))).))((((((((((((....))))))))..)))).....(((.((((......))))..))).(((..(((((((((((((.((((((((((.((..(((.((((.((((((((((((.(((....)))(((.((........)).)))......((((.......))))((((.((...(((....((((....((((((......))))))....(((.(((.....))))))..(((((.........)))))..((.....))...))))..)))...)).))))......((((.(((....)))))))..(((....)))))))))))).))).)))).)))......))...))))))).))).)))))).))..)))))...)))....))))))))))..)))))))..)))).)))))).))))))..))))))))))..))(((.((.....)).)))))))))))..........(((((....(((.....))).))))).))))))))).)).)))))))...)))))))))).)))))..........)))))))))))))))))...))))).)))......))))))(((((..(((((((....(((...((.(((..((((.((((((.(((((((...))))..))))))))).)))).))).)).)))....)))))))...)))))(((..((((..((((........)))).)))).))).)))))))))))).......))))))))))..))).)))))))((((((.(((((((((((((..(((.......))).........)))))))))..(((.((((..((((((.((....((((((.....(((((.....)))))....))).....))).....)))))))).)))))))..((((..((.(((((.((((.....(((((.(....((((((.((((((..(((((.((...((((.((((((...))))))..))))...))..)))))..))))))..))))))..).)))))............((((((((((....))))..))))))..(((...)))..........))))..))))).))..))))....)))).))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((..(((..((((.(,,.,((((......((((((((((((((((((((....))))))))..((((((..,(((((,...,))).}}....,,|{{.((((((((......}))))))).|}|........(((..(((((,((({..((((((((.(({,((((({(,{(,(,,....,{|||{{.,(((((((((,,.{.,{.,,{{(((((((((........}}},{(({(((((((,.(({{({{{{|||,..}|,||,}|||,|,,},,||,||}||,||}|(((,{(({((..{{((({({(((((.....}))))}},......{{||,..{{,...|||.,|}.,).,)))},}})))....))}}....,}..)),)))),,)))}}},|||,.||||||{.}}.,.)))}},)}}))))),|{{{{{{.,,{,(((((((...||||||||.}}}}}})))}})}}))))))))})),,})})))))))}))}}.))),.,||,,,,||,||||,,.,.,}.)}),))}...))))))))..,)))}((((((((((.......(((((((.....{.(((((((....))))))).}.((((..(((((((.......{({.(((((((((..........,(((((((((((...(((((......)))))))))).......))))))..((((.(((((((((......))))))))).).)))))))))))).}))......))).))))..))))...{(({........}}}|((((((((((((.(((..((((((((((((....)))))((.(((((((((((((((((.(((((({{((....,,.,{(((((((((.(((((({{.{((((((((...))))),.|||},,|},...,}.|||{,...}}))}.|||||{{{.{((((.....))))}..,{,,{.|{{,|||.||||}}|||||((,((({((((((((,,...}}}}.,,{{.......{{{,.{(({,,{(({,,,,..|||.((((((((....))}}}))))......,.{((((.{,(((,.......))),)))})}|||{||{||||||||{{{{,,|||,{{.{{{....}}},,)))})))))),)|||||{{,,,,{}|||||{,|{|}|.}||{{||||,,,.,,,,.}}})))}.,..}))).))}}|}|}}}|{{,..|.}})}}))))))))))))},))}.||||}..,},},,,))))}}).)))))))))))}}.))))))....((((((((.((((((....}))).)}..)))))))).((,.((((((((((..((..,.((((((((((.((((..(((((((({{.(((((((...........((...(((((.((((((.((((.(,,.{(((.(((....((.(((((.......(((..(((((((.((.(((({((,.....,|||.{{.{(((..(({(((...{(({{....)).}},,,.)}),))).})),.||{||||...}}))))).....)).})}.)))))))....)))......))))).))..))).))))...).)))).)))))).))))).)){(({((((((((....)))))))).})))).....{{{.((((......))))..))).{{{..(((((((((((((.((((((((((,(,..(((.((((.(((((((((((((((.....((((((.(.(((..((((...........((((.......)))))))).))))))).))).}.,)))},((((((......))))))....(((.(((.....))))))..(((((.........)))))..{,..{{{({.....)}...))}.||.,{((((....(((....))}.}.))))))}.{(((....)))))))))))).))).)))).)))......),...)))))))}})).)))))).))..)))))...}),....))))))),},}.}))))))..)))).))))))}}))))),,))))))))))..))}||.,{|{......)))))))))))..........((((({(,{{,....)}})),))))).))))))))).)).)))))))...)))))))))),,))))}.........)))))))))))))))))...))))).)))....,,))))))|{{{{..((((({({,,,({({(.((.(((..((((.((((((.(((((((...)))}}.))))))))).)))).))).)).,))}..,)))))))...))})}(({,,{(((..{(({...,,...}))),)))),}},.)))))))))))).......))))))))))..))).)))))))((((((.(((((((((((((..(((.......))).........)))))))))..(((.((((..(((((({((..{.((((((.....(((((.....)))))....))).....)))..,..)))))))).)))))))..((((..((.(((((.((((.....(((((.(....((((((.((((((..(((((.((...(((({((((((...)))))}..)))},}}))..)))))..))))))..))))))..}.))))).,|,......,.{{|(((((({....,,,|,,|,,,,,..|,,,}}))),....,},..))))..))))).))..))))....)))).))))))......
Back