Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001143828.2
Sequence Length
3413 nt
GC Content
0.4005
ACACAUUUUAGGUAUGUGAUUAGAAAACAUACUUGUCAGAAUUGUCUGGCUGGAUUAAUUUGCUAAUUUGACCUUCUUCAUCAUUUGAUGUGAUGCCAGAUACUAAUAGCACAAUCAAUUUAUCACUAAGCACUCGUGUUACUUUAGCAUUUUUUAUGUCCUUAGUAGCUUUUGCUAUAAUGCUAGGAAAUGCUUUGGUCAUUUUAGCUUUUGUGGUGGACAAAAACCUUAGACAUCGAAGUAGUUAUUUUUUUCUUAACUUGGCCAUCUCUGACUUCUUUGUGGUUUCAGAGUCUUGGAAGGAUGAAGGUAGUGAAUGUGAACCUGGAUUUUUUUCGGAAUGGUACAUCCUUGCCAUCACAUCAUUCUUGGAAUUCGUGAUCCCAGUCAUCUUAGUCGCUUAUUUCAACAUGAAUAUUUAUUGGAGCCUGUGGAAGCGUGAUCAUCUCAGUAGGUGCCAAAGCCAUCCUGGACUGACUGCUGUCUCUUCCAACAUCUGUGGACACUCAUUCAGAGGUAGACUAUCUUCAAGGAGAUCUCUUUCUGCAUCGACAGAAGUUCCUGCAUCCUUUCAUUCAGAGAGACAGAGGAGAAAGAGUAGUCUCAUGUUUUCCUCAAGAACCAAGAUGAAUAGCAAUACAAUUGCUUCCAAAAUGGGUUCCUUCUCCCAAUCAGAUUCUGUAGCUCUUCACCAAAGGGAACAUGUUGAACUGCUUAGAGCCAGGAGAUUAGCCAAGUCACUGGCCAUUCUCUUAGGGGUUUUUGCUGUUUGCUGGGCUCCAUAUUCUCUGUUCACAAUUGUCCUUUCAUUUUAUUCCUCAGCAACAGGUCCUAAAUCAGUUUGGUAUAGAAUUGCAUUUUGGCUUCAGUGGUUCAAUUCCUUUGUCAAUCCUCUUUUGUAUCCAUUGUGUCACAAGCGCUUUCAAAAGGCUUUCUUGAAAAUAUUUUGUAUAAAAAAGCAACCUCUACCAUCACAACACAGUCGGUCAGUAUCUUCUUAAAGACAAUUUUCUCACCUCUGUAAAUUUUAGUCUCAAUCUCACCUAAAUGAAUCAGGUCUGCCCUUUAUCUUGCCCUUUUCAUUCUACCAACAGAUCUGCACUUUGAAGUCAAUGGUAAAUUACUCCAGUGAAUAAUAGCAGUAUAAUAUGACUUGAUAAUAUUUUUGUAAACUUGUAGUCAUAAUAGUACUAUAUUCUUCUUAGUCCUCACCUCUUCCUUGUCUUUUAGAUCUUAAUUUCAUGCUGAUUACAAAAAUCCAGUUUUGUUUUCUUUCUAUGUUCCAUGCAUAAUACAGUCUUAAGUGAAUUUCUCUUUUUUAAUUUUAUCGUAAUAGAAACUUAUCCAGUUUGAAAAUCAUUCCCUAAAGCAUGCAAUAGGAAAAAGAACCUCCUGGCUGGGACUGCCCAACUCUGUUCUGAUCAGUGGGUGGGUGAGGUAGGGUUUGAGUUGGCAAGAGCAGGGAACGGGCAUGUGCCCAGGUGAGCUCCUGUGUGUGUCCAGAUUUUAUAUUCCUAAUCCCAGUAAGGAAGAAAGCGUAGUGUGGGAGAGGAGAGAGCUGAUGACUGCAGUUCUCAAAGGUCCUCAGUGAAGUUAUUUUGGAGGCCCUGGUGGUCACAGGAUCAGAAGGCAAGGGAUAGGCAGUGGUCACCAAUGGUUGAAAGUAUGGCUUGUCCCAUUUCUUCCUGUUCUCUUUUUCUAGCUUCCACAUCAGCUUCCUUUUUUGAGAACAUAUAGAAGAAGAAGGCUAAGAGAUGGUGAAGAGACUGCAUGAUUAAACUAGAUAGACCUGGUAUACAGUCACUGAACUAGUAGAUGUCAAUAAUUAUUAUUUUUAAAAAUUUUUAUUUGUUGGCCGGGCAUGGUGGCUCACGCCUGAAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGCGGAUCAUGAGGUCAGGAGAUCGAGACCAUCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCAUCUGUACUAAAAUACAAACAAGUAGCUGGUUGUGGCGCCGCAUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGGGAAUUGCUUGAACCCGGGAGGCGGAGUUUGCCAGCCUGGCAACAGAACAAGACUCUGUCUAAAAAGAAAAAAAAAUUUUUUUGUUUAAGACAGCAUCUUGCUCUGUCUCCCAGGCUGGAGCGUAGUAAUGCAAUCAUAGCUCACUGCAGCCUGGAACUCCUUGGCUCAAGCAAUCCUGCUGCCUUGGCCUCCCAAGUAUGUAGGACUACAGGUACUCGCCACCACACCUGGAUAAUUAAAAAAUUAUUUCUGUAGAGAUGAAGUCUCACUGUGUUGCCCAGCCUGGGUGUCAAUAAUUAUUUUUUAAAAAAAAUUUUUAAAAAGGUUUUUUGAGACAGAUUCUUGCUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAGUAGCAUGAUCAGGGAUCACUGCAACCUCUGCCUCCUGGGUUCAAGCGAUUCUUGUGCCUAAGCCACCUGAGCAGCUGGGAUUACAGGUGCAUGCCACCAUGCCUGGCUAAUUUUGGUAUUUUUAGUAGAGAUGAGGUUUUGCCAUUUUGGUCAGGCUGGAAUUUUUUUUUUUUUAAUUUUGAUAAGACAGGGUAUUGCCGUGUUGGCCAGACUGGUCUCAAACUCCUGGGCUGAAACAAUCCUCCCGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUAUAGGCACAAGACACCACAAUAAUUAUUGCCUGUAUGUCAAUUAUUAUUUUAAAAUAUUGUUGUAUUUACUUAAUGUCUUUAAUGCAUUUGCCCAAUAUUUUACAUUGUACUGCUCAGAGGUAUUCCUUUAUUAUGUGGUUAGCAUAGGUUAUACUUUGCUGACGAUUCACAUUUUAUUAGUUUGGUUAUGUUUUGUCCUUUUAAAACAUUUUCUUUUGAGAUGGGGGUCUUGCUCUGUUGCCCACGCAGGAGUGCAGUGGCAUGCUCUCAGCUCACUGCAGCCCUGACUGCCUAGGCUCCAGCAAUCUUCUUACGUCAGCCUCCAGAGUAGCUGGGACCGCAGGCACUUGCCACCACGCCCCACUAAAAAUUUUUUAAAUUGUUGCCUUUCUUGAAGUGUUCUCUGCCUGUCUUUGUCACAAAAUUUCAUUUUUCUCAUAGUUAAUUUCAUCUCUCCGGUAAGAUUUUAUUGGUGUUUCUUUUAUAACUUUGCAGUUCUUACACCGUUUGGUGAUUUUCAUGUUUCUUAGAAACUUUAAACCUUUAACUUCAAACAUUAAAAUACAAGUCUUUUAAGUACAUGAGUGCUUAGAAAUGUACAUAAUGUUUAUAUACACUUAUGCCUUACAUUAAAGUCCAAUAUGAGAAAUACAUGUUUAACAUUCAAUAAUAAUUUUAAAAAUUUGAGAAAUAAACUCUCAUAAAUGCACACAUUUUUAUAAACUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1080.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1145.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 780.77
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((..((((((((.........))))))))((((((....))))))((((((....(((((..(((....(((.((((((.....))))))..)))...))))))))..............((((((((((((((.(((..(((((((((((.((.....(((((....)))))...)))))))))))))..))).....(((((....(((((...............)))))....)))))............(((((((...(((..(((((.((((.((((((((....((((((((((((.(((.(((.(.((((..(((........(((((((.(((.....(((((.((.((((..(((((((..(((((...((....))..)))))..))))))).)))).......((((.(((((((((.(......).)).)).))))).))))((((((..(((..((((((((((((..((((.......)))).........((((.((.(..((((....(((((..((((((((.((.((..((.((....)).))..)).)).))))))))..((((((((.(((....)))...))))))))..(((((.........((((((...)))))).........)))))..))))).....))))..).)).))))....(((((((.....(((((((((((..(((((((((((...((((......))))...)))))(((((.((.((((((......((((......................))))...............)))))).)).)))))(((((((((......)))))).))).)))))).))))))))))))))))))...(((((((((((.((((..((((((((.((.((((((((((.(((((.((((.......((((........))))(((((.....((((.(((((...(((..((......))..)))......((((((((((.....(((((............))))).....))).....((((...((((((((((...((((((((....(((.(((.(.(((....))).)))).)))........(((.((((..(((((..(((((((......(((....))).......)))))))...))))).)))).)))..((((((..((.........((((((...(((((.((.((((((((..((((((......))))))..))....(((((.....)))))...........(((((.((((.......(((((((((....))))))..)))........)))).)))))......)))))).))))))))))))).......))..))))))(((((.(((((.......))).)).)))))..))))))))..)))..)))))))..))))...((((....)))))))))))...)))))))))((((.(((.....(((((.((....)).)))))........))).))))))))).((((((((.......))))))))........)))).)))))..)))))))))).)).)))).))))))))))))))....))))))))))))))))))))))))))....))))))).))).))))))).))).)))).).))).))).))))...)))..)))))..)))))))).)))).))))).))).)))))))(((((((((((((.(((((.......(((((......)))))..((((.((..((((....(((.(.((((((((.........(((((((((((..((......((((.(((((((....(((((.((((((((((((((((((((((((((((((.((((..(.((.(((((((...(((((((..((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((((.......((((((((.((((((..((..((((((((((((((((.((((((.((((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((..(((((.(((((..((((((..(((.((((((....)))))).))).))))))..))))).)))))...))))))))).((((....)))).(((((.(((.(((((((((.((....))..)))).......((((((...(((((....)))))...))))))...(((((............)))))(((((((....)))))))...((.(((((...)))))))......(((((((((((((.((((......(((((((((((...))))))))))).....))))((((((.......))))))))))))))))).)))))))))))))))(((......)))))).)))))))))))))))))))))))))))).))))).)))).)))))).)))))))))))))))))).))))))...))).)))))......))).)))))))).))))).(((((.((((...)))).)))))((((((...........)))))).........)))).))))))))))))))))..)))))))...))))))).)).)....)))).)))))))))))))))))))))))))))))).))))).((((((.((..((((((.((((.(.....).)))).)))))).((((((((((..(((..(.(((((.....)))).).)..))).)))))))))).............(((((....))))).....((.(((((((.((......)).))))))).))...(((((((..((.......((((((((......))))))))...))..))))))).))))))))..............((((..(((((((((.((....)))).)))))))..))))..(((((.((.((((((..(((.....(....).....)))...)))))).))..)))))...))))))).)))))).)))))))))))..)))))))).)..)))......))))..)).))))............................(((((.........(.(((((((....))))))).).........))))).)))))))))).)))))))).((((...))))(((((...)))))...................((.((((((........)))))))))))))))))))))).((((((((((((((......))).)))))...))))))..)))))).(((((((.......(((((...(((((................)))))...))))))))))))))))...................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{{{{..((((((((.........))))))))((((((....))))))((((((..,.(((((.,{,{....(((.((((((.....))))))..)))....}})))))..............((((((((((((({,((({.(((((((((((.((..,{.(((((....))))),,.))))))))))))).((((({..,,,({((({((({{{........,}....,}}},}}}}}{{{{{.........}))}}}))))}.{(((((,,{(...,,|}..|||||}.,,,{((((,,((((((((((({{(((({..(((((.....))))).{(((((......))))))))))))}},.{((((((..(((((...((....))..)))))..))))))}.||||,...,,,{(((((,((({((((({((({..,{{{{{{|,((({{||.{{{,,...|||{.,(((,,..}}}...|||}.....,||||||,...,..,||(((((((..((((({((((((,..{(((((((.{{.((,|({.{{....)).},,|,}}},.)))))))}..((((((((.(((....)))...))))))))..(((((.........((((((...)))))).........)))))..,,,,,.....,||{{.(((((((((((((({((((((....{((((((((((..(((((((((((.,.((((......)))).,.))))|(((((.((.((((((..{(.{((((............},,,,.....},,}...,,..........)))))).)).)))))|{{((((((......)))))).}},,)))))).)))))))))))))))))........{((((((.((((..((((((((.((.(((((((((({(((((.((((.......{(((........))),(((({.(({.(((.{({({(..,{({,,,,......,,.,))}......((({{(((((...,.(({{{.,,....,,,,,||}}}.....}}}|,...{({{...(((((({...|||{|{{((((,...{{,,{,,,,...|,,}}},.|||},.......,,,..(({.{(((,.(((((..(((((((..{,,,,{{....}}}...,},.))))))).},})))).)))),,}}.,((((({,{((.........((((((...(((({,((.((((((((..((((((......))))))..))....(((((.....)))))...........{((((.((((.......,,,,{{{{{....}}}))},.|,,...,}...)))).))))}......)))))).))))))))))))).......)).|)))))}{((({.,,({{.......))),))))))))}})))}))),.})))..))))))),.}))),,.((((....))))})})))}...)))}))})),,},,,,,.....{((((.,{....,,.))))}....,.,,.}))))).})))).((((((((.......))))))))....,,..)))).))))),.)))))))))).)).)))).))))))))))))))}...(((((((((.{({.(((((...))}}))...})}.))))))))),{{((((,.,({{,(({{{{{{{(,{{,,......||},..,.....})))},,,..}))))))))).))}.}))}}})))))))))).))))).}}}}..(((((...,..|||}}...|||,|{|||,,|}}}},||.({((((((,{,..,.,,..,,||||{,,||.,}}}|||}.((((.(((((((....(((((.((((((((((((((((((((((((((((((.((((..{.((.(((((((.,.(((((((..((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((((....,,.((((((((.((((((..((,.((((((((((((((((.((((((.((((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((..(((((.(((((..((((((.{({{((((((,...,)))))).))).))))))..))))).)))))...))))))))).((((....)))).(((((.(((.(((((((((.((....))..))))...{,,.((((((,,.(((((....))))),,.))))))...(((((............)))))(((((((....)))))))...{{.(((((...)))))}}.,...,||(((((((((((.((((.,{...(((((((((({...}))))))))))..,,.))))((((((.......))))))))))))))))).}})))))))))))))(((......)))))).)))))))))))))))))))))))))))).))))).)))).)))))).)))))))))))))))))).))))))...))).)))))..,},.)))))))))))).))))).(((((.((({...}))).))))},{{{......,,,,,,,,....,,,..,,,..)))).))))))))))))))))..))))))).,.))))))).)).}....)))).)))))))))))))))))))))))))))))).))))).{{((((.((,.((((((.((((.(.....).)))).)))))}.((((((((((..(((....,,,((,,...,,}}.)})..))).)))))))))).....,...,...{((((....))))}....,{(|(((((((.((......)).))))))).,,.|,|{{{{{{..{{...,,..((((((((......))))))))...))..)))))))})})))}}|,...,..},.,..,((((..(((((((((.,{....,})).)))))))..)))).,{((((.((.{(((((..{{{,,...,....,.....))),,.)))))).))..))))}...))))))).))))..}}}}}}}|}}}},}}}}}}}}}.,,})))))})).)}..))))))),,.,.|},,,,,,,.....,,.,,.|,||.{({{{.........{.(((((({....})))))).}.........})))}.}).)),,....||||..,,))})}}.,}}}}|||||,.})},,),}}}}}}}}}}}.}}}},,...,,,,,,........,,,,)))))))))))))))))).((((((((((((((......))).)))))...))))))..}))))}.(((((((.......(((((...(((((................)))))...))))))))))))}}}}...................
Back