Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001143991.2

Sequence Length

1839 nt

GC Content

0.5813

GCAAAGUGUCCCCGGAGCCCAGCAGCUACCUGCUCCCUGGACGGUGGCUCUAGACUUUUGAGAAGCUCAAAACUUUUAGCGCCAGUCUUGAGCACAUGGGAGGGGAAAACCCCAAUCCCAUCAACCCCUGCGAGGCUCCUGGCACAAAGCUGGACAGUCGCCAUGACAAGUAAGGUAUGAAGACUUUGGAGACUCAACCGUUAGCUCCGGACUGCUGUCCUUCAGACCAGGACCCAGCUCCAGCCCAUCCUUCUCCCCACGCUUCCCCGAUGAAUAAAAAUGCGGACUCUGAACUGAUGCCACCGCCUCCCGAAAGGGGGGAUCCGCCCCGGUUGUCCCCAGAUCCUGUGGCUGGCUCAGCUGUGUCCCAGGAGCUACGGGAGGGGGACCCAGUUUCUCUCUCCACUCCCCUGGAAACAGAGUUUGGUUCCCCUAGUGAGUUGAGUCCUCGAAUCGAGGAGCAAGAACUUUCUGAAAAUACAAGCCUUCCUGCAGAAGAAGCAAACGGGAGCCUUUCUGAAGAAGAAGCGAACGGGCCAGAGUUGGGGUCUGGAAAAGCCAUGGAAGAUACCUCUGGGGAACCCGCUGCAGAGGACGAGGGAGACACCGCUUGGAACUACAGCUUCUCCCAGCUGCCUCGAUUUCUCAGUGGUUCCUGGUCAGAGUUCAGCACCCAACCUGAGAACUUCUUGAAAGGCUGUAAGUGGGCUCCUGACGGUUCCUGCAUCUUGACCAAUAGUGCUGAUAACAUCUUGCGAAUUUAUAACCUGCCCCCAGAGCUGUACCAUGAGGGGGAGCAGGUGGAAUAUGCAGAAAUGGUCCCUGUCCUUCGAAUGGUGGAAGGUGAUACCAUCUAUGAUUACUGCUGGUAUUCUCUGAUGUCCUCAGCCCAGCCAGACACCUCCUACGUGGCCAGCAGCAGCCGGGAGAACCCGAUUCAUAUCUGGGACGCAUUCACUGGAGAGCUCCGGGCUUCCUUUCGCGCCUACAACCACCUGGAUGAGCUGACGGCAGCCCAUUCGCUCUGCUUCUCCCCGGAUGGCUCCCAGCUCUUCUGUGGCUUCAACCGGACUGUGCGUGUUUUUUCCACGGCCCGGCCUGGCCGAGACUGCGAGGUCCGAGCCACAUUUGCAAAAAAGCAGGGCCAGAGCGGCAUCAUCUCCUGCAUAGCCUUCAGCCCAGCCCAGCCCCUCUAUGCCUGUGGCUCCUACGGCCGCUCCCUGGGUCUGUAUGCCUGGGAUGAUGGCUCCCCUCUCGCCUUGCUGGGAGGGCACCAAGGGGGCAUCACCCACCUCUGCUUUCAUCCCGAUGGCAACCGCUUCUUCUCAGGAGCCCGCAAGGAUGCUGAGCUCCUGUGCUGGGAUCUCCGGCAGUCUGGUUACCCACUGUGGUCCCUGGGUCGAGAGGUGACCACCAAUCAGCGCAUCUACUUCGAUCUGGACCCGACCGGGCAGUUCCUAGUGAGUGGCAGCACGAGCGGGGCUGUCUCUGUGUGGGACACGGACGGGCCUGGCAAUGAUGGGAAGCCGGAGCCCGUGUUGAGUUUUCUGCCCCAGAAGGACUGCACCAAUGGCGUGAGCCUGCACCCUAGCCUGCCUCUCCUGGCCACUGCCUCCGGUCAGCGUGUGUUUCCUGAGCCCACAGAGAGUGGGGACGAAGGAGAGGAGCUGGGCCUUCCCUUGCUCUCCACGCGCCACGUCCACCUUGAAUGUCGGCUUCAGCUCUGGUGGUGUGGGGGGGCGCCAGACUCCAGCAUCCCUGAUGAUCACCAGGGCGAGAAAGGGCAGGGAGGAACGGAGGGAGGUGUGGGUGAGCUGAUAUAAAAAGGUUUUUAUGAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-735.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -763.99

Frequency: 0.0000

Diversity: 535.35

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....(((((...((((((..((((.....(((((...((((..((((.(((((.(((((((...)))))))..))))).)))))))).))))).((((((((((....))))..))))))......))))..)))))).)))))...(((..((.(((.....)))..))..)))(((((((((((((((.((........))))))((((....))))........(((.(((((((((......(((((((((((((.(((................((.((.(((.((((..((((.((((((((((....)))))).......(((((((...(((((((((((((.(((.(((.((.((.((((((.(((((((..((((((.((((.((((...((((......))))...)))).)))).)))).(((.(((((...((((((...)))))).....))))).))).......(((((.....((((((((.((....(((((((..((((.(((((.((((((.(((((((.((((((..(((((...((((.(((....(((.((((((((..((..((((.......((((((....(((.(......)))).))))))..))))..)).)))))))).)))))))))).....)))))..)))))))))..............(((((...(((((..((....))..)))))...............(((((..((((((((((.((((...((((((((((....(........)..)))).)))))).)))).)))))..(((((..(...(((((........))))).)..)))))....((.((((...)))).))...)))))..))))).)))))...(((.......)))(((..((((...((((....)))).........((((.(((.......(((.((((...)))))))....)))))))((.((....)).)).))))..))).)))).))))))...)))))...)))).))))))).)))))))))))))))...((((.(((((.(........)))))).))))..(((((.((((((((((((((.(((..............((((((((.((((.(((((((((((..(((((.....((((((((....((........))..((((((.....))))))...))))).))))))))..)))))))))...)).)))).))))))))(((((((((...((((((.....))).))).)))))...))))((.(((....)))))....((((((((.(((....))).).))))))).))).)))))))..))))))))))))))..))))))).)))))).).).)).)))))))))..)))............)))))))...)))))))(((((..((((.(((.(((((.....((((((.(((..((((((...))))))(((((((((((...........))))).))))))((..(((((((((...))))).))))..))....(((....))).))))))).))))))).)))))))..)))))...))))..))))..))))...))).)).))))).))))))).))))))..))))))))))))......((((.((.((((((.(.(((.((((...((((...(((.(((((((((((((.(((((((...........)).))))).)).)))))))))))..)))..))))..))))...))).)..)))))))).)))).........)))))))))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....(((((...((((((..((((.....(((((...((((..((((.(((((.(((((((...)))))))..))))).)))))))).))))).((((((((((....))))..))))))......))))..)))))).)))))...||{..{{.(((,...,)))..}}..}}|(((((((((((((((.((........))))))((((....))))....,...(((.(((((((((......(((((((((((((.(((..{,,,,........,|,}||.{{{.,,{{,{{.((.,,,,((((((....)))))),,,.,|,.|||{{{,..(((((((((({{{{((({(((,((.((,{(((((.({{{{(({{(((((({{,,{.||||||,||{,....,,)))}.,,)})),)}|||||||}|((.(((((...((((((...)))))).....))))).))}.......,{(((,,,..{{{{{{|,,|{....|||||||.,((({.{{{||}|{{{{{.|||||||.{{|||||}||||,..,|||..||,.,...{((((({(({{..,,||{}|||||.(,,((((({,,{{(({.({..,,,|||,...,,|||||||||,}|.,}}}})}}}|}}}}}||||||||||||||{,}||},||||{{,...}}},...,||,|{...((((({{((,{{{||{,|||||,............|,{{{((..{{{{{,{(((.(({{...((((((((((....{,.......,..)))).)))))).}}}}.))))}..{{(((,,{,.,(({{(.....,,,))))).,..}))}),,..,|.|,{{|,{|||}.}}...|}|||..}}}}}.},}}|,},||,.......,}}|||,}|||,.,|((((,,..||||,,....,}}{|||,,{(.,{{...{|||{{{|,,{||||,||..,,|,|}}}.,,.{{...,)).}}.))}),.))}})))).))))))...))))),,.}))).))))))),))))}}}}||||||,...{(((,(({((,(.,,,,,..|||}||,}}}),,|||{{}|||||||{{|||||,|||}}},..,.......((((((((.((((.(((((((((((..(((((.....((((((((...{((........{{{.{{|||......))),)),..))))).))))))))..)))))))))...,).)))).))))))))(((((((((...((((((.....))).))).))))).,.)))){{.|{{....)}},,...,||||||||}||,.,,.))),),))))))).))),)))}))).,))))}))))},,....)))))))|)|||||{|{{{||{||,}|,,,...,,)..}}}}}.,.,})))))))...}(((((((((((..((((.(((.(((((.....({(((({((((((,.,,.}}}))),|,(((((((((((...........))))).)))))),|.,(((((((((...)))}}}}})),||.....(((....))),)),)))}.))))))).)))))))..)))))}..))))),)))}}}))))}}}},).,}.}}))).))))))).)))))),.))))))))))))......((((.((.((((((.(.(((.((((...((((...{({.((((((((((({(.(((((((...........)).))))).)).))))))))))),,),...))))..))))...))).)..)))))))).)))).........))))))))))),...