Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001144008.2
Sequence Length
4166 nt
GC Content
0.4616
GUUGGAGGUGGAGUAGUUCAGAAUCAACUGACGCAGCCGGGAAUUGAGCUUUGCAAAGCCACUUGCAAGGAAGGGAAGCAUCUGCCCAACCCUCCCCCACCGCGCGCCCUGGAUCCUCUGCCUGCCCCCUCCCCCGUGACGUCACCCUAGUCCUGUCCCGGGGAGCCUGCAAAGCCUCUCAGAUUCAAACUGCUAGACGCACUGCUGCCACCGCCACCGAAUUGGAAACGCGCGCCCAGGCUCCGUCGUCGCCUUCGCCCGCCGACCGGGCCAGCCGGCUCUCCGACCUCCCUACAGAAUCGCACCCCAGUCCCUCCCUGGCAGCUCGGCUUCCCUCAGCUCCAACUCUUCUCUUCCGCUCCUGCCUCCUGUCGGAUUUUUAAUUUCUGCGCACCCCCAGUCAAAUUAAAUCAACCAACAAAAAGCAGGGCAUCCCCCCUGGAAGCAGCGUCUUAUUUUACCUUGUUCUCCCACUUCCUGAAGAUGCUAAACUCCUGGUGGACUGCAGAGGAGAGGGAUUCAGUCUUCUCCUGAUGUCGAUUGCGAUUUCUGCUGGGAGCUCAAGACGGGCGAGCUGCCCGAGAUCUCUUCGAGAUACCCCAGGGGAGGAGGAGAUGGGCAGGAUUUAGUAGGACAACUCGGUUACUAAUGACUUGGCGGCUGGCUGCGACCCCCCGGGAAAUCAGGUGCAAGCAUGUUUGCCUGUAGGUACCUGAGUUGACACCGAAGGUGCCUAAAGAUGCUGAGCGGCGUUUGGUUCCUCAGUGUGUUAACCGUGGCCGGGAUCUUACAGACAGAGAGUCGCAAAACUGCCAAAGACAUUUGCAAGAUCCGCUGUCUGUGCGAAGAAAAGGAAAACGUACUGAAUAUCAACUGUGAGAACAAAGGAUUUACAACAGUUAGCCUGCUCCAGCCCCCCCAGUAUCGAAUCUAUCAGCUUUUUCUCAAUGGAAACCUCUUGACAAGACUGUAUCCAAACGAAUUUGUCAAUUACUCCAACGCGGUGACUCUUCACCUAGGUAACAACGGGUUACAGGAGAUCCGAACGGGGGCAUUCAGUGGCCUGAAAACUCUCAAAAGACUGCAUCUCAACAACAACAAGCUUGAGAUAUUGAGGGAGGACACCUUCCUAGGCCUGGAGAGCCUGGAGUAUCUCCAGGCCGACUACAAUUACAUCAGUGCCAUCGAGGCUGGGGCAUUCAGCAAACUUAACAAGCUCAAAGUGCUCAUCCUGAAUGACAACCUUCUGCUUUCACUGCCCAGCAAUGUGUUCCGCUUUGUCCUGCUGACCCACUUAGACCUCAGGGGGAAUAGGCUAAAAGUAAUGCCUUUUGCUGGCGUCCUUGAACAUAUUGGAGGGAUCAUGGAGAUUCAGCUGGAGGAAAAUCCAUGGAAUUGCACUUGUGACUUACUUCCUCUCAAGGCCUGGCUAGACACCAUAACUGUUUUUGUGGGAGAGAUUGUCUGUGAGACUCCCUUUAGGUUGCAUGGGAAAGACGUGACCCAGCUGACCAGGCAAGACCUCUGUCCCAGAAAAAGUGCCAGUGAUUCCAGUCAGAGGGGCAGCCAUGCUGACACCCACGUCCAAAGGCUGUCACCUACAAUGAAUCCUGCUCUCAACCCAACCAGGGCUCCGAAAGCCAGCCGGCCGCCCAAAAUGAGAAAUCGUCCAACUCCUCGAGUGACUGUGUCAAAGGACAGGCAAAGUUUUGGACCCAUCAUGGUGUACCAGACCAAGUCUCCUGUGCCUCUCACCUGUCCCAGCAGCUGUGUCUGCACCUCUCAGAGCUCAGACAAUGGUCUGAAUGUAAACUGCCAAGAAAGGAAGUUCACUAAUAUCUCUGACCUGCAGCCCAAACCGACCAGUCCAAAGAAACUCUACCUAACAGGGAACUAUCUUCAAACUGUCUAUAAGAAUGACCUCUUAGAAUACAGUUCUUUGGACUUACUGCACUUAGGAAACAACAGGAUUGCAGUCAUUCAGGAAGGUGCCUUUACAAACCUGACCAGUUUACGCAGACUUUAUCUGAAUGGCAAUUACCUUGAAGUGCUGUACCCUUCUAUGUUUGAUGGACUGCAGAGCUUGCAAUAUCUCUAUUUAGAGUAUAAUGUCAUUAAGGAAAUUAAGCCUCUGACCUUUGAUGCUUUGAUUAACCUACAGCUACUGUUUCUGAACAACAACCUUCUUCGGUCCUUACCUGAUAAUAUAUUUGGGGGGACGGCCCUAACCAGGCUGAAUCUGAGAAACAACCAUUUUUCUCACCUGCCCGUGAAAGGGGUUCUGGAUCAGCUCCCGGCUUUCAUCCAGAUAGAUCUGCAGGAGAACCCCUGGGACUGUACCUGUGACAUCAUGGGGCUGAAAGACUGGACAGAACAUGCCAAUUCCCCUGUCAUCAUUAAUGAGGUGACUUGCGAAUCUCCUGCUAAGCAUGCAGGGGAGAUACUAAAAUUUCUGGGGAGGGAGGCUAUCUGUCCAGACAGCCCAAACUUGUCAGAUGGAACCGUCUUGUCAAUGAAUCACAAUACAGACACACCUCGGUCGCUUAGUGUGUCUCCUAGUUCCUAUCCUGAACUACACACUGAAGUUCCACUGUCUGUCUUAAUUCUGGGAUUGCUUGUUGUUUUCAUCUUAUCUGUCUGUUUUGGGGCUGGUUUAUUCGUCUUUGUCUUGAAACGCCGAAAGGGAGUGCCGAGCGUUCCCAGGAAUACCAACAACUUAGACGUAAGCUCCUUUCAAUUACAGUAUGGGUCUUACAACACUGAGACUCACGAUAAAACAGACGGCCAUGUCUACAACUAUAUCCCCCCACCUGUGGGUCAGAUGUGCCAAAACCCCAUCUACAUGCAGAAGGAAGGAGACCCAGUAGCCUAUUACCGAAACCUGCAAGAGUUCAGCUAUAGCAACCUGGAGGAGAAAAAAGAAGAGCCAGCCACACCUGCUUACACAAUAAGUGCCACUGAGCUGCUAGAAAAGCAGGCCACACCAAGAGAGCCUGAGCUGCUGUAUCAAAAUAUUGCUGAGCGAGUCAAGGAACUUCCCAGCGCAGGCCUAGUCCACUAUAACUUUUGUACCUUACCUAAAAGGCAGUUUGCCCCUUCCUAUGAAUCUCGACGCCAAAACCAAGACAGAAUCAAUAAAACCGUUUUAUAUGGAACUCCCAGGAAAUGCUUUGUGGGGCAGUCAAAACCCAACCACCCUUUACUGCAAGCUAAGCCGCAAUCAGAACCGGACUACCUCGAAGUUCUGGAAAAACAAACUGCAAUCAGUCAGCUGUGAAGGGAAAUCAUUUACAACCCUAAGGCAUCAGAGGAUGCUGCUCCGAACUGUUGGAAACAAGGACAUUAGCUUUUGUGUUUGUUUUUGUUCUCCCUUUCCCAGUGUUAAUGGGGGACUUUGAAAAUGUUUGGGAGAUAGGAUGAAGUCAUGAUUUUGCUUUUGCAAGUUUUCCUUUAAAUUAUUUCUCUCUCGCUCUCCUCCCCUCCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCUUUUUCCCUUCUCUUCUUAGGAACCAUCAGUGGACAUGAAUGUUUCUACAAUGCAUUUCUUCAUAGAUUUUGUUUAUGGUUUUGUUUCUUUUUUCUUCUUUGUUUUUCAGUGUGGGAGUGGGAAGAGGAGAUUAUAGUGACUGAAGAAAGAAUAGGCAAACUUUUCAAAUGAAAAUGGAUAUUUAGUGUAUUUUGUAGAAGAUCUCCAAAGAUCUUUUGUGACUACAACUUCUUUUGUAAAUAAUGAUAUAUGGUAUUUCCAUCGUCAGUUACCGAGUAUAGCCACUGGGUAUCACUACUUUGUGUUAAAGUGCCUUCGCACUUUAAGUACAUUACUUAAAUGUUGCUUUUAGCUUUGAUAAAUUGAAAAUAUUUUAAUGUGUUGUAUUUUUGAAAUUGAAAACACUGUAAAAUAGAUUGAUGUGUCAGCUAUAUUAAGUCAACGUACAGUUUGCUUGAGUUAUAGAAACCAGCCUGUCAUCAAAUGAUUCUAGUUCUAGGACUUUGUAGGCUUAACUAUAAAAUAUUUCCUUUCCUCUGGGUUUAAGUGAUUUUAUUUAAGUCAACUAAGGGGAUUUAACAGUGGACUAGAGGUAAUAAGCCACCUCAGUCAGGAUUAAUAAUUCAUUAAUAAAAUAUAUUUAACCCAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1241.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1316.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 1112.06
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((.((.((((..(((((((....(.(((.((.(((.......((((((((......)))))))).((((..((....))....))))..)))...))))))....)))..)))).)))))))))))((((.((((..((....))..)))).))))(((((((((((((((((.(((.(((........((((((.(((.((((((((((....(((((....(((.((..((((.........))))..)).))).((((((.....)))).)).((((....(((((.(((((.(..((((.(((((((.(((.((((.((....))..))))))).............((.(((((....(((.((...(((((((((((........)))..))))))))....)).)))....)))))))....(((((((....((((((((..........................))))))))...(((((((((((.((((((((((((((......)))))))))........)))))...))))))))))).......(((((.....)))))..(((((...)))))...))))))).))))).))))))..)))))).))))).....))))...)))))....)))))).)))).))).(((...)))...((((((((..(((........)))..))))))))(((((((((..(((.(((...(((((((....)))))))))).)))..).)))))))).((((((((..((.(((((((((.(.((((((((.((.....))...)))))..))).).))))))))).))...........................((((((((....((((((((....((((.((.(((((((((((((((.((.(((.((((................((((......((((((((..(((......)))..))))))))....))))....(((((....)))))...(((((.....)))))...)))).))))))))))...((.(((((((((....(((....)))....((((((((........).)))))))....(((((((...))))))).((((((((((..........)))))))))).............)))).))))).))))))))))))....)).))))....(((.(((((((((...(((((.((.....(((((.(((((((...(((..((((((((((.((((..((((.((((............)))).))))..))))...(((..(((((.......))))).)))))))))))))..)))....)))).....))).)))))...)).)).)))...)))))).))))))....(((....))).((((((.(((((....(((..((((.(((((.(((..((((.((......(((...((((((.((((..........)))))).))))))))))))).))).))))).)))))))....)))..)).))))))((((((((((.....(((......)))....))))))).)))....))))))))..))))).......)))((((.....))))..)))))))).......((....))(((..((((...)))))))))))))....(((((((...(.((((((((((...))).)).))))).).((((((((...(((((((((((..((((..((((((.(((.((...((((((.((((((....))))))..((.((((.((......)).)))).))......)))))).(((((((((((((.....((((((((((.......(((....)))............(((((...(((((......)))))....)))))))))))))))(((.((((((......(((...((((((...(((((((((((((((.(..((...........))..).))..))))).))))))))))))))...))))))))).))).........)))))..)).))))))..((((((.......((.(((((((((...((((...(((........))).)))).....))))))))).)).......(((((((..(((.........(((((((.(((....)))............(((((((((((((.......)))))....(((((((........))))))).(((....(((((((((((((((((.((((...))))...))))))((((.(((.((((......))))))))))).(((.(((((.....((((((.....(((((((((....(((..((((((.((((((........)))))).......((((((((.......))))))))...............))))))...)))..))))))))).)))))).....))))).).))...(((((.((...((.........(((((((......((..(((((((((((.....(((((.......))))))))))))).))).))..))))))).....((((((((.((((((..((.(((.((((.((.((..((((((((((................)))))))))))).))))))))).)))))))).))))))))....))...))..)))))..)))))))))))....)))..(((((((((......))))))))).........(((((....))))).........)))))))).((((..((.(((((.(........))))))))..)))).))))))))))..)))))))..............)))))).)).))).))))))...))))((((((((((((((((((.((......)))))).(((.....)))....((..(((((.....)))))..))...((((((.(((((.((((..((.((......((((...))))......))))....)))).))))).(((....)))...))))))..............((((...)))).....................((((((((((((((((((.......((((.....)))).......(((((((((.((((((((((((.(((............))))))))..((......))...(((((((((......)))..))))))............(((.((((((.((((.(((((((((................((((((....)))))).......((((..(((((((((((((...((....))...)))))))))).)))......))))......((((((....((...((...(((((((((..(((((....((.(((((....))))).))..)))))..)))))))))...)).))...))))))...........................)))))))))..(((....)))....)))).))).))).))).))))))).)))))))))....)))))))))).)))))))).))))))))))))))........))).))))))).).....))))))))...((((((..........((((((((((((((....)))).........((((((((....((((((((((....))))))))))....(((((......))))).....((((..((((.....)))).))))..((((.(((......))).)))).(((......)))(((((((((....))))))))))))))))).....(((((((((.(((((..((((.(((((...(((((((..(((((.................)))))..)))))))..))))).)))))))))....))).))))))..))))))))))))))))........)))))))......))).)))))....))).))))))))))))........................((((((.(((((((((((((((((((..(...)..))))))......((((.(((((........))))))))).(((((...)))))...)))))))).)))))))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,(((((.((.((((..(((({((....{.(((.((.(((.......({((((((......))))))||.{(((..((....))....))))},)}}...))))),,...))}..)))).)))))))))))((((,(({(,,((....||..,|||,||||({{((((((,{({{((((((({((,...{((.((((((({((({({,,,,{{{{,,{..,|||,...(({.((..,((({{.{{{{.,||,,..}}.}),}}}},|||}}.||,|||{{{{||{.,{{(({{(,(((((,{..{{{,,(((((({{{((((((({(,{{..,,,.||||{{.......,,.....((.(((((.,..(((.((...(((((((((((.,......)))..))))))))....)).)))....)))))||.,,({{({.(({.,.((((((((..........{.......,.......))))))))...,))).)).))}.,|||||||||||{{,....,,}}}}}}))||.{{{{..,,)))).})))}.}))))}),..}|.))|)}})))))),}..(((((...))))).,||..})))}))})),)}}|||,,||}}||,|||||.....,|||||,|,..,,,,,,(((((((((((({,.{{{,,,||}...((((((((..(((......,.)))..))))))))(((((((((..(((.(((...(((((((....)))))))))).)))..).)))))))).,{{{|||||.((,(((((((((.(.((((((((.{(.....})...)))))..))).).))))))))).}}.....,{{.....,..,{{,...,},.,{{(({((.,..,{{{{{{{....||||.{{.(((((((((((((((.((.(((.((((.,,.....,{{{....,|||},....((((((({..(((......)))..})))))))....,}}.....(((((....)))))...(((((.....))))).}})))).))))))))))...((.(((((((((....{{{....,}}....((((((((........).)))))))....(((((((...))))))).((((((((((,,.....},.)))))))))).............)))).))))).))))))))))))....)}.,}}}....{((.(({((((((...((({{.,,.....(((((.(((((({.,,(((..((((((((((.((((..((((.((((........,...)))).))))..))))...{((..(((((.......))))).}}}))))))))))..)))....}})),....))).)))))...,}.}}.)))...)))))).))))))....|{{....})},((((({.{{{{{....({{.,((((.(((((.(((..((((,{,......{{{...((((((.((((..,....,..)))))).))))))))})))).))).))))).)))))}}...,))}.,}}.}))))}((((((((((.{...(((......)))....))))))).)))....))))))))},))}},.{{{.....)||,|.....,)))))))))))))}....,{((....))}},..,{{{,,,}}))|||,|||}}..,{((((((,...{,{{((((((({...})).)).)))}),...|||||||}}.}}|,,|,}||}}}}}}}}}|,||}|}|||}|....((((((.((((((....))))))..((.((((.((......)).)))).))......)))))).(((((((((({{{.....((((((((((.......{((...|))|.......,,...{((((...(((({......)))))....)))))))))))))))(((.((((((,{{...,..,,{({{{{{.{{((((((((((((({{.,..{{..,,.......)),.,.}}}.})))}.})))))))))}}},.,))}})))))).)))....,,...)))))..)).)))))).|{{{({{.,,,{{{(..,,||||{|||.||{{{...(((.{{{{{{{|,|{,,,,....)),)))))))})..,,,,,,({{,|||,.,{(,,,......{{{{,||,||||||,,|||||,,...,,.,{((((||{{{(((.......))))),,,,|||||{{........|}}}}}}.{{{....{||{{{||||(((((((.((((...))))...))))))}..,.,,|,||||.....,))))})}}.||.|{{,||||{,,,,,((((((.....(((((((((....(((..((((((.((((((........)))))).......{(((((((.......)))))))},,..........,,.))))))...)))..))))))))).)))))).....}}}}},|,|}.||{||||{(({.........,,..{{((({{....,,((,,((({{((({((,,,,{{{(((,..,,,.}}}}}}||||||||||}.}}..}||||}|{|,..((((((((,{{{{{(,,((.{{(,({{{.{(,(({{((((((((((,,,......,{,||..||}|||}}}}}|,}},}|||||,||}}}))),))))})),....,,,..}}..)))))..))))))}}}}}....}}}..(((((((((......)))))))))....,,,,,|||||,..,))}}},,,,,...,))))|||}.{{{{|,|{.(((((.{........,)))))})..)))).}))))))))),,|||}}|},{,,..,.{,,..,|,},}}.})}),).,)))))...}))}((((((((((((((((({{((......}})}}|.{{{.....)))....{{.,(((((.....))))),,}}......,{(.(((((.((((..{{.{{......{(((...))))......}}}}....)))).))))),|,{,...,|{,,{|,,,,||,...,......,,|(({...}))}..,{{....|,.,|||.....((((((((((((((((((.,,,,,.{{{{,,,,.,|||.....,,{((((((((.((((((((((((.(,.............|||})))}..((......))..,(((((((((......}))..)))))),..........,({{.{{{|{{.{(((,(((((((({................((((((....)))))}..{{{{,,,.,,,|||((((((((((...((....))...)))))))))).},,..,,,,||,}.....,||{(({....((...,{...(((((((((..(((((....((,(((((....))))),),..)))))..)))))))))...}}.}}...))))),...........................,}))))))),,{,,..}})}.....)))).))}.))).))).))))))).))))))))}....)))))))))).)))))))).)))))))))))))),,,..,}})))}))))))},))))}.)))))))},}))}}}}}}}.,...{{{,({{{{{{||,{{{....||,,|||{{,||.,.||{|||||||{(((((((((....)))))))))),,,.(((({......))))).....,|||},||||....})))),})))|,{(((.(((......))).)))).|{{.....,}}}{((((((((....))))))))|{||||,|,,,...{{(((((({.((((,.{((((.(((((...(((((((..(((((..,,{,....,,.....)))))..)))))))..))))).)))))))))....|)).})))}}..})))}))}}}||||,|{{,,,{.{|,,,||{{{...,)))},)).)}}}})})})))|||||}}},..},,,,..........,,,....(((({{{(((((((((((((((((((..(...)..)))))),.....((((.(((((........))))))))).(((({...,})))...,))))))).)))))))))))...........
Back