Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001144830.3
Sequence Length
2198 nt
GC Content
0.4290
GAGUCUCCUCCAGAUCGCAGCUGAAGGAUCUGUUGAGCGCUUCAGGAAAGGCGGUGAGAUCCGGUACCGCAGCAGAGCACUCUCAGCUCUGGGUCUUGCAGGCGCAGGGCUCCCCCAUGCCAGCAGAAAGAUUUCCUCUGGUGAAGAGGACCGUCGAAUCUGUCCUCCUCAAGACACCUCUUGUACAGAAUUUAUUCGAAUGCCACGGCCAAGGUCUUCCUUGAAAAAUGUUAACCGAUGUGUGCUUUUUGUCUUUUGUCAUCCUUUCUUUAGGACAGGCGACACUAACAGGUGAAGAUCUCGGGAGACCAUGACUAAGAAAAGAAUUGCUGUGAUUGGGGGAGGAGUGAGCGGGCUCUCUUCCAUCAAGUGCUGCGUAGAAGAAGGCUUGGAACCUGUCUGCUUUGAAAGGACUGAUGACAUCGGAGGGCUCUGGAGGUUCCAGGAAAAUCCUGAAGAAGGAAGGGCCAGUAUUUACAAAUCAGUGAUCAUCAAUACUUCUAAAGAGAUGAUGUGCUUCAGUGACUAUCCAAUCCCAGAUCAUUAUCCCAACUUCAUGCAUAAUGCCCAGGUCCUGGAGUAUUUCAGGAUGUAUGCCAAAGAAUUUGACCUUCUAAAGUAUAUUCGAUUUAAGACCACUGUGUGCAGUGUGAAGAAGCAGCCUGAUUUUGCCACUUCAGGCCAAUGGGAAGUGGUCACUGAAUCUGAAGGGAAAAAGGAGAUGAAUGUCUUUGAUGGAGUCAUGGUUUGCACUGGCCAUCACACCAAUGCUCAUCUACCUCUGGAAAGCUUCCCUGGAAUUGAGAAGUUCAAAGGGCAGUACUUCCACAGUCGAGACUAUAAGAACCCAGAGGGAUUCACUGGAAAGAGAGUCAUUAUAAUUGGCAUUGGGAAUUCUGGAGGGGAUCUGGCUGUAGAGAUUAGCCAAACAGCCAAGCAGGUUUUCCUCAGCACCAGGAGAGGGGCUUGGAUCCUGAAUCGUGUAGGGGACUACGGAUAUCCUGCUGAUGUGUUGUUCUCUUCUCGACUUACACAUUUUAUAUGGAAGAUCUGUGGCCAAUCAUUAGCAAACAAAUAUUUGGAAAAAAAGAUAAACCAAAGGUUUGACCAUGAAAUGUUUGGCCUGAAGCCUAAACACAGGUCUAAAGACAUUGCCCUCACAGAGUGAAAUGAUGGCAGAAAUAUCUAAAGCUCAAGAGGAAAUUGACAAAAGGUAUGUGGAGAGCCAACGCCAUACCAUUCAGGGAGACUACAUAGAUACCAUGGAAGAGCUUGCUGAUUUGGUGGGGGUCAGGCCCAAUCUGCUGUCUCUGGCCUUCACUGACCCCAAGCUGGCAUUACACUUAUUACUGGGACCCUGCACUCCAAUCCACUAUCGUGUACAGGGCCCUGGAAAGUGGGAUGGGGCUCGAAAAGCUAUCCUCACCACAGAUGAUCGCAUCAGGAAGCCUCUGAUGACAAGAGUAGUUGAAAGGAGUAGUUCUAUGACUUCAACAAUGACAAUAGGCAAGUUUAUGCUAGCUCUUGCCUUCUUUGCUAUAAUUAUAGCUUACUUCUAGUUGUCCUAUUGUCACUGCCCUGUUUUUCAUUGGGAAGCUUAUCUACAGAUGCCUUCAGAAUCUGACGAGAUUGACUCUCAGUUUCAUAUUGCCCAGAAAUCUACUUUAAUGUCUCUUUCGAAAGCAUUAAUUCACUUUCCUUUUUCCUACAAUGAAACCUGUUUUCCAUUUGUAUUAACUCAUCUCCCUUCCACUCAUGAUCCGUCACUCUUCCUUGUGGUAAUCCCUAGACUGGGAGCUCAGGUACUCUUUUAGUCAUCUUUGUAUGUCUUUAGCAGAGUUCUUGACAUGUGGUAGGUGCUUAAUAAAUGUUUGUUGUUUAUCAAAUUUUAUGGUAGGGAGAGUAAGUCAGCAUCGGUAUAAAAUCGCUUACUCCACGUAACUCUUCUUCUGAUAGGGUUUGAUUUUCUAUUAGAAGCUCAAUUUUAGUUUUUUUUCAUAUUAUAACUAAAUAUGUUUCCUGAGAGAUAAGAGAAAUAAUGUUCCUACAAUAGUUGUAUGUAUCUAAGAUAAGACAUAUAGAUGCUUAAGACAUUUUGUUUCACUUGCUAUUCACUAGUGUACUUGAAACAUGGUCAUUUUUAGCCCUUUUCCUUAGGAACCAUGUCUUUAUUUUCUCAAUAAAGAAAUUACUUUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-630.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -673.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 647.02
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((((.(((((((.......(((((((.(((((((((((...((((((........))))))..((((((.......))))))..))))).)))))).(((....)))....)))))))......((((((.....))))))(((((((((..((.((...(((((....)))))...)).))..))))))......))).((.((((((((..((....(.((.(((...(((((((...((((((................))))))))).)))).....))).)).)))..)))))))).))...............))))))))))))))))((((((..(((((((((..(((((.((.((.....((((.((((.........)))).))))...)).))))))).....)))))))))....((((((((((((.((((.....))))(((((.(((((((((......))))......)))))....(((((.(((((....(((((((((((....(((((..............((((((((....(((((((((((((((....))))))))((((((...((((.......))))...))))))..............))).).))))))))))).....((((((..........))))))...))))).)))))))))))((((((..((((...((((((((........(((((((.((.(((((.((.(((((((((..((((((((......(((((((...(((.((((.(((((....)))))..)))).)))........(((....)))........)))))))(((((.((....)).))))).........))))))))..(((((((((((....((((((.......)))))).....((((((...(((((((.......)))))))..))))))..((((.......))))((.((((((((.(((....(((((((.(((........)))..)))))))......)))..))))))))))..((((...(((((.....(((((.............))))).)))))...))))(((((((((((((...........))))))...))))))).))))).))))))....)))))))(((....))).......(((((((((.(((...((((((((((((((((.....(((.......(((((.....(((((((((.(.((((((.((((.((((((((((((((((((((..((......))..)))))))))))))))...(.((((..(((..(((((....(.(((.(((((.((................)).)))))))).)..)))))..))).)))).)....((.(((.((......)).))).))))))).))))((((.......))))..((((((.(..(((....)))..))))))).........(((((((............))))))).....(((((....)))))...))))))).))).))).))).....)))))........)))...)))).))))))..))))))..(((.((((.(((.....))))))).))).((.(((...((((...((......))...))))....))).))..))).))))))))).....)).)))))))))..))))))).........)))))))).))))..))).))).)))))))))).((((.(((..((((......))))))))))).......((((.(((((..(((((((((....(((.....((((.(((.(((((.((...(((((.(((((........))))))))))((((.(..((((((((..................))))))))..).).)))...((((((((((((.......))))))))))))......(((((((..............)))))))..((((((((........)).))))))..)).))))).)))))))......))).....)))))))))))))).))))(((....(((((((..(((...........)))..)))))))..))).......)))))))))))..))))))...((((((((.....))))))))..))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((,,,((((((.,.......,))))))..))).})}}}..(((((((((((........))))))..((((((.......)))))),(((((((....)))))))|((((((..((((((,.......((((((.....)))))){{{((((((..{(.{{...(((((....)))))...)).,}..)))))}..,,..}}),((.((((((((..((...,(.({.(((...(((((((...((((((................))))))))),}))).....))).}).))},.)))))))).)).............,))))).)..))))))}((((((((((((((((((..(((({{((.((.....((((.((((......,,.)))).))))...)).))))))).....)))))))|(((({...}}||||....{({(,....}|||{{(({,(((...,,((((({{{{((((((({.,.,,{,....,||}|}}},.,,{(((((((((((....((((({,,....,,,....((((((((....(((((((((((((((....))))))))((((((...((((.......))))...)))))),,.......,,...))).).))))))))))).....((((((..........))))))...))))).)))))))))))}{|{...,|||{,,,(((((({{,,||}|||||||{,{}||||||||},|||||||,,,,.,(({(((((.{,.{{((((({{...{({.((((.(((((....)))))..)))).|||,{(({{{,((({{{{{||...,|..,|||||||(((((,({,,..||,|}|||,.......})))}}}||{.{{{{((((((({(..(((((((.........,}..))))))|{((((((({(((({{(,.{{{{{,,,,,.,))})).,,}}}..,,,{(((({{{.||||{||{.{{{,,,,(((((((.({(........)))..)))))))......))),,))))))||||{{.((({..,,..({{{{.(((((.............))))).)))))....}|.||||{||||||,,..|||.....,})))))...,}},,,}.}|}||.}}}}}}....}))})))|{,....}},...,.||{({{{{{{{.{{{...,((((((((((({(((.....(({.......((((({{,,.{{(((((({.,.((((((,((((,{{({,{((((((((((((((..((......))..)))))))))))))))...|,||||,,{{{,.(((({.,,.{.(((.(((((,((..............},)}.)))))))),)}.))))),||}|,||||.....,||,{{|,{{.,....}}.}}}.}||||||,}}}}{|||},,,.,.}}}}..(((({{{(..(((....)))..)))))))...,,,,,,(((((((.........|,.}}))))}.....(((((....)))))...)))))),.))}}}))}})),.,,.)))))........)))}..)))).)))})}.,)))))},,({{.|||{.(((,,,,.}}})))),)))....,,,.,,|,,,...,,..,,||||,||},}}}}..)))}},,.))).)))))))))}))),}}.,}}}}}}}},,},,.}}},},,...,,,....})))))))},}}}.|},,},,,|)))}}||,.}})|,,}||||}...}})))},}|,{{|,(((((.,,((.(({,,..,,}}}.}}..}}.))))},)))))).}}}}},}})}}}},,((((,.{{{{|.,...,,,)}}}},}}})}}}}}))))|)}|.|}.}}}}}.}}}.......))))))))))...........((((((((((((.......))))))))))))......{((((((..............))))))}{(((.((((((((.((.{((.{,,..,.{{|.,,,||,...{{{,|{.(((((((.........,}.)))))))..,.||}....(((((((..(((,,,.....},,)))..))))))).|}|},,,....})}))).)))))))))).)))}{(((((((.....)))))))).....)))))..
Back