Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001144913.1
Sequence Length
2781 nt
GC Content
0.5239
UGACUGCAGCAGCAGCGGCAGCGCCUCGGUUCCUGAGCCCACCGCAGGCUGAAGGCAUUGCGCGUAGUCCAUGCCCGUAGAGGAAGUGUGCAGAUGGGAUUAACGUCCACAUGGAGAUAUGGAAGAGGACCGGGGAUUGGUACCGUAACCAUGGUCAGCUGGGGUCGUUUCAUCUGCCUGGUCGUGGUCACCAUGGCAACCUUGUCCCUGGCCCGGCCCUCCUUCAGUUUAGUUGAGGAUACCACAUUAGAGCCAGAAGAGCCACCAACCAAAUACCAAAUCUCUCAACCAGAAGUGUACGUGGCUGCGCCAGGGGAGUCGCUAGAGGUGCGCUGCCUGUUGAAAGAUGCCGCCGUGAUCAGUUGGACUAAGGAUGGGGUGCACUUGGGGCCCAACAAUAGGACAGUGCUUAUUGGGGAGUACUUGCAGAUAAAGGGCGCCACGCCUAGAGACUCCGGCCUCUAUGCUUGUACUGCCAGUAGGACUGUAGACAGUGAAACUUGGUACUUCAUGGUGAAUGUCACAGAUGCCAUCUCAUCCGGAGAUGAUGAGGAUGACACCGAUGGUGCGGAAGAUUUUGUCAGUGAGAACAGUAACAACAAGAGAGCACCAUACUGGACCAACACAGAAAAGAUGGAAAAGCGGCUCCAUGCUGUGCCUGCGGCCAACACUGUCAAGUUUCGCUGCCCAGCCGGGGGGAACCCAAUGCCAACCAUGCGGUGGCUGAAAAACGGGAAGGAGUUUAAGCAGGAGCAUCGCAUUGGAGGCUACAAGGUACGAAACCAGCACUGGAGCCUCAUUAUGGAAAGUGUGGUCCCAUCUGACAAGGGAAAUUAUACCUGUGUAGUGGAGAAUGAAUACGGGUCCAUCAAUCACACGUACCACCUGGAUGUUGUGGAGCGAUCGCCUCACCGGCCCAUCCUCCAAGCCGGACUGCCGGCAAAUGCCUCCACAGUGGUCGGAGGAGACGUAGAGUUUGUCUGCAAGGUUUACAGUGAUGCCCAGCCCCACAUCCAGUGGAUCAAGCACGUGGAAAAGAACGGCAGUAAAUACGGGCCCGACGGGCUGCCCUACCUCAAGGUUCUCAAGCACUCGGGGAUAAAUAGUUCCAAUGCAGAAGUGCUGGCUCUGUUCAAUGUGACCGAGGCGGAUGCUGGGGAAUAUAUAUGUAAGGUCUCCAAUUAUAUAGGGCAGGCCAACCAGUCUGCCUGGCUCACUGUCCUGCCAAAACAGCAAGCGCCUGGAAGAGAAAAGGAGAUUACAGCUUCCCCAGACUACCUGGAGAUAGCCAUUUACUGCAUAGGGGUCUUCUUAAUCGCCUGUAUGGUGGUAACAGUCAUCCUGUGCCGAAUGAAGAACACGACCAAGAAGCCAGACUUCAGCAGCCAGCCGGCUGUGCACAAGCUGACCAAACGUAUCCCCCUGCGGAGACAGGUAACAGUUUCGGCUGAGUCCAGCUCCUCCAUGAACUCCAACACCCCGCUGGUGAGGAUAACAACACGCCUCUCUUCAACGGCAGACACCCCCAUGCUGGCAGGGGUCUCCGAGUAUGAACUUCCAGAGGACCCAAAAUGGGAGUUUCCAAGAGAUAAGCUGACACUGGGCAAGCCCCUGGGAGAAGGUUGCUUUGGGCAAGUGGUCAUGGCGGAAGCAGUGGGAAUUGACAAAGACAAGCCCAAGGAGGCGGUCACCGUGGCCGUGAAGAUGUUGAAAGAUGAUGCCACAGAGAAAGACCUUUCUGAUCUGGUGUCAGAGAUGGAGAUGAUGAAGAUGAUUGGGAAACACAAGAAUAUCAUAAAUCUUCUUGGAGCCUGCACACAGGAUGGGCCUCUCUAUGUCAUAGUUGAGUAUGCCUCUAAAGGCAACCUCCGAGAAUACCUCCGAGCCCGGAGGCCACCCGGGAUGGAGUACUCCUAUGACAUUAACCGUGUUCCUGAGGAGCAGAUGACCUUCAAGGACUUGGUGUCAUGCACCUACCAGCUGGCCAGAGGCAUGGAGUACUUGGCUUCCCAAAAAUGUAUUCAUCGAGAUUUAGCAGCCAGAAAUGUUUUGGUAACAGAAAACAAUGUGAUGAAAAUAGCAGACUUUGGACUCGCCAGAGAUAUCAACAAUAUAGACUAUUACAAAAAGACCACCAAUGGGCGGCUUCCAGUCAAGUGGAUGGCUCCAGAAGCCCUGUUUGAUAGAGUAUACACUCAUCAGAGUGAUGUCUGGUCCUUCGGGGUGUUAAUGUGGGAGAUCUUCACUUUAGGGGGCUCGCCCUACCCAGGGAUUCCCGUGGAGGAACUUUUUAAGCUGCUGAAGGAAGGACACAGAAUGGAUAAGCCAGCCAACUGCACCAACGAACUGUACAUGAUGAUGAGGGACUGUUGGCAUGCAGUGCCCUCCCAGAGACCAACGUUCAAGCAGUUGGUAGAAGACUUGGAUCGAAUUCUCACUCUCACAACCAAUGAGAUCUGAAAGUUUAUGGCUUCAUUGAGAAACUGGGAAAAGUUGGUCAGGCGCAGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCAGGCGGAUCAUGAGGUCAGGAGUUCCAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCUGUCUCUACUAAAGAUACAAAAAAUUAGCCGGGCGUGUUGGUGUGCACCUGUAAUCCCAGCUACUCCGGGAGGCUGAGGCAGGAGAGUCACUUGAACCGGGGAGGCGGAGGUUGCAGUGAGCCGAGAUCAUGCCAUUGCAUUCCAGCCUUGGCGACAGAGCGAGACUCCGUCUCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-963.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1009.76
Frequency: 0.0000
Diversity: 749.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((.((....)).))))...((((((((.(((.(((...(((((((((.(.(((((((((((.((((((((((((......(((((..((((.......))))))))).....)))))....((((((.....)))).))....(..(((((((((((((((.((((.((((..(((.(((.(((.(((.(((((((((.((((.(((...((((....((((((((((((((((............(((((...(((((((.............((((.(((((.((.(((((((((((((.(......).)))))).....)))))))..))))))).))))....(((........))).....(.((((...(((.(((((.(((.........(((((.((((((((..(((((..(((......(((((...)))))((((.(....).)))).)))..))))).)))))))))))))...((((((((((((.......((((((...(((.(((...(((((((((((...........)))))......(((((((........((((.(.((....)).).)))).......))))))).(((........)))...))))))....(((((.....)))))..))).)))...))))))))))))))))))(((....))))))..))))))))...)))).))))))))......((((..((((((((.(.(((((((((((..(((((((.....((((((..((((.((((....((.......))..))))))))(((.........))).......((((((((.((.....))..))))))))............))))))............(((((.(((.(((.....)))..)))))))).(((((....)))))....)))))))..))))).((.(((.((((...(((((.(((...(((..(((((((.(((...((((((((((.(((......((.(((........)))))......)))((((((....))..)))).(((....)))......((.(((((..((((((((..(((..(((....))))))..)))))...)))..)))))))))))).)))))......(((((((.........)))))))((((((((......))))))))))))))))))...)))....)))))))).(((..........)))........(((((.((((.....)))).)).)))(((((...(((((((((.((.....((((((.....))))))...)).).)))))))).)))))...................(((.(((..((((((....))))))....)))))).....)))).))).)).((.(((((........))))).))........)))))).).)))))))).....)))))))))((((...........))))))))))))((.((((.((((((...)))..)))))))))......(((((((((............)))))))))........))))))))....))))..)))...)))).))))))))).)))......((((((((.((..((..((((..(((.......))).)))).....))..)).))))))))...............))).))))))))))))))))))((((((((.....))))))))..(((((.((((..((..(((.......)))..)).))))..)))))(((((((.((((.(.(((((.(.((......(((((((((..((((((((((....))))...(((.(((.....))).)))(((((.(....)))))).....))))))))))))))).....)).)))))).)..)))).....))))))).....(((((...)))))..)))))))))))..)))))))).))).((((((.(((....(((.(((.((....(((((((((......((((((.((.(((........))).)).)))))).....((((((.....)))))).......................((((((.((......(((((((((((....(((((((.((((((....((((((...((((((.(((.(((((....))))))))))).)))...)))))).........)))).)))))))))..)))))).)))))...(((.((....)).))).))..))))))..))))))))).)).))).)))...)))..))))))(((((((((...((((....((...((.....((((((((((......))))).))))).))...))...))))...)))))))))..........((((((.((((((.(((((......(((((.((...........)).))))))))))...))))))...))))))..)))))))).)))).))))))...((((((.((((.((((...((((((((...((((((.(((((((.(((...)))...)))))))..)))))).....))))))))...................((((.(((......(((....)))......))).)))))))).)))))))).))..)).)..)))...))))))))(((((((((.((((..((.((((((...((((....))))......))))))..))..))))..)))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{.((((.((....)).))))},{((((((((,(,{{((..,,((((((((,{(.(((((((((((.(((((((({,{,......{{,(||.,((({{,,...,))))}))).....,{(((..,.((((((,...,)))).))....)))|((((((((((((((.((((.((((..(((.(((.(((.(((.(((((((((.((((.(((...((((....(((((((({(((((((...,,,,,,.,,((({(..,(((({((,,,......,...((((.(((({,((.(((((((((((((.(......).)))))).....)))))))..))))))).)))).,,,,,|},....}}))).,...({{((({{{(({.{({((,(((.........(((((.((((((((,.(((((..(((......{((((...))))|((((.(....).)))),)))..))))).)))))))))))))...(((((({((((({,,...,{{{(({...{{{,{{{.,,,(((((((({,..,,,,},,,,}}})).,.,,.(((((((......,,((((.{.((....)}.}.))}),,,,,..))))))).{{(,.,,..,.|}}....|||||....,,{{{|||||||||||{|||.|||,..||,|||}}}))}}}}}}}(((..,,||||}}..))),,}||{..||},.}))))))}......{{|{..{{{||{{{.|,{|{{||...|||{||{{||||.|,,||||,....,||}||,|}}}}||}},,,.,}}..,)))}))|{|{,,,,,.,..||}.......,|||{|||,||,|...,,...,,|||||||,.....,,},,|,.(((,{(((((((.{(((((.(((.(((.....)))..}))))))}.(((((....))))).....((((({{....)).)))))|,,,({{{{...||)))|}..|{|},,}.,,,,.)}}..)),,,))))))))))).....((.(((........))))).........)))))),..|||}.})))|||||...}||||||.,||{||,|||{{{,....|}))),.}||.{{{||,|||||||||,{,.,||||.,{,(((((..{(((({{{{,....,,((({..{{{{||...,,,,,,{(((((((......)))))))|(((....,,....)))....}})}}..}))})}}.........}}}},}}}},{{|||}||||.....))}).},.}}}(((((...(((((((({.{{..,{.((((((.....)))))),,.}).}.)))))))).))))).....},,,....,}||}}}}}})))).((((((....))))))||...|||||,,....,,|||||,|.}|},|||||,|},..},))})}}))}|.,},},)))))).).})))))))....,}}}}}})))|{{{,.........,))))))))))})((.((((.((((({...}))..))))))))),.....{((((((((.......,....))))))))),,......))))))))....))))..)))...)))).))))))))).))).....{((((((((.((..((..((((..(((.......))).)))).....))..)).))))))))},.............))).)))))})))))))})))){(((((({.....)))))))}.{(((((.((((..((..(((,....,.)))..)).))))..))))))|{{{{{{((({.,.||||{,||||...,..(((((((((..((((((((((....))))}.,{{{{{,{....{(((((..{{|||,|,...,)))))..)),)))))))))))))))....,},,||||||,||.}|},..,..)))))})),,..(((((...)))))..)))))))))),,.)))))))).))).((((((.(((....(((.(((.((....{((((((((..((({,(((((,{{.,{{........|||,{{,...||,.....((((((.....))))))...|,.....,,,....,,}},,,..............(((((((((((....(((((((.{{((((,...((((((...((((((.(((.(((((....))))))))))),}))...)))))).........)))).}})))))))..)))))).)))))...(((.((....)).))).}},}).))))..))))))))}.)).))).)))...)))..))))))(((((((((...((((....({...,..{{..((((((((((......))))).))))).))...}}...))))...)))))))))......,,..((((((.((((((.(((((......{{|{|,,,,,,..,}}},.)),)))}})))))...)))))}..,)))))),,)))))))).)))).))))))..((((({....}))))){{..((((((((.,.{(((((.(((((((.(({...}))...)))))))..}})})),,..,))))))))..,,...............|||({(((.{{({{((.,{{{.,,.}}}.,}))})),)}}))))},))))}}))||||.,..}}.}},))))))))(((((((((.((((..((.((((((...((((....))))......))))))..))..))))..)))))))))....
Back