Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001145056.2
Sequence Length
3363 nt
GC Content
0.5552
GCAGCCCGCGGAGCCUCCCGCCCGCCCGGGCUGGGGUCGCGCUGGCUCGGACUCCGCUCCCCGCCCCGCCGCGGCCAUGGAGGACGAGCGGAAAAACGGAGCCUACGGAACGCCACAGAAGUAUGAUCCCACUUUCAAAGGACCCAUUUACAAUAGGGGCUGCACGGAUAUCAUAUGCUGUGUGUUCCUGCUCCUGGCCAUUGUGGGCUACGUGGCUGUAGGCAUCAUAGCCUGGACUCAUGGAGACCCUCGAAAGGUGAUCUACCCCACUGACAGCCGGGGCGAGUUCUGCGGGCAGAAGGGCACAAAAAACGAGAACAAACCCUAUCUGUUUUAUUUCAACAUUGUGAAAUGUGCCAGCCCCCUGGUUCUGCUGGAAUUCCAAUGUCCCACUCCCCAGAUCUGCGUGGAAAAAUGCCCCGACCGCUACCUCACGUACCUGAAUGCUCGCAGCUCCCGGGACUUUGAGUACUAUAAGCAGUUCUGUGUUCCUGGCUUCAAGAACAAUAAAGGAGUGGCUGAGGUGCUUCAAGAUGGUGACUGCCCUGCUGUCCUCAUCCCCAGCAAACCCUUGGCCCGGAGAUGCUUCCCCGCUAUCCACGCCUACAAGGGUGUCCUGAUGGUGGGCAAUGAGACGACCUAUGAGGAUGGGCAUGGCUCCCGGAAAAACAUCACAGACCUGGUGGAGGGCGCCAAGAAAGCCAAUGGAGUCCUAGAGGCGCGGCAACUCGCCAUGCGCAUAUUUGAAGAUUACACCGUCUCUUGGUACUGGAUUAUCAUAGGCCUGGUCAUUGCCAUGGCGAUGAGCCUCCUGUUCAUCAUCCUGCUUCGCUUCCUGGCUGGUAUUAUGGUCUGGGUGAUGAUCAUCAUGGUGAUUCUGGUGCUGGGCUACGGAAUAUUUCACUGCUACAUGGAGUACUCCCGACUGCGUGGUGAGGCCGGCUCUGAUGUCUCUUUGGUGGACCUCGGCUUUCAGACGGAUUUCCGGGUGUACCUGCACUUACGGCAGACCUGGUUGGCCUUUAUGAUCAUUCUGAGUAUCCUUGAAGUCAUUAUCAUCUUGCUGCUCAUCUUUCUCCGGAAGAGAAUUCUCAUCGCGAUUGCACUCAUCAAAGAAGCCAGCAGGGCUGUGGGAUACGUCAUGUGCUCCUUGCUCUACCCACUGGUCACCUUCUUCUUGCUGUGCCUCUGCAUCGCCUACUGGGCCAGCACUGCUGUCUUCCUGUCCACUUCCAACGAAGCGGUCUAUAAGAUCUUUGAUGACAGCCCCUGCCCAUUUACUGCGAAAACCUGCAACCCAGAGACCUUCCCCUCCUCCAAUGAGUCCCGCCAAUGCCCCAAUGCCCGUUGCCAGUUCGCCUUCUACGGUGGUGAGUCGGGCUACCACCGGGCCCUGCUGGGCCUGCAGAUCUUCAAUGCCUUCAUGUUCUUCUGGUUGGCCAACUUCGUGCUGGCGCUGGGCCAGGUCACGCUGGCCGGGGCCUUUGCCUCCUACUACUGGGCCCUGCGCAAGCCGGACGACCUGCCGGCCUUCCCGCUCUUCUCUGCCUUUGGCCGGGCGCUCAGGUACCACACAGGCUCCCUGGCCUUUGGCGCGCUCAUCCUGGCCAUUGUGCAGAUCAUCCGUGUGAUACUCGAGUACCUGGAUCAGCGGCUGAAAGCUGCAGAGAACAAGUUUGCCAAGUGCCUCAUGACCUGUCUCAAAUGCUGCUUCUGGUGCCUGGAGAAGUUCAUCAAAUUCCUUAAUAGGAAUGCCUACAUCAUGAUUGCCAUCUACGGCACCAAUUUCUGCACCUCGGCCAGGAAUGCCUUCUUCCUGCUCAUGAGAAACAUCAUCAGAGUGGCUGUCCUGGAUAAAGUUACUGACUUCCUCUUCCUGUUGGGCAAACUUCUGAUCGUUGGUAGUGUGGGGAUCCUGGCUUUCUUCUUCUUCACCCACCGUAUCAGGAUCGUGCAGGAUACAGCACCACCCCUCAAUUAUUACUGGGUUCCUAUACUGACGGUGAUCGUUGGCUCCUACUUGAUUGCACACGGUUUCUUCAGCGUCUAUGGCAUGUGUGUGGACACGCUGUUCCUCUGCUUCUUGGAGGACCUGGAGAGGAAUGACGGCUCGGCCGAGAGGCCUUACUUCAUGUCUUCCACCCUCAAGAAACUCUUGAACAAGACCAACAAGAAGGCAGCGGAGUCCUGAAGGCCCCGUGCUCCCCACCUCUCAAGGAGUCUCAUGCCGCAGGGUGCUCAGUAGCUGGGUCUGUUCCCCCAGCCCCUUGGGCUCACCUGAAGUCCUAUCACUGCCGCUCUGCCCCUCCCCAUGAGCCAGAUCCCACCAGUUUCUGGACGUGGAGAGUCUGGGGCAUCUCCUUCUUAUGCCAAGGGGCGCUUGGAGUUUUCAUGGCUGCCCCUCCAGACUGCGAGAAACAAGUAAAAACCCAUUGGGGCCUCUUGAUGUCUGGGAUGGCACGUGGCCCGACCUCCACAAGCUCCCUCAUGCUUCCUGUCCCCCGCUUACACGACAACGGGCCAGACCACAGGAAGGACGGUGUUUGUGUCUGAGGGAGCUGCUGGCCACAGUGAACACCCACGUUUAUUCCUGCCUGCUCCGGCCAGGACUGAACCCCUUCUCCACACCUGAACAGUUGGCUCAAGGGCCACCAGAAGCAUUUCUUUAUUAUUAUUAUUUUUUAACCUGGACAUGCAUUAAAGGGUCUAUUAGCUUUCUUUCCGUCUGUCUCAACAGCUGAGAUGGGGCCGCCAAGGAGUGCCUUCCUUUUGCUCCCUCCUAGCUGGGAGUGACGGGUGGGAGUGUGUGUGCCCAGGUGGGGGUGUCUCCUGGCUGGGAAGGAGGGAAAGGGAGGGAGAGUUUUGCGGGGGUUGGCAGUGGAGAGCAGGCUGGAGAGGAGAUGGCUAAUAGCUGUUUAAUGGAAACCUGCUGGGCUGGAGGGAGUUAGGCUGAAUUUCCCGACUUCCUCUGCCAGUUAUUGACACAGCUCUCUUUGUAAGAGAGGAAAGAAACUAAACCCACCCAAGGGAUGAUGUCAGGGGGAGAGGUGGAGGGCAGAUGUCCUGGGCAAACCGGGCCCCUCUGCCCACACACCUCACUUGAUCCUUUUGCCAAACUUGUCAAACUCAGGGGAACUGGCUUCCCAGUUGCCCCUUUGCCAUAUUCCAAGUCCCCCUCAGACUUCAUGUCUCUGCUCAUCAGCACUGUCCCAGGAUCCUGGAGAGGGAGAACUCCUGGCCCCAGGGGAAAGAGGGGGGGGUCUCCCGUUUCCUGUGCCUGCACCAGCCCUGCCCCCAUUGCGUCUGCACACCCCUGCGUGUAACUGCAUUCCAACCACUAAUAAAGUGCCUAUUGUACAGGUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1255.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1314.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 801.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((((((((.(((..(((((((((.(...).)))))))))..(((((((.((.((..((....))...)).))..))))))).....(((((....(((((((.((((..(((((((((..........((.(((..........))).))....)))..)))))).))))))))))).))))).((.(((((.((((....((((...((((......))))((((((((((((..(((((..((((..(((..((((((..(((.(((((.(((((((.(((((..(((((.....(((((.(((..........))))))))((((((......))))))(.(((((....))))).)((((((.......((.(((((((((.((((.((((((((.............))))...((((.((.((((...(((...)))...))))))..))))........)))).))))(((((.((....)).))))).....)))))))..)).)).......(((((.(((.((...)).))).))))).))))))..))))).))))).))).)))))))))......((((((....)))))).)))..)))))).....)))..)))).)))))(((((((.((((.(((((....(((((......)))))(((((((.(((((..(((((.((((.(.(((((.(.((((..(((((((((((((....((((((((...((((..(((((((((((((((((((.((..(((((((((((..((((((((((.....)))))))....((((..(((....))).)))).....)))..)))))))))))))))))))).))))))))))))..))))))).))))).))).....(((....))).....))))))))))))))))))))..).)))))))))(((.(((((...(((...((....((((((....((((.......))))))))))....))....))).....)))))..))).(((........)))))))).))))).))....)))))..(((....)))...((....))..((((((((((...(((((((((((((((.........(.((.....)).)..))))).))))..........(((((.((((..((...)).....)))))))))))))))((((...(.((.((((....)))).)).)...)))))))))))))).))))..)))))))....((((......)))).....(((........))))))).)))))))).))))..))))))))).))((.((((((.((((......))))(((.((((((((((...(((((((....)))))))(((..((((..(((((((.((((..((((((((((...(((((.(((.((((.(((((.(((((...)))))(((((....))))).........))))).)))).))))))).)....))))))).....(((.(((...(((.(((((((((.((((.((((.(((((.((....(((..(..((((............))))..)..))).....))))))).)))).)))).))))).)))).))).)))))).((((((((((.((((((((.(((((....(((..........(((((....(((((((((((.....((((...((((((....)))))).........))))......)))).)))))))..((((((((.....((((((..(((........((((.(((((....)).))))))))))..))))))...(((((.(((((...........)))))...)))))..((((.((((((..(((((((....((......))....)).)))))..))))))))))))))))))..)))))....(((............)))........((((.((.((((((..((............))..)))))).)))))).)))...))))).)).))))))....)))).))))))....((((((((.((((((((..(..((((...))))..)..)))..))))).))))))))...((((((...))))))...)))..)))).)))))))..))))..)))...((((((.((((.((((((((...)))).((((((..((((((((..((((.((((((........)))))).....((((((....).)))))....)))).)))))))).......))))))(((((...........)))))..)))).)))).))))))............((((((((((((((..((....))..))).))))))((((((..(((((............(((....)))..)))))..))))))..))))).))))))))))...))).((((((((((..(((((((((.((((............))))...)))...))))))((((.......)))))))))))))))))))).)).((((((......))))))((((.(((..(((((((((((....(((((.......(((((.....(.(((((....))))).)....((((.(((...(((..(.....)..)))...))).))))......((((.(((..((((((..((((((...(((..((((((.((.(((((....((((((....))))))..))))).)).)))))).))).)))))).))))))..))).))))))))))))))...))))))))))).))).))))..))).))))).)))))))))).....(((((((.(.(((((((((.(((.(((.(((....((((((((((((.......(((((.(.((((((((((.((........)).)))))))))))))))))))))).))))))((((((...)))))).............(((......)))((((.(((((((((((((((((.(((((((.(.(((((.....))))))...))))))).).)))))).((((.....((((.((....)).))))...(((((((((((....)))))).)))))...........)))))))))))..))).)))))))))).))).))))).(((...((((..(..(((((((((((.((((...((((..........)))))))))))))).))))).)..))))...)))..)))).))))))))...(((((........))))).))))........((((.....))))(((.......)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(((((((((.((,.,,.}|||}}..))))||(((..((((.(((({((((((((({....((((.(((((.(((.{(((((.(((((((...,,,(((((....((((((,{((((..(((((((,(,.........({.(((.,........))),))....)),.})))))).))))))))))).))))).((.(((((.((((....((((...((((......))))((((((((((((..(((((..((((..(((..((((((,..((.{((((.(((((((.(((((..(((((.....,,{{{,(((..,.......}})))))},{{{{,...,,.})})))|.(((((....))))).,((((((.......,,.,,(((((((.((((.((((((((.............))))...((((.((.((((...(((...)))...))))))..))))........)))).))))(((((.((....)).))))).....))))))).,||{||...,},.(((((.(((.((...)).))).))))).))))))..))))).))))).))).)))))))))||,||.((((((....))))))...),})))))).....)))..)))).)))))(((((((.((((.(((((.,..(((({......})))){{(((((,(({((..((({,.((((.(.((((({(.((((..((((((((((({{....{({({,,,...((((..(((((((((((((((((((.((..(((((((((((..((((((((((.....)))))))....{(((..(((....))).)))}.....)))..)))))))))))}))))))))}))})))))))))..))))..||})))|.|}}.....|{|},..,}}.....)))))))))))))))))))}..}.))))})))}||{,||{||,,,||{,,.((....|||(((.,..((({.,....})})}}}}}})..,,)}.,..}||.....}}||}..}}}.{{{.,......}}}})}}).))))).}},}}.)))))..(((....)))...((....))..{(((((((((.,.((((((((({(((((.,,.,....{.{,.....)).,,,))))).))))..........{((((.((({..{|...}}.....))))))))}))))))(({(...(.((.((((....)))).)).)...}))})))))))))).))))..)))))))....((({......)))).....(((........))))))),,))))))).))))..))))))))),)}}},.}}.)))))|))))}}.))).))).)}.))))......(((((((....)))))))..|........{((((((.((((..((({(({{,(({.,..(((((((((((((((((((......))))))(((((((...............)))))))(((.,{(((((.,.....}))))),,,..))).....((((((..((((((((,{{.,{(({.(({...{(({{.,,,)}}}}.})),)),},...})))))))..).)))))....(((((((.{{.(((((((...((({({((((((,..|||}||,((({,{(,((({{{,..,,,,....,||}.}}}}})...|||,|,,,.(((((((((((...{.((((...((((((....)))))).........)))).,....)))).)))))))...,{{|||{...,,((((((..(((........((({{(((,.....))})}})))})))..))))))...{((({.,.|}}},.......,.,,,))},,}}}}}..((((,((({((,,(((((((,,,,({.......,....}}.}}}}}..}}))))))))||||,|,,..},)))}...{{,..,....,,,,,|}}|.,,,,,})),.)))))))})}))).)))))))))).,})))))))......)))))))...)))))).},,))).),.||,|,....,.))....((((((((.((((((((..(..((((...))))..)..)))..))))).))))))))...((((((...)))))).,.)))..)))).)))))))))))))))).)..})))..)))}.}))){(({...,.(((({{...((((((((((((..(((..((((((........)))))).....((((({....),}))))....||||{||{|||,|(((((((..{{.{(((({.....,,,|..}))))..{{|({(.(((.(((,(({..........((((((((((((((,,((....)),.))).))))))((((((..(((((............(((...}))}..)))))..))))))..))))).))),)))))))))))).((((((((((..(((((((((.((((.,..........))))...)}..,)))))))((((.......)))))))))))))),}}))),,},|(((((......))))}|((((.(((..{((((((((((....(((((,......{((((,....{.(((((....))))).,.,..((((.(((...{{(..,.....,..))}...))).))))......((((.(((..((((((..((((((...(((..((((((.((.(((((....((((({....})))))..))))).)).)))))).))).)))))).))))))..))).))))))))))))))...))))))))))).))).)))),.)))))))})})),.,))))||||,|(((((((.(.(((((((((.(((,(((,(((....{(((((((((((.......((((({(.((((((((((.((........)).))))))))))))))))}))))).))))||(((((...,)))))).............(((......)))((((.((((((((((((((((,.(((((((.(.(((((.....)))))....))))))).}.)))))).,{{(.....{{{{.{{....}).))),...(((((((((((....)))))).)))))..}........}}},)))))))..))).))))))))}},||}.,,))).{{,|,,((((..{,.(((({(((((,,((((,..((((..........)))))))))))))).))))).}..)))}..))))}}})))}})))))))..,|}|,|}}}}})))).)))...).}}}))...{{{{.....}|||{.....},,.)))}.
Back