Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001145057.1
Sequence Length
1371 nt
GC Content
0.5602
AAGCAGCUCUGGUGCUGAAGAGAGCACUGCCUCCCUGUGUGACUGGAGAAGAGGACGUUGUCACAGAUAAAGAGCCAGGCUCACCAGCUCCUGACGCAUGCAUCAUGACCAUGAGACACAACUGGACACCAGACCUCAGCCCUUUGUGGGUCCUGCUCCUGUGUGCCCACGUCGUCACUCUCCUGGUCAGAGCCACACCUGUCUCGCAGACCACCACAGCUGCCACUGCCUCAGUUAGAAGCACAAAGGACCCCUGCCCCUCCCAGCCCCCAGUGUUCCCAGCAGCUAAGCAGUGUCCAGCAUUGGAAGUGACCUGGCCAGAGGUGGAAGUGCCACUGAAUGGAACGCUGAGCUUAUCCUGUGUGGCCUGCAGCCGCUUCCCCAACUUCAGCAUCCUCUACUGGCUGGGCAAUGGUUCCUUCAUUGAGCACCUCCCAGGCCGACUGUGGGAGGGGAGCACCAGCCGGGAACGUGGGAGCACAGGUACGCAGCUGUGCAAGGCCUUGGUGCUGGAGCAGCUGACCCCUGCCCUGCACAGCACCAACUUCUCCUGUGUGCUCGUGGACCCUGAACAGGUUGUCCAGCGUCACGUCGUCCUGGCCCAGCUCUGGGCUGGGCUGAGGGCAACCUUGCCCCCCACCCAAGAAGCCCUGCCCUCCAGCCACAGCAGUCCACAGCAGCAGGGUUAAGACUCAGCACAGGGCCAGCAGCAGCACAACCUUGACCAGAGCUUGGGUCCUACCUGUCUACCUGGAGUGAACAGUCCCUGACUGCCUGUAGGCUGCGUGGAUGCGCAACACACCCCCUCCUUCUCUGCUUUGGGUCCCUUCUCUCACCAAAUUCAAACUCCAUUCCCACCUACCUAGAAAAUCACAGCCUCCUUAUAAUGCCUCCUCCUCCUGCCAUUCUCUCUCCACCUAUCCAUUAGCCUUCCUAACGUCCUACUCCUCACACUGCUCUACUGCUCAGAAACCACCAAGACUGUUGAUGCCUUAGCCUUGCACUCCAGGGCCCUACCUGCAUUUCCCACAUGACUUUCUGGAAGCCUCCCAACUAUUCUUGCUUUUCCCAGACAGCUCCCACUCCCAUGUCUCUGCUCAUUUAGUCCCGUCUUCCUCACCGCCCCAGCAGGGGAACGCUCAAGCCUGGUUGAAAUGCUGCCUCUUCAGUGAAGUCAUCCUCUUUCAGCUCUGGCCGCAUUCUGCAGACUUCCUAUCUUCGUGCUGUAUGUUUUUUUUUUCCCCCUUCACUCUAAUGGACUGUUCCAGGGAAGGGAUGGGGGCAGCAGCUGCUUCGGAUCCACACUGUAUCUGUGUCAUCCCCACAUGGGUCCUCAUAAAGGAUUAUUCAAUGGAGAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-428.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -452.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 410.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.(((((((((((((((((((..........((((((..((((...(((((((((.............((((((.(((((((...)))......((.((.((((((.((((.((.(((((.((((((....((((((.....)))..)))...))).))).))).)).))...)))).)))))))))).....((((...))))....(((..((((.((((((....(((.(.(((((...((....(((.......)))...)).))))).).)))......))))))..))))..)))..))))))))))...(((((((.((((..(((..(((..(((((((((((((((((((((.((((....(((...........))).........((((((((((((((.....))))))....(((((((.(.....).)))))))(((((....((((((((((((((.(((((((......((((((((.(((...(((((((...))))..)))...))).))))))))..........))))))).))((((((((((....)))..))))).)).)))))..)))))))...)))))((((.(((((..(((((....)))))...........))))).))))))))))))..)))).))))....)))))).)))).))))))...)..))).)))..)))).((((.((.(((((...(((........((((((..((......(((((...))))))).))))))(((((....))))).......))).....))))).)).))))........................................(((.(((..(((.......................)))..))).))).)))))))...............))))))))).)))))))))))))))).))..))))....)))).))))))))(((((....((((((.....)))))).......)))))...(((((((......(((((.((..((((((..((((...((((((((((.............)))))(((((............................))))))))))....))))..)))))).(((((.(((.......(((((........))))).....))).)))))....)).))))).....))))).))....((((((((((((((((((.((....((((....))))))))))))...(((((((...)))))))((((..((((.......)))).))))((....))(((((.....)))))........)))))))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((.((((((((.,((((({,.,{.{{{...{{{(((({(((({.((.(((((.(,(((({.....((((,((((((((.,{...{{({.,,.{(..{{{{|.,,|}||,.,|,..((((...})}}...}}}|,.,...}}))),)}))))))))))}).}.))))).))..))))),)))))})).},...,|||}},,)))..}}}}}.}}))))((((((.,,{(({.(.(((((...((....(((.......}}}...}}.)))}},|.,|||}}}.,))))))..||||{,|((((({|,..{((({{(((,((((((,(,{{{(((((((..{((((((((((((((((((((.((((.,..(((...........))).........((((((({((((((.....))))))....(((((((.(.....}.)))))))(((((....(((((((((((((({(((((((...,..((((((((.(((...(((((((...))))..)))...))).))))))))..,.......}))}))))))}{((((((((....)))..))))).}.})))))..)))))))...)))))((((.((((({.(((((....))))).,.........))))).))))})))))))..)))).)))),...}))))),,))).))))))...|,,}}}{{{(((|,.,,,,,,{((,((({({,{(((|.....{{({{{.({{((((({..(((((...))))),..|,{|||((,(({{{{|,|||..................})}|,{|||..........................,,,,,..........|||......,,{............|,..........,),,),}..,,.,,,...}}}}}}}}))}},...,,},}}},,.,,,,..,,,}}||,,,.,,)},,,}.......|,,|}}||||{{{{{..,,|{{{{{,,,,,))))}}.......))}},......,,{,,,.{{{((((({.....,,........)}}},,.}|}}|||}........,,,,,)}}}|||{|......{,...{..,,{,,,...,,...,)),)))))}.)},,,,),,}))))),.,|}}}||,..}}}}}}),,|.......}))))).))}})))}|||,,.,)}}}}}}))).......})))))....{(((((((((((((((((.((....((((....))))))))))))..,(((((((...))))))}((((..((((.......)))).}))){{....}|(((((.....)))))........)))))))))))}.......
Back