Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001145112.2
Sequence Length
1937 nt
GC Content
0.5204
AGUCAGGUGGUUUACCUUCCAGAGGCUGGCAAUGCUGUUUCACUGGAGGACACGGCUAAGAAGGAAGUCCACCAGCCUGCCAAGAUGAAUUGCCUUGAAGGGCCAGGUAAGACCUGUGGCCCCUUGGCUUCUGAGGAGGAGCUGGUGUCUGCCUGCCAGUUGGAAAAAGAAGAAGAGAAUGAAGGGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGACGAGGAGGAUCUGGACCCAGAUCUGGACCCAGACCUAGAGGAGGAAGAGAAUGAUCUUGGGGAUCCAGCUGUACUUGGUGCUGUCCACAACACCCAGAGAGCUCUGCUUAGCUCCCCUGGAGUCAAGGCCCCUGGUAUGCUGGGAAUGUCACUUGCCUCCUUGCAUUUUCUGUGGCAGACCUUGGACUACCUGUCGCCCAUCCCUUUCUGGCCUACAUUUCCCAGCACCAGCUCUCCAGCACAGCACUUUGGACCUCGGCUGCCCUCACCAGACCCAACUCUCUUCUGCAGCCUGCUGACCUCGUGGCCCCCUAGGUUCAGUCAUCUGACCCAGCUCCACCCUCGGCACCAACGAAUCUUGCAGCAGCAGCAGCAUAGUCAAACACCAAGUCCCCCAGCCAAGAAGCCUUGGUCUCAGCAGCCAGACCCCUAUGCUAACCUCAUGACCAGAAAAGAGAAGGACUGGGUGAUAAAAGUGCAGAUGGUGCAGCUGCAGAGUGCAAAACCCCGCCUGGAUGACUACUAUUACCAGGAAUAUUACCAGAAGCUAGAGAAGAAGCAGGCAGACGAAGAGCUACUUGGACGAAGAAACCGGGUUGAGUCCCUCAAGCUGGUAACGCCUUACAUUCCGAAGGCAGAGGCUUAUGAGUCCGUGGUCCGAAUCGAGGGUUCCCUGGGCCAGGUAGCUGUGUCGACAUGCUUCAGCCCUCGCCGAGCUAUUGAUGCGGUACCCCAUGGAACUCAAGAGCAGGAUAUAGAAGCUGCAAGCAGUCAGAGGCUUCGGGUAUUAUACCGGAUUGAGAAGAUGUUCCUUCAGUUACUAGAAAUAGAGGAAGGCUGGAAGUAUAGGCCUCCACCGCCCUGCUUUUCUGAGCAGCAAAGCAACCAGGUUGAGAAGCUCUUCCAGACCUUAAAGACCCAGGAGCAGAACAACCUGGAAGAGGCAGCAGAUGGCUUCCUGCAGGUGCUCUCUGUGAGGAAGGGGAAGGCCCUGGUGGCCCGGCUGCUCCCCUUCCUGCCCCAGGAUCAGGCUGUUACCAUUCUUUUGGCUAUCACCCACCAUCUGCCCCUCCUGGUCCGGAGGGAUGUGGCUGAUCAGGCCCUACAAAUGUUAUUCAAACCUCUGGGCAAAUGUAUUAGUCACUUGACCCUCCACGAACUCCUCCAAGGACUUCAGGGAUUAACGCUGUUGCCACCUGGCUCCUCAGAGCGGCCAGUCACCGUGGUGCUUCAGAAUCAGUUUGGAAUAUCUUUGCUCUAUGCCCUGCUGAGCCAUGGGGAGCAACUGGUAUCGCUGCAUUCUUCCCUAGAGGAACCCAACAGUGACCAUACAGCUUGGACAGACAUGGUGGUUCUGAUUGCCUGGGAGAUAGCCCAAAUGCCUACAGCCUCUCUGGCAGAACCCCUAGCUUUCCCCAGCAACCUACUUCCCCUGUUCUGUCACCACGUGGACAAACAAUUGGUUCAGCAGCUGGAGGCCAGGAUGGAGUUUGCCUGGAUUUACUGAUCUGUUUGUUCUGGAAUACGUGUAUGUGGGAAGUUGAAUCAUCAGACACUAGCUACAUAGACUAUGUUUACAGGGAUCCAGAGAGUCUGAAGACAUUUCUUAUGCCUUUAUAUAUUGGAGAACCCUUCCCCAUUUUCAUAUCCUUUCUUCAAAAAUCUAAAUGAUGUGCCUAAAAAUAAGACAUGGCAUAAUAAGGUAUAAUUAAAGAGAUAAUAGAAUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-665.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -694.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 438.16
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((...((((((((((((((...((((((...((((((((......))).))))).....(((.((..(((((((((.((.....(((..(((..(..(((((((((...)))..)))))))..))))))...)).)).))))))).)).)))))))))))))....(((((((.((((((((((((((.((.......((((((((((.((((((.(((((..(((....)))..)))))...((((((((((.((..(((((((((((..............((((.((....)).))))((((((((((((((.......(((((.(((.......((((((.((((((((((((....(((((((((((.((((((((((.(((...((....)).)))))).........((((..........))))..((.(((((...((...))..((((((((.(((((..((((.......((((..((((((..(.(((((((...(((.((((......((((..((..((((...(((((.((((.((.((((....((....(((.((....)).)))...))...((((.(((((....((((((....))))))...((((............))))...(((............)))..))))).))))......)))).)).)))).)))))))))..))..))))...(((((.(((......)))))))).............)))))))....))))))).)..))))))....))))........(((((.(((((...))))).)))))...(((((........))))).))))......)).))).))))))))....(((((((.((((....(((.(((((((((...((((..((....)).))))..)))))))))))))))).))))))).))))).))..))))))).))))))......)))))(((((........))))).......))))))))..)))))))))).........(((((((((((....((((((.(((....((((((.((....)).))))))....))).)))..)))))))))).))))...))))))))))))))...(((((.(.(((((........))))).).)))))))))))))..((((((((((.((((..((....))))))..)))))))))).)))))))))))..)).)).)).)))))).(((...............))))))))).))))((((((..(((((((((((.((((......................))))...)).)))))))))....))))))......))))))..((.(..(((.(.....).)))..)))..((((((.((...)).)))))).....(.(((((((((((.((..((((((...(((((((((((.((..((((((((((.((((((....(((..((((((..((((((....)))))).....)))))))))....(((.(((.((....((.((((((....(((.(((((...((.............))))))).)))))))))))...)).)))..))).......))))))((((.((((........))))))))..))))))))))))))))).((((((((((.......((((((....)))))))))))))))).....((.(((((((..((((((....)))...)))..))))))).))........)))))))))))))).))))))).)))).)......(((((.....)))))..)))))))))...))))).)).)))))))....(((.....)))(((((..............)))))....))))).)))))....)))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((...((((((((((((((...((((((,..(((((,((......})).))))).....{((.{(..(((((((((.((.,,..{{,..(((..{..(((((((((...)))}.,)))))}..)))})),..)).)).))))))).)).)))))))))))))....(((((((.((((((((((((((.((.{{,..,((((({((((.((((((.(((((..(((....)))..))))),{.((((((((((.((..(((((((((((...,{{,.......{{{|,||....,,.}}}}((((((((((((((..,,,..{((((,({{..,,,..(((({..(((((((((((,...,(((.,,..{|{...,,{({(((|({{...{(....}).)))}}|,,........,)),..}}},,,))))))}}}}|||||||||,..,}}..,{{(({(({(((((((((((.......((((..((((((..(.(((((((...(((.((((......((((..({..((((...(((((.((((.((.((((....{{....(((.((....)).)))...}}...((((.(((((....((((((....))))))...((((...,,....,,.))))...(((.,........,.)))..))))).))))......)))).)).)))).)))))))))..))..}))}...(((((.(({......)))))))).............)))))))....))))))).)..))))))....))))........(((((.(((((...))))).)))))...(((((........))))).))))|,..,{||{|||{||}|||,|{{{{,((((({.,((({..{({{((((({{,,|,,.|||||.||}}..)}.))))}.))))),))),}}})))})))))))},))||,|,...,,,,,,}))),})},,,,.)}))}|{({(.,......))}}|..,,{,,|,,,}}}}}})}}}},|||,...,,}.,,(((((((((((....((((((.(((....((((({.{{....)).}))))}....))).)))..)))))))))).))))...)})))))))))))}...(((((.{.(((((........))))).).))))))))))))).,((((((((((.((((..((...,)}))))..)))))))))).)))))))))))..)).)).)).)))))).||,...............})))))))).))))((((((..(((((((((((.((((.......{..............))))...)).)))))))))....)))))).....|)))))}..((.(..(((.{.....).)))..|||,,((((((.({...}).)))))).....|||{(((((((((.,(..{(((((...(((((((((((.{{.,((((((((({.((((({....{(({.{(((((..{(((((....)))))).....))))))))}....(((.(((.((.,..((.((((({...,(((.(((((...{{......},.....,,))))).)))))))))))..,)).)))..))).......})))))((((.((((,|...},,)))))))}..))))))))))))))))).{(({{{{|||......,{(((((....))})}}}}}))))})).{{{.((.(((((((..((((((....)))...)))..))))))).)),,},,...)))))))))))}}},))))))).)}}},},.....({{{{.....}))))..)))))))))...))))).)).)))))))....,{(.....}}|(((((..............))))),...})))).)))))....)))..........
Back