Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001145138.2
Sequence Length
2508 nt
GC Content
0.5869
AUUUCCGCCUCUGGCGAAUGGCUCGUCUGUAGUGCACGCCGCGGGCCCAGCUGCGACCCCGGCCCCGCCCCCGGGACCCCGGCCAUGGACGAACUGUUCCCCCUCAUCUUCCCGGCAGAGCCAGCCCAGGCCUCUGGCCCCUAUGUGGAGAUCAUUGAGCAGCCCAAGCAGCGGGGCAUGCGCUUCCGCUACAAGUGCGAGGGGCGCUCCGCGGGCAGCAUCCCAGGCGAGAGGAGCACAGAUACCACCAAGACCCACCCCACCAUCAAGAUCAAUGGCUACACAGGACCAGGGACAGUGCGCAUCUCCCUGGUCACCAAGGACCCUCCUCACCGGCCUCACCCCCACGAGCUUGUAGGAAAGGACUGCCGGGAUGGCUUCUAUGAGGCUGAGCUCUGCCCGGACCGCUGCAUCCACAGUUUCCAGAACCUGGGAAUCCAGUGUGUGAAGAAGCGGGACCUGGAGCAGGCUAUCAGUCAGCGCAUCCAGACCAACAACAACCCCUUCCAAGAAGAGCAGCGUGGGGACUACGACCUGAAUGCUGUGCGGCUCUGCUUCCAGGUGACAGUGCGGGACCCAUCAGGCAGGCCCCUCCGCCUGCCGCCUGUCCUUUCUCAUCCCAUCUUUGACAAUCGUGCCCCCAACACUGCCGAGCUCAAGAUCUGCCGAGUGAACCGAAACUCUGGCAGCUGCCUCGGUGGGGAUGAGAUCUUCCUACUGUGUGACAAGGUGCAGAAAGAGGACAUUGAGGUGUAUUUCACGGGACCAGGCUGGGAGGCCCGAGGCUCCUUUUCGCAAGCUGAUGUGCACCGACAAGUGGCCAUUGUGUUCCGGACCCCUCCCUACGCAGACCCCAGCCUGCAGGCUCCUGUGCGUGUCUCCAUGCAGCUGCGGCGGCCUUCCGACCGGGAGCUCAGUGAGCCCAUGGAAUUCCAGUACCUGCCAGAUACAGACGAUCGUCACCGGAUUGAGGAGAAACGUAAAAGGACAUAUGAGACCUUCAAGAGCAUCAUGAAGAAGAGUCCUUUCAGCGGACCCACCGACCCCCGGCCUCCACCUCGACGCAUUGCUGUGCCUUCCCGCAGCUCAGCUUCUGUCCCCAAGCCAGCACCCCAGCCCUAUCCCUUUACGUCAUCCCUGAGCACCAUCAACUAUGAUGAGUUUCCCACCAUGGUGUUUCCUUCUGGGCAGAUCAGCCAGGCCUCGGCCUUGGCCCCGGCCCCUCCCCAAGUCCUGCCCCAGGCUCCAGCCCCUGCCCCUGCUCCAGCCAUGGUAUCAGCUCUGGCCCAGGCCCCAGCCCCUGUCCCAGUCCUAGCCCCAGGCCCUCCUCAGGCUGUGGCCCCACCUGCCCCCAAGCCCACCCAGGCUGGGGAAGGAACGCUGUCAGAGGCCCUGCUGCAGCUGCAGUUUGAUGAUGAAGACCUGGGGGCCUUGCUUGGCAACAGCACAGACCCAGCUGUGUUCACAGACCUGGCAUCCGUCGACAACUCCGAGUUUCAGCAGCUGCUGAACCAGGGCAUACCUGUGGCCCCCCACACAACUGAGCCCAUGCUGAUGGAGUACCCUGAGGCUAUAACUCGCCUAGUGACAGGGGCCCAGAGGCCCCCCGACCCAGCUCCUGCUCCACUGGGGGCCCCGGGGCUCCCCAAUGGCCUCCUUUCAGGAGAUGAAGACUUCUCCUCCAUUGCGGACAUGGACUUCUCAGCCCUGCUGAGUCAGAUCAGCUCCUAAGGGGGUGACGCCUGCCCUCCCCAGAGCACUGGGUUGCAGGGGAUUGAAGCCCUCCAAAAGCACUUACGGAUUCUGGUGGGGUGUGUUCCAACUGCCCCCAACUUUGUGGAUGUCUUCCUUGGAGGGGGGAGCCAUAUUUUAUUCUUUUAUUGUCAGUAUCUGUAUCUCUCUCUCUUUUUGGAGGUGCUUAAGCAGAAGCAUUAACUUCUCUGGAAAGGGGGGAGCUGGGGAAACUCAAACUUUUCCCCUGUCCUGAUGGUCAGCUCCCUUCUCUGUAGGGAACUCUGGGGUCCCCCAUCCCCAUCCUCCAGCUUCUGGUACUCUCCUAGAGACAGAAGCAGGCUGGAGGUAAGGCCUUUGAGCCCACAAAGCCUUAUCAAGUGUCUUCCAUCAUGGAUUCAUUACAGCUUAAUCAAAAUAACGCCCCAGAUACCAGCCCCUGUAUGGCACUGGCAUUGUCCCUGUGCCUAACACCAGCGUUUGAGGGGCUGGCCUUCCUGCCCUACAGAGGUCUCUGCCGGCUCUUUCCUUGCUCAACCAUGGCUGAAGGAAACCAGUGCAACAGCACUGGCUCUCUCCAGGAUCCAGAAGGGGUUUGGUCUGGGACUUCCUUGCUCUCCCUCUUCUCAAGUGCCUUAAUAGUAGGGUAAGUUGUUAAGAGUGGGGGAGAGCAGGCUGGCAGCUCUCCAGUCAGGAGGCAUAGUUUUUACUGAACAAUCAAAGCACUUGGACUCUUGCUCUUUCUACUCUGAACUAAUAAAUCUGUUGCCAAGCUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-968.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1009.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 636.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((.(((((....((((....).)))...))))).))))((((((((((((((((........)))))......(((..(((.((..((........)))).))).)))...(((((((((((((...(((((((.(.((((.....(((((((((((.....(((((((..((.((((((((...)))).)))).)))))))))))))(((((((((((.((((((((.((((((((...((((((.((((((((((....((((...((((......(((((((((...........)))))))))....((((...))))....(((.((((((((..(((((((..((..((((((...((((.((.........((((((..(((((((((((((((.(.((((((((((((((...))))))))....)))).)).).))))).((((((((((((((....(((..........)))............((((...)))).((((((((((........)))..)))))))..))).)))).))))))).((((((.(((((......(((((((......)))))))....))))).(((((((((.............(((.......))).((((((....((..(((((((((........)))).)))))))..)))))).)))))))))......)))))).(((...(((((....((.(((...(((.(((........((((...(((((((..((....((((......((.(((((((.((((..(((...((((....(((((...(((....)))..)))))......((((....))))(((.(((((.(((((..((((.((((((((....))).)).((.((((...)))))).(((....)))))).))))..........(((((.......))))).))))).)))))..)))...........(((((.((...)).)))))..(.((((.......)))).).(((.....)))...)))).)))..)))).((((((......))))))))))))).))......)))).))..)))))))...))))..))).))))))))..))))).)))((((((.((.......)).)))))).......)))))))))))))))).((((..(((....)))..))))))))))..))))))..))))))))).((((((....((((..((((...((....))...))))..)))).....(((((((((.((((..(((((.((((..((((((((..((.(((....(((..(((((.(((......)))))))).)))...((((.(((........)))))))..(((((((.((..........(((((((.((((.(((...(((((((......)))))))....).)).))))....(((.......)))..((((((....)))))).((((.....)))).))))))))))).))))).)))))..)))).))))...)))).)))))..)))......).)))))))))...(.(((((((.(....(((....)))...).))))))).)))))))...((((((.........((((((........)))))))))))).(((..(((.((.((((((...))))))..)).)))..)))...)))))))).))).......(((((....)))))(((.((((........)))).))).))).).....)))).)))))))))).)))....((.(((((..(.....(((.....)))..)..))))).))..................)))...))))))))..))).)))))..))))).))))))..((.(((((......)))))))((((((((((((((((((((((........))))))).(.((....)).))))))))).((((((((((...((((((((.........(((.(((...(((((((...((((...)))).)))))))))).))).((((((((.((((......)))))))))))).((((...((((...))))..))))...................))))))))..(((((((((...(((....(((((.......))))).....))).......)))))))))........))))))))))(((......)))))))))).)))))))((.(((..((.((...(((((((....))))))))).)).))))).)))).)))))))).)))))))).....((((((((((((((((((((.(((((((....)))))))..)))...)))).)))))))))))))))))).((.((((.....))))))...((((.....))))......((((..........))))..(((......)))...........)))))..))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
......((({.(((((..,,((((,,,,|.,}},..}}}}}.)))}((((({((({{,{{((.,,{|,..}})))..,}}}||{,,(({,{|..||,,,.....||,|.}}},|||{{{(((((((((((((...(((((((.(.((((.....(((((((((((.....(((((((..((.((((((((...)))).)))).)))))))))))))(((((((((((.((((((((.((((((((...{{,(((.((((((((((....{{{{...((((......(((((((((.........,.)))))))))....((((...))))....(((.((((((((..(((((((..((..(((((({{{(((,.(({({{...|,((((({,.(((((((((((((((.{.((((((((((((((...))))))))....)))).)).}.))))).{{((((((({((((....|||.,.,,.,,},),,............((((...)))).(({((((((({,,...,.}||.,}}|}|}},,}}}.}}}},,}))))},{{(({(.(((({......(((((((......)))))))...,|||||.(((((((((......,......(((.......)}},((((((....{(..(((((((((........)))).))))))),.))))))})))))))))....,.|,||||,{.,...|||||}}..,|,|||},,{{{|(((,....,,,((((...(((((((..((....((((.,....((.{{((({{.{{{{..|||.,.|.||||,{(({((,,,(({....}))..}}||||.....||||},,.|||||{{|{(((({,|,,}))))||||||||{{|....))).})}||}||||},.)})))).|||,...))}},,.||||.,{,,,||{.(((((|||...{|}}}|,||}|,.,|||,{{||||{.........(((((.({...)).)))))..{.||||,,,..,,)},}...{{{.....)))}},},,},},)}.)})}.||||||......})))))))))))).})......}))).))..)}))))}...)))}..}}},}||}}}}}||}}}}|,|}}{,,,||}||.}...,.}}.,})))),,.....)))))))))),},|||{(((,...}}}..))))}}))),..,,,,..))))))..))))))))).{(((((.{,.((((,.((((,,,{({,..}}}}}})))|.}})),..,.(((((((((,,(((..(((((.((((..((((((((,,((.(((....(((..((((,{(((......)))))))).)))...{{{{,{{{,,{{,{|{|,|||||{{({((({{.,{.{{.,,,,.,((({(((.{(({.(||...{((((((......)))))))..,,).)}.}}},...}||{....,..}}}},|{{{||,,,,))})},.||||}}...,}||{||,,,,))))).,.})).))))).,)))).))))...)))).)))))..))).}....}.)))))))))...{.(((((((.{....(((....)))...,.))))))).,)))))},(.((((((.........((((((........)))))))))))).))|..,((,((.((((((...))))))..}}.})),.}},...)))))))).))).,,....(((((....))))),{|.{(((........)))).}},.}}}.......))}}.)))))))))).)))....{{,(((((..((({..(((.....)))..))))})))}}),.................,})...))))))))..))).)))))..})))).))))))..((.(((((......)))))))(((((((((((((({(((((((........))))))).(.((....)).)))))))),,((((((((((...((((((((.........{{,.((({{.(((((((.,.((((...)))),)))))))})).))),((((((({,((((......)))))))))))).{(((...((({...})))..)}}}...................))))))))..(((((((((,,..(((((.((,......},.)))))..}}..,,.......)))))))))........)))))))))){{{......}})))))))).))))))}{{.||{{,(.{((,..(((((((....))))))).),))}})))}.)))).)))))))).)))))))).....((((((((((((((((((((.(((((((....))))))}..)))...)))).)))))))))))))))))).((.((((.....))))))..,(({{....,||,,...,,.{{{{...|,.,.,.})))..{{{......))}...........))))).,))))))
Back