Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001145398.3
Sequence Length
4266 nt
GC Content
0.5560
AGCUGCCUCUGAACUCCCUGGAGCAAGCACCUCCUGCUGGGCUGUGUGAGCUGCGACUGGUUCUCAGUGGCCCCUGCCAUGGACAUGCCUGAGGUCCUCAAGUCCCUGCUGGAGCACUCUCUGCCUUGGCCAGAGAAGAGAACAGAUAAGGAAAAGGGGAAGGAAAAGCUGGAGGAGGACGAGGCCGCAGCCGCCAGCACCAUGGCUGUCUCAGCCUCCCUCAUGCCACCCAUCUGGGACAAGACCAUCCCAUAUGAUGGCGAAUCUUUCCACCUGGAGUACAUGGACCUGGAUGAGUUCCUGCUGGAGAAUGGCAUCCCCGCCAGCCCCACCCACCUGGCCCACAACCUGCUGCUGCCUGUAGCAGAGCUAGAAGGGAAGGAGUCUGCCAGCUCUUCCACAGCAUCCCCACCAUCCUCCUCCACUGCCAUCUUUCAGCCCUCUGAAACCGUGUCCAGCACAGAAUCUUCCCUGGAGAAGGAGAGGGAGACUCCCAGUCCCAUCGACCCCAAUUGUGUGGAAGUGGAUGUGAACUUCAAUCCGGACCCCGCCGACCUGGUGCUCUCCAGUGUGCCAGGCGGGGAGCUCUUCAACCCUCGGAAGCACAAGUUUGCUGAGGAGGACCUGAAGCCCCAGCCUAUGAUCAAAAAGGCCAAGAAGGUCUUUGUCCCCGACGAGCAGAAGGAUGAAAAGUACUGGACAAGACGCAAGAAGAACAACGUGGCAGCUAAACGGUCACGGGAUGCCCGGCGCCUGAAAGAGAAUCAGAUCACCAUCCGGGCAGCCUUCCUGGAGAAGGAGAACACAGCCCUGCGGACGGAGGUGGCCGAGCUACGCAAGGAGGUGGGCAAGUGCAAGACCAUCGUGUCCAAGUAUGAGACCAAAUACGGGCCCUUGUAACCCGUGCCCCCCGCCCGGGCGGGGUACUGCCUGCACCUCAGACCUCUGCCUGGGGGCUCCCUGUAACCCCUCACACGCGUGGAGACUUAUGACUCGUCGUGGGCGCAUGGCGGCGCACCUGCUGCAGGAGCGGCCACGUCUCAGCUUCAUUAUACCAUGGCCUGCGCACGUGGCGACGUCCCUGAGGGGCCAGUCUCCUCACUGGUGGGGAACGCAAGAGAAUCUGCGUAGAUGGGUGACUCAGCCUUAGUUUCUAUUCUUGGAUGUCCCAGUUGAAUCAGAAGGGGACCUCUGGAGUACACACCUCUCUCCUGGGCGCUCAGGGUCCCUGGACUCUCCCUCAGUCUCCAGCCUGGGCUGCCGAGGGCUAUCUCUGCAGAAUGAGUUGUGAUCAUUGUCACCCUAUGUCUUCUCAGGUAGCAGGGCGCGUUUCCACUUAAGGUGUGUCUGUCACGCACCUCAUUCUCCCCAGACAGUCUUUGAGUAACAUCUGUUCCCAUCUUCCUUGGAAGCAGGACACACCAGCUCCUCCGUCAGUGUCUGCAUGGGUAGCAGGCUGCAGGAGUGGGGUCUCUGCACAGCCUGGGAUGGGGCUUGGGGCUGGGGCCUGCAGCAGAAGUGUGCCCAGCGUUUCUCGGCUCCCGCACCCCUUUUCCCUUAUGGCUCUGAGGCCAUCGGCUGUCUCUGCAUUUCAUUGGCUGUGGAGGAGAGACUCCUAGGAUGGCUGCUGUCUGAGCCAUGAGUGCCAGGGCUGAGAGAGGCCUCUUCAUUUCCUCUCCAGGCUACUCAGAGGCCAUGUGAAGCUCGUUUGUCCCACUAGACCAGGCCUCUGGGCCUGCUCUUUCUUUCCACCCAAUGUCCAGUCUUGGAUCAUAGAUUUAAAAGGAAAACCCCUCUUAUCUAGGAGGCUUUAACUUCCUGGACCCCAGGAUUCACCUUCCUAGUGGUGUUUAGAAAAUGCCUCCACAGCCCCCUUCCACCAUGGGCAUGAGAGCUGGGGUGUGUUUCUUGAGAAGCUCCCUUUUUUCUUGCUCUGCUCACCGGUGUGGCCUGGGCUGGAGUGCACUCUCCCUGGGGGCAGCUGGGGCCUCGCAAUUCUUGCUUCAGGAUCUCUCCCAUGCGAGCUGCCCGGAGGGUGUCAGCAGGGCAAGACACCUAGUCUAGAGUCACCAAGGUCACAGUGCCACUUUCACGGGAUAGCAGGCUCUUGGGACUUUUACACAGGCCUAGGGUCCCCUCAGUCUUGGUCCCAGGAGAUGGGGGCCACUCGUGAGGCUGGCCAUGCUGUGGCUUCUCACAGCUGUGGUCUCCCCUGCCUCACAACGACUCCUUUCUCUUGUGUGGCGGGACUCGCCCUUUUGCUGUGCUCAGAAGAUUCACUGAGGAAACUCAUGGAAGCCUCUGCUCAUUUGGGUCACUGGGACACCCCUGAGAUGGGUGUGUUUAUUUGCUCAGGGCGGGCAGCCUAUGGUGAAGAGGAGACAGAGGCGAUGGGCGUGCUUCGUCCUCCGUAACACUGGCUUUAUUUACCGUGGUGGUUCAGAGUCCCAGGCCCUGACCUCUAAAGACUUUUCAUAACAGACGUUAAGACCAAGCCGUGGACCUCACCCCAGGGGAAUGCCACGGCCCUUUGGGGACCUGCACACCCACCUCUCCGGGGGACUUGACAAGGGGCCCUGAGGCCAAGGGAGGUCACUCCUCCCUCCAGGCCCCUGACUUUUACUUUGUGGUUCUCUAAAAACCAUGUACACACUUUCACUCUAUUGUAACCACACAGGGCAGGCGCAUCCAGCAUGUCAGUGUCCUGCCCCGGGCAGCUCUCCCUCCCGGGCACGCUCCCUCUGGCCUGGUGGAUCACCAAGAGGGCGGUUCUCAUUUUGUUAUUAGUGGAAGAGCCUUGAGCUUAAAAGCUCUUCAUUUUCUUUGCCGGAAAGUAUAUGGUUUGUGUUUUUGCAGUUUUAUUUUUUUAAGGAUGGACACUAAAUCUCUGGUGUCCAUGUUCCGAGCCCGGUGGCUGGGAUGGUGGCUCGAUGUGUCUCCUCUUUAUCCCGCCCUCUGCCUGUUUGGUGCCCUCCCUUCUUUCCCCCAGGCAGUGGGUAUCGGGUUCUUUCCCAAAGUGCUUACUUGGAAAGAGUGUGGCUGCUGGACUCUUUUCGAAAUGCCCCUCUGAGUCAGGAGCCUGGUGGGGACAAGAUGGAGGAUGUCCACAGAGGCUGACCUGUGGGGGAAAAGAAGUGCUCAGGUAAGGUUGUCUCCUCUCCUGUCCUAAAAAAAUCCAUGCUUGCAGGAGAGGGUUGGUGCCUGCUCAGUUUCUGUCGAGGGAAUGGGAGUCUCCUCGGCUCCCUCCUGGGCCCUCUGCUUCUUGGAGGCCGACCGCUGGAGACUGCGGCUCCUGUGCUUGGAUCUUUGACAUCUGUCAGUCACUGGAGGCUAGAGAAGUUGACUUUACCUUGGCUUUCUGUGGGUUCCCGAUGGGCUUGGAAGUGCCGUCUACUUCCUAAGCAUCCUGUCUAAAGCUUUGUGGCACCCUCAGUGCAACCUCAGAACAGACAAAUCAUGAAUGAGCUGGAACUUUGCAAGAAUAUUCAUAUUAUAAAUGUCUCAUCUGAUGGAGGAACGUGUGCAUUUAGAGAGAGGGAGAGUUUUCAAGGUUUAUGGCAACUUUGUGGAGGACCUGGGUAACUCUUACCCUUGGCCAAAGGAAGAGGUUUUCCUGUCUGGCUUCUGAGGUUGGAGGGGGCACUUAGCAGUGAACCUUAAGUCUGGGUACAUGUAACCCUGCUGAGGGGCUGUGCAGGCCGCUCCUACGGUCCUUUGGCCUGAGGCAGGGCGGGAGGCAUGCAAGCCAGUGGGGGAAAACCCCUCUGAAGCUGGGCAGCCCUCUACCUGGGCCCCGGGAGCCGUGCUCCUUGGAACGCAAAGGGCCGAGGAGCAUCUGGUUUUCAUGGCAAAGCUCUACUCCAGAGCUCCUUUAACAUCUGCUAAUUAAGUGCAAUAAAUUUUUCUAGAAAAUGGCAAAGAUGACUUCCAGGUGGAUAUUGCUCUCUUACGGUGUUGGGGAUGCCAGAACACCACUUGGUUUUAUUUUUCUAAGUGCAUGUGAUGUGAUAGAGUGUGUGGGGCUCUGUGUCCUUCCCUGGGAGCUGGCAUUCCAGCGGGCCCCUCUCUUUACCUUUGUUGGGGGAAGGAGGCAAGAGAGAAAUUCCUUCUUCCCAGCCAGAGAGGGCAGAAGCAGACCGUAGCCCAUUGGCCUUAUGUGCGUGUGUGCGUGCGAGUGUGUCACUGCUGGUGGGCCGGAGUGAUGUGGUGGGAGGGAAGCCGGGAAUGUAUCCUUUUCAGACAAAAUUAAAUAUUUUGAAAUGAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1724.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1794.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 829.41
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((..((.(((((.(((((..((((.....))))((((((.(((.((((((.((.((((((.(((((....)))))((.....(((....(((((...(((.(((((......(((((((....).))))))......))).)).)))...)))))))).....))....)))))).))..))))))))))))).))..(((((...)))))........((((..(((.(((((........))))).))).))))......)))))...))))).)).))....(((((.((((((..........(((.((((..(((...((((.((((((((((((...(((((((.....))))))).......(((((((((((((..(((((((..(((((((((((((.(((((((((((.(((((.((((((((....))))))....(((((((((((...(((((...((((((.(((((((((((((((.((((.(((((...(((((.((((...(((((.(((...))))))))..(((((((....((((((........))))))))))))).((...(((((((((((((.(((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((..(((((((.....)))))))((((.(........)..))))...(((.((((((((........((((((...((((((.........))))))((.(((((((...((((.......))))........))))))).))..((((((((.(((((...((((((((((((.((.((((((((((..((((..((.(((((............)))))(.(((((....)).)))).....((((((((.((..((((.(((((...((((((((((((((.....((.((((((........)))))))).....)).)))))........((((((((........(((((((....)))))))((((.((((((((..(((..((((((((.(((..((((......)))).))).).)))))))((((((((...)))))..)))((((((....))))))(((((........)))))(((((((((((..............((((((.(((.(((((..((......))..))))).)))))))))((((.(((((((((.((((((((((....(((((..((.....))..)))))))))))).))).)))((.......)))))..))).))))......)))))))...)))).)))..))))))))))))))))))))...((((((((.....))))))))...........(((((..............))))).(((.......)))..(((((((.(.(((.(((((..(.((((.(((((....)))).).))))))))))))))))).))))...)))))))..))))).)))))).))))))))..(((......))))).))))..)))))).....))))))...)))((((((((((.(((((((((((..((((((.(..(((((.....)))))).)))))).))...)))))))....)).)))))))))).).))))))))((((....))))...)))))))))))))...((((((((((..(((..((......))..))).......))))))))))........))))))........))))))))))).))))))))...(((.(((......))).)))(((((((((......)))))))))(((((((...((((........))))...(((...((((((((..((((...((((((.((((((((((((..((((...(((((....))))).))))...))))))...))))))..)))).))...))))))))).))).))).)))))))...))))))))...((((...)))))))))).)).)))))).)))))))((((...))))(((((..((((.((((.....))))((((((.((((((((...((.((........)).))....))).)))))))))))......(((((((((((((.((((((...(((((((.....(((((((((..((((((..((((((...))))))))))))....)))))))))((((((.(((((.((........))))))).))))))....((((.......(((..((((.(.(((..((((....))))..))).).))))..)))..))))..))))))).((((.(((((((((((((........((((((((((((((((((((((((..((((.(((..(((..(((((.....)))))..)))....))).)))).)))))))))..))))....))))...))))))).((((((((.....((.((((....)))).))....(((((((...((.((....))))...))))))).))))))))....)))))))))..)))).))))))).)))...)))))))).))))).(((((((.....)))))))....)))))))))........)))).))))....(((((((((((...............(((......)))((((((((((.............))).))))))).(((.(((...(((....)))...))))))((((((.(((((...)))))..(((((..(((.((((........)))))))..)))))(((((....)))))............))))))..)))))))))))....(((((((((...(((((((((.((((((((((((......))))))))))..(((.((((....)))).))).((.(((.......))).))(((((.((((((..((.((((.(.(((...(((((..((((((((((((((.((((((((.(((......)))...))))))))(((((((((((.(((...))).)))))))))))......(((.......))).)))))).)))))..))).)))))....))).).)))).))...))))))..)))))......((((..(((......)))..)))).)))))))))))....)).)))))))))))))))).)))))).)))))...))))))))).)))))))))))..(((((......))))))))).)))))))))))..((((((........)))).)))))))).)))))..(((((....))))).(((.(((((((((.((((....))))...))))))))).)))(((((.(((((((((((((((((.....))))))).))))...)))))....(((..(((.(.(((((....(((((((((((((((((....(((((((..(((........).))..)))))))........(.((((.(((((((.(........).)).))))))))).)(((((((.((.((((((.(.(((....))).).)))))).)).)))))))..((((..((...))..))))......))))))..))))))))))))))))).)))..))).).)))))........((((.......)))).(((((((((((((..(((.....))))))))))))))))..))))))))).)))))((......))(((.((((.....)))).)))(((..((((((...((((((((((((..((((((((((((((((((..(.....)..)))))))))))..)))))))..)))..((((((.....)))))).((((..(((...(((...((((.......))))...)))...)))..)))).......)))))))))..)))))).)))..)))).))))))))).....((((((((((..........)))))))...))).))))..))))).))..))))......)))))))))(((.(((.((......)).))))))........(((((.((((((((((((((.((........))))))))))))..)))))))))((((..(((.((((((((.(((..(((....).))..))).)).)))).)).)))..))))..))))))))).)))..)))))))..)))).))))))))).))))).(((((..((((((.....))))))...))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{{,{({{((.,,,,,.||||}|.|||,..{(({{{{((((((.(((.((((((.((.((((((.{((((....))))}||....,||{..,,(((((...(((.{{(((......(((((((....),}))))).,....))).},.)))...))))}|||....}}}.,..)))))).))..))))))))))))).))..(((((...)))))|{{{||..((((..(((.(((((........))))).))).)))),...,||||||,|,||||}.||,}}....{{|||.|||||,|.|}},}..,(((.,,{,.,|||.,{((((,((((((((((((...(((((((.....))))))).,.....(((((((((((((,,,{(((((..(((((((((((((.(((((((((((.(((((.,,,(((((....})))}}..,.(((((((((((......(({.{(((,,({((,((((((((((((.((((.(((((......(((((((.((((((.(((({.........{{{(((({((,.{(((((((........))))))))))))).,.,,,...(((((({(..((,..{((((((((.((((((((((((((((((((((((((((..{((((((.....))))))}((({.{..,.....}..))})...(((.((((((((....,.,,(((((.,..((((((.,.....,.))))))((.(((((((...{(((.......})}}.,,,....))))))).))..((((((({{(((((...((((((((((((.((.((((((((((..((((..{(.(((((((,..{{{..,.}},}},,{{{{,.,,,|}.}}}....,,|(((((((.{{..((((.(((((,..((((((((((((((.,...((.((((((........)))))))).....)),,))))........((((((((........(((((((....)))))))((((.((((((((..(((..((((((((.(((,,,{{{......}})).))).).)))))))((((((((...)))))..)))((((({....})))))(((({.{,...,}))))){(({(((((((...,,....,,...((((({,(((.(((((..((......))..))))).))))))))){{((.{{({{,(((.((((((((((....(((((..((.....))..)))))))))))).))).)))((.......))}}}..))).})))......)))))))...)))).)))..))))))))))))))))))))...((((((((.....)))))))).........,||{||{....,,,,......}})}},(((.......)))..(((((((.(.(({,(((((..(.((((.(((((....}}}),),))))))))))))))))).))))...)))))))..))))).)))))).)))))))),.|||....,.))))}.))))..)))))).....))))))...)))((((((((((.(((((((((((..((((((.(..(((((.....)))))).)))))).,),..)))))))....)).)))))))))).),})))))))((((....))))...)))))))))))))...((((((((((..(({..({......}}..}})...},..))))))))))..}}.}}}))))),........))))))))))).))))))))...{{{.(((......))).})}(((((((((......)))))))))(((((((,..((((........))))..,,((...(((((((,.{((((.,.,{((((.((((((.{((((,.((((.,.(((((....))))).))))....,}},)}}}))))))..)))).))...))))))))).))).}}).)))))))...))))))))...((({...}))))))))).)).)))))).)))))))))}),))))))(((((..((((.((((.....)))){(((((.((((((((...((.((........)).))....))).))))))))))}......((((((((({(((,({{(((...((((((({,,..(((((((((.,((((((..((((((...)))))))))))).,..)))))))))((((((.(((((.((........))))))).))))))....((((.......(((..((((.{.(((..((((....))))..))).}.))))..)))..)))),.))))))).((((.(((((((((((((........((((((((((((((((((((((((..((((.(((..(((..(((((.....)))))..)))....))).)))).)))))))))}.)))}....)})),..))))))).((((((((.....((.((((....)))).))....(((((((.,.((.((....)))}...))))))).))))))))....)))))))))..)))).))))))),.)),..)))))))),})))).(((((((.....)))))))....))))))))).........((((((.......))))))},.......)))))))))))....)))))))(((.(((((((((.(((..,,((.((((((((((((((((((...(((....)))...)}}((((((.,,.(((((...)))))}))))).((((((((((........)))),.})))))..(((((....)))))..,{{.,,({,{...|||||}|,.|,,,.,{{({,...})))}..,,,......,,|({((((((((((......)))))))))}..}}}..)))))).))).)))))).))))}.)))))))))})|{{{{.((((((..((.((((.(.(((.,.(((((..(((((((((((((({((((((((.(((......)))...))))))))|((((((((((.(((...))).)))))))))),......,,({{,...,))).)))))).))))).,))).)))))..,.))).).)))).))...)))))).,}}|||{,{(,.{{((({.,,,...,{((((((((((...................)))))))))))...,)))))),,)).)},,,))))))))).))))))))))),.,,|}|}}}}}.))),|||||,,,,,,})))))..({((((.,....,.)))).}}))))))},))))..{((((....))))}.(((.(((((((({,((((....}}}}...))))))))).}))|{|||,.((((((((((((((((.....))))))).)))}..})))))....(((..(((.(.(((((....(((((((((({(((((,.,,.(((((((..(((........),})..))))))),,,.....,.{(((.(((((((.(.,....,.).))})}))))))|({(((((((.((.((((((.(.(((....))).).)))))).)).)))))),.))}|,.,{{..{{{{{|.,..,})))))))))..))))))))))))))))).)))..))).},))}}}...,,,..((((.......)))).|||((({(((({{,.{({,,.,,},,}))))}}}})))),,)}))))))).)))))|,.....,||(((.((((.....)))).))).,|},((((((...((((((((((((..((((((((((((((((((..(.....)..))))))))))}..)))))))..)))..((((((.....)))))).......(((((((((.,,.,,...,....,,,},.,,,.....))))}.}))))....)))))))))..}))))).,,,..)))).)))))))))....,(({(((((((..........)))))))..,))}.))))..))))).,).,))))},....)))))))))(((.(((.((......)).)))))).,,,,...{({{{.((((((((((((((.{{........))))))))))))..)})))))))((((..(((.((((((((.(((..(((....).))..))).)).)))).)).)))..)))),.))))))))).)))..}})))))},)))).))))))),,.,,}}},(((((..((((((.....))))))...))))),
Back