Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001145426.2
Sequence Length
1724 nt
GC Content
0.5360
AGUAAGAUCGAGCGAGGAGCCCAAGAGAGAGCGCGCAGCACGAAGCUCGAGCCGCCUCCGCCGCGCGACCCCACCUCGGCCGCCGCCGCCUGCGCCGCGAGAUCCGCCCCGGCCUCCCCGAGAGCGAGCCCCGGCCGCCGCGACCACCAGCCGCGCUAACCGCCGACCAACCGCCACCGAGGCGCCUGAGCGAGAGCAGAGGAGGAGGAGGCAUGAGUGAGGCGGGCGAGGCCACCACCACCACCACCACCACCCUCCCGCAGGCUCCGACGGAGGCGGCCGCCGCGGCUCCCCAGGACCCCGCGCCCAAGAGCCCGGUGGGCAGCGGUGCGCCCCAGGCCGCGGCCCCGGCGCCCGCCGCCCACGUCGCAGGAAACCCCGGUGGGGACGCGGCCCCCGCAGCCACGGGCACCGCGGCCGCCGCCUCUUUAGCCACCGCCGCCGGCAGCGAAGACGCGGAGAAAAAAGUUCUCGCCACCAAAGUCCUUGGCACUGUCAAAUGGUUCAACGUCAGAAAUGGAUAUGGAUUUAUAAAUCGAAAUGACACCAAAGAAGAUGUAUUUGUACAUCAGACUGCCAUCAAGAAGAAUAACCCACGGAAAUAUCUGCGCAGUGUAGGAGAUGGAGAAACUGUAGAGUUUGAUGUGGUUGAAGGAGAGAAGGGUGCAGAAGCUGCCAAUGUGACUGGCCCGGAUGGAGUUCCUGUGGAAGGGAGUCGUUACGCUGCAGAUCGGCGCCGUUACAGACGUGGCUACUAUGGAAGGCGCCGUGGCCCUCCCCGGAAUGCUGGUGAGAUUGGAGAGAUGAAGGAUGGAGUCCCAGAGGGAGCACAACUUCAGGGACCGGUUCAUCGAAAUCCAACUUACCGCCCAAGGUACCGUAGCAGGGGACCUCCUCGCCCACGACCUGCCCCAGCAGUUGGAGAGGCUGAAGAUAAAGAAAAUCAGCAAGCCACCAGUGGUCCAAACCAGCCGUCUGUUCGCCGUGGAUACCGGCGUCCCUACAAUUACCGGCGUCGCCCGCGUCCUCCUAACGCUCCUUCACAAGAUGGCAAAGAGGCCAAGGCAGGUGAAGCACCAACUGAGAACCCUGCUCCACCCACCCAGCAGAGCAGUGCUGAGUAACACCAGGCUCCUCAGGCACCUUCACCAUCGGCAGGUGACCUAAAGAAUUAAUGACCAUUCAGAAAUAAAGCAAAAAGCAGGCCACAACCUUAACCAACACCAAAGAAACAUCCAAGCAAUAAAGUGGAAGACUAACCAAGAUUUGGACAUUGGAAUGUUUACUGUUAUUCUUUAAGAAACAACUACAAAAAGAAAAUGUCAACAAAUUUUUCCAGCAAGCUGAGAACCUGGGAAUUCCUGCACGGAAGACAAGAGAGUAGCCUCUCCAGUUUCAGCAACCGCUAGGUUUCUAUUUUUUUUCCUGGUUUUUACUGUUUUGGUAAUAUAUAUAUUGAAACAAGAAAUAUUAAUACCACAUGGGGAGAACCCCAACCAAAGAAAUCUGAAAUAUAUAGUAAAUGCUUUUUUUUCCGUUUUUGUUCAUUUUGGAUGCUGGUGCUAAACCUCCAAGUGUCAUGAUUUAAAAAAAAAAAAAAUUUAUGUCCUUCUUAUUUAUUUCUAGGAUGAGGGGAGGAUAACAUUUUUGCUUUCUUAUGUGACUCUCUUUGAAAAUGUGCAGUAAGAAAUUCCUCAAAAAUAAAAUUUUUACCCUUCAGAGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-555.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -585.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 451.76
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((...(((((.((((..(.((.(((((((((.((.((.(((...))).)).))(((.((.(((((.........((((....))))..))))).)))))((((.(((((((((......(((.(((((.(((((((.((........)).)))......))))......((((.....))))(((..((....))..))).(((((((....(((.((.((((((((.(((...................((((.((((((((((((.((((((((((.(((((((..(((..((.((((((........((...((((((.((((.(((((...(((....)))..))))))))).))))))...)).((.....)).))))))..((((...))))..))..)))..))))))).))))))).....((((.(((....((((((......(((.((((.....)))))))((((....(((((((((..(((...((((.....((((....(.(((.((......)).))).)..)))))))).....((((((....)))))).)))))))...............(((((..((..(((..(((((...............))))))))..))..)))))...)))))......)))).....))))))...)))..)))))))..)))))..))))))).)))).((.(..((((((...(((.(((.((..((((((..((((....((((..((...(((((.(((.((((..((((((((((.(((((....(((.((((.(.(((((.((((........)))).)))))).)))).)))...)))))))))))((...((((..(((.((.((((....))))))..)))))))))...)))).)))).)))(((((............)))))..)))))..))..))))....)))))))))).)).))).)))..))))))..).)).......))).)))))))).)))))......)))))))......((((......)))).((..((((.((((..............)))).))))..))(((((......)))))..........))))))))((((((((((......)).))))).)))...((((........)))).........((.....))))))).........................(((((.((.((((((..(((((((......(((((..(((((((((..(((((.((((..(((...)))))))..........((((((........))))))(((((....((((((((.(((((((((.....))))(((..(((((....)))))..)))..((.((((....)))).))......))))).)))))))).((((((((((.......))))))))))..................(((((....))))).........(((((((((..((((.(((((..........)))))))))..))))))))))))))...))))).))).))))))..)))))...................)).)))))..)))))).)).))))).)))).))))........))))))))).)).)..))))))))).....)))..........(((((.......................)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((...{{(((.(((((((,{{.((((((((({({,((.{{,.,,))).)},)){({{((.(((((.........((((....))))..})))).)))}}{,((,{{{|||(((,.,,..(((.(((((.(((({({.((........)).)))......))))......((((.....))))(((..((....))..))).(((((((,...(((.((.((((((((.(((...................((((.((((((((((((.((((((((((.(((((((..(((..((.{{(((({{,.....{{...((((((.((((.(((((...(((....)))..))))))))).))))))..,}}.((....,)},))))))..((((...))))..))..)))..))))))).)))))))},...((((.,({{,,.((((((......{{,(((((.....)))))}}((((....(((((((((..(((...((((.....((((....{,(((.{{...,,,),.})).,..)))})))).....((((((....)))))).))}}))),,,..........,.{{(((..{{..{({|.||||{.,......,,.....||}}}}}),,))..)))))}}})))))......)))),....))))))...))).,))))}))..)))))..))))))).)))).{{.{..((((((...(((.(((.((..((((((,.((((....((((..{(,,.({(((,{{{,{{{{..{(({((((((.(((((..{{(((.,{((.(.(((((.((((........)))).)))))).))))})),...)))))))))))||...{(((.,({{.{,.{|||,,,,}|||,},.}}}|}||||...,))),)))).)))(((((............)))))..)))))..))|,)))}....)))))))))).)).))).)))..))))))..}.}}.......))).)))))))).)))))....,.)))))))......((((......)))).((..((((.((({..............)))).))))..}}(((((......))))).,,.......))))))))((((((((,{.,....)).))))).)))...{{((,..{{{..||}},........((.....))|||,,....,}}..................(((((,((.((((((..(((((({....,,{{{{{,,(((((((({.,((({{,{(({.{(({...}}}},,,..........{{{{||,,...,,.)))))}{{(((,,(,((((((((.(((({{(((.....)))|(((..(((((....)))))..)))}.{(.((((....)))).}}......,)))),))))))))}}|||.(((((.,{,{{,{,(({...},,...)))),,.))))}..(((((....)))))..,,.,,..{{{{{{{{{..{{{{,{{{{|.,...,,}},))})))))),.}}))))))))})))|,.,,,}}.)))}}))))),,))}}}..............,}}.,}}||)))}..)))))}.)).))))).))))}))))........,)))))))).)).}.}})}}}}})}.....}}}.,,.,,,...{((((..,,......,,}}},...,,..))))}
Back