Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001145847.2
Sequence Length
4013 nt
GC Content
0.4269
GAGCUAAGGGAAGGGCGGCGGCAGCGGUGACUAGGGCGGGAGCAGGAGCGGGAGCCGGGUGCACGGGAUGGUGCCUUGAGUGAAUGACCCCCUUGGAGAACAUUCUUCCGCAUCCCUCGCCUCAAGCCAGCCUCAGACAGAAAACUGAAGAUUCAGCAGAUCCAGUGCUUCCUGCUCCUCUUCUGCCCAGGAACACGCUUGCCUUCCCCAAGGCUUCCAGAAGCUCUGAGGCAGGAGGCACCAAGUUCUACCUCAUGUUUGGAGGAUCUUGCUAGCUAUGGCCCUCGUACUCGGCUCCCUGUUGCUGCUGGGGCUGUGCGGGAACUCCUUUUCAGGAGGGCAGCCUUCAUCCACAGAUGCUCCUAAGGCUUGGAAUUAUGAAUUGCCUGCAACAAAUUAUGAGACCCAAGACUCCCAUAAAGCUGGACCCAUUGGCAUUCUCUUUGAACUAGUGCAUAUCUUUCUCUAUGUGGUACAGCCGCGUGAUUUCCCAGAAGAUACUUUGAGAAAAUUCUUACAGAAGGCAUAUGAAUCCAAAAUUGAUUAUGACAAGAUUGUCUACUAUGAAGCAGGGAUUAUUCUAUGCUGUGUCCUGGGGCUGCUGUUUAUUAUUCUGAUGCCUCUGGUGGGGUAUUUCUUUUGUAUGUGUCGUUGCUGUAACAAAUGUGGUGGAGAAAUGCACCAGCGACAGAAGGAAAAUGGGCCCUUCCUGAGGAAAUGCUUUGCAAUCUCCCUGUUGGUGAUUUGUAUAAUAAUAAGCAUUGGCAUCUUCUAUGGUUUUGUGGCAAAUCACCAGGUAAGAACCCGGAUCAAAAGGAGUCGGAAACUGGCAGAUAGCAAUUUCAAGGACUUGCGAACUCUCUUGAAUGAAACUCCAGAGCAAAUCAAAUAUAUAUUGGCCCAGUACAACACUACCAAGGACAAGGCGUUCACAGAUCUGAACAGUAUCAAUUCAGUGCUAGGAGGCGGAAUUCUUGACCGACUGAGACCCAACAUCAUCCCUGUUCUUGAUGAGAUUAAGUCCAUGGCAACAGCGAUCAAGGAGACCAAAGAGGCGUUGGAGAACAUGAACAGCACCUUGAAGAGCUUGCACCAACAAAGUACACAGCUUAGCAGCAGUCUGACCAGCGUGAAAACUAGCCUGCGGUCAUCUCUCAAUGACCCUCUGUGCUUGGUGCAUCCAUCAAGUGAAACCUGCAACAGCAUCAGAUUGUCUCUAAGCCAGCUGAAUAGCAACCCUGAACUGAGGCAGCUUCCACCCGUGGAUGCAGAACUUGACAACGUUAAUAACGUUCUUAGGACAGAUUUGGAUGGCCUGGUCCAACAGGGCUAUCAAUCCCUUAAUGAUAUACCUGACAGAGUACAACGCCAAACCACGACUGUCGUAGCAGGUAUCAAAAGGGUCUUGAAUUCCAUUGGUUCAGAUAUCGACAAUGUAACUCAGCGUCUUCCUAUUCAGGAUAUACUCUCAGCAUUCUCUGUUUAUGUUAAUAACACUGAAAGUUACAUCCACAGAAAUUUACCUACAUUGGAAGAGUAUGAUUCAUACUGGUGGCUGGGUGGCCUGGUCAUCUGCUCUCUGCUGACCCUCAUCGUGAUUUUUUACUACCUGGGCUUACUGUGUGGCGUGUGCGGCUAUGACAGGCAUGCCACCCCGACCACCCGAGGCUGUGUCUCCAACACCGGAGGCGUCUUCCUCAUGGUUGGAGUUGGAUUAAGUUUCCUCUUUUGCUGGAUAUUGAUGAUCAUUGUGGUUCUUACCUUUGUCUUUGGUGCAAAUGUGGAAAAACUGAUCUGUGAACCUUACACGAGCAAGGAAUUAUUCCGGGUUUUGGAUACACCCUACUUACUAAAUGAAGACUGGGAAUACUAUCUCUCUGGGAAGCUAUUUAAUAAAUCAAAAAUGAAGCUCACUUUUGAACAAGUUUACAGUGACUGCAAAAAAAAUAGAGGCACUUACGGCACUCUUCACCUGCAGAACAGCUUCAAUAUCAGUGAACAUCUCAACAUUAAUGAGCAUACUGGAAGCAUAAGCAGUGAAUUGGAAAGUCUGAAGGUAAAUCUUAAUAUCUUUCUGUUGGGUGCAGCAGGAAGAAAAAACCUUCAGGAUUUUGCUGCUUGUGGAAUAGACAGAAUGAAUUAUGACAGCUACUUGGCUCAGACUGGUAAAUCCCCCGCAGGAGUGAAUCUUUUAUCAUUUGCAUAUGAUCUAGAAGCAAAAGCAAACAGUUUGCCCCCAGGAAAUUUGAGGAACUCCCUGAAAAGAGAUGCACAAACUAUUAAAACAAUUCACCAGCAACGAGUCCUUCCUAUAGAACAAUCACUGAGCACUCUAUACCAAAGCGUCAAGAUACUUCAACGCACAGGGAAUGGAUUGUUGGAGAGAGUAACUAGGAUUCUAGCUUCUCUGGAUUUUGCUCAGAACUUCAUCACAAACAAUACUUCCUCUGUUAUUAUUGAGGAAACUAAGAAGUAUGGGAGAACAAUAAUAGGAUAUUUUGAACAUUAUCUGCAGUGGAUCGAGUUCUCUAUCAGUGAGAAAGUGGCAUCGUGCAAACCUGUGGCCACCGCUCUAGAUACUGCUGUUGAUGUCUUUCUGUGUAGCUACAUUAUCGACCCCUUGAAUUUGUUUUGGUUUGGCAUAGGAAAAGCUACUGUAUUUUUACUUCCGGCUCUAAUUUUUGCGGUAAAACUGGCUAAGUACUAUCGUCGAAUGGAUUCGGAGGACGUGUACGAUGAUGUUGAAACUAUACCCAUGAAAAAUAUGGAAAAUGGUAAUAAUGGUUAUCAUAAAGAUCAUGUAUAUGGUAUUCACAAUCCUGUUAUGACAAGCCCAUCACAACAUUGAUAGCUGAUGUUGAAACUGCUUGAGCAUCAGGAUACUCAAAGUGGAAAGGAUCACAGAUUUUUGGUAGUUUCUGGGUCUACAAGGACUUUCCAAAUCCAGGAGCAACGCCAGUGGCAACGUAGUGACUCAGGCGGGCACCAAGGCAACGGCACCAUUGGUCUCUGGGUAGUGCUUUAAGAAUGAACACAAUCACGUUAUAGUCCAUGGUCCAUCACUAUUCAAGGAUGACUCCCUCCCUUCCUGUCUAUUUUUGUUUUUUACUUUUUUACACUGAGUUUCUAUUUAGACACUACAACAUAUGGGGUGUUUGUUCCCAUUGGAUGCAUUUCUAUCAAAACUCUAUCAAAUGUGAUGGCUAGAUUCUAACAUAUUGCCAUGUGUGGAGUGUGCUGAACACACACCAGUUUACAGGAAAGAUGCAUUUUGUGUACAGUAAACGGUGUAUAUACCUUUUGUUACCACAGAGUUUUUUAAACAAAUGAGUAUUAUAGGACUUUCUUCUAAAUGAGCUAAAUAAGUCACCAUUGACUUCUUGGUGCUGUUGAAAAUAAUCCAUUUUCACUAAAAGUGUGUGAAACCUACAGCAUAUUCUUCACGCAGAGAUUUUCAUCUAUUAUACUUUAUCAAAGAUUGGCCAUGUUCCACUUGGAAAUGGCAUGCAAAAGCAAUCAUAGAGAAACCUGCGUAACUCCAUCUGACAAAUUCAAAAGAGAGAGAGAGAUCUUGAGAGAGAAAUGCUGUUCGUUCAAAAGUGGAGUUGUUUUAACAGAUGCCAAUUACGGUGUACAGUUUAACAGAGUUUUCUGUUGCAUUACGAUAAACAUUAAUUGGAGUGCAGCUAACAUGAGUAUCAUCAGACUAGUAUCAAGUGUUCUAAAAUGAAAUAUGAGAAGAUCCUGUCACAAUUCUUAGAUCUGGUGUCCAGCAUGGAUGAAACCUUUGAGUUUGGUCCCUAAAUUUGCAUGAAAGCACAAGGUAAAUAUUCAUUUGCUUCAGGAGUUUCAUGUUGGAUCUGUCAUUAUCAAAAGUGAUCAGCAAUGAAGAACUGGUCGGACAAAAUUUAACGUUGAUGUAAUGAAAUUCCAGAUGUAGGCAUUCCCCCCAGGUCUUUUCAUGUGCAGAUUGCAGUUCUGAUUCAUUUGAAUAAAAAGGAACUUGGAAAACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1137.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1214.04
Frequency: 0.0000
Diversity: 1275.54
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((...(((((((.((.(((((((((..((.(((((((((.((((((((((((.(((((...((((((.((....(((.(((((..(((...)).)..)))))))))))))))).)))))...)).....((((........))))......((((.......)))))))))))))))))))))))))..)).))).))))..))))....)))))...)))))....((.....)).(((((((((.((((.((...((((..((((((.....((((((((.(((..((((.....)))).))).)))))))))))))).))))....)).))))..((((((((((....)))).....))))))..((((((.(((((((((((.......((((.((........)).))))((((((.(((((((((((((((((((((((....((((.((((((((((((((((...))))))))...((((((..(((((..(((((....))))).....((((((..(((((....((.((...((((....))))....)).))....)))))....))))))))))))))))).................((((((((....))))))))(((((((....((((((((((...........((((.(....).)))))))))).((((((((((((((((..((((((..(.(((.((((..(((..((..(((((((((((....((..((((..(((......)))..))))..)))))))))))))))..)))..((((.((.....)).))))...((((.((....((..((((((((.........)).))))))))...))))))...............(((((((.((((....(((((((((((((((((.(((((((((((....(((((((....(((((..((((((.((..(((((((.((.(((.(((..((..(((((.........)))))..))..)))........))))).)))))))..))...((((.((((...........)))).))))...(((((((..(((((........((((..((.(((((..(((((((...........((((.((((((((..((((.((((((.((((((((.(((((((((...(((.((.((((..(((..((((.((((.....((....)).....))))..)))).)))..)))).)).)))..))))))))).........((((((...)))))).(((.(((((...(((.((((.((.((...((((..(((((.........)))))..))))...)).))....))))..)))...))))).))))))))).))..)))))))))).(((((..(((..((((.((....(((((((((((.((..((((....)))).........(((((.........)))))....)).))))..))))))).....)).))))))).....))))).((((((...)))))))))))))).).)))))))))).)))))))..)))).(((.....((((....)))).....)))........(((((((((..(.......)..))))))))).(((((((...((((..((((((((......))))))).)..)))).))))))).)))))..))))))))))))).))))))))))))..))))..))))).....)))))))))))))))).....))).....))))((((((((.((((.((((((((((....((((((.((((((.......................)))))).))))))........(((((((....(((((((.........(((((((((((..((((....)))).)))).(((((........((((((.......)).)))).....)))))...)))))))......(((..((((((.......((((.(((.(((....(((((((((((((........(((((((((...........(((((((((((....)))))))))))....)))))))))..))))))))))))).......))).)))..))))........(((((..(((((((.....(((......))).....(((...(((((......)))))..))).((....))...)))))))...)))))...(((.(((.....))).))).)))))))))....)))))))....))).))))((((.(((((((((((((((....((...))....)))))......((((...((....)).))))...))))).))))))))).((((((...((((....)))).))))))....)))))))......................((((((..........))))))........(((((((......((((((((((.......((((((.(.((((((....((((((((.......))))..(((((...((....)).....))))).))))....)))))).).)))))).((((((((((((((((...((((....))))...)))...))))..)))))))))..((....)).......(((((((.((((..(((.((((((..(((.....)))..)))))).))))))).))))))).(((((((.(((((.((..........(((((.....)))))...((((((((....)))))))).)).)))))))))))).........))))))))))......))))).))....((((...((((((((.((.....)).)))))))).....)))).)))..)))).)))))))).....((.((((((((((......(((...)))..)))))))))).))))))))))))).))).)..)))))).)))).......(((((((((((..((((..((((((((((((...((.((....)).))..((((.((((..(((.(((((((....((((((((((.............))).)))))))...................((((((.....((((.....((.(..((((((.......))))))..).))....))))...))))))........)))))))))))))).))))......((.(((((((.(((((.....))))).)))...))))))........((((((((.((((.....((((....))))..))))...)))))))).............)))))))))..(((((..(((.....)))......))))).)))..))))...)))))))))))........))))))))......(((((((..........)))))))))))((((((.(..((((.(((((....((((...))))....(((((.((((....))))))))).(((....)))...))))))))))))))))..........))))....)))))))((((......)))))))))))).)))).....))))))....))))...........)))))))))...)).)).)))))).(((((....)))))(((((..((((........))))..)))))((((...(((......)))...))))........(((......)))(((((((((((.((((....(((.((((.((((((..((..((((.((((......((((((((.((((.......(((......)))..((((((((....))))))))(((...((((((((((.....((((((......)))))))))).))))))..)))...)))).)))))))))))).))))...))....)))))).)))).))).....)))))))))))))))))))...))))))))))))).............)))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{{((,,,(((((((,({,(((((((((,.((,(((((({((,(({((((((((({((((((..((({{((((.{{{((((((,,(,..,....{{{{{..,,)))))}),,))..)))}}))}}),,.,}|((((........)))}.,..,,||{,,|}}|.|||}||||||}}}}}}}}}})}}))),.)).)}},,|||,|},}},}}}}|}}},,.})}}},|,|||,|||}}},|{{{{{(({.((,,......})}))}}}}}|{|,....||||||{,||||,||||}|||.||}.,})),}|||||||}}}}}..{((({....))))),}}|||||{(((({,,,}}||,,.,,}}}}||{{(,,((({((,((({{{{{..},,.}||}||,,.||||}.{{{{{{{,{(((((|{,{{,{{({,(((({(({,{{,...{{((((.((((({{{{(((((((...)))))))).,{{(.{{{{.,,,.,|}||{||,,..|||}}.}},,{(((((,{(((({....{{,((,,,((({.,,,|||}.,..}}.}}.,,,|||||,.,.}}||||{{|(({(((({{,(((({{,,(((({,{(.{{(({(,((,({{((,{(((((((...,.(((((({{.,,,,.,.....{{{{{.{....},))}))))))))})}}}}},..,,||}}},||.}})),,.{{{|((((.{(((.((.{{(((((((((((...{{{,.(({(,,{((......)}),,})))))).)))))))))))|,......,((({.((.....)).})))..}},}).}}}}.}}},.{(((((({.........}},)))))}.,...,{{({({{.....,,........,}}}||((((.,..{{{((((((((((((((.(((((((((((....(((((((....(((({..((((((.((..{{(((((,((,(((.,.,,,{...{{{,,........|}}}}}..,,..}||,,,}|...}}))).)))})))..))...((((.((((...........)))).))))...{{(((((..(((((...,....((((..((.(((((..(((((((.((.,...((((((.,(((((((......}}))}},({((((,,((.(((((((((...(((.((.((((..(((..((((.((((.,,..{{....}},....))))..)))).)))..)))).)).)))..)))))))))...{((((.((((((...}))))).))))|,{{{...,,({(((((((......||||}}}}||,..{{{{{..{||||,{||{(.,.|,{,,,,.,|,,...,.,},.})))).,..))))))))).}))))||||||,(({{,..|||}}|||{.,,,,,.{(({{{{{|{{.||..((((....)))).........{({,,....||,,,||,,..,,,)),)))).,))))))}.}}}})).,,},.||.....,))}}.((((((...)))))),}})))))).,.))))))))).)))))))..)))).(((.....((((....)))).....))),.,...,.(((((((((..(.......)..))))))))).(((((((...((((..((((((((......))))))).)..)))).))))))).))))).,))))))))))))).})))))))))))..))))..))))).....))))))))))))))))....,))}.....}}||,(((((((.{{{|.||{|{{{{{({,..{{{|||,((({{{,,.....,}}.............}))))),))}}}}.,,|||||||||{{{{{{,{{{.,,...,,.....(((((((((((,,{{{.....}}}}.}))),(((((........((((((.,....,)).)))).....)))))...,)))))}....{{(((...,,((({.......}))},,|}|||,...(((((((((({{{....,,,.(((((((((...........(((((((((((....)))))))))))....))))))))),}))))))))))))).......))),))),.,,,,,,,}||,..{{||||{,,,{{({....,,,.,.,,.})}}|,,.,(({{,(((((......))))}..))),||....||||,,,}))))}}}))))),..,{{.(((.....))).)))}))}))))))....,.,,,,.....,,,.||||(({,.{{(((((((((((((....{{...}}....)))))......((((...({....)).))))...})))).))))))))))||||||}..||||,..}))))}))}|||||...,}}}))}}}...,,..............((((((.,{....},.)))))).......,|}|||||,,....{{{{{{((({.....,,,{{{{{,|.{(({{|,,|.{{{(((((.......)))),.(((((..,{{,...,,.}),,))))),)))),},.)))))),),))})))}|||||{{(({(({{{{...((({....}}}}...}}}..,))}},.}}))}}}}}..{|....||.,,,...(((((((.((((..{((.((((((..(((.....)))..)))))).))))))).))))))).(((((((,{((((.((..........(((((.....}))))...((((((((....)))))))).}).)))))))))))),,..,,,..}}}}}}}}}},...,,|||||{{{,...(((({{,((((((((.((.....)).)))))))),,.|,|||,.|||,,||||.}}}}}}}},|||||,,|||||{(((({{....|||,,.|}}..,}}}}))))}..||||||{}||}.,},})),)}},,))))||},}}|,||,..,||,|||,,}||}|}}||{{{,{{{.{{{,....||,||}),}))..}}},,})}),,}||}||{{||||,,.||{{{|||||..,...,,,}}}}}}}.,,,,,}|,......,,,,,,,,,..|||||,||,...{{(({{{,.{{.,..{||{{|,,,,,,.}}}}}}}}|{||,,..}}}}...,,,,,}||||},.})))))))}}.,,,|{,.{{{{{{..,,})))))|||(((((,,,..)})||,||,|||||||}||,|}}}}}||||{{{{|{{{,,,,,.||||},,,})}},|||||,,,}}}}}||{{({{{{,,({{{{{{||.,,.{{|||||,,,,|,.....}}|,,....((((((....}))))).|||||{((((((((({{,.((((((({(((,...,}}),}||{{,{..(((((((.{((({,((((((.(..((((.(((((.,..,,,,...,,,}....(((((.((((....))))))))).(((....)))...))))))))})))))))..(((..(((........,...,)),}}}},,,,.,,,.,,)}))))})))))))..))))))))))))).,,}))))))))),))))))....}},}},}}}}},,(((((....))))){((((..((((........))))..))))}{{{{...(((......)))...)})).....,,,{{(......))}(((((((((((.((((....{((.((((.((((((.{({{,((((,((({...,..{{(((((|.({{{.......{((......))}..{(((((((....)))))))}{{{...||||||||{{|,,..,(((((......,}}))}||}},,}}}}}..)))},.)))).,}})))}}}))).))))..})}....)))))).)))).))).....)))))))))))))))|||}...)))))))))))))}}}}}..},}}}}))}})))))....,.
Back