Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001145852.2
Sequence Length
3920 nt
GC Content
0.4301
GAGCUAAGGGAAGGGCGGCGGCAGCGGUGACUAGGGCGGGAGCAGGAGCGGGAGCCGGGUGCACGGGAUGGUGCCUUGAGUGAAUGACCCCCUUGGAGAACAUUCUUCCGCAUCCCUCGCCUCAAGCCAGCCUCAGACAGAAAACUGAAGAUUCAGCAGAUCCAGUGCUUCCUGCUCCUCUUCUGCCCAGGAACACGCUUGCCUUCCCCAAGGCUUCCAGAAGCUCUGAGGCAGGAGGCACCAAGUUCUACCUCAUGUUUGGAGGAUCUUGCUAGCUAUGGCCCUCGUACUCGGCUCCCUGUUGCUGCUGGGGCUGUGCGGGAACUCCUUUUCAGGAGGGCAGCCUUCAUCCACAGAUGCUCCUAAGGCUUGGAAUUAUGAAUUGCCUGCAACAAAUUAUGAGACCCAAGACUCCCAUAAAGCUGGACCCAUUGGCAUUCUCUUUGAACUAGUGCAUAUCUUUCUCUAUGUGGUACAGCCGCGUGAUUUCCCAGAAGAUACUUUGAGAAAAUUCUUACAGAAGGCAUAUGAAUCCAAAAUUGAUUAUGACAAGAUUGUCUACUAUGAAGCAGGGAUUAUUCUAUGCUGUGUCCUGGGGCUGCUGUUUAUUAUUCUGAUGCCUCUGGUGGGGUAUUUCUUUUGUAUGUGUCGUUGCUGUAACAAAUGUGGUGGAGAAAUGCACCAGCGACAGAAGGAAAAUGGGCCCUUCCUGAGGAAAUGCUUUGCAAUCUCCCUGUUGGUGAUUUGUAUAAUAAUAAGCAUUGGCAUCUUCUAUGGUUUUGUGGCAAAUCACCAGGUAAGAACCCGGAUCAAAAGGAGUCGGAAACUGGCAGAUAGCAAUUUCAAGGACUUGCGAACUCUCUUGAAUGAAACUCCAGAGCAAAUCAAAUAUAUAUUGGCCCAGUACAACACUACCAAGGACAAGGCGUUCACAGAUCUGAACAGUAUCAAUUCAGUGCUAGGAGGCGGAAUUCUUGACCGACUGAGACCCAACAUCAUCCCUGUUCUUGAUGAGAUUAAGUCCAUGGCAACAGCGAUCAAGGAGACCAAAGAGGCGUUGGAGAACAUGAACAGCACCUUGAAGAGCUUGCACCAACAAAGUACACAGCUUAGCAGCAGUCUGACCAGCGUGAAAACUAGCCUGCGGUCAUCUCUCAAUGACCCUCUGUGCUUGGUGCAUCCAUCAAGUGAAACCUGCAACAGCAUCAGAUUGUCUCUAAGCCAGCUGAAUAGCAACCCUGAACUGAGGCAGCUUCCACCCGUGGAUGCAGAACUUGACAACGUUAAUAACGUUCUUAGGACAGAUUUGGAUGGCCUGGUCCAACAGGGCUAUCAAUCCCUUAAUGAUAUACCUGACAGAGUACAACGCCAAACCACGACUGUCGUAGCAGGUAUCAAAAGGGUCUUGAAUUCCAUUGGUUCAGAUAUCGACAAUGUAACUCAGCGUCUUCCUAUUCAGGAUAUACUCUCAGCAUUCUCUGUUUAUGUUAAUAACACUGAAAGUUACAUCCACAGAAAUUUACCUACAUUGGAAGAGUAUGAUUCAUACUGGUGGCUGGGUGGCCUGGUCAUCUGCUCUCUGCUGACCCUCAUCGUGAUUUUUUACUACCUGGGCUUACUGUGUGGCGUGUGCGGCUAUGACAGGCAUGCCACCCCGACCACCCGAGGCUGUGUCUCCAACACCGGAGGCGUCUUCCUCAUGGUUGGAGUUGGAUUAAGUUUCCUCUUUUGCUGGAUAUUGAUGAUCAUUGUGGUUCUUACCUUUGUCUUUGGUGCAAAUGUGGAAAAACUGAUCUGUGAACCUUACACGAGCAAGGAAUUAUUCCGGGUUUUGGAUACACCCUACUUACUAAAUGAAGACUGGGAAUACUAUCUCUCUGGGAAGCUAUUUAAUAAAUCAAAAAUGAAGCUCACUUUUGAACAAGUUUACAGUGACUGCAAAAAAAAUAGAGGCACUUACGGCACUCUUCACCUGCAGAACAGCUUCAAUAUCAGUGAACAUCUCAACAUUAAUGAGCAUACUGGAAGCAUAAGCAGUGAAUUGGAAAGUCUGAAGGUAAAUCUUAAUAUCUUUCUGUUGGGUGCAGCAGGAAGAAAAAACCUUCAGGAUUUUGCUGCUUGUGGAAUAGACAGAAUGAAUUAUGACAGCUACUUGGCUCAGACUGGUAAAUCCCCCGCAGGAGUGAAUCUUUUAUCAUUUGCAUAUGAUCUAGAAGCAAAAGCAAACAGUUUGCCCCCAGGAAAUUUGAGGAACUCCCUGAAAAGAGAUGCACAAACUAUUAAAACAAUUCACCAGCAACGAGUCCUUCCUAUAGAACAAUCACUGAGCACUCUAUACCAAAGCGUCAAGAUACUUCAACGCACAGGGAAUGGAUUGUUGGAGAGAGUAACUAGGAUUCUAGCUUCUCUGGAUUUUGCUCAGAACUUCAUCACAAACAAUACUUCCUCUGUUAUUAUUGAGGAAACUAAGAAGUAUGGGAGAACAAUAAUAGGAUAUUUUGAACAUUAUCUGCAGUGGAUCGAGUUCUCUAUCAGUGAGAAAGUGGCAUCGUGCAAACCUGUGGCCACCGCUCUAGAUACUGCUGUUGAUGUCUUUCUGUGUAGCUACAUUAUCGACCCCUUGAAUUUGUUUUGGUUUGGCAUAGGAAAAGCUACUGUAUUUUUACUUCCGGCUCUAAUUUUUGCGGUAAAACUGGCUAAGUACUAUCGUCGAAUGGAUUCGGAGGACGUGUACGAUGACCCAUCACAACAUUGAUAGCUGAUGUUGAAACUGCUUGAGCAUCAGGAUACUCAAAGUGGAAAGGAUCACAGAUUUUUGGUAGUUUCUGGGUCUACAAGGACUUUCCAAAUCCAGGAGCAACGCCAGUGGCAACGUAGUGACUCAGGCGGGCACCAAGGCAACGGCACCAUUGGUCUCUGGGUAGUGCUUUAAGAAUGAACACAAUCACGUUAUAGUCCAUGGUCCAUCACUAUUCAAGGAUGACUCCCUCCCUUCCUGUCUAUUUUUGUUUUUUACUUUUUUACACUGAGUUUCUAUUUAGACACUACAACAUAUGGGGUGUUUGUUCCCAUUGGAUGCAUUUCUAUCAAAACUCUAUCAAAUGUGAUGGCUAGAUUCUAACAUAUUGCCAUGUGUGGAGUGUGCUGAACACACACCAGUUUACAGGAAAGAUGCAUUUUGUGUACAGUAAACGGUGUAUAUACCUUUUGUUACCACAGAGUUUUUUAAACAAAUGAGUAUUAUAGGACUUUCUUCUAAAUGAGCUAAAUAAGUCACCAUUGACUUCUUGGUGCUGUUGAAAAUAAUCCAUUUUCACUAAAAGUGUGUGAAACCUACAGCAUAUUCUUCACGCAGAGAUUUUCAUCUAUUAUACUUUAUCAAAGAUUGGCCAUGUUCCACUUGGAAAUGGCAUGCAAAAGCAAUCAUAGAGAAACCUGCGUAACUCCAUCUGACAAAUUCAAAAGAGAGAGAGAGAUCUUGAGAGAGAAAUGCUGUUCGUUCAAAAGUGGAGUUGUUUUAACAGAUGCCAAUUACGGUGUACAGUUUAACAGAGUUUUCUGUUGCAUUACGAUAAACAUUAAUUGGAGUGCAGCUAACAUGAGUAUCAUCAGACUAGUAUCAAGUGUUCUAAAAUGAAAUAUGAGAAGAUCCUGUCACAAUUCUUAGAUCUGGUGUCCAGCAUGGAUGAAACCUUUGAGUUUGGUCCCUAAAUUUGCAUGAAAGCACAAGGUAAAUAUUCAUUUGCUUCAGGAGUUUCAUGUUGGAUCUGUCAUUAUCAAAAGUGAUCAGCAAUGAAGAACUGGUCGGACAAAAUUUAACGUUGAUGUAAUGAAAUUCCAGAUGUAGGCAUUCCCCCCAGGUCUUUUCAUGUGCAGAUUGCAGUUCUGAUUCAUUUGAAUAAAAAGGAACUUGGAAAACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1111.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1188.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 1030.35
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((...(((((((.((.(((((((((..((.(((((((((.((((((((((((.(((((...((((((.((....(((.(((((..(((...)).)..)))))))))))))))).)))))...)).....((((........))))......((((.......)))))))))))))))))))))))))..)).))).))))..))))....)))))...)))))....((.....)).(((((((((.((((.((...((((..((((((.....((((((((.(((..((((.....)))).))).)))))))))))))).))))....)).))))..((((((((((....)))).....))))))..((((((.(((((((((((.......((((.((........)).))))((((((.(((((((((((((((((((((((....((((.((((((((((((((((...))))))))...((((((..(((((..(((((....))))).....((((((..(((((....((.((...((((....))))....)).))....)))))....))))))))))))))))).................((((((((....))))))))(((((((....((((((((((...........((((.(....).)))))))))).((((((((((((((((..((((((..(.(((.((((..(((..((..(((((((((((....((..((((..(((......)))..))))..)))))))))))))))..)))..((((.((.....)).))))...((((.((....((..((((((((.........)).))))))))...))))))...............(((((((.((((....(((((((((((((((((.(((((((((((....(((((((....(((((..((((((.((..(((((((.((.(((.(((..((..(((((.........)))))..))..)))........))))).)))))))..))...((((.((((...........)))).))))...(((((((..(((((........((((..((.(((((..(((((((...........((((.((((((((..((((.((((((.((((((((.(((((((((...(((.((.((((..(((..((((.((((.....((....)).....))))..)))).)))..)))).)).)))..))))))))).........((((((...)))))).(((.(((((...(((.((((.((.((...((((..(((((.........)))))..))))...)).))....))))..)))...))))).))))))))).))..)))))))))).(((((..(((..((((.((....(((((((((((.((..((((....)))).........(((((.........)))))....)).))))..))))))).....)).))))))).....))))).((((((...)))))))))))))).).)))))))))).)))))))..)))).(((.....((((....)))).....)))........(((((((((..(.......)..))))))))).(((((((...((((..((((((((......))))))).)..)))).))))))).)))))..))))))))))))).))))))))))))..))))..))))).....)))))))))))))))).....))).....))))((((((((.((((.((((((((((....((((((.((((((.......................)))))).))))))........(((((((....(((((((.........(((((((((((..((((....)))).)))).(((((........((((((.......)).)))).....)))))...)))))))......(((..((((((.......((((.(((.(((....(((((((((((((........(((((((((...........(((((((((((....)))))))))))....)))))))))..))))))))))))).......))).)))..))))........(((((..(((((((.....(((......))).....(((...(((((......)))))..))).((....))...)))))))...)))))...(((.(((.....))).))).)))))))))....)))))))....))).))))((((.(((((((((((((((....((...))....)))))......((((...((....)).))))...))))).))))))))).((((((...((((....)))).))))))....)))))))(((((((.(((((.........((((((..........))))))(((....))).((......))......(((((..........)))))...)).))).)))))))(((((((((.....(((((((((((((..((((((.((((((...(((((.(....(((((((.......((((....))))))))))).....).)))))...))))..))))))))....((....)).......(((((((.((((..(((.((((((..(((.....)))..)))))).))))))).)))))))...)))))))))..)))).....)))))))))((((((((.((.....)).))))))))..........)))..)))).)))))))).....((.((((((((((......(((...)))..)))))))))).))))))))))))).))).)..)))))).)))).......(((((((((((..((((..((((((((((((...((.((....)).))..((((.((((..(((.(((((((....((((((((((.............))).)))))))...................((((((.....((((.....((.(..((((((.......))))))..).))....))))...))))))........)))))))))))))).))))......((.(((((((.(((((.....))))).)))...))))))........((((((((.((((.....((((....))))..))))...)))))))).............)))))))))..(((((..(((.....)))......))))).)))..))))...)))))))))))........))))))))......(((((((..........)))))))))))((((((.(..((((.(((((....((((...))))....(((((.((((....))))))))).(((....)))...))))))))))))))))..........))))....)))))))((((......)))))))))))).)))).....))))))....))))...........)))))))))...)).)).)))))).(((((....)))))(((((..((((........))))..)))))((((...(((......)))...))))........(((......)))(((((((((((.((((....(((.((((.((((((..((..((((.((((......((((((((.((((.......(((......)))..((((((((....))))))))(((...((((((((((.....((((((......)))))))))).))))))..)))...)))).)))))))))))).))))...))....)))))).)))).))).....)))))))))))))))))))...))))))))))))).............)))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((((.(((((((({.(((((((((((.(((((((((.(((((.((((((((((((((((..(((.,((((,(((((((((..({.......(((({....))))),)..))..)))}})))}},|.|||((((........)))}.,..,,|{{{{{{{{.((({(((((({{{,,{{{{{|,.,,||||,.,,,,,(((({....})))),},},}}})},,,)))))})))))))),,,,.{{{.((........)),)))})},}||,.,..,}})))..))))))))))))).))).))))),(((((((.{..,..{((({....})))).)))))))|{(((((({{,((,{{{{{...(((((..((((((.(((.......))).))))))...))))).((((((({((((((((.{{.,,(,.(((((((,.......((((((.(((({.,,{(((((((...)))))))).{(((.((({.....,}}}|,|}},..|||,,.}}},((((((.{(((((....((.((...((((....))))....)).))....))))}..,,)))))).,.(((((((({.((((((,.((((((((.,.((((.((.(((((.{(((((((.,.,.(((((({{.,,,,.......{{{{{.,....),))}))))))))})}))))}....))))).)).))))...,{{{((((.{(((.((.{((((((((((((...{{{,.(({(,,{((......)}),,})))))).)))))))))))|,.....,,((({.((.....)).})))..,}.)).}}}}.))},.{(((((({.........}}.)))))}......{((((((.....,,........}}},{{((((.,..,,,((((((((((((((.(((((((((((....(((((((....(((({..((((((.((..{{(((((,((,(((.,.,,,{...{{{,,........|}}}}}..,,..}||,,,}|...}}))).)))})))..))...((((.((((...........)))).))))...{{(((((..(((((...,,...((((..((.(((((..(((((((.((.,...((((((.,(((((((......}}))}},({((((,,((.(((((((((...(((.((.((((..(((..((((.((((.,,..{{....}},....))))..)))).)))..)))).)).)))..)))))))))...{((((.((((((...}))))).))))|,{{{...,,({(((((((......||||}}}}||,..{{{{{..{||||,{||{(.,.|,{,,,,.,|,,...,.,},.})))).,..))))))))).}))))||||||,(({{,..|||}}|||{.,,,,,.{(({{{{{|{{.||..((((....)))).........{({,,....||,,,||,,..,,,)),)))).,))))))}.}}}})).,,},.||.....,))}}.((((((...)))))),}})))))).,.))))))))).)))))))..)))).(((.....((((....)))).....))),.,...,.(((((((((..(.......)..))))))))).(((((((...((((..((((((((......))))))).)..)))).))))))).))))).,))))))))))))).})))))))))))..))))..))))).....))))))))))))))))....,))|.....,|||.{{(((({...|}})}.}|,,,,|{,..,,||||{(((|{{,,....,,}}..,,,........})))))}))},},.,.,,,))))))|,{|{{,||,......,,,....((({{{{{(({,,|||.....}}}}.})}),(((((........((((((.,....,)).)))).....)))))...})))))}...,(((((.....((((.......))))..))))),...(((((((((({{{....,,,.(((((((((...........(((((((((((....)))))))))))....))))))))),}))))))))))))).......)))})))}.....}}}}}}...{{,|{{{.,.,|({......,,,,},.,)))}.},,{({{,(((((......))))}..))),||....|||||,,})}}))))))))))..,,{.(((.....))),)))))).))))))...................{{{{(({,.,{(((((((((((((....((...))....)))))......((((...({....)).))))...))))).)))))))))))))))))..),}))..)))))))).(((((.......})))).,,,...............((((((.,{....},.)))))).......}}))))))))........}}|||||..........}}}}}},})))))).}}.{((((.......))))}.,{{((,,,{{|,,..,,})},)})}))))))))).))))))))))).})))))))).).))))).,..{{((....{,{{{{{{{,({..{{((((((((({{,,,,.,|,..,||{|,,,,.(((((((.((((..{((.((((((..(((.....)))..)))))).))))))).)))))))..,,}}}}}.,,..((((((((...(((((((((((((((.((.....)).)))))))){{.{{{{{..((((({(((,||||{{|.,,,||{{.((((((((((.,....|||,..}))..}}))))))))..|((((((,({...,.,)).)}}..)))|{{,{||{{{{....{{.,||,}}||}||}{((((,(((.{{,,...,||}||}}.}}}.,,....})}}}})))}}},,}}}}},,||{(((,{{,.........,,,}}}}.,,,}}}},......}}}}}}}}}..))))).}),...,{(({({{.({.....||,|)))}}}},}|},,,|}||,,....,}}}........))))))).))))))))....{((((,{(((({....)))))))))))})))))))).}},||,}}}}}},}))...}}}}.,,,,{((({{{{.,,,,.|,)))}}})}.,..,|{{{.{{|,}|||(((((((..(((((((((....(((((((.,,.,,.....)}|,.....((((((....}))))).{(((({(((((((((,,,,(((((((((((,...,}}),}{({({{..(((((((.(((((,((((((.(..((((.(((((.,..,,,,...,,,}....(((((.((((....))))))))).(((....)))...))))))))})))))))..(((..(((.......,,....}}}}}}},,,,.,,....},))))))))))))..))))})))))))).,,,))))))))).)))))}..,,,,,||,|,||,,,(((((....))))){((((..((((........))))..))))}{{{{...(((......))),,,)})),,...,,,{((......))}(((((((((((.((((....{((.((((.((((((.{({{,((((.((((...,..{(((((({.({{{.......{((......))}..{(((((((....)))))))}{{{...||||||||{{|,,..,(((((......,}}))}}}}},,}}}}}..)))},.)))).,}}))))})))).))))..})}....)))))).)))).))}.....)))))))))))))))(({...,))))))))))))))))))..))))))),,,}})))..}}},
Back