Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001145862.2
Sequence Length
2840 nt
GC Content
0.5257
AGAGUCGACUGAAGUUUCCGAGGAGACUUCUCAGGCUGGGCUGGACACACCUUUCCAAGGACCCCCAAACUCUGCUCCGUGCACGUCAAAUGCUCCUUUCCCUUGUGUCCAACCCCCUACCCCUCUCCCUAACACCCCUCUUCUCAACAAGACUCAGCCUCUCCCCGAGGUGGGUGAGCAUCCUUGAGGUUUCCCACCCUUAACUGCUGUGUCCCCGGAUGGAGCCAGAGAAAUGUGGUGGGGGGGCCGGGGCCAGAGUUUCAACAUUGCCCCCCAGAAGGAGGAGCCAGAGAUGGGGUCUGUCCAGGAAAAUAGGAUGCCGGAGCCCAGGAGUCGUCAGCCUAGCAGUUGCCUGGCCUCCAGAUGCCUCCCAGGGGAGCAGAUCCUAGCAUGGGCCCCAGGGGUGAGGAAGGGCCUGGAACCAGAAUUGUCUGGAACCCUGAUCUGUACCAACUUUAGGGUCACCUUCCAGCCCUGUGGAUGGCAGUGGAAUCAGGACACUCCCUUGAACAGUGAAUACGAUUUUGCCCUGGUCAACAUUGGACGAUUAGAGGCUGUGAGCGGCUUGUCCCGAGUCCAGCUCCUCCGUCCAGGGUCCCUGCAUAAAUUUAUCCCUGAGGAGAUUCUGAUUCAUGGCCGAGACUUCCGGCUGCUCAGAGUUGGUUUUGAGGCUGGAGGCCUAGAGCCUCAGGCUUUUCAGGUGACCAUGGCCAUUGUCCAAGCCAGAGCUCAGAGCAAUCAAGCCCAACAGUAUUCGGGGAUAACCCUGAGCAAGGCUGGCCAGGGUUCUGGCUCCAGAAAACCACCAAUUCCUCUCAUGGAGACAGCGGAAGACUGGGAGACUGAGCGGAAGAAGCAGGCAGCCAGAGGCUGGAGGGUCAGCACGGUCAACGAGAGGUUCGACGUAGCCACCAGCCUCCCCCGUUACUUCUGGGUCCCUAACCGAAUUCUGGACAGUGAGGUCAGGAGAGCAUUUGGCCACUUUCAUCAGGGCCGUGGACCGCGCUUGUCCUGGCAUCACCCUGGGGGCAGUGAUCUUCUCCGCUGUGGAGGCUUCUAUACAGCCAGUGACCCUAACAAGGAGGAUAUCAGAGCAGUGGAGUUGAUGCUCCAGGCUGGGCAUUCAGAUGUUGUCCUGGUAGACACUAUGGAUGAGCUGCCCAGCCUUGCAGAUGUCCAACUUGCCCACCUGAGGCUGAGGGCCCUCUGCCUGCCUGAUUCAUCUGUAGCUGAGGAUAAAUGGCUUUCAGCCCUGGAAGGAACACGAUGGCUGGACUAUGUCAGGGCUUGUCUUCGAAAGGCCAGUGACAUUUCAGUAUUAGUGACAUCCAGGGUUCGUUCUGUAAUACUUCAAGAGCGCGGUGAUCGUGAUCUCAAUGGCCUCCUCUCUUCACUCGUCCAGCUGCUUUCAGCCCCCGAAGCCCGAACACUGUUUGGCUUCCAAUCACUAGUACAGCGAGAGUGGGUGGCAGCUGGACAUCCCUUCCUGACUCGGCUUGGGGGAACUGGGGCCAGUGAAGAGGCUCCGGUGUUUCUCCUCUUCCUUGAUUGUGUCUGGCAGCUCCUCCAGCAGUUUCCAGCUGAUUUUGAAUUCUCUGAGUUUUUCCUUCUUGCUCUUCAUGACAGUGUCAGGGUUCCUGACACCCUUACCUUCCUGAGAAAUACCCCCUGGGAGCGCGGAAAGCAGAGCGGACAGUUAAACUCCUAUACACAAGUCUACACCCCAGGAUACUCCCAGCCUCCAGCUGGGAACUCUUUUAACCUGCAGCUGUCUGUCUGGGACUGGGAUUUACGUUAUAGCAAUGCACAGAUACUACAAUUCCAGAAUCCUGGCUAUGACCCAGAACACUGUCCAGAUUCCUGGCUCCCUAGACCACAGCCAAGCUUCAUGGUUCCUGGACCCCCCAGUUCUGUGUGGCUCUUCUCUAGAGGAGCAUUGACCCCCCUGAAUCAGCUCUGUCCUUGGCGGGACAGUCCUUCCCUGCUGGCAGUCUCUUCUCGUUGGCUCCCUCGACCUGCUAUCUCCUCUGAAAGCCUGGCUGACCAGGAAUGGGGUCUCCCCUCACAUUGGGGAGCUUGCCCUUUACCUCCAGGGCUGCUGCUGCCUGGGUAUCUGGGACCCCAGAUCAGGCUCUGGAGACGCUGCUACCUGAGGGGAAGGCCUGAGGUCCAGAUGGGCCUCUCAGCUCCCACAAUCUCUGGCCUCCAGGAUGAGCUAUCCCAUCUUCAGGAGUUAUUACGGAAAUGGACACCAAGAAUAUCUCCUGAGGAUCACUCCAAGAAAAGAGAUCCACAUACCAUUCUCAAUCCCACUGAAAUUGCUGGCAUUCUCAAAGGCAGGGCAGAGGGGGAUCUGGGGUAGAGGAGGGUUCUGUCUAAUCUUUUUUUUUUUUUUUUGUAUCUGCACUUGCAGCCUCAGCUUUCACACUUCAGCCCUUAAGUUCACUAAGAAGGUCUGAGUUUCUGCUGCAGAUAGUGGUGUUAACUGCUCCAACUCUUGUCUUGCUUAGUUUCUACAAAUAUUUUUGCUUCUUGUCAUUUGAAGGAUUAAGAAACAAAAACAAUCCAGAAAUUGAUCGGUUUUUUUAGGCCAAUCCCAUCCCUUCUGGAUAACCAGAUGUUAAAUCAUGAGAUCAGAGAUGCUGUUCAUCAGUCCCAACAAGAUGGCCUAGAAAUCGCAUUCUCACCUCGCCUUGCUGCUGCUUUAAUUCCAAGUUCUAUUUCUUCCCUUAUAGUUUUCUAUGGGAAUGAGGCGGAUACAGGAAACACCCUAUCUCCUCUGUAUUUUUGUAGUGGAAUUUCUAUUUAAGGGGCUCAUUAAAGCAUAGUAUUUAUACACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1028.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1081.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 673.70
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((.((.......(((((((((.((..(((.(((..((((...(((..((((((((..........(((.....))).(((((.(((((((((.............((((((((((.((((.....(((((.((((......))))....(((((.....))))))))))((((...((((((........)))))).))))(..(((......)))..).))))...).)))))))))...(((((.((.((....)).)))))))......(((((((((((((.(((((...((((((((.....((...))((((((.(((((((....(((..((....))..))).(((....((((((((((((......(((......)))...(((((((((((.(((((.((((((((((....))))).(((((((..(......)..)))))))....))))))))))((((..((.((((.........)))).)).((.((((((...........(((.((((((((.(((((((...((.(((((.((.(((......)))..))))))).)).))))))).)).................(((((((((..(((((.....((((.((.((((((((..((((((......)))))))))))))).)).).))))))))))))))))))))))).))))))))).))(((((((((((.(.((...((.(((.....((..((((((....))))))))..)))))))).)))))))))))........)))).........((((((((((((.((((((((.(((((.....(((((..(((.((.(((.....((((((((((((((((((((((.((((((...((((..((.....))..).((((.......))))(((((((((((..((.(((.(((((((..(((((.((..((((.(((..(((((...((((.((((.......))))))))...((((((((((((.((.........((((((.((....)).)))))))).)).)))...((((..(((((((...((((((((((....))))))(((((((((((((.(((.((((......)))).)))...)))).))))))))))))).)))))))..))))((..((.(.((((((((((((((.((.(((..((....)).))))).))).......)))))))))))).))..))..(((....((((((..((((((.(((((.........)))))..))))))))))))....)))....))))))).((((((...........)))))).)))))..)))...))))..)))))))..))))))).(((((((((((....((((.(((((((.((((...))))))))))...((.((.....)).))..).)))))))))))))))......))).)).)))).))))))).(((((((((........))))))))))))...))))))..))))))))).)))))....)))))))).))).)).)))..)))))...))))).)).))))))...))).)))))))))..((((((((...)))))))))))))))..))))........)))))))))).)))))...((((.(((((((((................((((........))))..(((((((.....)))))))...............)))))))))))))((((.((..(((..((((((((......(((((.((........)).)).)))))))))))...)))..)))))).)))))))))))))....((((.(((...)))...)))))))))))).))))).)))....))))))))))..))))))))))))))....(((...)))....)))))))).)))...))))..))).))))).)))))))))))))))))))....((((((((.(((((((......(((((....)))))...(((((((((((.......))))))...)))))....(((((((((....)))(((((...((((((....))))))))))).))))))............))))))).)))...)))))..(((((((((((.(((((.....(((.((((...)))))))))))).....(((((((((((.((((..((.........))...)))).)))))))))))........(((.((((((((((.(((................(((((.(((((.(((..((..((((((((.((((((((..((.((((((.(((((((...........................((((((((...((((.((((((((((.......(((......)))......))))).)))))...))))))))))))(((((....)))))...))))))).)))((.(((((((((.......((((((.((((((((........)).)))))).))))))......))))))))).))....((((((((((.((........(((((....)))))((((......(((((.(((.....))).)).))).....)))).))))))))))))))).)).)))).))))))))))))..))....))).)).)))...)))))(((((..((((....))))))))).((((.((((..(((......))))))))))).........))))))).)))))).))).))))))))))).....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(((({{..((((((((....))))))))..{((|.(((.((((((({.......(((((,......,,..(((.....))).||.....|.})))}.....}))))))).||||||,{{({(((({{{,...{{{,(({,,,,....,||{,{{(((((.....))))||||}|{{{,...,{|{||...,,,,,))}}},.|||||,|||...,|,{(((((((((({..{((((|(((((((((((((,{((.((....)).)))))))......(((((((((({({,(((((...((((((((.....{{...,,((((((((((((((....(((..((....))..))).{((...,((((((((((((......,((......))).,.(((((((((((.((((,,((((((((((....))))).(((((((..,......}..)))))))....)))))))))),{((.(((.,,(((,.(((((.,....}}}|},.,|{||...........(((,((((({,,.,((((((,,.{{.(((((.((,(((,,,,..})),,)))}))),||,})))}||{|,................,||||{||||.,(((((.....((((,,(.{{{{||||,.{{(|({|,.,,||}}||||||}|}}|,}}.}.)))))})))))))))))}))))).)))))))))}}}|((({{{((((.(.({...{.,{((,....,,..{(((((....)))))))}..)))))))),)))))))))})}}}.....)))),,.......((((((((((((.((((((((.(((((.....(((((..(((.((.(((.....((((((((((((((((((((((.((((((...((({..((.....))..},(({(......,,))){((((((((((..((.(((.(((((((..(((((.((..((((.(((..(((((.{,((((.((((.......)))))))).,,((((((((((((.((........,({{{{{,{{....}}.,}}))))}.}}.}}}...((((..(((((((...(((,{(((((....)))))|(((((((((((((..,{,((((,,,,,.}}}),}),},,)))).))))))))))))).)))))))..)))){(..((.(.((((((((((((((.({{(((..({....}).))))).)))}......}))))))))))).))..))..(((....((((((..((((((.(((((.,{...},.)))))..))))))))))))....)))....))))))).((((((,........,.)))))).)))))..)))...))))..)))))))..))))))).(((((((((((....((((.,(((((({((((...))))))))))...{(.((.....}).}}..).)))))))))))))))......))).)).)))).))))))}.(((((((((........))))))))))))...))))))}.))))))))).)))))....)))))))).))).)).)))..)))))...))))).)))))))))..,))).)))))))))..((((((((...)))))))))))))))..)))).,......)))))))))).))))}...((({,(((((((({....,..,........{{,,.......||}},..(((((((.....)))))))...............)))))))))))))((((.({,.(({..((((((((......,,({{.{{.......,}}.}},}))))))))))..,)}...)})))).)))))))))))))....{(((.(((...)))...)))))))))))).)))))..))}...}))))))))}},{{{||{|,{{{|.|{.....{,...{{..(((((({....))))))).,)},},,.}.,))})))))))))).,..)))))}}))|.,..(((.(((((((.{..{{(((((....))))}...(((((((((((.......))))))...)))))....(((((((((....}}|((((({..,(((((....))))))))))),)))))).....,}}..,.))))))).)))..(((((((....)))))))..,|,,,))))}.})))))),,))))|||||,,,},,}}.(((((((((((.((((..((.........))...)))).)))))))))))...,,...,,..,(((({{{{{.,,....||||,.,.,,...||{,.,|{|||.,,|..|,..||||||||}||||||{,..||}||,|||}|{||{{,.......,...................((((((((...((((.((((((((((.......{((......))}......))))).)))))...)))))))))))}{((((,...}}}))..,}||,,,,.},,,{.(((((((((.......((((((.((((((((........))},))))).))))))......))))))))).||{,.{((((((((({,((........(((((....))))){(({....,.(((((.(((.....))).)).))),....}))}.)))))))))))))}))}}.}}}}.))}}))))||||{.||{{{{|||.||,{||,{,||,.,{((((..{(((....))))))))}.((((.(((({.{((......)})}))))))).........},}))))}}}})}}.},,.,))))}},)))}}})))}}))}..........
Back