Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001159508.3
Sequence Length
4260 nt
GC Content
0.5317
AGUUUCAGCGCUGGCUCUUCGUGCAUGGCAGAGAUGGCGACUGCGACUCGGCUGCUGGGGUGGCGUGUGGCGAGCUGGAGGCUGCGGCCGCCGCUUGCCGGCUUCGUUUCCCAGCGGGCCCACUCGCUUUUGCCCGUGGACGAUGCAAUCAAUGGGCUAAGCGAGGAGCAGAGGCAGGAAUUUUGGAAGCAGCUGGGGAACCUGGGCGUAUUGGGCAUCACAGCCCCUGUUCAGUAUGGCGGCUCCGGCCUGGGCUACCUGGAGCAUGUGCUGGUGAUGGAGGAGAUAUCCCGAGCUUCCGGAGCAGUGGGGCUCAGUUACGGUGCCCACUCCAACCUCUGCAUCAACCAGCUUGUACGCAAUGGGAAUGAGGCCCAGAAAGAGAAGUAUCUCCCGAAGCUGAUCAGUGGUGAGUACAUCGGAGCCCUGGCCAUGAGUGAGCCCAAUGCAGGCUCUGAUGUUGUCUCUAUGAAGCUCAAAGCGGAAAAGAAAGGAAAUCACUACAUCCUGAAUGGCAACAAGUUCUGGAUCACUAAUGGCCCUGAUGCUGACGUCCUGAUUGUCUAUGCCAAGACAGAUCUGGCUGCUGUGCCAGCUUCUCGGGGCAUCACAGCCUUCAUUGUGGAGAAGGGUAUGCCUGGCUUUAGCACCUCUAAGAAGCUGGACAAGCUGGGGAUGAGGGGCUCUAACACCUGUGAGCUAAUCUUUGAAGACUGCAAGAUUCCUGCUGCCAACAUCCUGGGCCAUGAGAAUAAGGGUGUCUACGUGCUGAUGAGUGGGCUGGACCUGGAGCGGCUGGUGCUGGCCGGGGGGCCUCUUGGGCUCAUGCAAGCGGUCCUGGACCACACCAUUCCCUACCUGCACGUGAGGGAAGCCUUUGGCCAGAAGAUCGGCCACUUCCAGUUGAUGCAGGGGAAGAUGGCUGACAUGUACACCCGCCUCAUGGCGUGUCGGCAGUAUGUCUACAAUGUCGCCAAGGCCUGCGAUGAGGGCCAUUGCACUGCUAAGGACUGUGCAGGUGUGAUUCUUUACUCAGCUGAGUGUGCCACACAGGUAGCCCUGGACGGCAUUCAGUGUUUUGGUGGCAAUGGCUACAUCAAUGACUUUCCCAUGGGCCGCUUUCUUCGAGAUGCCAAGCUGUAUGAGAUAGGGGCUGGGACCAGCGAGGUGAGGCGGCUGGUCAUCGGCAGAGCCUUCAAUGCAGACUUUCACUAGUCCUGAGACCCUUCGCCCCCUUUUCCUGCACCUAGUGGCCUUUCUUGGGAAGUAGAGAUGUGGCGGCUUUCCCACCCUGCCCACAGCAGGCCCUCCUGCCCAGCUGCUCUUGUCAGCCCUCUGGCCUCUGGAUGAGGUUGAGUUCUCCACAACAGCUCCCAAGCAUCAUGGGCCUCGCAGCCGGGCCUGUGCCACGGCUAGUGUUGUGUGAUUUAAAAUGGACUCAGCAGGAAGCAUAUUGUCUGGGGAUUGUUGGGACAGGUUUUGGUGACUCUGUGCCCUUGCUCUCUAACUUCUGAGCCCACCUCCCAGGGUAGGCACCUGGGGGCAUGCAGGUGCCCACCUCCCAGGGUAGGCACCUGGGGGCAUGCAGGUACCCACCUCUUUCUCUUGGGUGAGGCUCUGGCAAGGAGAUCUCUCUGCUCAAGCACAGCAGAAUCAUGGCCCCUCUCCAUGAAUUGGAACUUGGUACAGGUUAAGUAUCCCUAAUCCUGAAAUCUGAAACACUUGUGGUUCCAAGCAUUUUGGAUAAGGCAAAUUCAACUUUCAGUCUCUUUUCUGGGGGAAAAAAAUAAUAAACCUAGCCUAGCCAGGCGUGGUGGCUCAUGCUUGUAAUCCCAGCACUUCAGGAGGCUGAGAUGGGUGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAACAUGUGGAAACCUCGCCUCAACUAAAAAUAGAAAAAAAUUAGUUGGGCAUGGUGGUGGGCACCUGUAAUCCCAGCUACUUCAGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUUACUUGAACCCAGGAGGCGGACGUUGCAGUGAGCCGAGCUUGUGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGCGACAAGAGCAAAACUCUUCAAAAAACAAAACAAAACAAAAAAACCCUGGCCCUUGUUUCUUCCAGUUUCUAGAGGUAUCAGCUCCUAGCAGCUUAUGAACACAUAUGCUUGCUUGGCCAGGCAAGGUGGUGUGUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGCAGGUGGAUCACUUGCAGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGUCCAACGUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCCAGGGGUGGUGGUGCACGUCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCACUUGAACCCGGGAGGUGGAGGUUGCAAUGAGCCAAUAUGACACCGCUGCAGUCCAGCCUGGGCCAUAGAGUGAGACUCUGUCUCAAAAAAGGAAAGAAAAAUAGGCUGGGCACAGUGACUCAUGCCUGUAAUCCCAACACUUUGGGAGGCCGAGGCAGGUGGAUCACGAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAAGAUGGUAAAACCUCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCCAGGUGUGGUGGCAGGCUCCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAGAGAAUUGCUUGAACCCGGGAGGCAGAGUUUGCAGUGAGCCAAGAUCACACCACUGCACUCCAGCUUGGACGACAGAGCGAGACUCUGUCUCAAAAAAUAAUAGGCCAGGCAUGGUGGCUCAACGUCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCGGGCAGAUCACAAGGUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGACGACCAACAUGGUGAAACCUCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCCAGGCCUGGUGGCACGCGCCUGUAAUCCCAGUUACACAGAAGACUGAGGCAGGAGAAUCGCUUGAACGCAGGAGGCAGAGGUUGCAGGAGCUGAGAUCGCGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGUGAGACUCUGUCUCAAAAAAUAAUAAUAAAAUAAAUGAACACACAUGCUGCUGAGUCCGCAGGGGGGGCAGAGCAGAGGACAGCGUGCUUUUGUGUACUGUUGGAAGACUGGCUCCUCCUGUACAGCACCUCUGAGCCCUUGUGCACCGCCCUGCCACGGGCACCAUCCAGUCCUGGCCGUGUGACCACCCACAGCUGACUGGGCAGCAGGCACAGGCCCUACCCGAGCAGGCCGGAGUUGGCUCGCAUGACUCCAGCUGAGGCUGCCUGUGUACAUUUCUCCAGAUACCCUAUGGCUAAUUUUGUUAUAACUGCACAGUGGCUGCUGCCAUUUUGUAUUAAAUAUAUUGUGAAACAAACCUAUCUGGGGAGAAGCAAUCUACUUGCCGCUGCUUCCUGUCUGGAUCCAGCUUGUGUCCUUGGAGAGUGGCUGGCCCAGGUCCUAUUCCUGUCCUCCAGCCCGUUCUUUCAUGAGGGACAGGAAGGUAAAAUCAGCCCUUAGGAGAGAGGUCUCAGCCUCCCUUUCCCAGAUCUCCCAGUGAGUUUUAAAGGAAGCAGGGAGCCCAGAGUGCUAAGUUCUUACAGCCAGAAGGAAGCUUAUAGAUUUCUGAAAACCGCCCCUUUGUUUUUAAAAAGAUCAACACAAUUUGACUUUCUCAAGGUCAAAACGAACUAGAAUCCAGAUCUGCUCAUGGCAAAAAUGGGGGUGUUCUGAGAAUUCCAGCUUUGGGCCGCACUGUACAGCAGUCUGGAUAGAGUGUGAUCUGAGAAGGGAAUGGGUCUGGGUUGUUCCACCCCUUCCGAGUUCCAAAAAGAGGGAACUGGUUUUCUUGGUUCUCAGCCCAGCAGCACCUAUCCUGGCUCUUGGUCCUGGCCUGCAGCCAAGUGCUGUUCCUAGCCUGAGGCUUGAGACAGGUGGGGUUGGCUCCUCACCAACCCCAGUUCCGUCCCAUCCUGAGGGCAAGAUCCUGGGCUCAUAGGCAGUCCCUUUCACUUCCUUGUCUUGCUCCCUGCUAUGUUGGAGAUGAAUGUGACUAAAAGGGCCAUCUUGCUGGCUUAAUGUGUGGCUGGAGAGACCAGCCUGGAGACAAUGUGGCAAAAUGGGGCGCUUCAUCCAGUCUGUCUAAGCCCUGUCGACUUGGGGAGGUGAUUUCUUUCCUGGUUCUAUAUGUGAAGCAAAAUAAAUGUUUUAAAAUUAAAAGCAAAAAAAACAAAAUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1615.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1693.77
Frequency: 0.0000
Diversity: 1131.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((((((..((((.(.......).))))..)))).))).)))).(((((((((((.((((..((((((((.((.(((....))).))))))))))....))))))))))).))))..(((((((..((((((.((........)).)))))).)))))))(((((((((..(((.((((((((((....((....))((((.(((((...(((((((((.(.(((((....(((((((....)))...))))....))))).).))).)))))).....))))))))).))))))))))..(((((..((......))..))))))))..))))))).)).....((((...((((...(((((.(((.......(((((((((((((((.(((.(((.(((.(((....(((((((((((..(((((....)).))).......)))))))))))((((((((....(((...))).....(((..((...(((((((((((.((((........)))).))))......((((.(((.(..(((..((((((((((..(((((..((..((.(((((......)))))..))))..)))))...(.(((((........))))).).(((((((((..((((((((((.(((((((((.((((.((((.(.((((((((..........))))((((((((..((((.......((((((((((((.......((.((((((......(((.((....(((..((..((.((((((.((..(((((((((((.....((.((((((((((((((((...((((((.((...(((......)))..))))...)))).(((.((((((((..(((((........)))))(((((.((....))...)))))...(((((((........((((....)))))))))))..........((.((((((((((((.(((((((.....)))))))((((..........))))(.((((....)))).).(((((..(((((...((((....))))...)))))))))))))))))))))).))((((((((....(((((((...((((((((...............((.((((.((((..(((((.(((.((((.(((((((((.(.(((......(((...))).......))).))))))))..))))).).)))...)))))..)))).)))).)))))))))).....)))))))...)))))))))))))))))))...))))).)).))))))))).))))))))))))).)))))))).))((((((.....))))))....))..)))....)).))).....)))))).)).(((((((((((....))).))))).)))...............)))...))))))))).......))))))))))))..((.(((((((.....))).)))).))(((((.(((...((((((((((.((((....)))).)))..((((((...(((((((((((((((((((((.......)))))))(((((((((((((((.(((..(((((((((((.((((..(((.(((.......((((((.......)))))).((((((.......))))))...(((((((((......)))))).)))......((((((..((((....((((...(((((.....)))))....)))).))))..))))))((((((....)))))).............))).))).))))((((((((....))))))))..........))).))))))))..))).))))).....))))).(((((((.(((...)))...)))))))..)))))....(((..(((.(((((((.............))))))))))..))))))))))))))))).)))))).....)))))))...)))))))).............((((((....(((.((.((((((.((((....)).)))))))))))))..))))))....(((((.....))))).........................)))).))))).))))..))))))))))))))))....(((...)))(((.((((....)))).))).))).)))))))))(((((((...(((((....((((((....)))))).....))))).....)))))))))))))))))..)))..).)))...).)))..)))))))...))..))).........(((((......((((((.((.((((((.(..(((....((((((((....((((.(((.((((((((.(((.....((((...(((((.(((((..(((...((((((((((((...(((((..((((((((((..((......((((((...)))))).....)).........)))))))))).)))))..))))((((((..((((((....))))))(.(((.(((((((((..(((((((.((((((((....(((((((((((..((((((.......)))))).....................))))))).))))....))))))))............(((((.(((.((((((((((..((((((...((((((..(..((((..((((((.((...((((.(((..((((((((..((((...((...((((((..((((((((((...........(((((((.((((((((............((((((....))))))))))((((((((....((((...((((((.(((...)))...))))))..........))))...))))))))....................)))).)))))))(((....)))((((((....))))))........))))))).)))..))))))...))....)))).)))..)))))..).)).))))..)))))))))))))..)))))).....))))))..))))))))))...................(((......)))..(((((.....(((((((((((....(((....((((((((......)))).)))).....)))))))))))))).))))))))))))).)))))))..))).)))))).))).)....(((((((..(((.(((........))).))))))))))..))))))...((((...........))))...)))))))))))...))))).))...((((((((((....((((((((((((...((((((.......))))))..((((.((((((....)))))).)))).........((((...))))...)))))))))))).((((.....)))).((((..(((.....)))..))))....((((((...))).))).((((((((..((.((((((((((.((.............)).))))))))))..........((((((((((..(..(((((((((((((((((.((((((((((.....(((((....))))).))))(((((((((....((((((((....((((((............)))))).....((((((((((((.......(((((.......(((((((((...))))))))).(......)......)))))......)))))....)))))))...))))))))...))))))))).(((((.(((((....)))..)).))))))))))).)))))).((((((((((((((..(((......((.((((((........))))))))......)))....))))))))....))))))..(((((...(((....)))...)))))((.((((....))))))))))).))))))((.(((((((((.......))))))))).)).....)..)))))))))).))..))))))))))))))))))))).)))).)))))))))))))).))))....))))).)))......))).....).)))))))).))))))...)))))((((((.....))))))))))))))....((((...((((........))))...))))...))))))))).))).))))))).))))))))))).)))))...))))))))........((((((.......))))))................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((.((((((((((({.((((((((({(,(.((....)).)})}(((((((((((.((((.,((((((((.((.(((....))).)))))))))).,..)))})))))))))}))..,((((((..((((((.((........)).)))))).))))))|((((({(((((((((...(((((((((((((((...(((((((....((((......)))).)))))))...(.(((((((((((((,(((..,.,.}||.,,.((((((((((.(((,{.....(((......))).{.(((((({{{(......)).,)))))).,..,)))).)))),,))))).,,,.{{{{{((((..,,,.{|||,....((((,,,.}}|}{{{.{(((..{({{(((.((..(((((((((((,{((({,,,..,,.}}},,..,},)))))))))))..)).)}})}}})))....,}}}....,..{({{..,,,....{|||,{,,{{{,..,..||}},}}||......||||}|,||||,|{{.{||{|({,(((((......))))}||}|{||{.,....)))))}})}))})))).}}}.,.|||||}}}}}}..,,,||{{,(((((((((..(((((((((,,(((((((((.((((.((((.(.((((((((..........)))),{{{{(((,,((({,,,....(((((((((((..(((((.((((((.{(,.....,,,,,,|,.,,,{{{.,,.||,((((({({(..(((((((((({....,((.((((((((((((((((.,.(({,,({((({,{((,,,...}},{{{|{..{{|||{,{,,.{(((((,,..(((((......,,)))))|||||..,,,.,))))}))))}.||(({(((({{,..,,.((((....))))})),|||,...,}}},,|{.{(((((({{(((,({{{{{{.,,,,)}}||||({{{....,.,,},)))}|,({{{....}))).}.(((((,.(((((...((((....))))...)))))))))),,,}}))))))}.}}((((((((..,.(((((((((.((((((((.,,....,,......((.((((.((((..(((((.((({((((,,.|||{{{{{.|||||,...,|||...))),,.....|{((((......))))})).,.}))...)))))..)))).)))).))))))))))....}))))))),..)))))))),)}}),,)))},..))))).)).))))))))).))))))))))))).)))))))),))))))|,.))))).)))|(((((((((((((((,{,{({..{{,,,,|||{{{.{{.,,,|||||}}}})),.,))}},}))))))).))........)))))))))))))).,.....))))|}))}}}}..(({(((((((.....))).)))).))|{{{{|{||...(((((,.((({((((((..{({{{{....((((((...(((((((((((((((((((((.......)))))))(((((((((({{((({(((..((((((((({({(((({{,{,.,||}}.},,,((((((.......)))))).((((((.......))))))..,(((((((({..,,,,|}}}}}.}}}......((((((..((({....{(({...{(({{,...,)))))....))}}.))))..}}||||{(((({..{{||||,,............{{{..(({{...,})))..))},,,.,,,))),....,}}}}}})},,})))))),,))),}))))},...))))).(((((((.(({...}))...)))))))..)))))....(((..(((.(((((((.............))))))))))..))))))))))))))))).))))))})}}}),,))))).)).)))))))}.....,{{{..((({{{.,,,(((.(,{((((((.((({....}).))))))))))))).,))))))...,}}}||},...,}))},,,......................)))).))))).))))..))))))))))))))))....(({...}))(((.((((....)))).))).))).))))))))).{(.(((.(((((((((...(((((((((.((((.(({((.((((((((({(,,.,(((.({(({(((,...,{,((((,((,({{{{(({{(((..(((((((((((.((({...........})))..)))))))).))).))),{((({..{{{{.((.{(((((.{{||((((((({{((..((((((...((((((...(((((..(((({((.(({....,..,..{{(((,,({(({((((|||((...,,,({{{{|,,,)))))}.....}}........,||||||||||.,,,}).}}}||}|||}},.((((({....})))))||||{||||{((({{{,{(({{(({((((,(({...,||,,,|||||||.,|,|||}...}}))}))))}..,,..............,.||},|||{||||....(|(((((({{{.,.,.{{,.(((,{{,(,.{{((((({,,..{|||||...||||||.}|}.|,|.,}||||{|}||}...|||}}|}).{{{{,{(({.{{||,,.,{.,.((({{{..|||||||{{{..........,|{{||||.||{{{{({,..,,{{,,...((((({....})))))}}}}{{{{{{((,...((,{...((((((.(({...}))...)))))).{{{,...,}))},..,)}))))))....................)))}.))))}}}({{....)))((({{{..,,||}}}}.....,.,)))))))}}}}..})))))...,)).}))))),),)))))))),.},)).}})},.)))))))))))))}.)))))).....))))))..))))))))))...................(((......))),)}.)))))}..||,|||||,||}}}{((({{{.{{{,{|{|,,,,,,}}}).))))}},}.))))))})))))),}),))),,,,}},|{||,||}|{,,,,,,,))))},))))...)}))).,)))}})).}}.).)).)))).)).)).)))))..))))))))).)))}}))))...))))))))))))).)........))))))))).(((((((((((....((((((((((((...((((((.......))))))..((((.((((((....)))))).)))).........,{{{...})},...)))))))))))).{{,,.....}}||{((({{{(((.....((((.({...,).))))..)))))))))).((((((((.,((.{(((((((((.((.............)).))))))))))||......,.((((((((((,.(,,(((((((((((((((((.((((((((((.,{...(({,...,}},)).))))(((((((((....((((((({.,,.((((((............))))))...,.((((((((((((.......(((((.......(((((((({...}))))))))..,.....,......)))))......))))),...)))))))}}.))))))))...))))))))),(((((.({(((....)))..)).))))))))))).)))))).((((((((((((((..(((......((.((((((........))))))))......)))....))))))))....))))))..(((((...(((....))).,.))))){{.((({....}))))))))))}}))))),(.(((((((((.......))))))))).),.,.,}.,.)))))))))).,),.))))))))))))))))))).)))))).))))}})))))))))}}))))))))...........{{.((.....{(((({......)))))}..,..)).))})))))).)))))))}})|||,.,({(({,..,{{(({(,,..,.,|||,,,}}.,...))}}))}}|{|{.(((((((.....})))))),})}}},,,,,.||||{|{.......||||||,......,,,}},................
Back