Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001159554.2
Sequence Length
2649 nt
GC Content
0.5965
AUGCUGACUCAUGUGCCCGCAGCUAGCAGGAGCUGGCAGCAUGGGCUCCCCAGGGGCUACGACAGGCUGGGGGCUUCUGGAUUAUAAGACGGAGAAGUGGGCUCUCCUCGCCAAAAAAGGCUACCAGGAGCGGGACCUGGAACCCCAGUUUUCCAUCAUCACCAAACUCAAAGGGGUUUCCGUCACUCAGAUCAAGGAGCUUGGAAACCGGCUGUGGGAUGUGGCCGACUUCGUGAAGCCACCUCAGGGAGAGAACGUGUUCUUCUUGGUGACCAACUUCCUUGUGACGCCAGCCCAAGUUCAGGGCAGAUGCCCAGAGCACCCGUCCGUCCCACUGGCUAACUGCUGGGUCGACGAGGACUGCCCCGAAGGGGAGGGAGGCACACACAGCCACGGUGUAAAAACAGGCCAGUGUGUGGUGUUCAAUGGGACCCACAGGACCUGUGAGAUCUGGAGUUGGUGCCCCGUGGAGAGUGGCGUUGUGCCCUCGAGGCCCCUGCUGGCCCAGGCCCAGAACUUCACACUGUUCAUCAAAAACACAGUCACCUUCAGCAAGUUCAACUUCUCUAAGUCCAAUGCCUUGGAGACCUGGGACCCCACCUAUUUUAAGCACUGCCGCUAUGAACCACAAUUCAGCCCCUACUGUCCCGUGUUCCGCAUUGGGGACCUCGUGGCCAAGGCUGGAGGGACCUUCGAGGACCUGGCGUUGCUGGGUGGCUCUGUAGGCAUCAGAGUUCACUGGGAUUGUGACCUGGACACCGGGGACUCUGGCUGCUGGCCUCACUACUCCUUCCAGCUGCAGGAGAAGAGCUACAACUUCAGGACAGCCACUCACUGGUGGGAGCAACCGGGUGUGGAGGCCCGCACCCUGCUCAAGCUCUAUGGAAUCCGCUUCGACAUCCUCGUCACCGGGCAGGCAGGGAAGUUCGGGCUCAUCCCCACGGCCGUCACACUGGGCACCGGGGCAGCUUGGCUGGGCGUGGUCACCUUUUUCUGUGACCUGCUACUGCUGUAUGUGGAUAGAGAAGCCCAUUUCUACUGGAGGACAAAGUAUGAGGAGGCCAAGGCCCCGAAAGCAACCGCCAACUCUGUGUGGAGGGAGCUGGCCCUUGCAUCCCAAGCCCGACUGGCCGAGUGCCUCAGACGGAGCUCAGCACCUGCACCCACGGCCACUGCUGCUGGGAGUCAGACACAGACACCAGGAUGGCCCUGUCCAAGUUCUGACACCCACUUGCCAACCCAUUCCGGGAGCCUGUAGCCGUUCCCUGCUGGUUGAGAGUUGGGGGCUGGGAAGGGCGGGGCCCUGCCUGGGGAUCUCAAGGAUGAGGCCCCAGCAUGGAGGAUUGGGGGUAGAAUUCCACCCUUGAACCCCAGCAGACAGUCCCUCCCCUGACUCCCACCUUGGUAGGGUGCUGCCUCAGGGAGCCAUAGAAGUCGGCUGUGUUUUGAGACGGCGACAGAACCUGACCCGUGGAGACUGGGAGAGCCCAGCAGGCACCUGUAUUGCAGGGCUCCGACUGCAUGUGGCAGGGGCUCCUGCUGCGUCUGGGCCUGGAGGUCUCUCUCCCAGUGCUCUGUCCCCAGUGUUCCUAGCAGAGGUAUGCUUACCAGCUGUCAGCACAGACCCUCCUGCUGCCUGGGUCCUGGCCCUCCUCCCCCAUCUGCACCCCCAUCAUAGGUAGAGACCCCACCCUCCCAUCGGUCCUACAUGGGGCUGUGCAGCUGGAGCCAAAAAGGCAAGGUAGAAAGAGGAGUGAUGGGGGAGGGGGAUUGUUUCAGCUUCUCUGGUGCUGUGAUGCCCCAGGAGAGUCCUAAUCUAGGGAAUGGGGUGGAGUAGGCAGAUAAUCCACCUCCCUAUCCCCCAGGCAAGGGCGGAGCAUGUGUCUUGGGCCCACACCUGCUUAGUUUAUGAGGACCGGCUGCUUUCCAGUGGUAGCCCUUUUGCCAUGGAGGUCUGGGAGAGAGAGCAGAGGGCGGCAGGGCUAAGUUGGUGAUCAUUGGGUUCUUCAGGACCUUCUAUAUCCCUCCUCGGUAACCCCCCAGCCCAACCCCUUGGAAUCUUUCCUCCAGGCUUCCUGAGAGCCCUGGGGGUGGGAGGCUGUGGGAGGCUGUACAUCUGAAAUUCACUUCAGUCCAAGUCAUACCUAGGAAGCUGUCUGGGCAGCUGCUCGAGGGAGGCCCUGGCUCUGAUCCCAGGCUGGAUGGAGUGGCUGGAAGGAAUGGUUCCAAACAACACCACCGAGAUCUCCCUCAGGCUGGCCAGGUUUUGCAGCUGGAAUUCUCCUCUUGGUCCCAGGGCGGGGCAGGGAAUUCUAAGUGUCCACCCCAGGGAGGCAAGGGGCUGCUUUCCACUGUGGGUACCUGGUGAUCAGGGCAAGCUGUGGAGGGCCAGGGGUGGGGCUGAGACUGGGCUGACAUCUAGAAUCACCUGCCACCUGGAGCCUCAGUAAAAUGCCUGGGGUCCCUGCUGCCUCUCAAUCUCCAGAGCCAUGUCCAUGGGGAGGUGGGCUCUGAAGGGCGAAGGUGGGAGAGCAGGGCCCCUGAGGCCUGGGUAUCCAAGGAGGGGCACGUGCACCUGAUUCUCCUUGGGGCCCAGAGGAAGCUGAUGUCAUGGCUGGACAAAGUCACGGAGUAAAGCCAGCAAAGCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1154.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1198.36
Frequency: 0.0000
Diversity: 437.25
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((....((((.(((.(((((((((((((((((...(((((((..(((((.......(((((.(((((((((((.........((..((((((((.(((((.(((......)))....))))).).(((..(((((((((((((............)))))....)))))))).)))...........((((((((((...(((((((((((((.(.((((....(((....))).((((((((((......))))))))))......((((((((((...(((((.....((((.((((....)))).))))((......))....)))))...(((((.(((.((((((((.((...(((((.(((....(((((...((((..(((.......(((((((....(((((.((((....))))))))))).))))).....)))..)))))))))((((((((((((((((((((..(((((((((......(((....)))..((((........)))).......(((.(((((((..((((((..(((..(((((.((((((...(((((((..((..(((.(((((.........(((......)))..((((.((....(((......)))....)))))).....))))).))).))..))))))).....))).))).)))))..)))..))))))))))))).))).(((((((((((((.((((..((........))..))))))))))))).))))))))))....(((((.(.....).)))))..))).)))))).........)))))))....((..(((((...((((((((....)))))))))))))..)))))))))..))).))))).))))))))))))).))))))))))))))))))).).))).)))))))))).....((((((.((((((((.(((((((((((((((((((........)))))).))((((..(((.(.(((.((((((......))))))))).)..))).))))...((.(((....)))))....((((..((((.((((.(....).)))).))))..)))).......))))....))))))))))))....))).))))))...((((.((((((((....)))).)))).).)))..........((((.....))))))))))))))....))))))).)).......))))))))))).)))))((.((((((((((.(.((((((((((..(((((((((...)))))...(((((.(((((....))))))))))((.(((.((.((((((((........)))))))).)))))))......)))).))))))))))).)))..))))))).)).))))).)))))))......((((.((((........)))))))).(((((((......((((((((((((((.((..(((((.((((((..((((((((((...(((.....)))))))).)))))))))...)))))))..))...)))))))))).)))).....))).))))........((((....)))).)))))))))........)))))))).))).)....)))(((((((((((((((((((((((((.....((((.((((.............))))))))))))))..)))))(((...(((.....)))..)))............))))))))))))))......(((((((((((((.........((((((((((((((......((((((....((((((.((......)).))))))))))))((((((......))).)))(((((((((((((((((((((..((((.(((..(((..(((((.(((((..(((((((((((((((.(((..(((((((((((.((((((...(((((.(((.(((((.((..((.(((....((((((....)))))).....)))))..)).))......))).)))....)))))....)))))).)))))))))))......((((((((...(((.(((.((((.((((......(((((......)))))....))))...))))...((((((((((.(((((....((((((((.(((((........))))).(((.(((.(((..(((((.......)))))..).)).))))))...)))))))).))))).)))).....))))))(((((((.((((((.(((....))).))).)))))))))).))).))).)))))))).))))))))))))....)))))).))))).)))))..))).))))))).)))((((.(((((((((((..(((..(((((......)))))..))))))))).)))))..))))........((((((((.(((((((..((((((..((((((((((((.(((....))).)).)))))))..)))......)))))))))))))))))..)))).)))))..))).....))))))))))....)))))))).))))))))))).))))))))...(.(((((......))))).))))).....)))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((((.,{{((((,{{(,{((((((((((((((((.{{(((((((..(((((.......(((((.(((((((((((......,..((..((((((({.(((((.(((......)))....))))).|{((,,{(({{{{||||{{{,,,.........,}}}}....))||||||{|}}.{{{.......,|||{{||||,,,|((((((((((((.(.((({,...,{{..,.|||,.,((((((((......})))))))))}}...,((((((((((...(((((.....((((.((((....)))).)))),,......,}....)))))...(((((.(((.((((((((.((...(((((.(((.,,.(((((...({((,.(((,.,....(((((((....(((((.((((....))))))))))).)))))...}}))),.)))))))))||((((,(((((((((({({,,|||((((((.,,,..{{{...,)}}..((((........)))).......(((.(((((((..((((((..(((..(((((.((((((...(((((((..((..(({.(((((.........(((......)))..(((,,((....(((......)))....)))))).....))))).)),.))..))))))).....)))},)).)))))..)))..))))))))))))).))).(((((((((((((.((((..((........))..))))))))))))).))))))))))..,.(((((.{.....}.))))).|||||,,,,,}.....,,,.)))))))...|{(..(((((...((((((((....)))))))))))))..)))))}}}}..))).))))).))))))))))))).))))))))))))))))))).).)))})))))))))}.....((((((.((((((({,(((((((((((,.((((((........)))))).||({((.,({{.,,{{{.{{{{({......}))))}}}}.,..}}}.)))}...((.(((....)))))....((((..((((.((((.(....).)))).))))..)))).,,,,..))))....)))))))))))),...})).))))))...,,||.((((((((....)))).)))).((({{{..,.{{{,.{{((.....)})))),,,)))))))}.))))))).))..,....))))))))))).)))))((.((((((((((.(.((((((((((..(((({((((...)))))|||(((((.(((((....))))))))))||.(((.((.((((((((.{....,.)))))))).)))))}}......)))).)))))))))),})))..))))))).)).))))).)))))))......((({{((((........)))))))).(((((((.....,((((((((((((((.((..(((((.((,(,,..((((((((((..{({{....,)}}))))).))))),,,,...)))))))..))...)))))))))).))))}....))).))))..{{{{..,,,,}}}},,}),)))))))))........)))))))),}))})|,,.|||(((((((((((((((((((((((((.....((((.((((.............))))))))))))))..)))))(((...(((.....)))..)))............))))))))))))))......(((((((((((((.........((((((((((((((......((((({...,((((((.{(......)}.))))))))))))((((((......))).)))(((((((((((,(((((.(((..((((.(((,.(((..(((((.(((((..(((((((((((((((((((..(((((((((((.((((((...{((((.({..(((((.{(..((.(((....((((((....)))))).....)))))..)).||....,,}}.}))))..))))))....)))))).)))))))))))......(((((((({({(((.(((.((((.((((......(((((......)))))....))))...))))...{(((((((((.(((({.,{.((((((((.(((((........)))))|(((.(((.(((..(((((.......)))))..)},).))))),.,.,)))))))}))))).)))).....)))))}(((((((.((((((.(((....))).))).)))))))))).))).)))))))))))).)))))))))))),...}))))).))))).)))))..))),))))))).))),,||}||{{(((((((..(((..(((({......}))))..))))))))).))|||{.||||{{......((((((((.(((((((..((((({.((({(((((((((.(((....))).))}))))))).,}),.},.,,)))))))))))))))))..))))}))))}.}))}....,))))))))))....))))))))}})))))))))))))))))))...|.,{|||,,,...})}))}})))).....)))))......
Back