Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001159699.2
Sequence Length
2286 nt
GC Content
0.4589
AGCCUUAUCAGCUGGGGUUGAGGGAAGACUGGUCUAGGUGCUGCUCCUGAACUUGGUCUCUGAGCCAUGGCUUCCCAUAGACACUCAGGUCCCUCCAGCUACAAGGUGGGCACCAUGGCGGAGAAGUUUGACUGCCACUACUGCAGGGAUCCCUUGCAGGGGAAGAAGUAUGUGCAAAAGGAUGGCCACCACUGCUGCCUGAAAUGCUUUGACAAGUUCUGUGCCAACACCUGUGUGGAAUGCCGCAAGCCCAUCGGUGCGGACUCCAAGGAGGUGCACUAUAAGAACCGCUUCUGGCAUGACACCUGCUUCCGCUGUGCCAAGUGCCUUCACCCCUUGGCCAAUGAGACCUUUGUGGCCAAGGACAACAAGAUCCUGUGCAACAAGUGCACCACUCGGGAGGACUCCCCCAAGUGCAAGGGGUGCUUCAAGGCCAUUGUGGCAGGAGAUCAAAACGUGGAGUACAAGGGGACCGUCUGGCACAAAGACUGCUUCACCUGUAGUAACUGCAAGCAAGUCAUCGGGACUGGAAGCUUCUUCCCUAAAGGGGAGGACUUCUACUGCGUGACUUGCCAUGAGACCAAGUUUGCCAAGCAUUGCGUGAAGUGCAACAAGGCCAUCACAUCUGGAGGAAUCACUUACCAGGAUCAGCCCUGGCAUGCCGAUUGCUUUGUGUGUGUUACCUGCUCUAAGAAGCUGGCUGGGCAGCGUUUCACCGCUGUGGAGGACCAGUAUUACUGCGUGGAUUGCUACAAGAACUUUGUGGCCAAGAAGUGUGCUGGAUGCAAGAACCCCAUCACUGGGUUUGGUAAAGGCUCCAGUGUGGUGGCCUAUGAAGGACAAUCCUGGCACGACUACUGCUUCCACUGCAAAAAAUGCUCCGUGAAUCUGGCCAACAAGCGCUUUGUUUUCCACCAGGAGCAAGUGUAUUGUCCCGACUGUGCCAAAAAGCUGUAAACUGACAGGGGCUCCUGUCCUGUAAAAUGGCAUUUGAAUCUCGUUCUUUGUGUCCUUACUUUCUGCCCUAUACCAUCAAUAGGGGAAGAGUGGUCCUUCCCUUCUUUAAAGUUCUCCUUCCGUCUUUUCUCCCAUUUUACAGUAUUACUCAAAUAAGGGCACACAGUGAUCAUAUUAGCAUUUAGCAAAAAGCAACCCUGCAGCAAAGUGAAUUUCUGUCCGGCUGCAAUUUAAAAAUGAAAACUUAGGUAGAUUGACUCUUCUGCAUGUUUCUCAUAGAGCAGAAAAGUGCUAAUCAUUUAGCCACUUAGUGAUGUAAGCAAGAAGCAUAGGAGAUAAAACCCCCACUGAGAUGCCUCUCAUGCCUCAGCUGGGACCCACCGUGUAGACACACGACAUGCAAGAGUUGCAGCGGCUGCUCCAACUCACUGCUCACCCUCUUCUGUGAGCAGGAAAAGAACCCUACUGACAUGCAUGGUUUAACUUCCUCAUCAGAACUCUGCCCUUCCUUCUGUUCUUUUGUGCUUUCAAAUAACUAACACGAACUUCCAGAAAAUUAACAUUUGAACUUAGCUGUAAUUCUAAACUGACCUUUCCCCGUACUAACGUUUGGUUUCCCCGUGUGGCAUGUUUUCUGAGCGUUCCUACUUUAAAGCAUGGAACAUGCAGGUGAUUUGGGAAGUGUAGAAAGACCUGAGAAAACGAGCCUGUUUCAGAGGAACAUCGUCACAACGAAUACUUCUGGAAGCUUAACAAAACUAACCCUGCUGUCCUUUUUAUUGUUUUUAAUUAAUAUUUUUGUUUUAAUUGAUAGCAAAAUAGUUUAUGGGUUUGGAAACUUGCAUGAAAAUAUUUUAGCCCCCUCAGAUGUUCCUGCAGUGCUGAAAUUCAUCCUACGGAAGUAACCGCAAAACUCUAGAGGGGGAGUUGAGCAGGCGCCAGGGCUGUCAUCAACAUGGAUAUGACAUUUCACAACAGUGACUAGUUGAAUCCCUUGUAACGUAGUAGUUGUCUGCUCUUUGUCCAUGUGUUAAUGAGGACUGCAAAGUCCCUUCUGUUGUGAUUCCUAGGACUUUUCCUCAAGAGGAAAUCUGGAUUUCCACCUACCGCUUACCUGAAAUGCAGGAUCACCUACUUACUGUAUUCUACAUUAUUAUAUGACAUAGUAUAAUGAGACAAUAUCAAAAGUAAACAUGUAAUGACAAUACAUACUAACAUUCUUGUAGGAGUGGUUAGAGAAGCUGAUGCCUCAUUUCUACAUUCUGUCAUUAGCUAUUAUCAUCUAACGUUUCAGUGUAUCCUUACAGAAAUAAAGCAGCAUAUGAAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-701.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -744.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 506.12
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((..((((.(((.(..((((.....((((((((((((((...((((((((((((((((.(((((....)))).)...))))((((((.((........)).))).))).((((((..........))))))...((((((((...))))))))((((((.(((.(((((....((((((((.((.((.(((((...((((((((((...(((((((((....((((.(.((((.(.((((..(((....)))))))).)))).).))))))))....))))).......(((((..(((..((....)).)))....)))))..(((((((((((((..((....))..))))))((((........))))(((((.....)))))((((.(((.((...))))).))))..)))))))..)))))).))))..))))).))......((.....))....)))).)))))).)))))...))).)))).))(((((...))))).((((((((((((...((((((.((((((((....))))))))))))))))).)))))))))...))))))))))))....))))..))((((.(.((......))).)))).(((..(((((((((....(((((.((((((((((..(((...((((((.(((..(((((((((((((((((((.((((((((((...(((((.(((((((.((.((((((....))).)))...(((((((.....))))))).........((((((((((((((((.(((.((((((((((.....)))).)))))))))((((.......(((((((....((((......(((.......))).....((((((.((....(((..(((((.....)))))..))).)))))))).))))))))))).......))))....(((((..((.((((((....))))))..))...)))))...........))))))((((...(((((...((((((((((....(((.((((((((((((.......(((.....)))........))).))))))))).))).....))))..........))))))...))))).))))...))))))))))........)))))))))...)))))...)))))))))).......................(((((........)))))..))))))..))))))))..(((((((((....)))).))))).)))))....))).))))))..((........))(((((((((..((.......))))))).))))......(((((....))))).((((((.((((((.(((....))).)))))).((((((((........))))))))...................))))))(((((((((((((.(((((....(((..((.(((((((..((((((((((((((((.....(((((.....(((((............(((.((((.............))))...)))............)))))......)))))(((.((((((((.((.(((((((..(((..(((((...)))))...)))..)))))...........)))).)))))))).)))..(((((((((....((((....))))...)))))))))......((((((((....(((((((...............((((((.((....)).)))))))))))))...)))))).)).))))))))....))))))))..((((((((...(((((......))).)).)))))))).......))))))).))..)))....))).))))))))))))))).)))))))))))))((((..(((((((((.(((...((((....))))...)))................(((((....)))))...)))))))))....))))(((((....))))).)))))..))))))))).)))...(((((....)))))))))))))))))..).))).....((((.....))))......(((((...(((((.....(((((((((......)))))))))...)))))...)))))...(((((.......))))).....((((((....))))))((((((((((((((((.(...............).))))))))....)).))))))(((((.(((......))).)))))....))))..))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,({{(,,((({,{|{|{{{({{{,..,{{(({{{((((((((...((((((((((((((((,,((((....)))).)...))))((((((.((........)).))).))).((((((..,....}..))))))...((((((((...))))))))((((((.(((.(((((....((((((((.((.((.(((((...((((((((((...((((({{{,...{((((.(.((((.,.((((,.{((....))))))),.)))).).)))))}}}....))))).,,....(((((,.({{..((....)).))),},.))))}..(((((((((((((.,({....,),,))))),((((......,.))))(((((.....)))))((((.(((.((...))))).)))).,)))))))..))))))},)))..))))).)).........{{...,.,..)))).)))))).)))))...))).)))).))(((((...))))).(((((((({{({,..((((((.((((((((....))))))))))))))}).,)))))))))...))))))))))))|...}}}},,}}((((.(.({......))).))}}.{{{..(((((((((....(((((.((((((((((..(((...((((((.(((.,((((((((((((({(({((.((((((((((.,.(((((.(((((((.((.(((((,..,|})|,|||...(((((((,...,)))))))..,,.{{{{((((((((,,.....(((((.((((((((((.....)))).))))))))).))(({....}}}.,.}))).}))}},,}}.,|(({{....{{{...{{{((((..{((,.{{{((.,{(((((((({{{((,.{{{....))))))))))).)))).},...||{|||,....{{{((..,,.((((((....)))))),,||,,,||||}.,..{{{,...}}}}..,{{{{{{{{{,,...,,{{{{(({{....,||,|||(((((((((.......{{|.....}}}........))).)))))),})}))),,,,,)}})..,..,..,,}})))))).}},)}))))...})))))).)))..,,)),.)))))))))...))))).,.))))))))))},..........,|,,,.,....(((((........)))))..)))))),.))))))))..(((((((((....))))},)))).))))),...))).))))))..((........}}(((((((((..({.......}}))))).))))......(((((....))))).((((((.((((((.(((....))).)))))).((((((((........))))))))..........,........))))))(((((((((((((.(((((....(((..{{.(((((((..,((((((,{{,,,.........}}}}},(((((((({..,,..,,.,,{....|||.,}},,,||.,....|{,,......(({....}}),.,)),,....((((((((((((((((({((.{(((({,..,,,..{{{{|,,,)}}||,{{|,,.,|}}},}|,.|,,....,})).,}}}}}|,.)))}}}|})}}}}}})))}.))))},})),....))))))))).......,,,({(,{{,{(((((,.......,{{{,.{{((((((.{{....}}.)))))))),)))),.,)))),,.,)))))})},,....}}|||||,..{(((((((...(((((......))).)).)))))))),,,,...))))))).}}..)))....))).))))))))))))))).)))))))))))))((((..(((((((((.{{,...{{((....}})}...|||{.........,,}},.{({((....))))),..)))))))))....))))(((((....))))).)))))..))))))))).}}}..,{||||....}||||||,}|})}}}))..}.,}}.,.,.((((...,.)))}......{{(((..,(((((,{.{,(((({{(((....,,}})))))))},.,)))}...}))))...{((({.,.....))))).....((((((....))))))((((((((((((((((.{...............).))))))))....)).))))))(((((.{(({{....))),)))))...,))))..,}},....
Back