Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001159702.3
Sequence Length
2568 nt
GC Content
0.4794
AGUCCGCAGCCGCCGCCGCCACCGCCGCGCCUCGGCCUCGGUGCAGGCAGCGGCCGCCGCCGCCGAGACAGCUGCGCGGGCGAGCAUCCCCACGCAGCACCUUGGAAGUUGUUUUCAACCAUAUCCAGCCUUUGCCGAAUACAUCCUAUCUGCCACACAUCCAGCGUGAGGUCCCUCCAGCUACAAGGUGGGCACCAUGGCGGAGAAGUUUGACUGCCACUACUGCAGGGAUCCCUUGCAGGGGAAGAAGUAUGUGCAAAAGGAUGGCCACCACUGCUGCCUGAAAUGCUUUGACAAGUUCUGUGCCAACACCUGUGUGGAAUGCCGCAAGCCCAUCGGUGCGGACUCCAAGGAGGUGCACUAUAAGAACCGCUUCUGGCAUGACACCUGCUUCCGCUGUGCCAAGUGCCUUCACCCCUUGGCCAAUGAGACCUUUGUGGCCAAGGACAACAAGAUCCUGUGCAACAAGUGCACCACUCGGGAGGACUCCCCCAAGUGCAAGGGGUGCUUCAAGGCCAUUGUGGCAGGAGAUCAAAACGUGGAGUACAAGGGGACCGUCUGGCACAAAGACUGCUUCACCUGUAGUAACUGCAAGCAAGUCAUCGGGACUGGAAGCUUCUUCCCUAAAGGGGAGGACUUCUACUGCGUGACUUGCCAUGAGACCAAGUUUGCCAAGCAUUGCGUGAAGUGCAACAAGGCCAUCACAUCUGGAGGAAUCACUUACCAGGAUCAGCCCUGGCAUGCCGAUUGCUUUGUGUGUGUUACCUGCUCUAAGAAGCUGGCUGGGCAGCGUUUCACCGCUGUGGAGGACCAGUAUUACUGCGUGGAUUGCUACAAGAACUUUGUGGCCAAGAAGUGUGCUGGAUGCAAGAACCCCAUCACUGGGAAAAGGACUGUGUCAAGAGUGAGCCACCCAGUCUCUAAAGCUAGGAAGCCCCCAGUGUGCCACGGGAAACGCUUGCCUCUCACCCUGUUUCCCAGCGCCAACCUCCGGGGCAGGCAUCCGGGUGGAGAGAGGACUUGUCCCUCGUGGGUGGUGGUUCUUUAUAGAAAAAAUCGAAGCUUAGCAGCUCCUCGAGGCCCGGGUUUGGUAAAGGCUCCAGUGUGGUGGCCUAUGAAGGACAAUCCUGGCACGACUACUGCUUCCACUGCAAAAAAUGCUCCGUGAAUCUGGCCAACAAGCGCUUUGUUUUCCACCAGGAGCAAGUGUAUUGUCCCGACUGUGCCAAAAAGCUGUAAACUGACAGGGGCUCCUGUCCUGUAAAAUGGCAUUUGAAUCUCGUUCUUUGUGUCCUUACUUUCUGCCCUAUACCAUCAAUAGGGGAAGAGUGGUCCUUCCCUUCUUUAAAGUUCUCCUUCCGUCUUUUCUCCCAUUUUACAGUAUUACUCAAAUAAGGGCACACAGUGAUCAUAUUAGCAUUUAGCAAAAAGCAACCCUGCAGCAAAGUGAAUUUCUGUCCGGCUGCAAUUUAAAAAUGAAAACUUAGGUAGAUUGACUCUUCUGCAUGUUUCUCAUAGAGCAGAAAAGUGCUAAUCAUUUAGCCACUUAGUGAUGUAAGCAAGAAGCAUAGGAGAUAAAACCCCCACUGAGAUGCCUCUCAUGCCUCAGCUGGGACCCACCGUGUAGACACACGACAUGCAAGAGUUGCAGCGGCUGCUCCAACUCACUGCUCACCCUCUUCUGUGAGCAGGAAAAGAACCCUACUGACAUGCAUGGUUUAACUUCCUCAUCAGAACUCUGCCCUUCCUUCUGUUCUUUUGUGCUUUCAAAUAACUAACACGAACUUCCAGAAAAUUAACAUUUGAACUUAGCUGUAAUUCUAAACUGACCUUUCCCCGUACUAACGUUUGGUUUCCCCGUGUGGCAUGUUUUCUGAGCGUUCCUACUUUAAAGCAUGGAACAUGCAGGUGAUUUGGGAAGUGUAGAAAGACCUGAGAAAACGAGCCUGUUUCAGAGGAACAUCGUCACAACGAAUACUUCUGGAAGCUUAACAAAACUAACCCUGCUGUCCUUUUUAUUGUUUUUAAUUAAUAUUUUUGUUUUAAUUGAUAGCAAAAUAGUUUAUGGGUUUGGAAACUUGCAUGAAAAUAUUUUAGCCCCCUCAGAUGUUCCUGCAGUGCUGAAAUUCAUCCUACGGAAGUAACCGCAAAACUCUAGAGGGGGAGUUGAGCAGGCGCCAGGGCUGUCAUCAACAUGGAUAUGACAUUUCACAACAGUGACUAGUUGAAUCCCUUGUAACGUAGUAGUUGUCUGCUCUUUGUCCAUGUGUUAAUGAGGACUGCAAAGUCCCUUCUGUUGUGAUUCCUAGGACUUUUCCUCAAGAGGAAAUCUGGAUUUCCACCUACCGCUUACCUGAAAUGCAGGAUCACCUACUUACUGUAUUCUACAUUAUUAUAUGACAUAGUAUAAUGAGACAAUAUCAAAAGUAAACAUGUAAUGACAAUACAUACUAACAUUCUUGUAGGAGUGGUUAGAGAAGCUGAUGCCUCAUUUCUACAUUCUGUCAUUAGCUAUUAUCAUCUAACGUUUCAGUGUAUCCUUACAGAAAUAAAGCAGCAUAUGAAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-803.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -852.10
Frequency: 0.0000
Diversity: 669.12
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((.((.(((((.(((..(((((.((....))..)))))..))).))))).)).))..(((((...((((((.(((.((...))))).))))))..)))))..((((((((.......(((((((((((...(((....(((((...........(((((.((((((((((.((........)).))).))).((((((..........))))))...((((((((...))))))))((((((.(((.(((((....((((((((.((.((.(((((...((((((((((...(((((((((....((((.(.((((.(.((((..(((....)))))))).)))).).))))))))....))))).......(((((..(((..((....)).)))....)))))..(((((((((((((..((....))..))))))((((........))))(((((.....)))))((((.(((.((...))))).))))..)))))))..)))))).))))..))))).))......((.....))....)))).)))))).)))))...))).)))).))(((((...))))).((((((((((((...((((((.((((((((....))))))))))))))))).)))))))))....((((...))))(((..(((((......))))).....)))..))))..)))))((((((((....(((((.((((((((((..(((...((((((.(((..(((((((((((((((((((.((((((((((...(((((.(((((((.((.((((((....))).)))...(((((((.....))))))).........((((((((((((((((((((((((((((....((((((.((............)).)))))).....(((....))).)))))))..(((((((..(((....((((((.(((((..(.((.((.((.......)).)).)).)..)))).)..))))))...)))..))))))))))).)))))))...........((((((((....))))..)))).((((..(((((((((((((((((...))).)))))....((((...))))((((((......((...((((........((((((.((....(((..(((((.....)))))..))).))))))))))))....))......))))))...............((((((....))))))(((((((((((.....((((...))))...(((....)))......((((((.......))))))(((((((((.......(((.....)))........))).))))))..)))))))))))..)))).)))))..)))).................))))))))))........)))))))))...)))))...)))))))))).......................(((((........)))))..))))))..))))))))..(((((((((....)))).))))).)))))....))).))))))..((........))(((((((((..((.......))))))).))))......(((((....))))).((((((.((((((.(((....))).)))))).((((((((........))))))))...................))))))(((((((((((((.(((((....(((..((.(((((((..((((((((((((((((.....(((((.....(((((............(((.((((.............))))...)))............)))))......)))))(((.((((((((.((.(((((((..(((..(((((...)))))...)))..)))))...........)))).)))))))).)))..(((((((((....((((....))))...)))))))))......((((((((....(((((((...............((((((.((....)).)))))))))))))...)))))).)).))))))))....))))))))..((((((((...(((((......))).)).)))))))).......))))))).))..)))....))).))))))))))))))).)))))))))))))((((..(((((((((.(((...((((....))))...)))................(((((....)))))...)))))))))....))))(((((....))))).)))))..)))))))))))))...)))....)))))....))))))................((((.....))))......(((((...(((((.....(((((((((......)))))))))...)))))...)))))...(((((.......))))).....((((((....))))))((((((((((((((((.(...............).))))))))....)).))))))(((((.(((......))).)))))))))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((.((.(((((.(((..(((((.((....))..)))))..))).))))).)).))..(((((...((((((.(((.({...})))).))))))..)))))..((((,,,.}}}}.....{((,(((((((...{{{{.{{,,...(((({(((....(((|.{{({{,,|,|{.,,,....|)|)))|}|,.((((((.,,....}..)))))),..((((((((...))))))))})),.||,}|}},,}||},|||.|||,..,,.,{|||||||{,,{|{,,.{({{,,((((((((({.,{{{,,,,(((,.((((((.((((...{{((((((..(((....))).))))))....))...)))).))))))..))),.||,,,,)),,((((((((((((((((((((((((((.,({....,),,))))),((((,.....,.))))(((((.....)))))((((.(((.((...))))).)))).,)))))))....))))},))).)))))((((((((((((((..(((((..(((((..((((((({....,{((({,{{,..,||||,..}))}}.(((((((({{({,..((((((.((((((((....))))))))))))))}).,)))))))))..,,,|....,}}}}||}}.||,,,},||||,|,|{......))).}}}}.(((((((({{((.,...(((((......))))).,.|..}}}}..{((((((..((((.(((((((({(({((.((((((((((.,.(((((.(((((((.((.((((((..{{|,,.|{|...(((((((,...,)))))))}}...}}}}||||||(((,((((((((((((((((((...,((((((,(((,....,},..,}}.)))))},,...(((....))).)))))))..(((((((..(((....((((((,((({(..,.((.((.((.......)).)).)).,..}))),)..))))))...)))..))))))))))).)))))))...........{(((((((....))))..)))},((({{{(((({{{{.{((({{({...})).)))))....,{{{,.,}))}|||{|,.....{{{{,.,..,{{,..,,,{(({..|{{,.,{{((.,,(((((((({{|({,.{{|....))))))))))).)))).,,.,.||||||,....,,,{{.....((((((....)))))){{{{{{{{|{||,,..(({{...}}}}...|||,,.,||,......((((((.......}}}|||(((((({((......,,||,,...|}}........}}}.))))}}.,)})))}}}}}),,)}}}.,}}}}.,))))}},.,},},},,,...,)))))),)))..,,}}..)))))))))...))))).,.))))))))))},..........,{,,,.,....(((((........)))))..)))))),.))))))))..(((((((((....)))),,)))).,,,.{{.,{{{{{((((,(((((((........(((((((((..({.......}}))))).))))......(((((....))))).{{((({.((((((.(((....))).)))))).((((((((........)))))))).....,.............})))))|,,,...........(((,,..,}}......})))))}.))))),))))),},..})))..))))))}))))))))...,...,,.||{...,|||.,}},,,,,......)))...)))))))))).)))))))))))))..)))}|||,((((((((.((.{((((((..(({..(((((...)))))...)))..)))))}.,........}})).)))))))}.}}}..(((((((((....((((....))))...)))))))))(((((((....{,(((((.{((({........{((({.((((((((.{{....}}.)))))))).))))},}}))}.,..))))},},.......,,,||,....,}},,.((((((((((.(((..(((.(((((........,,,...})}))),,).))).)))))).))))))).))))))),)))),,))))))))}},..((({((((|,{{{...((((.,,.}}}}...||||.,,,,..},},,,{,{({{{....))))),..|||}|||||,,..,||{((({{..,,|||}|..,|,|,.,,||,,{{,{|||,,||}))),...}||||||,|{|},,})),......,,,,.((((.....))))......{((((..,(((((,{.{,(((({{(((....,,}})))))))},.,)))}...}))))...{{(({.......}}))}.,...(({{{{.,,,)))))){(((((((((((((((.{...............).))))))))....)).))))))|||||,|(({{....)))})))}}.}}))))),...,.....
Back