Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001160002.2
Sequence Length
1542 nt
GC Content
0.4896
AAACUUGUUGGAACUCCGGGCUCGCGCGGAGGCCAGGAGCUGAGCGGCGGCGGCUGCCGGACGAUGGGAGCGUGAGCAGGACGGUGAUAACCUCUCCCCGAUCGGGUUGCGAGGGCGCCGGGCAGAGGCCAGGACGCGAGCCGCCAGCGGUGGGACCCAUCGACGACUUCCCGGGGCGACAGGAGCAGCCCCGAGAGCCAGGGCGAGCGCCCGUUCCAGGUGGCCGGACCGCCCGCCGCGUCCGCGCCGCGCUCCCUGCAGGCAACGGGAGACGCCCCCGCGCAGCGCGAGCGCCUCAGCGCGGCCGCUCGCUCUCCCCCUCGAGGGACAAACUUUUCCCAAACCCGAUCCGAGCCCUUGGACCAAACUCGCCUGCGCCGAGAGCCGUCCGCGUAGAGCGCUCCGUCUCCGGCGAGAUGUCCGAGCGCAAAGAAGGCAGAGGCAAAGGGAAGGGCAAGAAGAAGGAGCGAGGCUCCGGCAAGAAGCCGGAGUCCGCGGCGGGCAGCCAGAGCCCAGCCUUGCCUCCCCGAUUGAAAGAGAUGAAAAGCCAGGAAUCGGCUGCAGGUUCCAAACUAGUCCUUCGGUGUGAAACCAGUUCUGAAUACUCCUCUCUCAGAUUCAAGUGGUUCAAGAAUGGGAAUGAAUUGAAUCGAAAAAACAAACCACAAAAUAUCAAGAUACAAAAAAAGCCAGGGAAGUCAGAACUUCGCAUUAACAAAGCAUCACUGGCUGAUUCUGGAGAGUAUAUGUGCAAAGUGAUCAGCAAAUUAGGAAAUGACAGUGCCUCUGCCAAUAUCACCAUCGUGGAAUCAAACGAGAUCAUCACUGGUAUGCCAGCCUCAACUGAAGGAGCAUAUGUGUCUUCAGCUACAUCUACAUCCACCACUGGGACAAGCCAUCUUGUAAAAUGUGCGGAGAAGGAGAAAACUUUCUGUGUGAAUGGAGGGGAGUGCUUCAUGGUGAAAGACCUUUCAAACCCCUCGAGAUACUUGUGCAAGUAAGAAAAGAAAUCCUGUGUGUCGCUUAUGUCUAUAACUCCUUGUUUCAGAUGAUUCUAUGUCUCAUGAUGUAUUGUUGCUUUUUUUCCAAUUUUGUUGCAUCAUGUUGAAUAAUGCUGUUUUAUAUGUAGAGUGUUUUAAAACAUUCACACCAUUCGUCAUCACUCCUCUGUCAUAUGCAGAAUUGUUUUUUGCUCUUUUCAAUGUGUGUGAGGUGUUUUUUGUUUUUGUUUUUGUUUUUUGCCAUGUUAUUUAUAGUGUUGCUUUCCUUGUGGUUUUUCUUGUUGUUAUUCAGAAAAGAUGUGCAGAUAUCACAGAGGCCUAUAACUUUUGGUAUCUACUUCUACAUCCAAUGUAUGAAUUAAGCUGUAAGAUAAUGUUGCUUUCUUAUCCCAGUGAUCACCUGCCAAAUGAAUAAGACAACAAAGAGAAGCAGAAGGGCAGAAGAUUAUUUACUGACAUAUAUCUAUUACACUUGGGAUUGUCUUACUGUUGCAUAACUAUUUUUUAAACGGAGUUUAGUUUUAUAUUGCUAGUAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-496.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -525.66
Frequency: 0.0000
Diversity: 363.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........(((((((((((.(((((.((((((..(.((((.((((.((((.((.(((..(...(((((((((.((.(((((((....)))....(((....)))..(((.(((((((((.(....(((.(((((.(.((((((..((((((...)))))).....(((.((((((..(....)..)))))).)))....)))).)).).)).))).)))).))))..)))))..)))))))..)))))))))))....)....))).)).)))).)))).)))).)..).))))).)))))))).((((..........))))((((((.....((((((...........((.(((((((....((((((.(.(.((.((((..((......))..)))))).).).))))))..))))))).))......((((((((((((((.((((((((((((.....(((.(((((((((.....))))))))))))(((((((.......)))).)))..(((((((..((((((((((.((((((((..((((((.......)))))).............((((((((.........(((((((((((((.((((.((...((((((((..((....))...))))))))...................................((((((.(((((....)))))((.........))....)))))))).)))))))))(((((((((((.((((((((((((...((((((((((((((..........((((....((((((((((((((((.......((((....))))......(((((((.((....)).)))))))............(((....))).(((((....))))).......(((.((((((......)))))).))).....((((((..((......(((.....)))...))..)))))).(((((...(((((....((..........))...)).)))...))))).......)))))).....)))))))))).....))))))))))))).....)))))...))))))).))))).))).............)))))))))))))))).......))))))))...............(((((.....)))))...))))))))))).)))))))..).).))))).)))))))))))).)))))).))))))))((((((...(((((.((.((.(((((.((.(((((.(((((((((((((....((.((..(((((((((.((((........))))))))))))..((((((((...))))).)))....(((((((((...........)))))...)))))..)).))......)))))..)))))))).))))).)).))))).)))).)))))....)))))).............)))))))))))).........................))))))))(((........)))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,......(((((((((((.(((((.((((((..(.((((.((((.((((.((.(((..(...(((((((((.((.(((((((....)))||,{(((....)))..{{|,||((({(((((...{(((,(((((.(.((((((.,((((((...)))))).,...{((.((((((..(....)..)))))).))}...,)))).)).),)))))}.,}))})),,..,))))}.))))))).,)))))))))))....}....))).)).)))).)))).)))).)..).))))).)))))))),{{{{,,{,,......}}|(((,,......||||,,...,|,,.}},||.(((((((....((((((.(.(.((.((((..({......)},,)))))).).).)))))).,))))))).}}...,,.((((((((((((((.(((((((((((,.....(((.(((((((((.....))))))))))))(((((((.......)))).)))..(((((((,.((((((((((.((((((((..((((((.......)))))).............((((((((....{({..(((((((((((((.((((.((,.,((((((,,..,,..,,}}...})))})),.........,,,,,.....................((((((.(((((....)))))((.........))....)))))))).))))))))|(((,(((,(({.((((((((((((.{.((((({((((((((..,.,.....((((....((((((((((,{{(((.......((((....)))),,,,..{{|{{||.((,,,.||,||||}}}...........,((,....}}),(((((....)))))...,,.,(((.((((((......)))))).))),.,,.((((((..((......(((.....)))...))..))))))}}}}||}.}}}||,.,,.,,...,,.....,},,,},,})),,.,|}||..,,,..}}}))),.,,.)))))))))).....))))))))))))).....))))).}.))))))).))))).})).}}},,},,.,..,,,,,}},))))))))...}}}.))))))))...............(((((.....)))))...)))))))))))))))))))..).).))))).,))))))))))).)))))))))))))))((((((...(((((.((.((.(((((.((.((((({(((((((((((((.....{.{(,(,((((((((.((((........))))))))))))..{(((((({...})))).))}....(((({{{((,,,........}))))},.))))}.,}}.}),,....))))),.,))))))),)))))})).))))).)))).)))))....)))))).............,))))))}))))}.,,,},}}...,,...........))))))))||{,,......,,,.,,.......
Back