Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001160007.2
Sequence Length
1491 nt
GC Content
0.4903
AAACUUGUUGGAACUCCGGGCUCGCGCGGAGGCCAGGAGCUGAGCGGCGGCGGCUGCCGGACGAUGGGAGCGUGAGCAGGACGGUGAUAACCUCUCCCCGAUCGGGUUGCGAGGGCGCCGGGCAGAGGCCAGGACGCGAGCCGCCAGCGGUGGGACCCAUCGACGACUUCCCGGGGCGACAGGAGCAGCCCCGAGAGCCAGGGCGAGCGCCCGUUCCAGGUGGCCGGACCGCCCGCCGCGUCCGCGCCGCGCUCCCUGCAGGCAACGGGAGACGCCCCCGCGCAGCGCGAGCGCCUCAGCGCGGCCGCUCGCUCUCCCCCUCGAGGGACAAACUUUUCCCAAACCCGAUCCGAGCCCUUGGACCAAACUCGCCUGCGCCGAGAGCCGUCCGCGUAGAGCGCUCCGUCUCCGGCGAGAUGUCCGAGCGCAAAGAAGGCAGAGGCAAAGGGAAGGGCAAGAAGAAGGAGCGAGGCUCCGGCAAGAAGCCGGAGUCCGCGGCGGGCAGCCAGAGCCCAGCCUUGCCUCCCCGAUUGAAAGAGAUGAAAAGCCAGGAAUCGGCUGCAGGUUCCAAACUAGUCCUUCGGUGUGAAACCAGUUCUGAAUACUCCUCUCUCAGAUUCAAGUGGUUCAAGAAUGGGAAUGAAUUGAAUCGAAAAAACAAACCACAAAAUAUCAAGAUACAAAAAAAGCCAGGGAAGUCAGAACUUCGCAUUAACAAAGCAUCACUGGCUGAUUCUGGAGAGUAUAUGUGCAAAGUGAUCAGCAAAUUAGGAAAUGACAGUGCCUCUGCCAAUAUCACCAUCGUGGAAUCAAACGCUACAUCUACAUCCACCACUGGGACAAGCCAUCUUGUAAAAUGUGCGGAGAAGGAGAAAACUUUCUGUGUGAAUGGAGGGGAGUGCUUCAUGGUGAAAGACCUUUCAAACCCCUCGAGAUACUUGUGCAAGUAAGAAAAGAAAUCCUGUGUGUCGCUUAUGUCUAUAACUCCUUGUUUCAGAUGAUUCUAUGUCUCAUGAUGUAUUGUUGCUUUUUUUCCAAUUUUGUUGCAUCAUGUUGAAUAAUGCUGUUUUAUAUGUAGAGUGUUUUAAAACAUUCACACCAUUCGUCAUCACUCCUCUGUCAUAUGCAGAAUUGUUUUUUGCUCUUUUCAAUGUGUGUGAGGUGUUUUUUGUUUUUGUUUUUGUUUUUUGCCAUGUUAUUUAUAGUGUUGCUUUCCUUGUGGUUUUUCUUGUUGUUAUUCAGAAAAGAUGUGCAGAUAUCACAGAGGCCUAUAACUUUUGGUAUCUACUUCUACAUCCAAUGUAUGAAUUAAGCUGUAAGAUAAUGUUGCUUUCUUAUCCCAGUGAUCACCUGCCAAAUGAAUAAGACAACAAAGAGAAGCAGAAGGGCAGAAGAUUAUUUACUGACAUAUAUCUAUUACACUUGGGAUUGUCUUACUGUUGCAUAACUAUUUUUUAAACGGAGUUUAGUUUUAUAUUGCUAGUAAAAAAA

Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-481.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -509.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 377.03
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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