Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001160042.2
Sequence Length
2252 nt
GC Content
0.5497
AGUUGGCGCCCAUGGAGCCAGAGCUGCUGGUUCGGAAGGUGUCUGCAUUGCAGGUGCGGGGGCGGGCGCGGGGUUCACAGGAUUUUUCCUUUAGGGAAAUCAUGGGGUCUCGUACCUGGACCUCCCAGCGAGAUGCUACCACGUUCAGUCCCCUAACUGCGCGCCAACCUCUGGAGAUACCGGCUGUCCCCAACCGCGCUGAGGAAAGCUGGGACCCACGGACUCCCUGCCCUGCGCGUCCCCACUCCCACCACACGCUCGCGCCGGAUCAGGGAAACGGGAAGAGCCUUAAGGCCUGCGUCCGGGGCUUCUUGGUCCGACGCCAGUUCCAGAGCCUGCGAGCUGAGUAUGAGGCGAUUGUACGAGAGGUCGAGGGCGACCUGGGCACGCUUCAGUGGACCGAGGGCCGCAUUCCCAGGCCGCGAUUCCUCCCAGAGAAGGCAAAAUCCCAUCAGACCUGGAAAGCAGGAGACAGGGUAGCAAAUCCAGAGCAGGGGCUGUGGAACCACUUCCCAUGUGAAGAGUCUGAGGGAGAGGCCACCUGGGAGGAGAUGGUGCUGAAGAAGUCAGGAGAGAGCUCAGCAAAUCAAGGAAGCCUCUGCAGAGAUCACAGCUCCUGGCUUCAGAUGAAGCAGAACAGGAAACCCAGCCAAGAGAAGACCAGAGACACGACAAGGAUGGAGAAUCCAGAAGCCACAGAUCAAAGACUGCCCCACAGCCAACCUCAGCUUCAAGAGCUUCAGUACCACCGCAGCCACUUGGCCAUGGAAUUGCUGUGGCUGCAACAGGCCAUCAAUAGCCGUAAGGAGUACCUACUUCUUAAACAAACACUGAGAUCCCCAGAGGCGGGCCCGAUCAGAGAGGAACCCCGCGUGUUCCUAGAACAUGGGGAACAGGCCUGUGAGAGGGACCAGUCACAACCAAGCGCACCACUGGAGGACCAGUCCUACAGAGACAGGACCACUGGAGAGCUAGAACAGGAGGAUGACUCCUGUCACAGGGUCAAAUCACCCCACAGAUCCCCAGGAAGUUUGGCCACUACACAAAAAAACAUUGCUGGGGCUAAGUGCAGAGAACCAUGCUACAGCAAGUCUGGACCACCGUCGUCUAUACCAUCAAACAGCCAGGCCUUGGGGGACAGGCUCACCAAAGGGCCAGACGAUGGAAGACAGACCUUUGGAGGGACCUGCCUGCUGCAGAUGAAAAUCCUGGAGGACCAGACCCCCAGAGGUUUAAAACCUAGGAACCAUUGUCCCAGGAAGUCCAGGACACAGCUGUCUGCACUCUAUGAGGACUCAAAUAUUAAGGAGAUGUCUCCCAGAAAACUAGACCACAAAGAGCCUGACUGCCGAACAGUCAGGACACAAGAGUUGGGCCUCUCAGAGGACCACAUCAUCUGGGAUGGUACCUUGGGGGGGCCAGAGCAUAGUGUCCUCGAUCUCUGGAGGACUAAACCACCCAAAGGCCAGGCCCCCACUGAUAGAAGCUCCAGAGAUGGAACCUCCAAUGAGCCUAGUCAUGAAGGACAGAAAAAGCAGAGGACUAUACCAUGGAGAUCAAAGUCACCUGAGAUUCUGUCUUCUACAAAGGCAGGCUGUACAGGAGAGGAACAGUGGAGGGGCAGGCCAUGGAAAACAGAACCACCUGGCUAGACCCUAGGAAGCCAGGAGAGGAUCAGGUUCCAAAGGGGAAUGCUAUGAAAGGGCAGUGAGACAAGACCUCAUCCUACCUCCCUGACCAGCUCUGGCUUCUGCUCCUGCCCCUGGCCAUUGGUGACUAGUGGGGCCAAGAGAAGCUGGAGCAGAGAGCUGGCAUGAGUAUAGGGAAGGAGGAAGGACACAUUUUCAAUCCUCUGCCUGUAGCUCAAUCCAAAUUUGUGGAUAAGGGGCCGGGUGCAGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGAGUGGAUCACCUGAGGUCAGAAGUUUGAGACCAGCCUGACCAACAUGGUGAAAUGAAACCCCAUCUCAACUAAAAAUAUAAAAAUUAGCCAGGCGUGGUGGUGCAUGCCUGUAGUCCCAGUUACUCGGGAGGCUGAGACAGGAGAAUCGCUUGAACCCAGGAGAUGGAGAUUGCAGUAGGCCAAGAUGAUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCUACAGAGCGAGACACGGUCUCAAAAAACAAAUGUGUGGCUAAGGAGUUACCUGGGGGAAGUAGAAUGAGAGGUCUGUUGGGAAUAAAGGUUUUUCUUAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-860.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -898.88
Frequency: 0.0000
Diversity: 381.80
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((.((..(((((((.....))))))).....((((((((...))))))))(((((((((((.((.........((((((((.....)))))))).(((.((((((...((((.....)))))))))).))))).))))).))))))....)).)))))))).((((..(...((((((.(((.((.......)).))).))))))...)..)))).((((((.((.(((((.....................))))).))..))))))...((((((((((((..((((((.(...(.((((.((((((((.(((((((((((((...))).)))))).)).(((((((..(((.....((((((....))))))..)))))))))))))))))))))))).)...).))))))((.(((((((((((.(..(((....((((.((((((((.....(((((.((.(((((......((((.(((....))).))))))).)))))).)))..)).))))))))))...))).)))))))))).)).))((((..((..((.(.((((.((((...........).))))))).).))..)).))))((((((((((....)))))....)))))..((((((.......(((((.............((((.....))))..................(((((((((.(((...(((((((((...)))))(((((......((((((((..(((.........)))))))))))....(((........))).((((((((....)))))))).......))))).(((..(((((((((((((..((((((.((....))((.(((((((........))))))).)).(((((..(....)..))))).((((((......((((.(((.(.(((((........)))))..((((....)))).(((((((.....)))))))....((((......))))....).)))))))...))))))..................((((((.(((...((.......))...))).))))))(((((.....(((((((((.................((((((..((((.....)).))..)))))))))))))))....))))))))))).))).))))))).)))..))).......((((.((......)).))))(((((...))))).((((((...(((((.(((.(((.(((((((.((.....)).((((.((.((.((..........((((....)))).........)).)).)).))))((((((((.....))))))))........(((.((((((((.((((((((..((....))..)))).)))).))))))))..)))...))))))).))).))).).))))........(((..((((.(.(((((((((........((((....))))..((((....(((((.(((.((.(((((((((....(((..((((................))))..)))...)))))))))...))..)))))))).....)))).....)))))).))).).)))).)))......((.((.(((((((...((...)).)))))))...)).)).))))))...))))...))).))...)))))))..........(((((.((((.((((((.((((((((.(((((.((((((((((((.(((...))).).....)))))..)).).))).)))))..))))))))))((((((((((...((((((..((.......))..)))))).))))).)))))(((((......)))))......((((((((..((((.(((((.(((..((((((....))))))((((.((((((.....))))))..)))).....(((((((((..((((((((...))))((.(((......))).)).................(((((((((((((......)))))))....((((........))))))))))..)))).(..((((((...((((((...(((((..((((((.(((.........)))))))))))))).)))))).....))))))..)..)))))))))..)))...)))))))))..)...))))))))))).)))).))))).)))))))))))....))))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((.((((((..{.(((((((.....))))))).}..)))))).))..{((.(((..(((((((((((((.((((...,((({,{((((|...}))))}...(((.((((((...((((.....)))))))))).)))....,...,})))...)))).)))))).....((((.....)))),))))))).)))))}((((((((((((....((((({{{(((.(((((((.,((((((((..((((.{({({.((({,,.((({,((,{{,,..}||,..},})},...{{||||,}||,||{||,,((((((((,,{{((((((((((...))).)))))).)).(((((((..(((.....((((((....))))))..)))))))))),)))))))))((((.........)))).....(((((((((.{..(((....((((.((((((((.....{{{{{.{(.(((({......((((.(((....))).))))}}}.))}))).)))..}}.))))))))))...))).})))))))))|.(((((((((((((((((((((.{,.(((.(((.....{{{...}}).))).))).}}....)))))))))))...((((((.{,...((,..,||,.{{........................||,|}}...,)))........,,,......,.|||.....,,}......)}.))))))....,))))))))))..((((((((..(((.{......,)))))))))))....(((........))).((((((((....))))))))........,{|.|.,||||,},.|||||||{.........||...}))||,((((({{.,,,,,}})))),)},)),)))).}.)))}(({({...........,....})))).((...((((({.(((((({(((({,((((..,.,((.{.(((((((.....)))))))}...((((......)))),,,....((((((.((((((...............)))).)).)))))).,..|||{{{,......,,,.{((((..((((((((..(((((((((.................((((((,{(((.....})).)),.,)))))))))))))).....((((((((((.(((..(((..{.((.(((((....)),})).)).,.))).)))))))))))))....(((.(((.,....,))).)))..)))))))})...)))))}})))|{((.((.((.((......,,..((((....))))..,......}).)).)).))}}((((((((.....)))))))).,......,||,((((((((.((((((((..((....}},.)))).)))).))))))))},}}).))))))))).}.)))))).})))))...))..,,...((((.(.(((((((((........((((....)))).{((((..,.(((((.(((.((.(((((((((....(((..((((................))))..)))...)))))))))...}}..)))))))).....)))).,...)))))).))).).)))).{((({..,.((.((.(((((((...((...)).)))))))...)).)).,.))))}..))))},)))......))))))).)}}...,,,{((({(.((((.((((((.((((((({..,,((((((((.(({{(((((({((({...))))}},)))),,).)..)).))))))))))))))))}((((((((((...((((((..((.......))..)))))).))))),}))))(((((......)))))......((((((((..((((.(((((.(({..(((((,....})))))((((.((((((.....))))))..)))).....(((((((((..{|{||{{,...}))}{{.{{{......)}}.}},.||,............,||{,((((((((......))))))))...((((........))))))})}}|||,}}.{..((((((...((((((...(((((..((((((.(((.........)))))))))))))).)))))).....))))))..}..))))))))}..})}...)))))))))..,.},})))))))))).)))).}}))),))))))}})))......)))))))))))).
Back