Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001160109.2

Sequence Length

2058 nt

GC Content

0.6200

AGCAGAGUGGACGCACAGUAACAUGGGCAACUUGAAGAGCGUGGCCCAGGAGCCUGGGCCACCCUGCGGCCUGGGGCUGGGGCUGGGCCUUGGGCUGUGCGGCAAGCAGGGCCCAGCCACCCCGGCCCCUGAGCCCAGCCGGGCCCCAGCAUCCCUACUCCCACCAGCGCCAGAACACAGCCCCCCGAGCUCCCCGCUAACCCAGCCCCCAGAGGGGCCCAAGUUCCCUCGUGUGAAGAACUGGGAGGUGGGGAGCAUCACCUAUGACACCCUCAGCGCCCAGGCGCAGCAGGAUGGGCCCUGCACCCCAAGACGCUGCCUGGGCUCCCUGGUAUUUCCACGGAAACUACAGGGCCGGCCCUCCCCCGGCCCCCCGGCCCCUGAGCAGCUGCUGAGUCAGGCCCGGGACUUCAUCAACCAGUACUACAGCUCCAUUAAGAGGAGCGGCUCCCAGGCCCACGAACAGCGGCUUCAAGAGGUGGAAGCCGAGGUGGCAGCCACAGGCACCUACCAGCUUAGGGAGAGCGAGCUGGUGUUCGGGGCUAAGCAGGCCUGGCGCAACGCUCCCCGCUGCGUGGGCCGGAUCCAGUGGGGGAAGCUGCAGGUGUUCGAUGCCCGGGACUGCAGGUCUGCACAGGAAAUGUUCACCUACAUCUGCAACCACAUCAAGUAUGCCACCAACCGGGGCAACCUUCGCUCGGCCAUCACAGUGUUCCCGCAGCGCUGCCCUGGCCGAGGAGACUUCCGAAUCUGGAACAGCCAGCUGGUGCGCUACGCGGGCUACCGGCAGCAGGAUGGCUCUGUGCGGGGGGACCCAGCCAACGUGGAGAUCACCGAGCUCUGCAUUCAGCACGGCUGGACCCCAGGAAACGGUCGCUUCGACGUGCUGCCCCUGCUGCUGCAGGCCCCAGAUGAUCCCCCAGAACUCUUCCUUCUGCCCCCCGAGCUGGUCCUUGAGGUGCCCCUGGAGCACCCCACGCUGGAGUGGUUUGCAGCCCUGGGCCUGCGCUGGUACGCCCUCCCGGCAGUGUCCAACAUGCUGCUGGAAAUUGGGGGCCUGGAGUUCCCCGCAGCCCCCUUCAGUGGCUGGUACAUGAGCACUGAGAUCGGCACGAGGAACCUGUGUGACCCUCACCGCUACAACAUCCUGGAGGAUGUGGCUGUCUGCAUGGACCUGGAUACCCGGACCACCUCGUCCCUGUGGAAAGACAAGGCAGCAGUGGAAAUCAACGUGGCCGUGCUGCACAGUUACCAGCUAGCCAAAGUCACCAUCGUGGACCACCACGCCGCCACGGCCUCUUUCAUGAAGCACCUGGAGAAUGAGCAGAAGGCCAGGGGGGGCUGCCCUGCAGACUGGGCCUGGAUCGUGCCCCCCAUCUCGGGCAGCCUCACUCCUGUUUUCCAUCAGGAGAUGGUCAACUAUUUCCUGUCCCCGGCCUUCCGCUACCAGCCAGACCCCUGGAAGGGGAGUGCCGCCAAGGGCACCGGCAUCACCAGGAAGAAGACCUUUAAAGAAGUGGCCAACGCCGUGAAGAUCUCCGCCUCGCUCAUGGGCACGGUGAUGGCGAAGCGAGUGAAGGCGACAAUCCUGUAUGGCUCCGAGACCGGCCGGGCCCAGAGCUACGCACAGCAGCUGGGGAGACUCUUCCGGAAGGCUUUUGAUCCCCGGGUCCUGUGUAUGGAUGAGUAUGACGUGGUGUCCCUCGAACACGAGACGCUGGUGCUGGUGGUAACCAGCACAUUUGGGAAUGGGGAUCCCCCGGAGAAUGGAGAGUCUGUCUCCCUGCCAGAAGUGUCUGUCACCACAGAAUAGUUUCGCCUGCUCUAGAACGGCACCUAGAUGGAAGCACGCAGUGUUGCGGCGUCUCCUGCUGAGGCUGUUUUUGAGGCGCACUCGUGUUGCUGCGUGACUCAGUAUUUCACUCAUUCUGCUGCUGAGUGCCGUUCAUUGUGUGAAUAUCCCCAGUUUGUUUACCCAUUCUCUUGUUGGUGACACUUGGGCUGUUUCCAGGUCGGGGCUAUUAUGAAUAAACCUGUUAUGAACAUUCUUGUACCCGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-884.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -920.82

Frequency: 0.0000

Diversity: 587.49

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.((((..(.((((..((...((((...........(((((((((....))))))))).(((.((((.((((((((((...(((..((((((.(((.....))).))))))))).)))))))))).).))))))((((((((((...((((.....(((((((((((((.............((((((((((((..(((.(((((....)))))...(((((..((....)).)))))))).)))))))))).))......((((((((((..((((((((((.(((((......)))))..........)).))))))))(((.(((.....))).))).......(((((((.......)))))))(((((((.((.(((....))).))...)).)))))(((.((((.............(((((.......)))))(((((...(((((........(((((((........))))))).(((((..(((...)))..))))).((((.....))))..((((((.((((((((((.(((((.((((((((..((((...((((((..(((((..(((((((((((..(((.((((.((.....((((((((((((.((...(((.(((((..((((.....((((((...............((((.((....))))))...(((.((((((((...(((((((.....)))))))...)))))))))))..(((((....)))))..(((....)))(((...)))(((((..((((((((((..(((.((((.(((((.((((...((....(((.(....((.((((.(((.....))).))))))..))))))....)))).)))))))).)..)))))))))))))..)))))))))))........))))..)))))..)))...))..)).))))).)).))))).)))).))).)))).))))))).)))))))))))...)))).))))))))...((((((((((((((((.....)))))))))).....))))))..((.(((((.((..(((...(((((((.((........)))))))))...))).)).))))))).(((..((.((((((((...((((((....))))))(((((((((((.((((((((....))))........)))).))))))..(((...((((((.(((..((....))..)))))))))...)))..))))).((((...(((((...((((....))))((((...)))).((((((.(((.((..((((......(((.(((((((.(((((((((((((.(.(((.((((...((......)).))))))))))))))))))...............((((((((((....)))))))))).))).))))))).))).....)))).(((((...))))).(((((......)))))..)).)))...))))))(((.(((((......((((....))))))))).)))..((((.......))))..)))))))))..)))).)))).))..)))..))))).)))))))))))))))).)))))..)))))..((((((.(.(((((((.......((....)).......))))))).).))))))...))))))).))).).)))))).((((....))))...)))))))))))))..............)))).)))))....))))).....(((((.....))))).))))....))..))))).))))..((((((((((((((.....(((((((.((.....))...(((((((((.(((((((((((..((.......))....)))))))...)))).)))))))))((((((((...............))))))))))))))).......(((((.(((.(((..(((.(((.((......)).))))))))).))).))))).)))).))))))))))..........)))))....(((....)))......

Thermodynamic Ensemble Prediction

......((((((...((((..,.((((((..(((((.{..(((((((((....)))))))))((((((((({(((((({(((((((((.,((((((.(((.....))).))))))|||.,}}})))}}}.}.}}}|}}}}})))}}}}}..,{{{{{{({({,{{,(((((((..{..{(((((,,({((((((((((..(((((,,{{{{((((({|....|,|))))).,}.)..}..))))).)))))))))).}}......{({{{{{{{.{{(((((((({{,((,{,.{{{{.,,,,,..}}},....))}))))))))(((.(((.....))).))).......(((((((.......))))))),{{{{{({(({((({{{,|||{,},..||{|,|||{,,..........,.......(((((.......)))))||.|||}.||||.,,|..|}}|||||{{....,,{,|}}|||,.(((((..{||...)))..))))).}}}}}}}}.|.|}}})..))))}}|))))}}.....).,)))))))..|||..,,,}},))))))),,}},.,,,)))))))..))))))))}.)))))))))))..))))...))))))((((({{{((((((...{{{..,,............|,.((((.((....))))))..,{((.((((((((...(((((((.....)))))))...))))))))))}..,((((,,(((((((((((({(((((,(((,..}))}(((.(((((((((((((((({{{{(,{(((((((,,.((((..{(((,(((.,.((((...((((..((((((...))))))...))))...)))).,,))).))))))))||((|((||{{|||||..{{{{.........(((((.......))))),,,,}},.})})){{|||,,((((((.{{{{{|||||(((,{{{{..||||..{{,(((.(((((((((.((((((..((((({((((((((((.....)))))))))).....||||||.{((.{,,,,,||..|||}}}{((((({{((.,......))))))))}...|||,||,||},,,||{|{{.{{,|||{{||{.,.,((({{.,,.||}}||((({{((((((.((((((((....))))........)))).)))))}..{{{..,((((({.(((..((....||,,}}}})))))...}}}.,}})}),}}}...}},.....{((((....))))|{{|}}})}|}||||,,..,|,.|,..((((......(((.(((((((.(((((((((((((.{.(((.((((...((......)).)))))))})))))))))}.,....,........((((((((((....)))))))))).)))}))))))).))).....)))).(((({...))))).(((((......))))){({|,{{{,({(({.,..{.{(((((......(,(({{.{((((({,.,.,.,,,{{{,,,....,))))}})))),)))).,,,,,.,)))}))}.,},.))))}..})),,))).,))))))))))))))).))).,})))}}))))}))))({{{((((((((..((.....((((((((..(((({{{(((,.....}))),}}.,((((({.,(((....))))))))),((((((((....))))))))....)))).))))))))))))))),...{||||}}}},))))),}||}}||{,{{(((((....})))},}|.}}}{||,|}}}}}||,,,|||}}|},|..|||.(({(((({{{.||||{{{{{||,.{|.,..}},)),,,.))))))}...)))}.)))))}))).}},|||....,,,,))))))))))))).)))))((((({...)))))}....))))),{({{{(((,({......)}.)))))))....)))))}}}))))))))))}.,........,,....}))..)))))))))))))......