Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001160417.2
Sequence Length
2139 nt
GC Content
0.5666
AGAGCUGCAAGAAGCACCAGGCUCGGCCACUUCAGAAGCCCCAGCCUCGACCUAGCCCACCCUCUCAGGGCCACAGUGCAGAAGCCUGCACACCUGCCAAGUCUCUCCGACUCCUUGCAGCUGCUGUCAGCAUGGCCCAGGCUCCUGCUGACCCGGGCAGAGAAGGCCACCUUGAACAAAGAAUCCUGCAGGUGCUGACAGAGGCUGGCUCCCCGGUGAAACUUGCCCAGCUGGUGAAGGAAUGCCAAGCACCCAAGAGGGAGCUCAACCAAGUCCUCUACCGAAUGAAAAAGGAGUUGAAAGUCUCCCUCACAUCCCCUGCCACCUGGUGCUUGGGCGGGACUGAUCCUGAAGGCGAGGGUCCUGCAGAGCUGGCCUUGUCCAGCCCUGCCGAGAGGCCCCAGCAACAUGCAGCUACAAUUCCAGAGACCCCUGGCCCUCAGUUCAGCCAACAACGGGAGGAAGACAUCUACAGGUUUCUCAAAGACAAUGGUCCCCAGAGGGCCCUGGUCAUCGCCCAAGCACUGGGAAUGAGGACAGCAAAAGAUGUGAACCGAGACUUGUACAGGAUGAAGAGCAGGCACCUUCUGGACAUGGAUGAGCAGUCCAAAGCAUGGACGAUUUACCGCCCAGAUUCUGGAAGAAGAGCAAAGUCAGCCUCAAUUAUUUACCAGCACAAUCCAAUCAACAUGAUCUGCCAGAAUGGACCCAACAGCUGGAUUUCCAUUGCAAACUCCGAAGCCAUCCAGAUUGGACACGGGAACAUCAUUACAAGACAGACAGUCUCCAGGGAGGACGGUUCCGCCGGUCCACGCCACCUCCCUUCAAUGGCACCAGGUGAUUCCUCAACUUGGGGGACCCUAGUUGAUCCCUGGGGGCCCCAGGACAUCCACAUGGAGCAGUCCAUACUGAGACGGGUGCAGCUGGGACACAGCAAUGAGAUGAGGCUCCACGGCGUCCCGUCCGAGGGCCCUGCCCACAUCCCCCCUGGCAGCCCCCCAGUCUCUGCCACUGCUGCCGGCCCAGAAGCUUCGUUUGAAGCAAGAAUUCCCAGUCCAGGAACUCACCCUGAGGGGGAAGCCGCCCAGAGAAUCCACAUGAAAUCGUGCUUUCUCGAGGACGCCACCAUCGGCAACAGCAACAAAAUGUCUAUCAGCCCAGGGGUGGCUGGCCCAGGAGGAGUCGCAGGGUCUGGAGAGGGGGAGCCAGGGGAGGACGCAGGUCGUCGUCCCGCAGACACACAAUCCAGAAGUCACUUUCCUCGAGACAUUGGUCAGCCCAUCACUCCCAGCCACUCGAAGCUCACCCCCAAGCUGGAAACUAUGACUCUUGGAAACAGGAGUCACAAAGCUGCAGAAGGCAGCCACUAUGUGGAUGAAGCCUCACACGAGGGGAGCUGGUGGGGAGGUGGGAUUUAGUGCACAGCCUCACGUGGGGCUUGGACACAGGCUGGGGGUGGGCGCAUGCUAGGGAGACUAGCCUGCUGCUCUCUGCAUUCCUUAGCGUCUUGUUUGACCUGCUUGCUUCCAGACAUAACCUGCAUGAAUCAGUUUUGGGGGAAUGGACCUGGCAUGGGGAUGGGUUCAGGCCAGGUCUUUUGAUGGCCAGGAGUAGAUGACAGGGAGUUGCCUUGGGGAACCUUUGGUGUGCCAAGAGGAGGUGGGUAGAUGGGAGUGGGGCUCGGUCCCCCAGGCCCAGGGGACUCUCUCCACUCUUUCCUGGGCUCGGGGCAUCUGCCUGGAGUUACCUUCCAUCAUGGCUACCUGCUGUGGUUUGAAUGUUUGAGUCCCAACAAAAUUCAUAUCAAAACAUAAUCCCAACUGGGUGCAGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCGGGCGGAUCAAUAGGUCAGGAAAUCCAGACCGUCCUGGCUAACAUGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAAAAAAAUACAAAAAAUUAGCCGGGCGUUGUGGCGGGCACCUGGAGUCCCAGCUACUCCGGAGGCUGAGGGAGGAGAAUGGUGUGAACCCGGGAGGUGGAGCUUCCAGUGAGCCGAGAUCGCGCCACUGCACUCCAGGCUGGGCGACAGAGCGAGACUCCGUCUCAAAAAAAUAAAUACAUAAAUAAAAAAUAAACCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-832.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -869.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 639.13
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((......))).....(((((.(((.......(((((((..((((..(((.((((((.((((..((((((.((((((....))))))..((((((((((((..(((((((((.(((((.((((((((((((((....(((.((((......)))))))..))))..(((.....)))..........)))))))))).))))).......(((((...)))))((..(((((.((((......(((.(((....))).)))........)))).)))))..))...))))))))).(((((((..(((((((..(((((.(((((((((((((((((.((((..((((.(((.(((((((((.((.(((((......))))).))(((....)))...(((........))).......))).)).)))).))).)))).))))))........((((((............))))))...(((...(((((.....)))))...)))..))))))))))))))).....)).))).....)))))))...))))))).....(((((..(.(((((..(((((.((((..(((((....(((((.....)))))(((((...((((((...)))).......)).)))))(((((((.(((((.....((((......((((...))))(((((((.((((((.(..((..(((((.(((.........((((...(((.......)))...)))).....................((((((((((((((((((...))).))))....(((((.((......))....))))).....((((((.(((...))).)))))))))))))))))....))).)))))..))..)..)))))).))).).))))))).((((.....)))))))))..)))))))......))))).))))))))).))))))..)))))((((((((..((((((((.((((((.(((.((.((((((.....(((((....)))))..(..(((((....((((.......))))...)))))..).((..(((((..(((........)))..)))))..))..((((((...(((...((((......)).))....)))....)))))).))))..)))).))).)))))).))))...))))..)))))))).((((((.....).)))))....(((.............))).........))))).)))).)))..(((((((((..((((.((((((((((((((((..(((.......(((((((((....)))))))))....(((((.....))))).......(((((...(((((.(((.((.....)).)))..)))))...)))))((.((.((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))(((.(((((.....))))).)))(.(((((((.((((..(((.((..((((((.............))))))..)))))...)))))))....)))).)..(((((((((.((((......)))).))))))))))))))))))..))))).)))).(((((.(((.((...)).))))))))))).)))..)))).))))))))).))))..))))))).(((.((((.(((((((((((............))))))))))).)))).))).(((((((((..((((((((((((((.....)))))))).(((((.((((........))))))))).............(((((((((((((((..(((....)))))))..)))))....))))))....((((((((.(..(((.((((((((((...........))))))))....)).)))..)))))))))........................((((((...((..((((((((.((.....))))).)))))..))..))))))))))))....((((((((.(.(((..(.((((...)))).)...))).).))))))))....)))))))))))).)....))))(((((...)))))..................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((.,....,||.,,,{((({{{(({,..,{({.(((((((((({(..({.(((((((.((((..((({((.((((((....))))))....((((((,,((({((((((((((((,((((((((((((.(((....}||,.||||}}}{{.||||,||{{{|||.,((({{{{...,....,{{{.{{{|||||,,((((((((((...{((((({..{{{,{(((((,,,({(((..{({{.{((.(((....))).))}....(({.((({.,.,,....}....)))),))).(((((((..(((((((..(((((.(((((((((((((((((.((((..((((.(((.((((((((({((.(((((,.,,..}}}||.}}}|...,.))}...|||....,}},)}}.......}}).))))))).))).)))).))))))........((((({..,........,))))))...(((...(((((.....)))))...)))..))))))))))))))).....)).))).....)))))))...))))))).....,,.,,..|.||,}}}}}}}}}{((((.((,.,,..}}|||||.}}}.))),)}}})))))).((((...))))...........})))})))))..||,..,,}},))},.......{{...,||||{((({{{,((((({,{,.{{..|||{{.|||,,,......((((...(((.......)))...}))}.....,......,{{,.....((((({(((({(({{(((...}}),,}}}.,{{(({({,((,.....}},...|||}}.....{(((((.(((...})),}))))}}))))))))})},,,))},|||||,.|)|....))))}}.))).{,((((|{,.(((((({..{,.|,.,,.,.||.|||)}}.}||)},))})))||,{(({,,,))}}...{{{((((((((..((((((((.((((((.(((.((.(,(({(,,...(((((....)))))..,..(((((..{,((((.......)))),..)))))..|{((..(((((..(((........)))..)))))..)).,((((((...(((...,(({......)),,,....)))....))))))}))}),.),)).))).)))))).))))...))))..)))))))).))).)}}))})|||||{,....|}|.......{{{(..{{{..{{{|{|{|||||.,|||||||||{|||,{{((||(((|.|||,{,((({(((((.,{({{,......(((((((((....)))))))))....(((((.....))))),,|,.,}}}},,...,((((.,..}})),,,,)))))}})).)))))).,,..(({,,{((((((....))))))})..))).))))))))))))))(((.(((((.....))))).))){{{.....))}..,,,||||((|.|||,|))}.,,,,,,,.,,}}},},...|||},,,},,,},))))))))))}}.||||||||{.||||}}},.}))))}),,,)))))))),,))))}.)))))}).)).)))))))}|.....))))),,})))))))})))..)))).)))))))}|.,||((({{{((,..((({(((,.,,,,,,||||}}}..}}))}}}})},}}}))))).))))}.)),|{{{(({{|..{{{{{{{(((((((.....)))))))}.{({((,((((,.......}},,}}})}..}},,..,,...{(((((((((((((({,({{...}))))))}..)))))....))))))||..((((((((.(..(((.,.((((((((...........))))))))....}}.)))..)))))))))..,,....................||||||,,,||..||||||||},(,,,,,|||||,|||}|..}},.))))),)))}|},,..((((((((.(.(((..(.((({...)))).)...))).).))))))))}}.,))))))))))))))..,.,}))(((((...)))))..................................
Back