Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001161354.2
Sequence Length
2777 nt
GC Content
0.6197
AGCAGAGAGGAAAGAGAAACUGGGAGAGGGAGGAAGGGAGAAAGUGAGAAGGGAAAUCGGAAAGAGAAAAGGGAGGAAACGGCAGAGCCAGAGAGAAAGAGGAAGAGACUGAGUGUGAAGGAGAGAGGACACAGGGGAUGACUGAGAGACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAUGAGACAGAGACUUAAGGAAGAGACCCUGUGAGUCUGACAAUAAAAGAUUUGGACAGAAACAGAAAGAUUGGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAAUGAGUGAGAGAGAGACUGGAAGAGACAGAGAUCAGAGGGAGACACAGAAAGUGAGAGUGGGGAGAGAGGUAGUGUAAAAGGAAGAGAGAGAGAGAGAGACCGUAAGAGACAGGAGACAAAGAGACAAAAAGUGUGAGUGAGCAGGUGAGGAGAGAGAUUGAGAACUAUGAGAGACAGCAGCUAAGAGACAAAGGAGGCGGGAGACUGCCUAGGUGCCGCAGCACCCACACCGUCCUCUUGCCCCCCCGUCACUGGGACCCCAGAGCUGGCCCUUGAUGGAGGGGAGCCGACCUCGCAGCAGCCUGAGCCUGGCCAGCAGCGCCUCCACCAUCUCCUCGCUCAGCAGCCUGAGCCCCAAGAAGCCCACCCGGGCAGUAAACAAGAUCCACGCCUUUGGGAAGAGAGGCAAUGCGCUCAGGAGGGAUCCCAACCUUCCCGUGCACAUCCGAGGCUGGCUUCAUAAGCAGGACAGCUCGGGGCUCCGUCUCUGGAAACGCCGCUGGUUCGUCCUCUCCGGCCAUUGCCUCUUUUAUUACAAGGACAGCCGCGAGGAGAGUGUCCUAGGCAGCGUCCUGCUCCCCAGCUACAAUAUUAGACCAGAUGGGCCGGGAGCCCCCCGAGGGCGGCGCUUCACCUUCACCGCAGAGCACCCGGGCAUGAGGACCUACGUUUUGGCCGCUGACACCUUAGAAGACCUGCGGGGCUGGCUACGGGCGCUGGGCCGGGCCUCCCGUGCGGAGGGGGACGACUAUGGGCAACCCAGGUCACCUGCACGACCCCAGCCCGGGGAGGGCCCCGGCGGCCCCGGUGGUCCCCCGGAGGUGAGCAGAGGGGAAGAGGGGCGCAUCUCAGAAUCACCGGAAGUGACUCGACUCUCCAGAGGUCGUGGUAGACCCAGGCUGCUCACUCCCAGCCCCACAACCGACCUCCACUCUGGACUCCAGAUGCGGAGGGCGAGGAGCCCCGACCUGUUCACCCCCCUCUCUCGCCCUCCCUCGCCUCUGAGCCUCCCCCGUCCCCGUUCUGCCCCUGCGCGGCGACCCCCUGCCCCCUCAGGAGACACAGCACCCCCUGCCCGACCUCACACCCCGUUGAGUCGCAUUGAUGUCCGACCUCCUCUGGAUUGGGGCCCCCAACGCCAGACCCUCUCCCGACCCCCUACUCCCCGCCGAGGACCUCCCUCUGAGGCUGGGGGAGGAAAGCCCCCCAGGAGUCCCCAGCACUGGAGUCAGGAGCCCAGAACACAGCCGGGUCCUCCCCUGGAGUCAACUUUCCACCAAAGCUUGGAGACAGAUACGCUGCUGACCAAGUUGUGCGGGCAGGACCGGCUUCUGCGGAGGCUGCAGGAGGAGAUAGACCAGAAGCAGGAGGAGAAGGAGCAACUAGAAGCAGCUCUGGAGUUGACCCGGCAACAGCUGGGCCAAGCCACCAGGGAGGCUGGGGCUCCCGGGAGGGCCUGGGGUCGCCAGCGCCUCUUGCAGGACCGGCUGGUCAGUGUGAGGGCCACCCUCUGUCACUUGACUCAGGAGCGAGAGAGGGUUUGGGACACGUACAGUGGCCUGGAGCAGGAGCUGGGCACCUUAAGAGAGACGCUGGAGUACCUGCUGCACCUUGGUUCUCCCCAGGACAGAGUGUCUGCUCAGCAGCAGCUGUGGAUGGUGGAAGACACGCUGGCAGGUCUGGGUGGCCCCCAGAAACCGCCCCCACACACUGAGCCUGACUCCCCAUCUCCCGUGCUCCAGGGCGAGGAGUCCUCAGAGAGGGAGAGCCUGCCAGAGUCCUUGGAACUGAGCUCCCCUAGGUCCCCCGAGACUGACUGGGGGCGGCCUCCUGGAGGCGACAAAGACCUCGCCAGCCCUCACUUAGGUCUUGGGUCUCCGAGGGUCUCCCGGGCUUCCAGCCCUGAGGGUCGCCACCUCCCUUCCCCACAGCUAGGAACCAAGUCCAAGGAACACCACCCCUUACUUGCCGACUUCCGAAGGUCACCGGGAGCGGGUUCUCAGCCUCUCCCAAGCCCUGGCUACUGAGGCGUCGCAGUGGCACAGAAUGAUGACAGGUGGAAAUUUGGACUCCCAGGGAGACCCUCUUCCCGGUGUGCCGCUGCCUCCUUCGGACCCCACGCGCCAGGAGACCCCUCCCCCCAGAUCUCCCCCGGUGGCUAAUUCGGGUUCCACGGGGUUCUCUCGCCGAGGGAGUGGGCGUGGAGGAGGUCCCACCCCCUGGGGGCCCGCGUGGGAUGCCGGGAUCGCCCCUCCGGUCCUGCCACAAGACGAGGGGGCAUGGCCUCUGCGAGUCACUCUGCUACAAUCCAGCUUCUAAUCCGCCCAAAAGCGGCAGCCAAUCGGAGCGCGAGGACGUGGUCUGGAGGUACCGCCGGAGAUCUGGGACCACUCAGGGCAUCAGGGGGCGUGGUCUGGUCCCCAUUGCGGGCCCGGGAGGGGAAUGGUUUCUAUGGCCAAAGUUUGGUUUUCUCAACACUGUCUAAAUUUGGAUUAAAACUUUGAACUUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1148.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1188.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 584.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((...((((....((((((((((.(((((((((.....(((.((((...((((..........((((((....(((....((((((.....((((..(.((((.(((((((.((.(.((((.(.((((((.((.(((....................................((((((((((.......))).)))))))...............((.(((((.......(((.((.(((..((((.(((((((.(.....(((((((((...(((((.(...(((((....((((..(.(((.....)))...((((((.....................................((..........))..................((.((((((((((.((.((((((...(((((.....(((((.......((.(((((((.....((((((....)))))).(((((....)))))......)).)))))))((((((((((..(((.((........))))).)))))).)))).((((..(((((....))..)))..)))).....(((((((...(.(((((((((((((....))))))........((((....))))...............(((((((((((((((((((((((.(((..((((((((...((((....((.((...((((((((.((((((...(((......))).))))))..))))).)))...))))..)))).)))).))))))))))))))))))))......(((((.((.((.((((.....))))..)).)))))))((((((..(((....((((......))))))).))))))..))))))))))..(((.(((((((.((((((((..(((((.........(((((((((((((((((....((.(((.....))).))))).))))).))))).))))))))).)))...))))).(((((((.(((..((((......((((........))))...(((.((((....))))))).)))).))).))))))))))))))))).))))))).).))))))).)))))...((((.....)))))))))))))))...((((......))))))..)))))))))).)).))))))...)..))))..)))))..))))))....((.(((.(((.((.......)).))).))))))))))))))))))))))..))))....))).)).)))....)))))))((((.(.((((......))))..).)))).....))))).))))))...).)))).).))........))))))).).))))..)))))))))).(((((...))))).)))....))))))))))..)))).)))...(((((((.....))))...)))((((((........))))))((.(.((((((..((((((((.(((((((........(((((.((((.((((((((......))))).((.(((((((((.(((.....)))))..))))))).)).))).)))))))))((((((((...))))))))(((((((((((..(((...((((....(((((..((...))..)))))((..(((.((((((....)))))).))).))(((((((..((((((((.((((((....))))))))).)))))(((.((((((.((((....))))..))))))))).(((((((.((.(((.......))).)).)))))))..(((.(((.....))).)))(.((((((.(((.(((..(((....)))..)))..))).)))))).).)))))))((((((((...((.(((..((((...))))..))).))..))).)).)))...((((((((((((..((.(((.((((...(((((((((....(((((...((((((...((.(((........))).)))))))))))))..((((.(((((..((((.....))))....).)))))))).((((......))))...)))))))))....)))).))).))..)))))).)))))))))).))).)))))...))))))..))).))))..))).)))))..))).))).).))..)))))))))))...(((.((((((((((..((((.........)))))))))(((.((((((........)))))))))))))).)))))))))))....((((((((((.(....).))))))).)))......((((((((((((.(((((((.(((.(((((((((((((((((.((.((((..........(((((((((((.((..((..(((.....(((((((((((..(((((((...(((((((((((((((((((((......((((.((((((.(.....).).))))).)))))))))))).)))))))).)))))...)))(((((((....(((((....((.((((((...)))))).)).(((.(((((((.(......(((......((((......)))).)))......))))).)))))))))))))))))).))))..)))))))))))........)))..))..)).))))))...))))).....))))))))))))))))...))))))).)))....))))))).)))))..)).)))))................))))...))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,(((((...{(((,,.,((((((((((.(((((((((...{.(((.((((...((((..........((((((....(((....((((((.....((((..(.((((.(((((((.((.{.((((.{.((((((.((.(((........................,,,,,,.,.,..((((((((((.......))).)))))))............,||(,.,,,...|,|,..{{{.(({(,,,,(({(.(((((((.,...,.(((((((((.{.,,((..,,,,{{{.,.{{.{.(((.{.(((.....})},,,((((((.....(({.{{,.....,,..................||.,.....,,.}}..........,{.....,}|,((((((((((.(..((((((...(((((.....{((((.......((.(((((((...,,((((((....)))))).(((((....)))))....,,)),}))))))((((((((((..(((.((........))))).)))))).)))).((((..(((({....}}..)))..})))..,..((((({(,..{.(((((((((((((....))))))........((((....))))...............(((((((((((((((((((((((.(({..((((((((...((((....((.((...((((((((.((((((...(((......))).)))))}}.))))).)))...))))..)))).)))).))))))))))))))))))))......(((((.((.((.((((.....))))..)).)))))))((((((..(((....,,,,......,,})))).))))))..))))))))))..(({{(((((((.{(((((.,{.,,{(({{,.,,{{.{{..,,|,.,)|}}||||...||,|,|..,..)))})|((..(((({({({.{{{.,{||{{|{{{{{{.||,||.,((((,({(((.{(((...}}}}||}|........).))}}..}}}}}))}}},)))))))}))))}}))})))}})))))))))))).))))))).).))))))).)))))...((((.....))))))))))))))).,.((((......))))}.,.)))))))))),}..))}))).,}|..|)))},))))||.,|||,,..,.)))|{{{,....}))),,,,)))))).,)),}))))))))))))))))).,))))....)))},}.)))..}}))))}}}((((.(.((((......})))..,.)))).....))))).))))))...}.)))).,.}},.......))))))).).))))..)))))))))).{((((...))))}.)))....))))))))))..)))).)))...{({{{((.....))))...)))((((((.{.....}))))))((.(.((((((..((((((((.(((((((.......{((((((((((,((((((((......))))).{{.(((((((,{.(((.....)))})..))))))).}}.))).)))))))))|(((((((...))))))),(((((((((((..(((...((((....(((((..{,...,}..)))))((..(((.((((((....)))))).))).)){((((((..((((({({,((((((....)))))))}).)))))(((.((((((.((((....))))..))))))))).(((((((.((.(((.......))).)).)))))))..{((.(((.....))).))|(.((((((.(((.(((..(((....)))..))).,})).)))))).).))))))){{((((((...((.(((..((((...))))..))).))..))).))}.)}...((((((((((((..((.(((.((((,..(((((((((..,.(((((...((((((...((.(((........))).)))))))))))))..((((.(((((..((((.....))))....).)))))))).((((......)))),..)))))))))..}.)))).))).))..)))))).)))))))))).))).)))))...))))))..))).))))..)))},))))..))).))).).))..)))))))))))...(((.((((((((((..((((.........)))))))))(((.((((((........)))))))))))))).)))))))))))...,((((({{(((,({.,.,{|||||||{||,......{{((((({{{,|,|||{,{{.(({,((((({{{||||||{||,||}||||}}}..,,,}}||{{{{{{{{{,||,}|,{,((({{{{,(((({{{((((,.(((((({.,,((({({{{{{{|{|||||,.|.},||,,|||,|||||{,{,,,,,,,),)}}}},||||,}||||||,||||||},,|||||.,,|||(((({{(,,,,({{,{....((.((((((...)))))).)).(((.(((((({.,...,,.({{......((((......)))).}}}.....}})))).))))))}))})))))})),}}))..)))))))))))......,}))),.}}.,))})))}}},}}))),)}},..))))))))})))))))..,))}}}}}.}})||,.}}})))),)))))}.,,.))})),....,,.,.......}}))...}}}},.
Back