Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001161575.2

Sequence Length

2121 nt

GC Content

0.4677

GUGACCUGUCUCUAACACACCAAGAUGAGACUGGUCCUAAUUUUUCCUCUGCGAAUAUGGUUUUCUGAUUAACUACUAGUUAUGUCUAUGCCAAAAAAAGAAACAUGCUCAGACCACGGUUUUUGCCUCCAGAUGACCGAACUGUACGUGAAGGUGAGAGAAAAGCUGCCAAGCUGCAUUUUAGUCAGUUGGGCAACAGUGAAAAUUUUCUUUUAGAGGUGGAAAAAAGCUCUAGGGAGAAGACAAUGAAAAACUGUGUAACAGGUGAGAGCUCUGCAUCAAAAGUCAGUGCUAAUGUUGACAGCAGGAUUGAAAUGGACUCAAACAAAGGACUUUUUAUUCCCUUCCCCAACCGGGAAAUAAAGGAUUCCCUAAGUACUUCUGCAACUCAGGGCAAUGGUACACGUGAUCAGAAAUUAGACACCUUCCCACUGGGGACACAGACACAGGAAGUAGCAAGAAGGGAGAUGCCAAGUGACAAUCACCAGGAAGAUGAGUUCAGACACUACUCGCCUCGUCAGUCCACAGUCCGAUCCCCAGAGAAGAUGACUAGAGAAGGGUACCAAGUAUCUUUUUUGGACAAUAAGUCUUCAGGUUCUUCUCCAGAAAAGGAAUUGAUACCAAAACCUGAUACUUUUCAUCUUACCCAUGAUGCCUCAUUGAGUAAAUGCCUGGAUGUGGGUGAUUCUAGCCAGAUCCAUCCCUAUCAGUUACCUUCAGAUGUUGGUCUGGAAAAUUAUGACAGUUGUUAUUCUCAAACUCUAUCCCUGCAUGGAAGUCUUGGUAAAAGGCCUCAGAGAAGCAAGAACUAUCAAGAGUAUAGCAUAAAGCCUUCAAAUGACAUAAAGACCACCGCUUCACAUUCCUGUGGAGACUUAUUAACUUCUCUGUCAAACCCUGACUCCAGCACUGGAAGGCUUUUGAAGCUUAGUUCAGAUCUGUAUGCCACAACCCAUUUCAACAGUGACCCUGCUGUACUUGUCAAUGUAGAGCAACAAUUAUCUACCAGCCUGGAUGAUUUAACACCAGCACAUGGUUCUGUCCCAAACAACGCUGUCCUGGGAAACAGGACAACUCCUCUGCGGACACUGCUGUUGUCUCCUGGGACUUCAGAACACAGAAAGAUUUUUACCAAGAGGUCACUAAGCCCAUCGAAGAGAGGAUUCAAAUGGAAGGACAAUAUCCUUGCCAACCUGAAUCUAAAGCAUGGUUUCCAAGAUGCUACAGGCAGCGAGCCUCUCUCUAGUGACCUGGGUAGUUUGCACGGUUUGGCUGGAAACCACAGUCCCCCCAUCUCUGCCAGAACCCCCCAUGUGGCCACUGUCCUCAGACAGCUCCUGGAGCUUGUGGAUAAGCACUGGAAUGGCUCCGGCUCCCUCCUCCUCAACAAGAAGUUUCUCGGUCCUGCCCGAGAUUUGCUUCUGUCUUUGGUAGUCCCGGCUCCUUCUCAGCCGAGGUGUUGCUCACAUCCUGAAGACACGAUGAAAGCAUUCUGCAGGAGGGAGCUUGAACUGAAGGAGGCUGCGCAGCUGGUCCCUAAUGACAUGGAAAGUUUGAAGCAAAAACUGGUCAGAGUGCUGGAGGAAAACCUCAUUUUGUCAGAAAAAAUUCAACAGUUGGAGGAAGGUGCUGCCAUCUCAAUUGUGAGUGGGCAACAGUCACAUACUUAUGAUGAUCUUCUGCACAAAAACCAACAGCUGACCAUGCAGGUGGCUUGCCUGAACCAGGAGCUUGCCCAGCUGAAAAAGCUGGAGAAGACAGUUGCCAUUCUCCAUGAAAGUCAGAGAUCCCUGGUGGUAACUAAUGAGUAUCUGCUGCAGCAGCUGAAUAAGGAGCCAAAAGGUUAUUCCGGGAAAGCGCUCCUGCCUCCUGAGAAGGGUCAUCAUCUGGGGAGAUCAUCGCCCUUUGGGAAAAGCACGUUGUCUUCCUCCUCACCAGUGGCACAUGAGACUGGUCAGUAUCUAAUACAGAGCGUCUUGGAUGCUGCCCCAGAGCCUGGCUUAUAGAGCUAGCAUGGAACUCACACCACAGCUUCCCUGGUCCACAGAGGCUCUCACCGCCAUUGCCACCAGUAUGGUGGUAUGUACUCACAAAGAUUAAGAAAGAAAUGUAUUCUGAUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-639.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -680.95

Frequency: 0.0000

Diversity: 420.47

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..((((.(((((..............))))).)))).....(((((((((((.....((((.....((((((((...))))).)))...)))).............((((.(((((..((((((((.((.((((..(((...(((.(((..(((.((......((((((..((((((((((.(.(((((.(((((.(((((((((...((..((((((.(.......).))))))((((((((...((((...((((.(((((......(((.((((.......).))).)))..)))))))))..((((((...((((((...................((((((((((....)))......(((....)))..(((((..(((........)))..)))))..(((.((........)))))(((((..(((......))).....)))))......)))))))....((..((((...))))..))..((((((...((......))...)))))))))))))))))).....((((((((((((.((.(..........).))))))))))))))..........))))...)))))))).....(((..(((....)))..)))))...)))))))........)).))))).))))).))))))).(((((.(((.((....)).))).)))))..(((.(((((....(((((((....)))))))...((((..((((..((((((.(((.(((((...((((((((....(((((((((((((..((((.......((((((..........(((..(((((((((...(((((..(((.......(((((((....))))))).........)))...)))))....(((....))).....)))))))))....)))))))))...))))...)))....((((...(((((((.....((((.(((........))).))))..(((((((((......)))))))))....((((.....))))..(((((((........(((((((.....))))))).......)).)))))..))))))).....))))..(((........)))....))))))))))((((((((...........((((((((((((..((((((((.....))))).)))...))))))...(((((..........)))))..((((.....))))))))))))))))))((((..((((((.((..(((..(((........)))..))).)).)).)))))))).))))))))...(((((....)))))....))))).))).))))))..))))..)))).((.(((((((((((((......((((((.((((((......))))))...))))))......))....(((((((.......))))).))...((((..((((.((....)).))))..))))......))))))))))).)))))))))).))))..))))))..))))).)))))))))...)))))).))))))))))))).)))))).))))))))).........(((((((....(((.......(((((((((((((....((((((.(((((.((.....)).))))).....(((((((((((((.............((((((.....(((((((.(((.((((...))))..(((..((((((.....))))))..)))..(((((((((((((..(((...)))))))......)))))))))...)))))))))).....)))))).......((((....))))....(((((..((......)).))))))))).)))))))))..((((.((...)).))))))))))..))))).....))))))))....(((((((...((((.((((.((((((((((.((.....)).))))))))))..)))).((.((((((...)))))))).(((........))).((((((..((.....))))))))))))..)))))))((((((...))))))..(((....)))............))).....)))))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

,.((((.(((((..............))))).)))),....(((((((((((.....((((.....((((((((...))))).)))...)))).............((((.((((,.,((((((((.(.{((((..(((...(((.(((..(((.{(..,,..(((((({.((((...(((((((,,(((((((((((((....,(((((((((((((.(.......).))))))}))))))}...,.....)))))...((((((..(((((..((.(((((((((((((((..,{({{,.{{||((({(({,.,({{((.......,|,,|.,,,,,.|||{((((({....|||||....(((....)))..(((((..(((........)))..)))))..(((.((........))))){{(({,.{{{}}},..}}|.,.,.|||||,.,,..}}|||}},...((..((((...))))..))..((((((...{(......}),..))))))}}))),,}})}},.,,.,{{{{((((,{{{({,(((((((((({..,)))))))))))||,,,,,{({(|,(((((((,...{{{......))}.,,|}...,..,}}}})|,|||,.,|{{,{{{{,,{{||,,..}}}},).)}}},,}..(((((.(((.((....}).))).))))).,,,},}}}}}}...|{{{(({....)))))}}......(((.{(({,{{.{{{{{....{{,,{,,..,.,|}|}.((({{,,,..}}}}}...,}}}}|,.,}.}}}}.}}}.,}}}...{{.....}}..,,....,.......,......,{{{{(({....))))))),},,,,,..))))))))}}}...,.,)}),.,))))))),..,)))))))).))..)))))..)))))).)))).))))((((((,..{((((....((((.(((........))).))))....((((((((.(((((((.((......))))))(((((((((((((((((.(((((({(((((((.....)))))))..,{{...,,||}..,,)).)))))....)))))}..}))))}...,,.......,,.,,...((((((((,..........{(((((((((((..((((((((.....))))).)))...))))))...(((((,,...,,...}))))..((((.....)))))))))))))))))){((|,,{{{(((.((..(((,.(((........)))..))).,),))),}))))}}.})))))).((((((((....)))))....))).))).)))))))).))))))))))).,{.(((((((((((,,...,,.((((((.((((((......))))))...))))))}}..,,||.,,.(((((((.......))))).))..,{(((..((((.((....)).))))..)))}....},))))))))))),)))))))))..))))}.))))))..))))).)))))))))...))))),.))))))))))))).)))))).))))))))).........(((((((....{{{....,,.(((((((((((((....((((((.(((((.((.....)).))))).....(((((((((((((.............((((((.....((((((,{(((.((((...)))).,(((..((((((.....))))))..))).,(((((((((((((..(({...}))))))......)))))))))...)))))))))).....)))))).....{{((((....)))}..,,(((((..({{,...,)).)))))))))))))))))))..{(((,{{...)).))),))))))..))))).....))))))))..,,{((((((...((((,((((.((((((((((.((.....)).))))))))))..)))).(,{((((((...)))))))).{((........))}.,(((({.,((.....))))))))))))..))))))|((((({...}))))),.,{,....,,,............},}.,...)))))))..