Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001162497.3
Sequence Length
2430 nt
GC Content
0.3765
AGAAGCUGAGGAGAAGCUGAUGCCAUGCUUCCUGUACAGCCUGAAGAACCACAAGGUCUUGAUCUGUCACCAGGCUGAAGUGCAGUGGUACAAUCAAAGCUCACUGCAGUCUCAACCUCCUAGGCUCAAACAAUCCUCCCACUUCAGCCUCCCAACCAGCUGGGACCACAGGUUGACAUCACCACACCCAGGUCUGCUGGAAUUUGCUGGAGGUCCACUCCAGACCCUGUUUGUCUGGAUAUCACCAGCAGAGGUUGCAGAACAACAAAGAUUGCUGCCUGUUCCUUCCUCUGGAAGCUUUGUCCCAGAGGGGCACCCACCAGACGGCAGCUGGAGCUCUCCUGUUCCCUCUGCUAUGGCUCUUCCUCAGUAGAAACAACUGGCAACAAAAUUCAAGUUUAUGAUUCAUUCAUCAGCAAACAUGUGAGAAUCAUCUACAAAGAACCAAGAAUUGUGAGAAAGCGACCUCAAGAUACAACUGGCAACUGAGGAAAAGGCCUCAAUUCAACAAGAGCUAACAAGCUUGGGAGUUUAUUUCGGAAUCUUUAAAAGACUCUUCUGCUUACCCACAAUCUGGGAUCCACUGCAGGAAAACAAAAAAGGAAAACUUCAUUUAAAAGAAGCAAGAAGUAAAAUGGGACAAAUUGGGAAUGUUUAAGUCUCUGAAACUCUGCACUGAAAAGAAAAUAAGAUUGAUAACUUAAGCUUAACAUUCUGAGGCAUAAAGAAACAUUAACUUUGGAGUAUUCAUCUUGACUACUGAAAUACAAGUUUAGAAGACAAGUGGUUUCAUUCUGGUCACAGAUCACAGCUUUUCUUUAAAUUUAUAAUCCUAUGGGUUGGACUCGUUGACUGUAUUUUUUAAAGGUUGCUCGUCAGUUAACUGAGCCUUGGAAUUCAUGGAUUUUCUAAAGACUAACAAAUGAAAAUAUUUUCCUGUUGAAGAACCCAGCGGAAAUUUUACAGCAACAAAUUUCAUGUUUCUUUUGGGUAUUUCUGAGAAAAAGGAAAUAUUUAUAAAACCAUCCAAAGAUCCAGAUAAUUUGCAAAUAAAUUGGAGGUUAUAGAGGUUAUAAUCUGAAUCCCAAAGGAGACUGCAGCUGAUGAAAGUGCUUCCAAACUGAAAAUUGGACGUGCCUUUACGAUGGUAAGCGUUAACAGCUCCCACUGCUUCUAUAAUGACUCCUUUAAGUACACUUUGUAUGGGUGCAUGUUCAGCAUGGUGUUUGUGCUUGGGUUAAUAUCCAAUUGUGUUGCCAUAUACAUUUUCAUCUGCGUCCUCAAAGUCCGAAAUGAAACUACAACUUACAUGAUUAACUUGGCAAUGUCAGACUUGCUUUUUGUUUUUACUUUACCCUUCAGGAUUUUUUACUUCACAACACGGAAUUGGCCAUUUGGAGAUUUACUUUGUAAGAUUUCUGUGAUGCUGUUUUAUACCAACAUGUACGGAAGCAUUCUGUUCUUAACCUGUAUUAGUGUAGAUCGAUUUCUGGCAAUUGUCUACCCAUUUAAGUCAAAGACUCUAAGAACCAAAAGAAAUGCAAAGAUUGUUUGCACUGGCGUGUGGUUAACUGUGAUCGGAGGAAGUGCACCCGCCGUUUUUGUUCAGUCUACCCACUCUCAGGGUAACAAUGCCUCAGAAGCCUGCUUUGAAAAUUUUCCAGAAGCCACAUGGAAAACAUAUCUCUCAAGGAUUGUAAUUUUCAUCGAAAUAGUGGGAUUUUUUAUUCCUCUAAUUUUAAAUGUAACUUGUUCUAGUAUGGUGCUAAAAACUUUAACCAAACCUGUUACAUUAAGUAGAAGCAAAAUAAACAAAACUAAGGUUUUAAAAAUGAUUUUUGUACAUUUGAUCAUAUUCUGUUUCUGUUUUGUUCCUUACAAUAUCAAUCUUAUUUUAUAUUCUCUUGUGAGAACACAAACAUUUGUUAAUUGCUCAGUAGUGGCAGCAGUAAGGACAAUGUACCCAAUCACUCUCUGUAUUGCUGUUUCCAACUGUUGUUUUGACCCUAUAGUUUACUACUUUACAUCGGACACAAUUCAGAAUUCAAUAAAAAUGAAAAACUGGUCUGUCAGGAGAAGUGACUUCAGAUUCUCUGAAGUUCAUGGUGCAGAGAAUUUUAUUCAGCAUAACCUACAGACCUUAAAAAGUAAGAUAUUUGACAAUGAAUCUGCUGCCUGAAAUAAAACCAUUAGGACUCACUGGGACAGAACUUUCAAGUUCCUUCAACUGUGAAAAGUGUCUUUUUGGACAAACUAUUUUUCCACCUCCAAAAGAAAUUAACACAUGGACAUUUUAAAGUCUUUAGUAUAAAGAAAAUUUGUAUUCAAUGUGUUAAGCAUUAACAUGUAUUUUAUUUGUGUAUCCACUCCAUCUGAUUUUUCUGAGCCAUUUUGAUUUGUUCCUUCAUUAAAAAAAAUCUCUUAAAGUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-578.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -632.61
Frequency: 0.0000
Diversity: 723.11
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((.(((((((....)).))))).(((.(((((((((((.((....))))))...........((((((((((((((((((.........)).))))))(((((.........)))))..............))))))))))((((......))))....)))))))))).............(((((.(((...(((((((.(((....(((((((.......))))))).))).)))))))((((.((((...........)))).))))((.((..(((((((..........))))))))).))))).)))))(((((..(((((......)))))..)))))..((((.(((((((((.........((....))........((..(((((((..(((.((.......))))))))))))..))......(((.(.(((.((((........)))).))).)...)))..)))))))))..))))((((..(((((.(((((....)))))..((((((.((..((...))..)).))))))((((((...((((.....)))).......))))))..........(((((.((((........)))).....(((((.((((((...((((((.(((((...(((.((...((((((((((((....(((((((((((((((....((((......(((((((((((.....((((..(((..(((.(((((((.((((.((.(((((.......))))).)).))))))).(((.(((((((((((((((((((((..((((((.......(((((.(((((((((.(((((((((((.....................)))))))).)))))....))))))))))))...)))))).(((((...((((....)))).))))).........(((((((((((((((....(((((((..(((((((((((((((((((........))))))).......((((.(((((........................))))))))).((((........))))...))))))))))))....((.((((((((((..(((((........)))))..((((........)))).((...((((((.((((.(((..........(((......))).......))))))).)).))))..))((((((.......((((((....))))))......))))))...)))))))))).))(((((.(((((..(((((((((...(((((.((((.............)))).))..)))..))))))))).))))).......))))).................((......)).....)))))))...)))))))))))))))((((((....((((......))))....))))))..(((((((..........(.(((((.(((((......)))))))))).).....((((...)))).))))))).........((((((.....))))))..))).))))))...)))))))))))))))))))..)))..)))..))))..((.(((((.......))))))).)))))))))))....))))(((((((((((((.........))))))(((.((((.....))))))).)))))))..(((((((.(((((.....))))).)).))))).((((((((..(((......((((.............)))))))..))))))))...((((((((.((((..((((((.((((((........)))))).))...))))....)))).))))))))..((((.....)))))))))))))))))))...(((((....))))).((((....)))).......)))))....)))).))).)))))))))).))))))...)).)))).))))).)))))...)))))..)))).))).)))))).))..........(((.((((.((((((((((..((((((.(......(((((((.(((....(((((((((((...))))))).)))).((((...((((...)))).))))..)))))))))).....(((((((((((.((..((((.........(((((..........)))))..((((...((..(((((....)))))..))....))))........((((((((.................))))))))...(((((((((((((........))))..((((((((.....))))))))..))))))))).))))..)).)))))))))))(((....)))......).)))))).)))...))))))).)))))))...........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{(((.((((((((({(....}}.))}}|{(({{(((((((((({{((....)))))),,....}}..}}|||||,,||||||{((,,,,,,,,,,||{||}|||{(,.,.....{{..{||{{.,{{{{.{{{{{{{{,||{|||{(((((.,,,,,}}|||,,...|||||,......,..,}|,,||||||}|||...{((((((.(((....(((((((.......))))))).}}).))))))|((((.(({{..|........,}||,|||}{{,,,,{(((((((.......,|.))))))))}.,.,,,,}})}}|((((..(((((......)))))..)))))..((((.(((((((((.,.......{{....,,....,,..((..(((((((..{(({,,.......))})})))))))..))...,..(((.{.(((.((((........)))).})).}...)))..)))))))))..))))............{((((....)))))}|}||{{(,{{{{,(,.{(({..,,})).}}|{((((...((((.....)))).,.....)))))).........,|,....{||{........))}},..)))))},..,||||,,,,,,||||.}|}}}.}}}}}..||..,,|||||,,{,....(((((((((((((((....((((......(((((((((((...(,((((..(((..{((.(({,{((.((((.((.(((({.......))))).)).)))))),,(((.(((((((((((((((((((((..((((((.......(((((.(((((((((.(((((((((((.....................)))))))).)))))....))))))))))))...)))))}.....,...{{{{....||||{,{{{{.......}}|||||||||||,{{({{,,{(,(({,.,(((((((((((((((((((........)))))))}.,,,,.((((.(((({..,,.{{{{...|||},...,...))))))))}|{{{({{{{{,{|,,|{{{{||||||||||||.(({{,.((((((((((..(((((........))))){{(({{..,||,,,||||,{{{,.((((((.((((.(((.......,{{{({......}}}.|,...,))))))).)).)))).|||{{{|,,.,,}}}}|(((((....)))))}.,||,,}}))))...))))))))))})))}}.,.((((({{((({((((,...,,,.,.,,,,.........{(({{.||.....)))}},,,}))),,.,,,},..,,}),.)))))},....,,,.......{|,.....}}.}}}))}))))),..)))))}))))))))}||||{{|||,||||....,,,|}},|||}}}}}},,}}||||,,,.,.,....{.(((((.(((((......})))))))))...,,,.((((...)))).})),..)}}))))))}}||,||,.}}}))))),..))).))))))...))))))))))))))))}}).})))..)))..))))}.{{.(((((.......)))))}}.)))))))))))....)))}(((((((((((((.........)))))}(((.((((.....))))))).}))))))..{(({(((.(((((.....))))).))}.)))}.((((((((..(((....,.{(((.......,,}.,,}}}})))..)))))))).,{((({((((,((({,,{(((((....))}},....{(((({...,....,,,)})}}),}}.)))))}))}}||||,.,,,)),.)))))))))))))))...||{{{..,,|}||{{{{(({,{..{(((((.,(({{(((.(,((((((((((.(((...((........)).,.))).)))))))))}..,.}})},.{{,{{{,|,,.,,||||,,,,}}|,{,..{{(({({{{,,{((,..{(((.......|},,...,,(((((((.(((....{((((((((((...)))))))}})}}.{|{|,|||,,,...,})).)))}..))))))))))......{{|,,{,|||}||....}}}}},)).}}{||||..,.......,}})),}|,{{.}}|{},||||(,,,,||||}..}},,}}}))),,.||,{{({((((((.................}}})))))}..,((((((((((({........,|||{{(,,,||||}}...,}})),)),.)))))))))}))))}})),))......}))|||}...}}}.......||.,,,}}}))))..,)))))}}})),))..............}))))}..)))}.
Back