Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001163999.2
Sequence Length
4803 nt
GC Content
0.4237
CCUUGCCAAGUAACAGCUUUGCUGUCCAACAUCGUGUGCUGCUUCGCGAGAAAGUCACAUUCGGACCCUUUGGCUAGAUUAUCUUAGACGAAUUUUACAAUGUGAAGUUCUGCAUAGAUGCCAGUCAACCAGAUGUUGGAAGCUGGCUCAAGUACAUUAGAUUCGCUGGCUGUUAUGAUCAGCACAACCUUGUUGCAUGCCAGAUAAAUGAUCAGAUAUUCUAUAGAGUAGUUGCAGACAUUGCGCCGGGAGAGGAGCUUCUGCUGUUCAUGAAGAGCGAAGACUAUCCCCAUGAAACUAUGGCGCCGGAUAUCCACGAAGAACGGCAAUAUCGCUGCGAAGACUGUGACCAGCUCUUUGAAUCUAAGGCUGAACUAGCAGAUCACCAAAAGUUUCCAUGCAGUACUCCUCACUCAGCAUUUUCAAUGGUUGAAGAGGACUUUCAGCAAAAACUCGAAAGCGAGAAUGAUCUCCAAGAGAUACACACGAUCCAGGAGUGUAAGGAAUGUGACCAAGUUUUUCCUGAUUUGCAAAGCCUGGAGAAACACAUGCUGUCACAUACUGAAGAGAGGGAAUACAAGUGUGAUCAGUGUCCCAAGGCAUUUAACUGGAAGUCCAAUUUAAUUCGCCACCAGAUGUCACAUGACAGUGGAAAGCACUAUGAAUGUGAAAACUGUGCCAAGCAGGUUUUCACGGACCCUAGCAACCUUCAGCGGCACAUUCGCUCUCAGCAUGUCGGUGCCCGGGCCCAUGCAUGCCCGGAGUGUGGCAAAACGUUUGCCACUUCGUCGGGCCUCAAACAACACAAGCACAUCCACAGCAGUGUGAAGCCCUUUAUCUGUGAGGUCUGCCAUAAAUCCUAUACUCAGUUUUCAAACCUUUGCCGUCAUAAGCGCAUGCAUGCUGAUUGCAGAACCCAAAUCAAGUGCAAAGACUGUGGACAAAUGUUCAGCACUACGUCUUCCUUAAAUAAACACAGGAGGUUUUGUGAGGGCAAGAACCAUUUUGCGGCAGGUGGAUUUUUUGGCCAAGGCAUUUCACUUCCUGGAACCCCAGCUAUGGAUAAAACGUCCAUGGUUAAUAUGAGUCAUGCCAACCCGGGCCUUGCUGACUAUUUUGGCGCCAAUAGGCAUCCUGCUGGUCUUACCUUUCCAACAGCUCCUGGAUUUUCUUUUAGCUUCCCUGGUCUGUUUCCUUCCGGCUUGUACCACAGGCCUCCUUUGAUACCUGCUAGUUCUCCUGUUAAAGGACUAUCAAGUACUGAACAGACAAACAAAAGUCAAAGUCCCCUCAUGACACAUCCUCAGAUACUGCCAGCUACACAGGAUAUUUUGAAGGCACUAUCUAAACACCCAUCUGUAGGGGACAAUAAGCCAGUGGAGCUCCAGCCCGAGAGGUCCUCUGAAGAGAGGCCCUUUGAGAAAAUCAGUGACCAGUCAGAGAGUAGUGACCUUGAUGAUGUCAGUACACCAAGUGGCAGUGACCUGGAAACAACCUCGGGCUCUGAUCUGGAAAGUGACAUUGAAAGUGAUAAAGAGAAAUUUAAAGAAAAUGGUAAAAUGUUCAAAGACAAAGUAAGCCCUCUUCAGAAUCUGGCUUCAAUAAAUAAUAAGAAAGAAUACAGCAAUCAUUCCAUUUUCUCACCAUCUUUAGAGGAGCAGACUGCGGUGUCAGGAGCUGUGAAUGAUUCUAUAAAGGCUAUUGCUUCUAUUGCUGAAAAAUACUUUGGUUCAACAGGACUGGUGGGGCUGCAAGACAAAAAAGUUGGAGCUUUACCUUACCCUUCCAUGUUUCCCCUCCCAUUUUUUCCAGCAUUCUCUCAAUCAAUGUACCCAUUUCCUGAUAGAGACUUGAGAUCGUUACCUUUGAAAAUGGAACCCCAAUCACCAGGUGAAGUAAAGAAACUGCAGAAGGGCAGCUCUGAGUCCCCCUUUGAUCUCACCACUAAGCGAAAGGAUGAGAAGCCCUUGACUCCAGUCCCCUCCAAGCCUCCAGUGACACCUGCCACAAGCCAAGACCAGCCCCUGGAUCUAAGUAUGGGCAGUAGGAGUAGAGCCAGUGGGACAAAGCUGACUGAGCCUCGAAAAAACCACGUGUUUGGGGGAAAAAAAGGAAGCAACGUCGAAUCAAGACCUGCUUCAGAUGGUUCCUUGCAGCAUGCAAGACCCACUCCUUUCUUUAUGGACCCUAUUUACAGAGUAGAGAAAAGAAAACUAACUGACCCACUUGAAGCUUUAAAAGAGAAAUACUUGAGGCCUUCUCCAGGAUUCUUGUUUCACCCACAAAUGUCAGCUAUUGAAAACAUGGCAGAAAAGCUAGAGAGCUUCAGUGCCCUGAAACCUGAGGCCAGUGAGCUCUUACAGUCAGUGCCCUCUAUGUUCAACUUCAGGGCGCCUCCCAAUGCCCUGCCAGAGAACCUUCUGCGGAAGGGAAAGGAGCGCUAUACCUGCAGAUACUGUGGCAAGAUUUUUCCAAGGUCUGCAAACCUAACACGGCACUUGAGAACCCACACAGGAGAGCAGCCUUACAGAUGCAAAUACUGUGACAGAUCAUUUAGCAUAUCUUCUAACUUGCAAAGGCAUGUUCGCAACAUCCACAAUAAAGAGAAGCCAUUUAAGUGUCACUUAUGUGAUAGGUGUUUUGGUCAACAAACCAAUUUAGACAGACACCUAAAGAAACAUGAGAAUGGGAACAUGUCCGGUACAGCAACAUCGUCGCCUCAUUCUGAACUGGAAAGUACAGGUGCGAUUCUGGAUGACAAAGAAGAUGCUUACUUCACAGAAAUUCGAAAUUUCAUUGGGAACAGCAACCAUGGCAGCCAAUCUCCCAGGAAUGUGGAGGAGAGAAUGAAUGGCAGUCAUUUUAAAGAUGAAAAGGCUUUGGUGACCAGUCAAAAUUCAGACUUGCUGGAUGAUGAAGAAGUUGAAGAUGAGGUGUUGUUAGAUGAGGAGGAUGAAGACAAUGAUAUUACUGGAAAAACAGGAAAGGAACCAGUGACAAGUAAUUUACAUGAAGGAAACCCUGAGGAUGACUAUGAAGAAACCAGUGCCCUGGAGAUGAGUUGCAAGACAUCCCCAGUGAGGUAUAAAGAGGAAGAAUAUAAAAGUGGACUUUCUGCUCUAGAUCAUAUAAGGCACUUCACAGAUAGCCUCAAAAUGAGGAAAAUGGAAGAUAAUCAAUAUUCUGAAGCUGAGCUGUCUUCUUUUAGUACUUCCCAUGUGCCAGAGGAACUUAAGCAGCCGUUACACAGAAAGUCCAAAUCGCAGGCAUAUGCUAUGAUGCUGUCACUGUCUGACAAGGAGUCCCUCCAUUCUACAUCCCACAGUUCUUCCAACGUGUGGCACAGUAUGGCCAGGGCUGCGGCGGAAUCCAGUGCUAUCCAGUCCAUAAGCCACGUAUGACGUUAUCAAGGUUGACCAGAGUGGGACCAAGUCCAACAGUAGCAUGGCUCUUUCAUAUAGGACUAUUUACAAGACUGCUGAGCAGAAUGCCUUAUAAACCUGCAGGGUCACUCAUCUAAAGUCUAGUGACCUUAAACUGAAUGAUUUAAAAAAGAAAAGAAAGAAAAAAGAAACUAUUUAUUCUCGAUAUUUUGUUUUGCACAGCAAAGGCAGCUGCUGACUUCUGGAAGAUCAAUCAAUGCGACUUAAAGUGAUUCAGUGAAAACAAAAAACUUGGUGGGCUGAAGGCAUCUUCCAGUUUACCCCACCUUAGGGUAUGGGUGGGUGAGAAGGGCAGUUGAGAUGGCAGCAUUGAUAUGAAUGAACACUCCAUAGAAACUGAAUUCUCUUUUGUACAAGAUCACCUGACAUGAUUGGGAACAGUUGCUUUUAAUUACAGAUUUAAUUUUUUUCUUCGUUAAAGUUUUAUGUAAUUUAACCCUUUGAAGACAGAAGUAGUUGGAUGAAAUGCACAGUCAAUUAUUAUAGAAACUGAUAACAGGGAGUACUUGUUCCCCCUUUUGCCUUCUUAAGUACAUUGUUUAAAACUAGGGAAAAAGGGUAUGUGUAUAUUGUAAACUAUGGAUGUUAACACUCAAAGAGGUUAAGUCAGUGAAGUAACCUAUUCAUCACCAGUACCGCUGUACCACUAAUAAAUUGUUUGCCAAAUCCUUGUAAUAACAUCUUAAUUUUAGACAAUCAUGUCACUGUUUUUAAUGUUUAUUUUUUUGUGUGUGUUGCGUGUAUCAUGUAUUUAUUUGUUGGCAAACUAUUGUUUGUUGAUUAAAAUAGCACUGUUCCAGUCAGCCACUACUUUAUGACGUCUGAGGCACACCCCUUUCCGAAUUUCAAGGACCAAGGUGACCCGACCUGUGUAUGAGAGUGCCAAAUGGUGUUUGGCUUUUCUUAACAUUCCUUUUUGUUUGUUUGUUUUGUUUUCCUUCUUAAUGAACUAAAUACGAAUAGAUGCAACUUAGUUUUUGUAAUACUGAAAUCGAUUCAAUUGUAUAAACGAUUAUAAUUUCUUUCAUGGAAGCAUGAUUCUUCUGAUUAAAAACUGUACUCCAUAUUUUAUGCUGGUUGUCUGCAAGCUUGUGCGAUGUUAUGUUCAUGUUAAUCCUAUUUGUAAAAUGAAGUGUUCCCAACCUUAUGUUAAAAGAGAGAAGUAAAUAACAGACUGUAUUCAGUUAUUUUGCCCUUUAUUGAGGAACCAGAUUUGUUUUCUUUUUGUUUGUAAUCUCAUUUUGAAAUAAUCAGCAAGUUGAGGUACUUUCUUCAAAUGCUUUGUACAAUAUAAACUGUUAUGCCUUUCAGUGCAUUACUAUGGGAGGAGCAACUAAAAAAUAAAGACUUACAAAAAGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1293.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1386.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 1089.40
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((...((((.(((((...)))))((((((((...((((((.((((.((((..(((((((.(.....((((.((((......)))).)))).....))))))))..))))))...)).).))).))....)))))))).(((((((.................)))))))..((((((..((((((.(((((.(((.(((((((((((((((((((((((....)))))...(((((....((.((......)).)).))))).((((((.(((((.((((((((((((((((....)))))....)))))...........((((......))))(((((((((....))).))))))........((((((((.(((..................))))))..(((((..(((((..........))))).)))))...))))).....((((....))))....(((((...)))))(((.((((...((((((((((((((((((.((..((((((((...............))))))))..(((......))).((((((..((((......(((((..(((.((((....(((((....((((..((............))..)))))))))....)))).)))...)))))......(((((((((.(((...))))))))))))...))))......)))))).)))))))))((((((((((((((((.((((((((........)))))).))((((((((...))))))))......((((.((.....((((..((.........)).)))))).))))..(((((((((((.((((......((((.......((((((((.....((((((....(((((.(((((..(((((..........))))).))))).(((((((((((....))))).))....))))(((((.......(.(((((((((((.((((((((((((((((((......)))))).))))..((((..(((((...((((.((((....))))((((((((.....)))))))).......)))).)))))......))))..((((((.(((((((....((((((.((((((..(((((((....((((........))))(((((((((((((((...((((.(((.......(((((((...)))))))...((((.(((.((.(((((((........))))))).)).))).))))..(((........)))...(((((((((.((.........(((((.((((..(...............)..)))).))))).........)))).)))))))...(((((((.(((.(((........))).)))(((((((((.(((.(((((......(((.(..((((((((((.(((.((((.........)))).))).((....))......(((((........))))))))))).))))..).)))((((.....(((...........))).....))))................)))))...))))))))))))..)))))))............(((((((((.........))))...))))).(((((((.....((((..(((((.((.((((((.(((.....(.((((((((.((((....)))).)))((((((((((......((...(((((((..(((((((..((..(((......)))...))....)))))))..))).))))...))......))))).)))))...((((.(((((((....)))....)))).))))..(((((((.((((((.(((...(((....))).)))..))))))(((......)))...((((((..(((...)))..)))))))))))))............))))).)..))).)))))))))))))..))))...((((((..((((((((((.((.((..(((((((...)))).)))..)).)))))))...(((....((((((.((......)).)))).)))))...........)))))))))))........((((((..(((.......))).)))))))))))))..((((((...))))))......((.(((((((((................))))))))).)).....))).)))).....))))))..))))))))).....))))))).....)))))).))))))....))).))))))))))...........((((......))))(((((((.((.((.(((........))).)).))))))))).......(((((((....((...))...))))))).......))))))..)).))))))))))).).......)))))))))).....(((((((....(((.((....)).)))..)))))))........)))))).))))))))......))))..))))))))))))))).....((((.(((((........(((............)))....(((((..((((((((.(((((.(((((.....(((.(((((...))))).))).(((((((((((((......)))))........))))))))...((((((((((((((..(((((...((((((((...((((.((((((.((((.....)))).)...))))))))).((((.(((....(((...(.(((((((((.((((((...)))))).........((((((..((....((((((...((((..((((.((((((((((....(((((((.(((((....)))))..((((((((((((..(((..((((((.....))))))..)))..........(((((.((((((..(((...(..(((((.(((...........(((......)))....(((..((((((((.(((.....(((..(((....)))....)))...............(((((((((.((((..........)))).))))...))))).....(((((....((((((.((((.(((.(((.((((............((((.((.....(((((...)))))....))))))...........)))).))).)))..)))).))))))...)))))((((((((.(((((.(((..................))))))...))...))))))))......)))))))))))))).....((((...))))..))).)))))..)...)))..))))..(((((....(((((.(.(((..(((..((...))..)))..))).).))))).))))).....)).)))))..)))).)))))))).((((...))))....((((.((((.((((......))))))))))))..))))))).(((((..((((((.......((((((((((((............)))))))))................((((.((((...((((.(((.......))).)))).....)))).))))))).....)))))).))))).....((((((((((..(((...(.(((..((((......((....)).....))))))).)..)))..).)))))))))(((((((.((((........))))))))))).....(((((...((((.((((((......))))....))))))...))))).)))))))))).))))......))))....))))))...))))))))....((((((.....((((((..........))))))...))))))((((((((((((.((((...((((((..((((.(((((((((((.((........)).))))((((((.....))))))..(((((((.((((....(((............))))))).)))))))..))))))).)))).))))))...)))).....)))))).))))))....))))))))).)..))).)))))))....))))))))........((((((((.........(((....))).........)))))))))))))..)))))))).)))))).)))))))))).)))))))).....)))))..((((((((((((((((....))))))))))..))))))..))))).))))..(((.(.((........))..).))).((((....(((.........)))....))))..)))))..)))).)))))))(((((((...)))))))....))).))))))))..)))).))).......)))))).))))).)))))).......((((.(((.....(((((.........))))).))).))))(((((((........)))))))....(((((....)))))....)))))))).................))))).))))))))..))))).))))))...))))))(((((..(((......)))....))))).((((((...(((.......((((((((((.(((((....(((((....))))).......((((....))))......)))))))))))))))(((((((........(((..((((..((((..((((((......)))))).)))))))).)))))))))).((.((((((...)).)))).))...))).))))))..............)))).....)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{(,,.,{((.,((((,..))}}{((((((((..{((((((.((((.((((..(((((((.(.....((((.((((....,,}))).)))).....})))))))..))))))...)).),}))}},,}..))))))))}{|{{(((,....,......,,...))))))}..{{{{((,.((((((.(((((.(({.((((((((((,{,((((((..{{.((((((((((.((.({{...(((((((,{(((.(((,,,.|||.||}.{{,|{({|({||....,,,(((((....})))).((((....,,...,.....))}}......{|{|(((((,,(({{{,{(((,,|,,|..{{{,|{(((,.....{{{{{{{{......{{{{,..{{{,|...(((((..(((((,,{...,},.))))).))))).,,,|,|},....((((....)))}....{((((...))))},{{{,(......|,,||||,{(({({{{{,{,..{||{||||,},}}}}}..}}}}})))))}})...,)}}))))))..{{,,,(..((((....,,(((((..(((.((((....((((({,..,(((..{,..........,.}),.}})))))))....)))).)))...))))).,,..{(((((((((.(((...))))))))))))}..))))..,...)))),)})))...}))})}}}||,{,|,||||}}}((((((........)))))).,.((((((({...})))))))......((((.((,....,(((..((.........)).)))))).))))..(((((((((((.((((......((((.......((((((((.....((((((....(((((.(((((..(((((..........))))).))))).(((((((((((....))))}.))....))))(((((.......(.(((((((((((.(((((((({((,((((({......}))))).}}}}..((((..(((((,,,({,,.{(((....)))|((((((((.....)))))))),......))),.)))))......))))..((((((.(((((((....((((((.((((((..(((((((....((((........))))(((((((((((((((...((((.(((...{{,.(((((((...)))))))(((,.{((((((.((.(((((((((.(((((({{{{..,.,}}..,,,...(((........)))...(((((((((.((.........(((((.((((..{...............)..)))).))))).........)))).)))))))...(((((((.(((.(((,.....,.))).)))(((((((((.(((.(((((......(((.(..((((((((((.(((.((((.,,...,,.)))).))).((....))......(((((........))))))))))).))))..).))){{{{....,|,.,,.,......}}},..,,,.|{......,}.})).....)))))...))))))))))))..)))))))............{((((((({.........}})}...))))).....,)))))})))))..)))))))))))))))).(((((((((..(((((((((((..,,|||{.,..((((((((((......((...(((((((..(((((((((.({,,,{......,))}.}))},,,)),}}}}..))).))))...))......))))),})))).,,((({.(((({{(....}}}....)))),))))..{((((((.((((((.(((...(((....))).)))..)))))){((......}}},..((((((..(((...}))..)))))}))))))}......,},||,,||{||||,.,}.,,,|,|},..))),(({((((((,,,,.{{{....(((((.((.((..(((((((...)))).)))..)).)))))))..}}}|..{{((((((.((......)).)))).)}})}........,,,,.)))))))))........((((((..(((.......))).)))))).{.{((.{,((((({...))))))}.))),)}.,,})))))))))..,}))))))))...........}},....})).)))).....)))))}..))))))))).....))))))).....)))))).))))))....))).)))}))))))...........((((......)))}(((((({{((.((.(((.,......))).)).))))))))).......(((((({....{|...,,...))))))).......})))))..)).))))))))))).).......))))}))))).....(((((((.{{.(((.((....}),))),})))))))........)))))).))))))))......))))..))))))))))))))).....{{((.(((((.....,,.(((............))).,,.(((((..((((((((.(((((.{(({,.....{{{.,,,{{,{{{|,,,.)))}|((((((((((((......)))),.......,)))))))}...((((((((((((((..(((((...((((((((...((((.(((((,.{(((,...,}}},,)...))))))))).((((.(((....(((...(.(((((((((.((((({...})))))...,.,,,.((((((..((....((((((...((((..((((.((((((((((....(((((((.{{{{,....,}}},..((((((((((((..(((..((((((.....))))))..))}....{({((((({{.{({(.((,,(((...(((((.,..,{{{,.,,,,.,,,(((,.....}}}....,...,|||||{(,.(({...,,|,{..(((....)))..{{||,.||.........{|,({{{{{(({.((((.,{,.,..,.)))),})))...|||||.....(((((....((((((.((((.(((.(((.((((..,{,,......((((.((.....(((({...}))))....)))))).......,},,)))).))).))}..)))}.)))))},|.)))))|.|}}}}|.||||},,||..}}}}}}},,....,,.})))))...}},,,|||}},})},.,,.))))))))}))))){{{.....))))))))..)))))).}}),),..))))}}))),{{((((.....,{{||},((((((.((((........))))..,)))))).,..}})}||,...}}}},,}}..)))).)))))))).((((...))))....((((.((((.((((......))))))))))))..))))))).(((((..((((((.......{{{(((((((((...,....}...))))))))}............,,..,,,{.{({(...{({{.,,(,,.....}}}.)))).....)))).)))}||,..},,)))))).))))).....((((((((((..(((..,(.(((..((((..,,..((....))..,..))))))).},,)))..).))))))))){(((((((((((........))))))))))}.....(((((...((((.((((((......))))....))))))...))))).)))))))))).))))......))))....))))))...)))))))),}},{{((((.....((({{{..........))))))...))))||((((((((((((.((((...((((((..((((.(((((((((((.{{........,,.)))){(((((.....))))))..(((((((.((({.,,,({,......,,,,,.,..)))}.}))))))..))))))).)))).))))))...)))).....)))))).))))))}}..))))))))).,..))).)))))))....))))))))........((((((((.........(((....))).........)))))))))))))..)))))))),}))))).}))),))))).)))))))).....)))))..{(((({((((((((((....))))))))))..)))))}..))))).)))),.)).)))))))))))}.))}))}||,.((((....(((.........)))....))))..)),}}..||{{.|(((({.(((((((...)))))))..)))))))))),},,..{{(({{(((((({{{((((...,,,.....)))}.}}},))))))))}||,,,..{{{{{{|||,....,|{{{,..,,,,.{(((((,...}}}}}),,}}}}....{{(((,,..)}))}.,,.,,,}},}),,,,,}}.....,,,..})))).)))))})}..))))).)))))),,.}}}}}}.,||{.,,,.{{{{.{{||{{,.,|||{(((((((...{{{{{{,,..((((((((({,(((({,,..(((((....)))))..,|||.((((....))))...,,,},,}}}}}))))}))||||||,.||||,,,|||}.,|,,..{(({..{(((((......)))))}.)))}||||,...}}}}},,.{{.{{{({{..,}}.)))).)).,,))),)))))},},...........,,})}},,,}))).
Back