Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001164104.2
Sequence Length
3819 nt
GC Content
0.5143
AUUGGUGGCGGGCGGCGGGAGCGGCGCGGGCGCGUGCGGGCGGCGGCAGCGGCGGUGACGGCAGCCUAGGCCGGGCGAGGGCCAUGCUGAGCCUCGCAGCCAAGCUGGUGGCCUUCUUCUGGAGGACGGCGGACACCCCUAGGGAGGAAGCCGGGCAGCUGGAGCCCGAGCUCGCGGAAGGUGACACUAAGCUGAAAACUGUACGGGGUGUCGUGACAAGGUACUGCAGCGAUUAUGGCAUGAUUGAUGAUAUGAUCUACUUCUCCAGUGAUGCUGUGACUAGCAGAGUGCUUCUGAAUGUUGGACAGGAAGUGAUUGCAGUUGUGGAAGAAAAUAAAGUGUCCAAUGGACUGAAAGCAAUCAGGGUAGAAGCUGUCUCUGAUAAGUGGGAAGACGACAGCAGAAACCAUGGGAGUCCCUCAGACUGCGGCCCCCGAGUGUUGAUUGGCUGUGUGACUUCCCUGGUGGAGGGCGCAGGCUGUAUCAGUCAGACCACCUACUUCUCUCUGGAGAGUGUGUGCGAAGGCUUCGAGCCCUGCAAGGGAGACUGGGUGGAGGCUGAGUACCGGAUCCGGCCUGGCACGUGGAGCAGCGAAGCCACCUCAGUGAAGCCACUGAGAUACAAGCGCGUGGACAAGGUCUGCAUCUCUAGCCUCUGUGGAAGGAACGGGGUGUUAGAGGAAAGCAUCUUCUUUACCUUGGACUCCUUGAAACUGCCAGAUGGGUACACACCCCGGAGAGGUGACGUGGUCAAUGCAGUGGUGGUGGAGAGCAGCCAGUCAUGCUAUGUCUGGAGGGCACUUUGUAUGACCCUAGUGAAGAGGCGAGACGCCGCCCCUGUUCAUGAGGCCACUCAUUUCUAUGGAACGAUUUUGCUGAAGAACAAAGGUGAUAUUGAAGUUACACAGGUGACGCAUUUUGGAACCCUAAAGGAAGGAAGAAGUAAAACCAUGGUGAUCUGGAUAGAGAAUAAAGGAGACAUUCCUCAAAACUUAGUCAGCUGUAAACUGGCUGGCUGGGAUAAAUCUAAACAAUUCAGAUUCCAAAUGCUGGAUAAAGACCAGAUGUGCCCCGUGGUAUCUUUUGUUUCUGUUCCUGAGAAGGAGAAUUCAUCAGAUGAAAAUAUUAAUUCAUUAAAUAGCCACACAAAAAACAAAACCUCUCAGAUGUCGGAGAGCAGUUUGGUGAACAACAGAGGAAUCUCUCCAGGUGAUUGUACCUGUAAAGGAGAAAAUGGAGAAAAAGACAACAUUCUAUCAAGGAAGCAGAUGACAGAGCCUGAGCCUGGGGGGCUUGUCCCUCCAGGGGGAAAAACCUUCAUUGUGGUCAUCUGUGACGGAAAAAAUCCUGGCCGCUGCAAGGAGCUCCUUUUGCUCUGUUUUUCCGAUUUCCUAAUUGGGCGAUACCUUGAAGUAAAUGUUAUCAGUGGGGAGGAGUCACUAAUUGCUGCGCGCGAACCAUUUUCUUGGAAAAAGCUUAAAAGUUCACAAGCGUUAACAUCCGCAAAAACUACAGUUGUUGUGACCGCACAGAAAAGGAACUCAAGACGACAACUUCCAAGUUUUCUUCCCCAAUAUCCAAUCCCAGAUAGACUUAGAAAAUGUGUGGAACAAAAAAUUGACAUCCUGACUUUCCAGCCAUUACUUGCAGAGCUUCUGAACAUGUCAAAUUACAAGGAGAAGUUUUCGACUUUGCUGUGGCUUGAGGAGAUUUAUGCAGAAAUGGAACUGAAAGAGUAUAACAUGAGCGGGAUCAUCUUAAGAAGGAAUGGGGAUCUGCUGGUUCUGGAGGUCCCAGGGUUGGCCGAAGGGAGGCCUUCUCUCUACGCAGGUGAUAAACUGAUUUUAAAAACUCAAGAGUACAAUGGACAUGCCAUCGAAUACAUCAGCUACGUGACUGAGAUUCAUGAAGAAGAUGUAACUCUUAAAAUUAAUCCAGAAUUUGAACAAGCCUAUAACUUUGAACCUAUGGAUGUGGAAUUUACAUAUAAUAGGACCACAAGCAGACGGUGUCACUUUGCACUUGAACACGUCAUCCACUUAGGUGUAAAAGUGUUGUUUCCAGAAGAAAUUAUUUUACAGUCUCCACAAGUGACGGGAAAUUGGAACCAUGCACAAGACACCAAAAGCAGUGGACAGUCCACCAGCAAAAAGAAUAGGAAAACAAUGACGGACCAAGCUGAGCAUGGAACAGAGGAGAGGCGUGUUGGUGACAAGGACCUGCCGGUGCUGGCACCCUUUACUGCAGAGAUGAGCGAUUGGGUAGAUGAAAUUCAGACCCCUAAAGCAAGAAAGAUGGAGUUUUUCAACCCAGUGCUAAAUGAAAAUCAGAAGUUAGCAGUUAAAAGGAUUCUGAGUGGUGACUGCCGUCCCCUCCCGUAUAUUCUCUUUGGACCUCCUGGUACUGGAAAGACAGUGACAAUAAUAGAGGCUGUUUUACAGGUACACUUUGCCUUGCCGGACAGUCGGAUUUUAGUCUGUGCGCCCUCCAACAGUGCUGCUGACCUCGUGUGUCUGCGGCUGCACGAGAGCAAGGUGCUACAGCCGGCCACCAUGGUCCGGGUGAACGCCACCUGCAGGUUCGAGGAGAUAGUUAUUGACGCCGUCAAACCGUAUUGCAGAGACGGAGAAGACAUCUGGAAAGCCUCACGCUUCCGGAUAAUCAUCACCACAUGCAGCAGCUCAGGGCUGUUUUACCAAAUAGGAGUGAGAGUUGGGCACUUCACUCACGUGUUUGUGGACGAGGCUGGGCAGGCAAGUGAGCCGGAAUGCCUCAUUCCUCUGGGGCUGAUGUCGGACAUCAGUGGCCAGAUCGUGCUGGCAGGAGACCCCAUGCAGCUCGGCCCAGUCAUUAAGUCCAGACUCGCCAUGGCCUAUGGGCUGAACGUGUCCUUUUUGGAACGGCUGAUGUCUCGACCCGCGUACCAGAGGGACGAAAAUGCUUUCGGUGCUUGUGGCGCACAUAAUCCCCUGUUGGUCACAAAGCUGGUGAAGAACUACCGGUCCCACGAGGCCCUGCUGAUGCUGCCCUCACGGCUGUUCUACCACAGGGAACUCGAGGUCUGUGCGGACCCCACAGUGGUGACCUCCUUGCUGGGCUGGGAGAAGUUGCCUAAGAAAGGCUUCCCUCUCAUCUUCCAUGGUGUGCGGGGCAGCGAGGCACGGGAGGGAAAAAGCCCAUCGUGGUUCAACCCGGCCGAGGCCGUCCAGGUCCUGCGCUACUGCUGCCUCCUGGCCCACAGCAUCUCCAGUCAGGUGUCUGCCAGCGACAUUGGCGUCAUCACGCCCUACCGGAAGCAGGUGGAGAAAAUCAGAAUUCUUUUGCGUAAUGUUGAUCUGAUGGAUAUAAAGGUUGGAUCAGUAGAGGAGUUUCAAGGACAAGAGUAUCUGGUCAUCAUCAUUUCGACCGACCCCUGUUUUGGUGCUUUGCUGGAAUACAGUAUUACAAACGGUGUUUACAUGGGAUGCGAUUUACCUCCUGCACUGCAGUCUCUGCAAAACUGUGGCGAGGGGGUGGCAGACCCCUCCUACCCAGUGGUGCCAGAAUCCACAGGACCAGAGAAGCAUCAGGAGCCCAGCUGAUCUGCAGUGGCUGACAGCAGGGAGGCCAUGUGCUCAGCCUGGCCACGUUGCCGUUACAGUCUGCUCCGUGGCUCCUGUGGCCUGCCCUUGUCUCGCAGCCAGGCAGGGUCGUGUGUGGGUGUGGGGCUGCCAGGUUGGACGCAGCUGCUGCUGCCCUGACUUUGGCAUAUGCCAGCCUGUUCCUGCCACAGGGCAGUCACUGCCGCCUACCCUGAAAUAAACCCUCGAGUGACCCCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1341.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1405.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 1165.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.((.(((((((((((((((.((.((((.((((((((((.((((((((((((..((.((((((.(((.((((..((((((((..(((((.((.(((...((((((((.((((((((((((.((((((...((.((((((..(((((((((((.......))))).))).(.(.(((((((((((..((((......((((...((......))...))))..))))(((((((.(((.....))).))))))).((((((((.(((((....((((...(((((.(((.(((((((((((((((((.(((((((..((((.((((((((((.....((((...))))(((......)))..(((((((((((((((((((..((((((((.(((((.(((.((((((((((((.....))))((((((..(((...)))...))))))(((.((((.(((.(..(.(((.(((((((.((((.((((.(((((((..((((((((.((.((.((.((....))..)).)).)).).))))))).)))))))...)))).)....))).))))))))).).)..).))).)))).)))(((((((....)))))))......((((((((((...))))))..(((((((((((((.......)))))).)))))))....((.((((((((.((((((..(((..((((.(((......(((....)))(((.((((((((.((((((.((((((.(((((((....((..((((.(((...))).))))((((((.......)).)))).........))....))))))).)))..)))..)))))))))))))).)))..((((.(((((..........))))).))))..(((((....)))))))))))))))..))..)))))))))))).)).......(((.(((((((((.........((((.....)))).....(((((((((((.......))))))))))).............))))))))))))....((((.......))))..)))))))))))).))).)))))))).(((((....))))).........((((((........)))))).........................)))))..))))))))).)))))).((((((...((((....)))).((((((....)))))).....((((((((((.......((.((((((((.((((((..((....((((((((.....(((((((((.....)))))))))((((....((((((..(((((((........(((.....)))))))))))).))))...))))...))))))))...((((((....))))))))....))))))))..)))))).)).(((.(.((.(((.....))).)).).)))...))))))))))...............))))))..(((........))).....))))(((((((((........................))))))))).....)))))))))).))))...)))))(((.(((...........))).)))............)).)))))....))))).)))).....))))))))))).....)))).)))))..)))))))).......(((((((((((((((((.((((..(((....(((..(((.....)))....)))..))).)))).)))))))(((..(((((......(.(((((((((......((((..((((.......))))..)))).....(((........))).............((((((...((((.....))))....((((((..((.(((((.......))))).))..))))))))))))........))))))))).)......)))))..)))....(((((..(((((.......))))).))))).)))).)))))).))))))))))).).).(((.....)))))).)))))).)).....))))))))))))))))..........((((.(((.(.......)))).))))...((((((..............))).)))..)).))))))))....(((....((...(((((..((.(((.(((((((((....((((..((.(((.(.((((((....((.((((..(((.((((((((......(((........)))(((((((((.....(((((((..(((.......(((((((...))))))).....(.((((((..............)))))).)....)))..)))))))((.(.(((((((((((((((......(((((((((((((..((..((((......))))..))........((((((((..((((((.....)))).))..))))))))........(((.((((((.........)))).)).)))((((((((((...))).))))))).(((.(((((..((.(((((((...))).)))).))...).))))))))))))))))))))......(((((...)))))((.((.((((((((((((.((.((.((((((((.((.....))))))))))..)).)).))....(((.(((..(((((((((((....))))))((((((.(((.....)))))))))..(((..(.(((((..((((((((.(((......)))((((((...))))))(((((.((((((((...))))))))..))))).((.((((.((((.....)).)))))).)))))))))).....))))).)..)))...((((....)))).....((((((...((((((..(((((.((((.(((..(((.((....)))))....(((((((((((.(((((((..(((........)))..))))))).(((((((......))))))).((.((((.(((((.((..((.(((.....))).)).....)))))))..)))).)).(((.((((((.((..(.(((.((......((((((((((((((.....((((.....))))..(((.(.((((......)))).).)))((((((((.(((((..(((......))).))))).))).....(((..(((((.....)).)))..)))...)))))))))))))))..)))))).))).)..)).))))))))).......(((((....))))).)))))))))))))).))))..)))))...((((((((.......(((((((((..........)))))))))))))))))))))))))))))........(((((...........)))))..)))))..))).)))..(((((.....))))).......((((((......((((.(.......).))))))))))..)))))))))).)).)))).))))))))))))).).))..))))))))))))))))).)))..)))).)).......)))))).))))...))..))))..((((((..(.....)..))))))))))))))).))))).)))))...))....)))))).)).))))).))))))))))))..((((((((.(((.(((......))).))).)))))))).)))))))))..))..))))))))))))))).)))..)))).)))).)))))))))))))....(((((...))))))))).)))))).......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{({(({(((,(((((({(((({(((((((((.(.((((.((((.((((((.(((((((((((.,.(((((((({{(((((,((((({(((.(((((,..{(((((,{{((({(,,,{|||||.,((((((((((....(((((((((((((((((((....(((,{((((({({,{(((.,((({..{{{{...,({((,{(((({{((({{{{,.(({{,,,{{{{{{(((((,(((.,,,,}}|,,}}}}}}..{{||.{||||.}}}}|||||{{{||{(,||(((((,{..,((((((((....,{..((.((....)).))....,,....))))))))|.,{{|{|||||,|||{{({{{..,}||,|||||}|..{((((.{(({({(({(,,..,{((((((((((...,,,,..{((({{{,,|{|{||||..{|}}}|||{|||||||{{{,{(((((((((((((((..,|||||...(((((((..((((((((.((.((.,{.((....))..},.)).)).),})))))).))))))){||||||{,.{{((,((((((,,((((({((({{,,(({...,,,.(((((((....))))))).......}}}((((((...)))))).{(((((((((((((.......)))))).)))))))}...((.((((((((.((({((..(((..{({{.(((.....{(({....}))|({.((((((((.((((((.{{((((.(((((((....{(.,(({({((({{.,||{||,,,|||||....}}}))}),|}........,))....))))))).)))}.}))..)))))))))))))).))}..((((.(((((..........))))).})))..(((((....))))))))}))})))..))..)))))))))))).))...,||||{(.,((((((....|,.....{((({...|||}|,....((((((((((({.....,)))))))))))....,{{|.....,|||||}}||{{....|}))},.....))))|},||||}}}}))),|{{{|||||,,|,{((((,,,,|}}},..|||,||}|(((((........)))))}..................,.,,,,(((((......,.)))))..))))})}}}},,,,}))))),,.}))))|{||{,.(((((((((((((,((,,,,(((,......((.(((((({{.((((((..((.{{.((((((((..,..(((((((((.....)))))))))((((....(((({,..(((((((,,,,...,|||.....}}}))))))),}.))))...))))...)))))))).,}((((((....))))))))....)))))),}..)))))).)).,(({({(({((,.....,||{|}.,.})),,.|||,,,,||)||....,{{{....||}|.....(((........)))....,,...{(((((({({{{{..........}}...}},..)))))))))},,,})}|})}))))}}}.,.||},...(((.(({...........))).)))........{{||.,.{{(((.(((((((((((((.{{{(((,{{(((((.,,,..((((.....{(((,.(({...,))..)))}}.,.))))}),))))).}},.))))).)))))..(({((((((((({.,..(((.(((((((((((....((..,.((((...(((((((.((((((((((.((((..((((.......))))..)))).....{{({{,,,...}||,,,,,........{(((((.,.((((.....)))).,..((((((..((.(((((.......))))).))..)))))))))))).,,,||,...,,,.,,}}}.....{||,....|||||..(((((..(((((.....,,)))}}.))))).,|},,.|,,,..||||||}|||{{{{({,.((((((((.(({.,||.(((((....((((((.(((((,........,((({.,.(((.,.....,.)))..}))))))))).)).))))...)))))....((.(((((...)))))..))..........,............{..(((.((...)).)))..),},)}},,))))))))}))}.},.)))))).)))).))))))))))}...))...))))))(((.(((((((.((.((({((({.....((......}}.....,,))})))})).))))))))))...,,....}}},.{{{{{.((.(({...,..,,,))).)}.))))),},))))))))..})))))))),)))})(((....))).)))))))).))),),}},}.......,)),)))))))))))))..,}))),.)))))}..,))))}}}}}))))).})))))))))}.}}},{|{||||.,((((((({{(...})},))))))).|||,(((({,.((.(((((({...})).)))).))..,)})}})}}},{{{{|{{||,,...,,,.}|}||,}}})).,,||,,.,|}}}},,}}}}.||.|{.(((((({{{((.....))))))))))..}).}),}}.},,}))}||||||,|||||||.....(((({{{(((((({{((.....))))))))).},||}}}}(((((..((((((((.(((......)))((((((...))))))(((((.((((((((...))))))))..))))).((.((({,((((.....)).)))))).)))))))))).....)))))})}}),)})))|||..,}))},,..(((.(((.....))))))}))}.})))}|.,)))}){{,{{,|,||||||....,}})))))}}|}{(((({{..{{{.......,))),,)))))),.|||||{|,,,...})))})},{|,{{{{,||{{|.||..{{,({{....,))).}}....,|.|}}))..)}}}.|||||,}},)))))}},})))}))}}))}}),|}},)))))}))...))))))))......)))))}}})))}........,|||{({,{((,(((.(((((((((,,(((.....,||}.,}|,|||,..,})}|({,,,((((.....))})))}.))}.,})}))))))))),))).,,))))}.}}}....)))))))))).........(((((....))))),|{|||||||{|||}{|......,,.((((((((((((.......(((((((((..........))))))))))))))))))))),.,{{{{..,.|,.}}|((((...........))))}.}}}}}}}||||||||,,({(((,....}}}}}...{,..{.|{|,...}}},},,}},,.....,{{((((,..(((,,{{{(((|,..,{{({((.((((((........))))))}}}){|.||{|},.......)))),)).,)))})),)))})))}}}})))))),..)))).).))))..)))))},,.)))),,,.,))).)))))))),.))))))))))).),)}))))))).))))}}))}}))))),,..((((((((.(((.(((......))).))).)))))))){((((((((((..(((((....))))).)))))}}}))))...}},.}))}))))))))),}.{((|{(,{,||}}}},}}.}}}}}.............,}},}}.,,,.
Back