Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001164106.1
Sequence Length
1351 nt
GC Content
0.5596
AAGAGCCGAAGAGCCAGUCCUCACUGGGGUGCAGAGGGCUCUUUGGGGGCAGAGCGGGCACUGCAUGGACCCUGCACCCUGGAGCUGAUGUUCAGAGUUGGGCACUUCACUCACGUGUUUGUGGACGAGGCUGGGCAGGCAAGUGAGCCGGAAUGCCUCAUUCCUCUGGGGCUGAUGUCGGACAUCAGUGGCCAGAUCGUGCUGGCAGGAGACCCCAUGCAGCUCGGCCCAGUCAUUAAGUCCAGACUCGCCAUGGCCUAUGGGCUGAACGUGUCCUUUUUGGAACGGCUGAUGUCUCGACCCGCGUACCAGAGGGACGAAAAUGCUUUCGGUGCUUGUGGCGCACAUAAUCCCCUGUUGGUCACAAAGCUGGUGAAGAACUACCGGUCCCACGAGGCCCUGCUGAUGCUGCCCUCACGGCUGUUCUACCACAGGGAACUCGAGGUCUGUGCGGACCCCACAGUGGUGACCUCCUUGCUGGGCUGGGAGAAGUUGCCUAAGAAAGGCUUCCCUCUCAUCUUCCAUGGUGUGCGGGGCAGCGAGGCACGGGAGGGAAAAAGCCCAUCGUGGUUCAACCCGGCCGAGGCCGUCCAGGUCCUGCGCUACUGCUGCCUCCUGGCCCACAGCAUCUCCAGUCAGGUGUCUGCCAGCGACAUUGGCGUCAUCACGCCCUACCGGAAGCAGGUGGAGAAAAUCAGAAUUCUUUUGCGUAAUGUUGAUCUGAUGGAUAUAAAGGUUGGAUCAGUAGAGGAGUUUCAAGGACAAGAGUAUCUGGUCAUCAUCAUUUCGACCGUACGGUCAAAUGAAGAUAGAUUUGAAGAUGAUCGAUAUUUUUUGGGUUUCUUGUCCAACUCAAAAAGAUUUAAUGUUGCAAUCACCAGACCCAAAGCUUUGCUGAUAGUGCUGGGAAACCCCCAUGUUCUCGUUCGAGACCCCUGUUUUGGUGCUUUGCUGGAAUACAGUAUUACAAACGGUGUUUACAUGGGAUGCGAUUUACCUCCUGCACUGCAGUCUCUGCAAAACUGUGGCGAGGGGGUGGCAGACCCCUCCUACCCAGUGGUGCCAGAAUCCACAGGACCAGAGAAGCAUCAGGAGCCCAGCUGAUCUGCAGUGGCUGACAGCAGGGAGGCCAUGUGCUCAGCCUGGCCACGUUGCCGUUACAGUCUGCUCCGUGGCUCCUGUGGCCUGCCCUUGUCUCGCAGCCAGGCAGGGUCGUGUGUGGGUGUGGGGCUGCCAGGUUGGACGCAGCUGCUGCUGCCCUGACUUUGGCAUAUGCCAGCCUGUUCCUGCCACAGGGCAGUCACUGCCGCCUACCCUGAAAUAAACCCUCGAGUGACCCCCAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-533.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -551.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 348.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((((((..((..(((....)))..)).)))))))))).((((((((((((...(((((..((((((((((..((((....)))).((((((((((....(((((.(((..(.(((((..((((((((.(((......)))((((((...))))))(((((.((((((((...))))))))..))))).((.((((.((((.....)).)))))).)))))))))).....))))).)..)))...((((....)))).....((((((...((((((..(((((.((((.(((..(((.((....)))))....(((((((((((.(((((((..(((........)))..))))))).(((((((......))))))).((.((((.(((((.((..((.(((.....))).)).....)))))))..)))).)).(((.((((((.((..(.(((.((......((((((((((((((.....((((.....))))..(((.(.((((......)))).).)))((((((((.(((((..(((......))).))))).))).....(((..(((((.....)).)))..)))...)))))))))))))))..)))))).))).)..)).))))))))).......(((((....))))).)))))))))))))).))))..)))))...((((((((.......(((((((((..........)))))))))))))))))))))))))))))((((((((.(((((((.(((..((((((....))))...........))..))).))))))))))))))).)))))....)))))))))).....................(((..(((((...(((((((.(((...((((((.....(((((((((((....))))...((((((..(((...(((((.....))))).))))))))).....)))))))...........((((((...(((..((((((.......((((.((((((........))))))))))((.((((.........)))).))..)))))).))).))))))))))))..))).))))((((((..(((((((((((((......(((...(((((((..((.(.......).))..))))))).))))))))).))).)).))..))))))))).)))))..))).)))))))))).(((((((((((..(((((....))))).))))).)))))))))))..))))))).)))))...(((..((((((..........................)))))).)))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,{(({{{(((((..((,.{{{.}},}}},.},.))))))}|||(((((((((((((...((((({.((((((((((..((((....)))).((((((((((....(((({.(((..(.(((((,,((((((((.(((......)))((((((...))))))(((((.((((((((...))))))))..))))).((.((({{((((.....)).)))))).)))))))))).,...))))).)..)))..,{(((....)))),..,,{(((({...{({{{{,.(((((.((((.(((..(((.((...,)))))....{((((((((({.(((((((..(((........)))..))))))).(((((((......))))))).{{.((((.(((((.{{..((.(((.....))).)).....,,)))))..)))).}|.(((.((((((.((..(.(((.((......((((((((((((((.....((((.....))))..(((.(.((((......)))).).)))(((((({({({((({,(((......}}}.}||}|{|},..,,|{((.,,{|||.....}}})))}.)))..,))))))))))))))),,}))))).))).)..)).))))))))).,,,...(((((....))))).})))))))))}))).))))..))))),,,((((((((.......(((((((((..........)))))))))))))))))))))}}}}}}}|((((((((.(((((((.(((..((((((....))))..,,.......))..))).))))))))))))))},}))))....))))))))))......,......,,},,...{((,,(((((...(({{(((.(((.,.((((((.....((((((({(((....)))|...({((({,|{((...(((((.....))))).}})}))))).}...)))))))...........((((((...(((..((((((.....{{((((.((((((........))))))}|||({.||||},.......))))})}..)))))).))).))))))))))))..))).))),{(((((..{((((((((((((,.....{((...(((((((..((.{.......).))..))))))).))))))))).)))},),))..))))))))).))))).,))),))))))))))}{((((((((((..(((((....))))).)))))}}})))},))))..))))))),|)))).,.{||}||{{{||,,...,...,,,..........,.,.))))})})))..........
Back